यह कमांड gt-readjoiner-prefilter है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
gt-readjoiner-prefilter - निहित और निम्न-गुणवत्ता वाले रीड्स को हटाएं और रीड सेट को एन्कोड करें
GtEncseq प्रारूप.
SYNOPSIS
gt रीडजॉइनर पूर्व फिल्टर [विकल्प ...]
वर्णन
-रीडसेट [स्ट्रिंग]
रीडसेट नाम डिफ़ॉल्ट निर्दिष्ट करें: पहले इनपुट अनुक्रम_फ़ाइल का फ़ाइल नाम
-डीबी
इनपुट लाइब्रेरीज़ (Fasta/FastQ) की एक सूची निर्दिष्ट करें; एकल-अंत पुस्तकालयों के लिए इसका उपयोग करें
फ़ाइल नाम (जिसमें शामिल करने की अनुमति नहीं है : प्रतीक); युग्मित-अंत पुस्तकालयों के लिए
एकल फ़ाइल में इंटरलीव्ड (f,r,f,r,...) पढ़ता है, नोटेशन का उपयोग करें
: [, ] (stdev को छोड़ा जा सकता है); पढ़ने के साथ युग्मित-अंत के लिए
दो फाइलों में (एफ, आर) नोटेशन का उपयोग करें : : [, ]
-v [हाँ|नहीं]
वर्बोज़ बनें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)
-q [हाँ|नहीं]
मानक आउटपुट संदेशों को दबाएँ (डिफ़ॉल्ट: नहीं)
-देखते हैं [हाँ|नहीं]
स्टोर फास्टा आईडी (या संपूर्ण विवरण यदि -क्लिपडेस नंबर के साथ उपयोग किया जाता है) चेतावनी:
मेमोरी आवश्यकता बढ़ जाती है (डिफ़ॉल्ट: नहीं)
-क्लिपडेस [हाँ|नहीं]
यदि आपको संपूर्ण विवरण की आवश्यकता है, तो पहले स्थान के बाद फास्टा विवरण क्लिप को गलत पर सेट करें
(डिफ़ॉल्ट: हाँ)
-memdes [हाँ|नहीं]
विवरण के लिए मेमोरी स्टोरेज का उपयोग करें (डिफ़ॉल्ट: अस्थायी डिस्क स्टोरेज का उपयोग करें)
-मैक्सलो [मूल्य]
रीड डिफॉल्ट में निम्न-गुणवत्ता वाले पदों की अधिकतम संख्या: अनंत
-लोक्वाल [मूल्य]
निम्न-गुणवत्ता माने जाने वाले पद के लिए अधिकतम गुणवत्ता (डिफ़ॉल्ट: 3)
-फ़्रेड64 [हाँ|नहीं]
फास्टक्यू प्रारूप के लिए phred64 स्कोर का उपयोग करें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)
-मदद
बुनियादी विकल्पों के लिए सहायता प्रदर्शित करें और बाहर निकलें
-सहायता+
सभी विकल्पों के लिए सहायता प्रदर्शित करें और बाहर निकलें
-संस्करण
संस्करण की जानकारी प्रदर्शित करें और बाहर निकलें
रिपोर्टिंग बग
बग की रिपोर्ट करें[ईमेल संरक्षित]>.
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