गुस्ताफ़ - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

गुस्ताफ - गुस्ताफ - जेनेरिक मल्टी-स्प्लिट एलाइनमेंट फाइंडर: स्प्लिट-रीड मैपिंग के लिए टूल
एकाधिक विभाजन की अनुमति देना।

SYNOPSIS

गुस्ताफ [विकल्प]

वर्णन

गुस्ताफ़ विभिन्न धागों पर स्थानीय मिलान के रूप में विभाजन खोजने के लिए SeqAns STELLAR का उपयोग करता है
गुणसूत्र. इन मैचों को श्रृंखलाबद्ध करने के मानदंड और दंड निर्दिष्ट किए जा सकते हैं। उत्पादन
फ़ाइल में सर्वोत्तम श्रृंखला के साथ ब्रेकप्वाइंट शामिल हैं।

जीनोम फ़ाइल का उपयोग डेटाबेस इनपुट के रूप में किया जाता है, रीड फ़ाइल का उपयोग क्वेरी इनपुट के रूप में किया जाता है।

सभी तारकीय विकल्प समर्थित हैं। STELLAR मापदंडों के लिए STELLAR दस्तावेज़ देखें
और विकल्प.

(सी) 2011-2012 कैथरीन ट्रैपे द्वारा

-h, --मदद

यह सहायता संदेश प्रदर्शित करता है।

--संस्करण

संस्करण जानकारी प्रदर्शित करें

गुस्ताफ़ विकल्प:

मुख्य विकल्प:

-टीपीई, --ट्रांसपेन INT

इंटरक्रोमोसोमल ट्रांसलोकेशन पेनल्टी डिफ़ॉल्ट: 5.

-आईपी, --invPen INT

व्युत्क्रम दंड डिफ़ॉल्ट: 5.

-ओपी, --ऑर्डरपेन INT

इंट्राक्रोमोसोमल ऑर्डर परिवर्तन दंड डिफ़ॉल्ट: 0.

-ओथ, --ओवरलैपथ्रेश डबल

मैचों के बीच अनुमत ओवरलैप डिफ़ॉल्ट: 0.5.

-जी, --गैपथ्रेश INT

मैचों के बीच अनुमत अंतराल लंबाई डिफ़ॉल्ट: 10.

-इथ, --initGapThresh INT

पढ़ने के आरंभ और अंत में अनुमत प्रारंभिक या अंतिम अंतराल लंबाई डिफ़ॉल्ट: 15।

-ST, --सहयोग INT

समर्थन पढ़ने की संख्या डिफ़ॉल्ट: 2.

इनपुट विकल्प:

-m, --मैचफ़ाइल फ़ाइल

(तारकीय) की फ़ाइल मान्य फ़ाइल प्रकार से मेल खाती है: जीएफएफ और जीएफएफ।

आउटपुट विकल्प:

-बीपीओ, --ब्रेकप्वाइंटआउट फ़ाइल

ब्रेकप्वाइंट आउटपुट फ़ाइल का नाम. मान्य फ़ाइल प्रकार हैं: gff और txt। गलती करना:
ब्रेकप्वाइंट.gff.

-j, --कार्य नाम एसटीआर

कार्य/कतार का नाम डिफ़ॉल्ट: .

-करना, --बिंदु

डॉट प्रारूप में ग्राफ़ आउटपुट सक्षम करें

तारकीय विकल्प:

मुख्य विकल्प:

-e, --एप्सिलॉन NUM

अधिकतम त्रुटि दर (अधिकतम 0.25)। रेंज में [0.0000001..0.25]। डिफ़ॉल्ट: 0.05।

-l, --न्यूनतमलंबाई NUM

एप्सिलॉन-मैचों की न्यूनतम लंबाई। रेंज में [0..inf]। डिफ़ॉल्ट: 100.

-f, --आगे

केवल डेटाबेस के फॉरवर्ड स्ट्रैंड में खोजें।

-r, --उलटना

केवल डेटाबेस के विपरीत पूरक में खोजें।

-a, --वर्णमाला एसटीआर

इनपुट अनुक्रमों के वर्णमाला प्रकार (डीएनए, आरएनए, डीएनए 5, आरएनए 5, प्रोटीन, चार)। डीएनए में से एक,
डीएनए5, आरएनए, आरएनए5, प्रोटीन और चार।

-v, --शब्दशः

वर्बोसिटी मोड सेट करें।

फ़िल्टरिंग विकल्प:

-k, --किमर NUM

क्यू-ग्राम की लंबाई (अधिकतम 32)। रेंज में [1..32]।

-आरपी, --दोहराव अवधि NUM

कम जटिलता की अधिकतम अवधि फ़िल्टर करने के लिए दोहराई जाती है। डिफ़ॉल्ट: 1.

-अरे, --रिपीट लेंथ NUM

कम जटिलता की न्यूनतम लंबाई फ़िल्टर किए जाने के लिए दोहराई जाती है। डिफ़ॉल्ट: 1000।

-c, --बहुतायत कट NUM

k-मेर अधिकता कटौती अनुपात। सीमा में [0..1]। डिफ़ॉल्ट: 1.

सत्यापन विकल्प:

-x, --xड्रॉप NUM

विस्तार के लिए अधिकतम एक्स-ड्रॉप। डिफ़ॉल्ट: 5.

-बनाम, --सत्यापन एसटीआर

सत्यापन रणनीति: सटीक या सर्वोत्तमस्थानीय या बैंडेडग्लोबल सटीक, सर्वोत्तम स्थानीय में से एक,
और बैंडेड ग्लोबल। डिफ़ॉल्ट: सटीक।

-डीटी, --अक्षम थ्रेश NUM

एक क्वेरी के लिए सत्यापन अक्षम करने से पहले सत्यापित मिलानों की अधिकतम संख्या
अनुक्रम (डिफ़ॉल्ट अनंत)। रेंज में [0..inf]।

-n, --numMatches NUM

प्रति क्वेरी और डेटाबेस में रखे गए मैचों की अधिकतम संख्या। यदि स्टेलर अधिक पाता है
मैच, केवल सबसे लंबे समय तक रखा जाता है। डिफ़ॉल्ट: 50.

-s, --सॉर्टथ्रेश NUM

डुप्लीकेट हटाने को ट्रिगर करने वाले मैचों की संख्या। के लिए छोटा मान चुनें
अंतरिक्ष की बचत। डिफ़ॉल्ट: 500।

VERSION

गुस्ताफ़ संस्करण: 1.0 अंतिम अद्यतन जुलाई 2012

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