hhconsensus - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

hhconsensus - A3M/FASTA इनपुट फ़ाइल के लिए सर्वसम्मति अनुक्रम की गणना करें

SYNOPSIS

hhआम सहमति -i [विकल्पों]

वर्णन

HHconsensus संस्करण 2.0.16 (जनवरी 2013) एक के लिए सर्वसम्मति अनुक्रम की गणना करें
A3M/FASTA इनपुट फ़ाइल। (सी) जोहान्स सोडिंग, माइकल रेमर्ट, एंड्रियास बीगर्ट, एंड्रियास
हॉसर रेमर्ट एम, बीगर्ट ए, हॉसर ए, और सोडिंग जे. एचएचब्लिट्स: बिजली की तेजी से चलने वाली पुनरावृत्ति
एचएमएम-एचएमएम संरेखण द्वारा प्रोटीन अनुक्रम खोज। नेट. विधियाँ 9:173-175 (2011)।

-i
क्वेरी संरेखण (A2M, A3M, या FASTA), या क्वेरी HMM

उत्पादन विकल्प हैं:
-s
FASTA में सर्वसम्मति अनुक्रम जोड़ें (default=)

-o
A3M में सर्वसम्मति अनुक्रम के साथ संरेखण लिखें

-oa3m
वही

-oa2m
A2M में सर्वसम्मति अनुक्रम के साथ संरेखण लिखें

-के रूप में
FASTA में सर्वसम्मति अनुक्रम के साथ संरेखण लिखें

-v
वर्बोज़ मोड: 0:कोई स्क्रीन आउटपुट नहीं 1:केवल चेतावनी 2: वर्बोज़

फ़िल्टर निवेश संरेखण (विकल्प कर सकते हैं be संयुक्त):
-याद [0,100] अधिकतम जोड़ीवार अनुक्रम पहचान (%) (def=100)

-अंतर [0,inf[ कम से कम इसे ध्यान में रखते हुए, अनुक्रमों के सबसे विविध सेट को फ़िल्टर करें

>50 कॉलम के प्रत्येक ब्लॉक में कई अनुक्रम (def=0)

-कोव [0,100] क्वेरी के साथ न्यूनतम कवरेज (%) (def=0)

-qid [0,100] क्वेरी के साथ न्यूनतम अनुक्रम पहचान (%) (def=0)

-क्यूएससी [0,100] क्वेरी के साथ प्रति कॉलम न्यूनतम स्कोर (def=-20.0)

निवेश संरेखण प्रारूप:
-M a2m A2M/A3M का उपयोग करें (डिफ़ॉल्ट): अपर केस = मिलान; लोअरकेस = सम्मिलित करें; '-' = हटाएँ; '.' =
आवेषण से जुड़े अंतराल (छोड़े जा सकते हैं)

-M प्रथम
FASTA का उपयोग करें: पहले अनुक्रम में अवशेष वाले कॉलम मिलान स्थिति हैं

-M [0,100]
FASTA का उपयोग करें: X% से कम अंतराल वाले कॉलम मिलान स्थिति हैं

अन्य विकल्प हैं:
-जोड़ता है PSIPRED से अनुमानित माध्यमिक संरचना जानकारी जोड़ें

उदाहरण: hhआम सहमति -i stdin -s stdout

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन hhconsensus का उपयोग करें