iqtree-omp - क्लाउड में ऑनलाइन

उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर पर ऑनवर्क्स मुफ्त होस्टिंग प्रदाता में iqtree-omp चलाएं

यह कमांड iqtree-omp है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।

उबंटू में चलाएं फेडोरा में दौड़ें विंडोज सिम में चलाएं मैकोज़ सिम में चलाएं

कार्यक्रम:

नाम

iqtree-omp - अधिकतम संभावना (मल्टीप्रोसेसर) द्वारा कुशल फ़ाइलोजेनेटिक सॉफ़्टवेयर
संस्करण)

SYNOPSIS

iqtree-omp -s [विकल्प]

वर्णन

Linux 1.3.11.1-बिट के लिए IQ-TREE मल्टीकोर संस्करण 64 फरवरी 1 2016 को निर्मित कॉपीराइट ©
2011-2015 गुयेन लैम तुंग, ओल्गा चेर्नोमोर, अरंड्ट वॉन हेसेलर और बुई क्वांग मिन्ह।

सामान्य विकल्प:
-? या -h
यह सहायता संवाद प्रिंट कर रहा है

-s
PHYLIP/FASTA/NEXUS/CLUSTAL/MSF प्रारूप में इनपुट संरेखण

-ST
BIN, DNA, AA, NT2AA, CODON, MORPH (डिफ़ॉल्ट: ऑटो-डिटेक्ट)

-q
एज-लिंक्ड पार्टीशन मॉडल (NEXUS/RAxML फॉर्मेट में फाइल)

-एसपीपी पसंद -q विकल्प लेकिन विभाजन-विशिष्ट दरों की अनुमति

-एसपी एज-अनलिंक किए गए विभाजन मॉडल (जैसे -M आरएएक्सएमएल का विकल्प)

-t | बायोनज | यादृच्छिक रूप से
प्रारंभिक वृक्ष (डिफ़ॉल्ट: 100 पारसीमोनी पेड़ और BIONJ)

-ते पसंद -t लेकिन उपयोगकर्ता ट्री को ठीक करना (कोई ट्री खोज नहीं की गई)

-o
.treefile . लिखने के लिए आउटग्रुप टैक्सोन नाम

-पूर्व
का उपयोग करते हुए आउटपुट फ़ाइलों के लिए (डिफ़ॉल्ट: aln/विभाजन)

-एनटीई <#cpu_cores>
उपयोग करने के लिए कोर/थ्रेड्स की संख्या (आवश्यक)

बीज
यादृच्छिक बीज संख्या, आमतौर पर डिबगिंग उद्देश्य के लिए उपयोग की जाती है

-v, -वीवी, -वीवीवी
वर्बोज़ मोड, स्क्रीन पर अधिक संदेश प्रिंट करना

नया स्टोकेस्टिक पेड़ खोजे कलन विधि:
-पीएलई फ़ाइलोजेनेटिक संभावना पुस्तकालय (पीएलएल) का प्रयोग करें (डिफ़ॉल्ट: बंद)

-नम्पारस
प्रारंभिक पारसीमोनी पेड़ों की संख्या (डिफ़ॉल्ट: 100)

-टॉपर्स
सबसे अच्छे पार्सिमनी पेड़ों की संख्या (डिफ़ॉल्ट: 20)

-स्प्र्राड
पारसीमोनी एसपीआर खोज के लिए त्रिज्या (डिफ़ॉल्ट: 6)

-सुमकंद
उम्मीदवार ट्री सेट का आकार (डिफ़ॉल्ट: 5)

-पर्स
यादृच्छिक एनएनआई के लिए परेशानी शक्ति (डिफ़ॉल्ट: 0.5)

-ऑलनि
अधिक गहन एनएनआई खोज करें (डिफ़ॉल्ट: बंद)

-नमस्टॉप
रोकने के लिए असफल पुनरावृत्तियों की संख्या (डिफ़ॉल्ट: 100)

-n <#पुनरावृत्ति>
पुनरावृत्तियों की संख्या को <#iterations> पर ठीक करें (डिफ़ॉल्ट: स्वतः)

-आईक्यूपी IQP ट्री गड़बड़ी का उपयोग करें (डिफ़ॉल्ट: यादृच्छिक NNI)

-इक्पन्नी
पुराने IQPNNI ट्री सर्च एल्गोरिथम पर वापस जाएँ

ultrafast बूटस्ट्रैप:
-बीबी <#प्रतिकृति>
अल्ट्राफास्ट बूटस्ट्रैप (>=1000)

-डब्ल्यूबीटी .ufboot फ़ाइल में बूटस्ट्रैप ट्री लिखें (डिफ़ॉल्ट: कोई नहीं)

-डब्ल्यूबीटीएलई पसंद -डब्ल्यूबीटी लेकिन शाखा की लंबाई भी लिखना

-एनएम <#पुनरावृत्ति>
पुनरावृत्तियों की अधिकतम संख्या (डिफ़ॉल्ट: 1000)

-नस्टेप <#iterations> #UFboot स्टॉपिंग नियम के लिए पुनरावृत्तियां (डिफ़ॉल्ट: 100)

-बकोर
न्यूनतम सहसंबंध गुणांक (डिफ़ॉल्ट: 0.99)

-बीपीएस
टाई तोड़ने के लिए आरईएल एप्सिलॉन (डिफ़ॉल्ट: 0.5)

मानक गैर-पैरामीट्रिक बूटस्ट्रैप:
-b <#प्रतिकृति>
बूटस्ट्रैप + एमएल ट्री + सर्वसम्मति ट्री (>=100)

-बी सी <#प्रतिकृति>
बूटस्ट्रैप + सर्वसम्मति का पेड़

-बस <#प्रतिकृति>
केवल बूटस्ट्रैप

एकमात्र शाखा परीक्षा:
-अलर्ट <#प्रतिकृति>
एसएच-जैसे अनुमानित संभावना अनुपात परीक्षण (एसएच-एएलआरटी)

-अलर्ट 0
पैरामीट्रिक aLRT परीक्षण (अनीसिमोवा और गास्कुएल 2006)

-अबायस
अनुमानित बेयस परीक्षण (अनीसिमोवा एट अल। 2011)

-एलबीपी <#प्रतिकृति>
तेज़ स्थानीय बूटस्ट्रैप संभावनाएं

स्वत: आदर्श चयन:
-m टेस्टोनली
मानक मॉडल चयन (जैसे jModelTest, ProtTest)

-m टेस्ट
पसंद -m टेस्टनली लेकिन उसके बाद वृक्ष पुनर्निर्माण

-m टेस्टन्यूनली
FreeRate (+R) विषमता सहित नए मॉडल का चयन

-m परीक्षण समाचार
पसंद -m टेस्टन्यूनली लेकिन उसके बाद ट्री पुनर्निर्माण

-m टेस्टमर्जियोनली
सबसे उपयुक्त विभाजन योजना चुनें (जैसे कि पार्टिशनफाइंडर)

-m टेस्टमर्ज
पसंद -m परीक्षण केवल लेकिन उसके बाद वृक्ष पुनर्निर्माण

-m टेस्टन्यूमर्जियोनली
पसंद -m परीक्षण केवल लेकिन इसमें फ्रीरेट विषमता शामिल है

-m टेस्टन्यूमर्ज
पसंद -m TESTNEWMERGEON केवल वृक्ष पुनर्निर्माण के बाद

-आरक्लस्टर
विभाजन जोड़े का प्रतिशत (आराम से क्लस्टरिंग alg.)

-मसेट कार्यक्रम
अन्य प्रोग्राम (यानी, raxml, phyml or .) द्वारा समर्थित मॉडलों के लिए खोज को प्रतिबंधित करें
एमआरबीयस)

-मसेट एम1,...,एमके
खोज को अल्पविराम से अलग की गई सूची में मॉडल तक सीमित करें (उदा -मसेट वैग, एलजी, जेटीटी)

-मसुब स्रोत
विशिष्ट स्रोतों (अर्थात, परमाणु,
माइटोकॉन्ड्रियल, क्लोरोप्लास्ट या वायरल)

-एमएफआरईक्यू एफ1,...,एफके
राज्य आवृत्तियों की सूची का उपयोग करने के लिए खोज को प्रतिबंधित करें (डिफ़ॉल्ट प्रोटीन: -एमएफआरईक्यू एफयू, एफ;
कोडन: -एमएफआरईक्यू , F1x4, F3x4, F)

-मरेट आर1,...,आरके
दर-दर-साइट मॉडल की सूची का उपयोग करने के लिए खोज को प्रतिबंधित करें (जैसे -मरेट
ई, आई, जी, आई + जी, आर)

-सेमिन
फ्रीरेट मॉडल के लिए न्यूनतम #श्रेणियां [+R] (डिफ़ॉल्ट: 2)

-सीमैक्स
फ्रीरेट मॉडल [+R] के लिए अधिकतम #श्रेणियां (डिफ़ॉल्ट: 10)

???मेरिट एआईसी|एआईसीसी|बीआईसी
उपयोग करने के लिए इष्टतमता मानदंड (डिफ़ॉल्ट: सभी)

-मट्री माना जाने वाले प्रत्येक मॉडल के लिए पूर्ण वृक्ष खोज करना

-मेरेडो पहले गणना किए गए मॉडल परिणामों को अनदेखा करना (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-मद एमएक्स1,...,एमएक्सके
विचार करने के लिए मिश्रण मॉडल की सूची

-एमडीईएफ़
एक मॉडल परिभाषा NEXUS फ़ाइल (मैन्युअल देखें)

प्रतिस्थापन मॉडल:
-m

डीएनए: HKY (डिफ़ॉल्ट), JC, F81, K2P, K3P, K81uf, TN/TrN, TNef,
TIM, TIMef, TVM, TVMef, SYM, GTR, या 6-अंकीय मॉडल विनिर्देश (जैसे, 010010 =
एचकेवाई)

प्रोटीन: WAG (डिफ़ॉल्ट), पॉइसन, cpREV, mtREV, डेहॉफ, mtMAM,
JTT, LG, mtART, mtZOA, VT, rtREV, DCMut, PMB, HIVb, HIVw, JTTDCMut, FLU, Blosum62

प्रोटीन मिश्रण: C10,...,C60, EX2, EX3, EHO, UL2, UL3, EX_EHO, LG4M, LG4X,
जेटीटीसीएफ4जी

बाइनरी: JC2 (डिफ़ॉल्ट), GTR2

अनुभवजन्य कोडन: KOSI07, SCHN05

यांत्रिक कोडन: GY (डिफ़ॉल्ट), MG, MGK, GY0K, GY1KTS, GY1KTV, GY2K,
MG1KTS, MG1KTV, MG2K

अर्ध-अनुभवजन्य कोडन: XX_YY जहां XX अनुभवजन्य है और YY यंत्रवत मॉडल है

आकृति विज्ञान/एसएनपी: एमके (डिफ़ॉल्ट), आदेशित

अन्यथा: उपयोगकर्ता-मॉडल पैरामीटर वाली फ़ाइल का नाम
(दर पैरामीटर और राज्य आवृत्तियों)

-m +F या +FO या +FU या +FQ (डिफ़ॉल्ट: ऑटो)
गिना, अनुकूलित, उपयोगकर्ता-परिभाषित, समान राज्य आवृत्ति

-m +F1x4 या +F3x4
कोडन आवृत्तियों

-m +एएससी
रूपात्मक/एसएनपी डेटा के लिए निर्धारण पूर्वाग्रह सुधार

-m "मिक्स{एम1,...एमके}"
K घटकों के साथ मिश्रण मॉडल

-m "FMIX{f1,...fK}"
K घटकों के साथ आवृत्ति मिश्रण मॉडल

-मवोप्ट मिश्रण भार का अनुकूलन चालू करें (डिफ़ॉल्ट: कोई नहीं)

दर विषमता:
-m +I या +G[n] या +I+G[n] या +R[n]
इनवार, गामा, इनवर+गामा, या फ्रीरेट मॉडल जहां 'एन' श्रेणियों की संख्या है
(डिफ़ॉल्ट: n=4)

-a
साइट दरों के लिए गामा आकार पैरामीटर (डिफ़ॉल्ट: अनुमान)

-गमेडियन
गामा दर श्रेणी के लिए कंप्यूटिंग माध्य (डिफ़ॉल्ट: माध्य)

--टेस्ट-अल्फा
+I+G मॉडल पैरामीटर के लिए अधिक गहन अनुमान

-i
अपरिवर्तनीय साइटों का अनुपात (डिफ़ॉल्ट: अनुमान)

-मह Meyer & von Haeseler (2003) का उपयोग करके .mhrate फ़ाइल में साइट-विशिष्ट दरों की गणना करना
तरीका

टेस्ट OF आदर्श एकरूपता:
-m सबसे सफ़ेद
वीस एंड वॉन हेसेलर (2003) का उपयोग करके परीक्षण मॉडल (जीटीआर + जी) समरूपता धारणा
तरीका

-एनएस <#सिमुलेशन>
# शून्य-वितरण प्राप्त करने के लिए सिमुलेशन (डिफ़ॉल्ट: 1000)

आम सहमति पुनर्निर्माण:
-t
आम सहमति पुनर्निर्माण के लिए इनपुट ट्री का सेट

-मिनसुप
सीमा में न्यूनतम विभाजन समर्थन [0,1]; 0.5 बहुमत-नियम आम सहमति के लिए (डिफ़ॉल्ट: 0, अर्थात
विस्तारित सहमति)

द्विपक्षीय
फेंकना की शुरुआत में पेड़

-कोन .contree फ़ाइल के लिए सर्वसम्मति के पेड़ की गणना

-नेट .नेक्स फ़ाइल के लिए सर्वसम्मति नेटवर्क की गणना

-सुप
के लिए समर्थन मान निर्दिष्ट करना से .suptree

-सुप्टैग
ट्री आईडी असाइन करने के लिए नोड नाम (या सभी) जहां नोड होता है

रॉबिन्सन-फौल्ड्स दूरी:
-rf_all
पेड़ों की सभी-से-सभी आरएफ दूरी की गणना

-आरएफ
में संग्रहीत पेड़ों के दो सेटों के बीच सभी आरएफ दूरियों की गणना करना तथा

-rf_adj
आसन्न पेड़ों की आरएफ दूरी की गणना

पेड़ टोपोलॉजी परीक्षा:
-z
उपयोगकर्ता पेड़ों के एक सेट का मूल्यांकन

-ज़ब <#प्रतिकृति>
पारित पेड़ों के लिए बीपी, केएच, एसएच, ईएलडब्ल्यू परीक्षण करना -z

-जेडडब्ल्यूई भारित-केएच और भारित-एसएच परीक्षण भी करना

उत्पादक RANDOM पेड़:
-r
यूल-हार्डिंग मॉडल के तहत एक यादृच्छिक पेड़ बनाएं।

-रू
यूनिफ़ॉर्म मॉडल के तहत एक रैंडम ट्री बनाएं।

-आरसीएटी
एक यादृच्छिक कैटरपिलर पेड़ बनाएँ।

-रबाली
एक यादृच्छिक संतुलित वृक्ष बनाएँ।

-आरसीएसजी
एक रैंडम सर्कुलर स्प्लिट नेटवर्क बनाएं।

-रेलें
यादृच्छिक पेड़ों की न्यूनतम, माध्य और अधिकतम शाखा लंबाई।

कई तरह का:
-डब्ल्यूटी .treels फ़ाइल में स्थानीय रूप से इष्टतम पेड़ लिखें

-ब्लफिक्स उपयोगकर्ता ट्री की शाखा की लंबाई को ठीक करें -ते

-ब्लमिन अनुकूलन के लिए न्यूनतम शाखा लंबाई (डिफ़ॉल्ट 0.000001)

-ब्लमैक्स अनुकूलन के लिए अधिकतम शाखा लंबाई (डिफ़ॉल्ट 100)

-डब्ल्यूएसएलई साइट लॉग-संभावनाएं .sitelh फ़ाइल में लिखें

-डब्ल्यूएसएलआर साइट लॉग-संभावना प्रति दर श्रेणी लिखें

-डब्ल्यूएसएलएम साइट लॉग-संभावनाएं प्रति मिश्रण वर्ग लिखें

-डब्ल्यूएसएलएमआर साइट लॉग-संभावनाएं प्रति मिश्रण+दर वर्ग लिखें

-फकॉन्स्टा एफ1,...,एफएन
संरेखण में स्थिर पैटर्न जोड़ें (N=#nstates)

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके iqtree-omp का ऑनलाइन उपयोग करें