kmc_tools-filter - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

kmc_tools-filter - बहुत कम संख्या में k-mers के साथ रीड्स को फ़िल्टर करें

SYNOPSIS

kmc_tools फ़िल्टर [kmc_input_db_params]
[input_read_set_params] [आउटपुट_रीड_सेट_पैराम्स]

वर्णन

यह कमांड बहुत कम संख्या में के-मर्स के साथ रीड्स को फ़िल्टर करता है।

विकल्प

K-mers डेटाबेस के लिए अतिरिक्त पैरामीटर हैं:

-सीआई
से कम होने वाले k-mers को बाहर करें बार

-सीएक्स
से अधिक होने वाले k-mers को बाहर करें बार

रीड्स के इनपुट सेट के लिए अतिरिक्त पैरामीटर हैं:

-सीआई
मान से कम k-mer वाले रीड्स हटाएं। यह पूर्णांक या फ़्लोटिंग संख्या हो सकती है
सीमा में [0.0;1.0]

-सीआई
मान से अधिक k-mers वाले रीड्स को हटा दें। यह पूर्णांक या फ़्लोटिंग संख्या हो सकती है
सीमा में [0.0;1.0]

-एफ
FASTA प्रारूप (-fa), FASTQ प्रारूप (-fq) में इनपुट; डिफ़ॉल्ट: FASTQ

रीड्स के आउटपुट सेट के लिए अतिरिक्त पैरामीटर हैं:

-एफ
FASTA प्रारूप (-fa), FASTQ प्रारूप (-fq) में आउटपुट; डिफ़ॉल्ट: इनपुट के समान

उदाहरण

kmc_tools फ़िल्टर kmc_db -ci3 इनपुट.fastq -ci0.5 -cx1.0 फ़िल्टर किया गया.fastq
kmc_tools फ़िल्टर kmc_db इनपुट.fastq -ci10 -cx100 फ़िल्टर किया गया.fastq

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