यह कमांड last-train है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator या MAC OS online emulator में से किसी एक का उपयोग करके OnWorks मुफ्त होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
अंतिम-ट्रेन - दिए गए अनुक्रमों को संरेखित करने के लिए उपयुक्त स्कोर पैरामीटर खोजने का प्रयास करें
SYNOPSIS
आखिरी ट्रेन LastDB-नाम अनुक्रम-फ़ाइल(फ़ाइलें)
वर्णन
दिए गए अनुक्रमों को संरेखित करने के लिए उपयुक्त स्कोर पैरामीटर ढूंढने का प्रयास करें।
विकल्प
-h, --मदद
यह सहायता संदेश दिखाएं और बाहर निकलें
प्रशिक्षण विकल्प:
--रेवसिम
बल रिवर्स-पूरक समरूपता
--मत्स्यम
बल सममित प्रतिस्थापन मैट्रिक्स
--गैप्सिम
बल सम्मिलन/विलोपन समरूपता
--पिडी=पीआईडी
> PID% पहचान के साथ संरेखण छोड़ें (डिफ़ॉल्ट: 100)
प्रारंभिक पैरामीटर विकल्प:
-r स्कोर
मिलान स्कोर (डिफ़ॉल्ट: 6 यदि Q>0, अन्यथा 5)
-q लागत
बेमेल लागत (डिफ़ॉल्ट: 18 यदि Q>0, अन्यथा 5)
-p नाम
मिलान/बेमेल स्कोर मैट्रिक्स
-a लागत
अंतर अस्तित्व लागत (डिफ़ॉल्ट: 21 यदि Q>0, अन्यथा 15)
-b लागत
अंतर विस्तार लागत (डिफ़ॉल्ट: 9 यदि Q>0, अन्यथा 3)
-A लागत
सम्मिलन अस्तित्व लागत
-B लागत
सम्मिलन विस्तार लागत
संरेखण विकल्प:
-D LENGTH
यादृच्छिक संरेखण के अनुसार क्वेरी अक्षर (डिफ़ॉल्ट: 1e6)
-E EG2 प्रति वर्ग गीगा अधिकतम अपेक्षित संरेखण
-s किनारा
0=उल्टा, 1=आगे, 2=दोनों (डिफ़ॉल्ट: यदि DNA हो तो 2, अन्यथा 1)
-S नंबर
स्कोर मैट्रिक्स निम्नलिखित के आगे के स्ट्रैंड पर लागू होता है: 0=संदर्भ, 1=प्रश्न (डिफ़ॉल्ट: 1)
-T नंबर
संरेखण का प्रकार: 0=स्थानीय, 1=ओवरलैप (डिफ़ॉल्ट: 0)
-m COUNT
प्रति क्वेरी स्थिति अधिकतम प्रारंभिक मिलान (डिफ़ॉल्ट: 10)
-P सूत्र
समानांतर धागों की संख्या
-Q नंबर
इनपुट प्रारूप: 0=फास्टा, 1=फास्टक्यू-सेंगर
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