mdrun_mpi_d.mpich - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

gmx-mdrun - अनुकरण करें, सामान्य मोड विश्लेषण करें या ऊर्जा न्यूनीकरण करें

SYNOPSIS

जीएमएक्स एमड्रन [-s [<.tpr>]] [-सीपीआई [<.सीपीटी>]] [-table [<.xvg>]]
[-टैबलेटफ [<.xvg>]] [-टेबलपी [<.xvg>]] [-टेबलबी [<.xvg>]]
[-रेरुन [<.xtc/.trr/...>]] [-ईआई [<.edi>]]
[-मल्टीडिर [ [...]]] [-मेम्बेड [<.डेट>]] [-एमपी [<.शीर्ष>]]
[-एमएन [<.ndx>]] [-o [<.trr/.cpt/...>]] [-x [<.xtc/.tng>]]
[-सीपीओ [<.सीपीटी>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.लॉग>]] [-डीएचडीएलई [<.xvg>]] [-मैदान [<.xvg>]]
[-टीपीआई [<.xvg>]] [-टीपीआईडी [<.xvg>]] [-ईओ [<.xvg>]]
[-भक्त [<.xvg>]] [-रुनावी [<.xvg>]] [-पीएक्स [<.xvg>]]
[-पीएफ [<.xvg>]] [-- [<.xvg>]] [-फ्रॉग [<.लॉग>]] [-आरएस [<.लॉग>]]
[-आरटी [<.लॉग>]] [-एमटीएक्स [<.एमटीएक्स>]] [-डीएन [<.ndx>]]
[-अगर [<.xvg>]] [-स्वैप [<.xvg>]] [-डेफएनएम ]
[-xvg ] [-डीडी ] [-डॉर्डर ]
[-एनपीएमई ] [-एनटीई ] [-एनटीएमपीआई ] [-नटॉम्प ]
[-ntomp_pme ] [-pin ] [-पिनऑफसेट ]
[-पिनस्ट्राइड ] [-जीपीयू_आईडी ] [-[नहीं]डीडीचेक]
[-आरडीडी ] [-रकोन ] [-डीएलबी ] [-डीडीएस ]
[-जीकॉम ] [-एनबीई ] [-नस्टलिस्ट ] [-[नहीं]ट्यूनपमे]
[-[नहीं]वी] [- [नहीं] कॉम्पैक्ट] [-पीफोर्स ] [- [नहीं] पुनरुत्पादन]
[-सीपीटी ] [-[नहीं]सीपीनम] [-[नहीं]परिशिष्ट] [-नस्टेप्स ]
[-मैक्सहो ] [-मल्टी ] [-रिप्लेक्स ] [-नेक्स ]
[-रिसेड ]

वर्णन

इस संस्करण of la कार्यक्रम मर्जी केवल रन जब का उपयोग la एमपीआईसीएच समानांतर कंप्यूटिंग
पुस्तकालय। देख mpirun(1). उपयोग la साधारण GMX(1) कार्यक्रम एसटी परम्परागत एकल थ्रेड
आपरेशनों।

GMX मद्रुन GROMACS के भीतर मुख्य कम्प्यूटेशनल केमिस्ट्री इंजन है। जाहिर है, यह
आणविक गतिशीलता सिमुलेशन करता है, लेकिन यह स्टोकेस्टिक डायनेमिक्स भी कर सकता है,
ऊर्जा न्यूनीकरण, परीक्षण कण सम्मिलन या (पुनः) ऊर्जा की गणना। सामान्य स्थिति
विश्लेषण एक और विकल्प है। इस मामले में मद्रुन सिंगल से एक हेसियन मैट्रिक्स बनाता है
रचना. सामान्य मोड-जैसी गणनाओं के लिए, सुनिश्चित करें कि संरचना
बशर्ते ठीक से ऊर्जा-न्यूनतम हो। उत्पन्न मैट्रिक्स को द्वारा विकर्ण किया जा सकता है GMX
निमेइग.

RSI मद्रुन प्रोग्राम रन इनपुट फ़ाइल को पढ़ता है (-s) और टोपोलॉजी को रैंकों पर वितरित करता है यदि
जरूरत है। मद्रुन कम से कम चार आउटपुट फ़ाइलें उत्पन्न करता है। एक एकल लॉग फ़ाइल (-g) लिखा है।
प्रक्षेपवक्र फ़ाइल (-o), निर्देशांक, वेग और वैकल्पिक रूप से बल शामिल हैं। NS
संरचना फ़ाइल (-c) में अंतिम चरण के निर्देशांक और वेग होते हैं। शक्ति
फ़ाइल (-e) में ऊर्जा, तापमान, दबाव आदि शामिल हैं, इनमें से बहुत सी चीजें हैं
लॉग फ़ाइल में भी मुद्रित। वैकल्पिक रूप से निर्देशांक को संपीड़ित में लिखा जा सकता है
प्रक्षेपवक्र फ़ाइल (-x).

विकल्प -डीएचडीएलई केवल तभी उपयोग किया जाता है जब निःशुल्क ऊर्जा गणना चालू हो।

mdrun को समानांतर में कुशलतापूर्वक चलाना एक जटिल विषय है, जिसके कई पहलू हैं
ऑनलाइन उपयोगकर्ता गाइड में शामिल है। आपको कई का उपयोग करने पर व्यावहारिक सलाह के लिए वहां देखना चाहिए
mdrun में उपलब्ध विकल्पों में से।

ईडी (आवश्यक गतिशीलता) नमूनाकरण और/या अतिरिक्त बाढ़ क्षमता को किसके द्वारा चालू किया जाता है
का उपयोग -ईआई ध्वज के बाद an .edi फ़ाइल। .edi फ़ाइल के साथ उत्पादन किया जा सकता है
Make_edi टूल या WHAT IF प्रोग्राम के निबंध मेनू में विकल्पों का उपयोग करके। मद्रुन
उत्पादन करता है .xvg आउटपुट फ़ाइल जिसमें पदों, वेगों और बलों के अनुमान शामिल हैं
चयनित eigenvectors पर।

जब उपयोगकर्ता द्वारा परिभाषित संभावित कार्यों का चयन किया गया हो .एमडीपी फ़ाइल करें -table
पास करने के लिए विकल्प का उपयोग किया जाता है मद्रुन संभावित कार्यों के साथ एक स्वरूपित तालिका। फ़ाइल पढ़ी जाती है
या तो वर्तमान निर्देशिका से या से जीएमएक्सएलआईबी निर्देशिका। कई पूर्व-स्वरूपित
तालिकाओं में प्रस्तुत किया गया है जीएमएक्सएलआईबी डीआईआर, 6-8, 6-9, 6-10, 6-11, 6-12 के लिए लेनार्ड-जोन्स
सामान्य कूलम्ब के साथ क्षमता। जब जोड़ी अंतःक्रियाएं मौजूद हों, तो . के लिए एक अलग तालिका
जोड़ी इंटरैक्शन फ़ंक्शंस का उपयोग करके पढ़ा जाता है -टेबलपी विकल्प.

जब सारणीबद्ध बंधित कार्य टोपोलॉजी में मौजूद होते हैं, तो अंतःक्रियात्मक कार्य होते हैं
का उपयोग करके पढ़ें -टेबलबी विकल्प। प्रत्येक अलग-अलग सारणीबद्ध इंटरैक्शन के लिए तालिका टाइप करें
फ़ाइल का नाम एक अलग तरीके से संशोधित किया गया है: फ़ाइल एक्सटेंशन से पहले एक अंडरस्कोर है
संलग्न, फिर बांड के लिए एक 'बी', कोणों के लिए एक 'ए' या डायहेड्रल्स के लिए 'डी' और अंत में
इंटरैक्शन प्रकार की तालिका संख्या।

विकल्प -पीएक्स और -पीएफ खींचने के दौरान पुल COM निर्देशांक और बल लिखने के लिए उपयोग किया जाता है
में चयनित है .एमडीपी फ़ाइल.

अंत में कुछ प्रयोगात्मक एल्गोरिदम का परीक्षण तब किया जा सकता है जब उपयुक्त विकल्प दिए गए हों
दिया हुआ। वर्तमान में जांच के दायरे में हैं: ध्रुवीकरण।

विकल्प -मेम्बेड वही करता है जो पहले g_membed हुआ करता था, यानी एक प्रोटीन को एक झिल्ली में एम्बेड करता है।
इस मॉड्यूल के लिए कई सेटिंग्स की आवश्यकता होती है जो एक डेटा फ़ाइल में प्रदान की जाती हैं जो है
इस विकल्प का तर्क। झिल्ली एम्बेडिंग में अधिक विवरण के लिए, दस्तावेज़ीकरण देखें
उपयोगकर्ता गाइड। विकल्प -एमएन और -एमपी अनुक्रमणिका और टोपोलॉजी फ़ाइलें प्रदान करने के लिए उपयोग किया जाता है
एम्बेडिंग के लिए उपयोग किया जाता है।

विकल्प -पीफोर्स तब उपयोगी होता है जब आपको संदेह होता है कि सिमुलेशन बहुत बड़े होने के कारण क्रैश हो जाता है
ताकतों। इस विकल्प के साथ a . से बड़े बल वाले परमाणुओं के निर्देशांक और बल
निश्चित मूल्य stderr पर मुद्रित किया जाएगा।

सिस्टम की पूरी स्थिति वाले चेकपॉइंट नियमित अंतराल पर लिखे जाते हैं
(विकल्प -सीपीटी) फाइल करने के लिए -सीपीओ, जब तक विकल्प -सीपीटी -1 पर सेट है। पिछली चौकी
करने के लिए समर्थित है State_prev.cpt यह सुनिश्चित करने के लिए कि सिस्टम की हाल की स्थिति हमेशा बनी रहे
उपलब्ध है, तब भी जब एक चेकपॉइंट लिखते समय सिमुलेशन समाप्त हो जाता है। साथ में -सीपीनम
सभी चेकपॉइंट फाइलों को स्टेप नंबर के साथ रखा और जोड़ा जाता है। एक अनुकरण हो सकता है
फ़ाइल से पूरी स्थिति को विकल्प के साथ पढ़कर जारी रखा -सीपीआई. यह विकल्प बुद्धिमान है
इस तरह कि यदि कोई चेकपॉइंट फ़ाइल नहीं मिलती है, तो GROMACS केवल एक सामान्य रन मान लेता है और
के पहले चरण से शुरू होता है टीपीआर फ़ाइल। डिफ़ॉल्ट रूप से आउटपुट इसमें शामिल होगा
मौजूदा आउटपुट फ़ाइलें। चेकपॉइंट फ़ाइल में सभी आउटपुट फ़ाइलों के चेकसम होते हैं,
जैसे कि जब कुछ आउटपुट फ़ाइलें संशोधित, दूषित या
निकाला गया। के साथ तीन परिदृश्य हैं -सीपीआई:

* मेल खाने वाले नामों वाली कोई फाइल मौजूद नहीं है: नई आउटपुट फाइलें लिखी जाती हैं

* सभी फाइलें नाम और चेकसम के साथ मौजूद हैं जो चेकपॉइंट में संग्रहीत हैं
फ़ाइल: फ़ाइलें संलग्न हैं

* अन्यथा कोई भी फाइल संशोधित नहीं होती है और एक घातक त्रुटि उत्पन्न होती है

- -नहीं जोड़ें नई आउटपुट फाइलें खोली जाती हैं और सिमुलेशन पार्ट नंबर सभी में जुड़ जाता है
आउटपुट फ़ाइल नाम। ध्यान दें कि सभी मामलों में चेकपॉइंट फ़ाइल का नाम नहीं बदला जाता है और
ओवरराइट किया जाएगा, जब तक कि उसका नाम मेल नहीं खाता -सीपीओ विकल्प.

चेकपॉइंटिंग के साथ आउटपुट को पहले लिखी गई आउटपुट फाइलों में जोड़ा जाता है, जब तक कि
-नहीं जोड़ें उपयोग किया जाता है या पिछली आउटपुट फ़ाइलों में से कोई भी मौजूद नहीं है (को छोड़कर)
चेकपॉइंट फ़ाइल)। संलग्न की जाने वाली फाइलों की अखंडता को चेकसम का उपयोग करके सत्यापित किया जाता है
जो चेकपॉइंट फ़ाइल में संग्रहीत हैं। यह सुनिश्चित करता है कि आउटपुट को मिश्रित नहीं किया जा सकता है या
फ़ाइल संलग्न करने के कारण दूषित। जब केवल पिछली आउटपुट फ़ाइलें मौजूद हों,
एक घातक त्रुटि उत्पन्न होती है और कोई पुरानी आउटपुट फाइल संशोधित नहीं होती है और कोई नई आउटपुट फाइल नहीं होती है
खोले गए हैं। जोड़ने के साथ परिणाम एक ही रन के समान होगा। NS
सामग्री बाइनरी समान होगी, जब तक कि आप अलग-अलग रैंक या गतिशील का उपयोग नहीं करते हैं
लोड संतुलन या एफएफटी पुस्तकालय समय के माध्यम से अनुकूलन का उपयोग करता है।

विकल्प के साथ -मैक्सहो एक सिमुलेशन समाप्त हो गया है और एक चेकपॉइंट फ़ाइल पहले लिखी गई है
पड़ोसी खोज चरण जहां रन टाइम अधिक हो जाता है -मैक्सहो*0.99 घंटे। यह विकल्प है
सेटिंग के साथ संयोजन में विशेष रूप से उपयोगी n कदम से -1 या तो एमडीपी में या उपयोग कर रहा है
इसी तरह नामित कमांड लाइन विकल्प। यह एक अनंत रन में परिणत होता है, केवल समाप्त होता है
जब समय सीमा द्वारा निर्धारित की जाती है -मैक्सहो पहुँच जाता है (यदि कोई हो) या संकेत प्राप्त करने पर।

. मद्रुन एक टर्म सिग्नल प्राप्त करता है, यह वर्तमान चरण प्लस वन पर nsteps सेट करेगा। कब
मद्रुन एक INT संकेत प्राप्त करता है (उदाहरण के लिए जब ctrl+C दबाया जाता है), यह अगले के बाद बंद हो जाएगा
पड़ोसी खोज चरण (अगले चरण में nstlist=0 के साथ)। दोनों ही मामलों में सभी सामान्य
आउटपुट फाइल करने के लिए लिखा जाएगा। MPI के साथ चलते समय, इनमें से किसी एक को संकेत मद्रुन रैंक
पर्याप्त है, यह संकेत mpirun को नहीं भेजा जाना चाहिए या मद्रुन प्रक्रिया है कि
दूसरों के माता-पिता।

इंटरएक्टिव आणविक गतिकी (IMD) को तीन में से कम से कम एक का उपयोग करके सक्रिय किया जा सकता है
आईएमडी स्विच: The -आईएमडीटर्म स्विच से सिमुलेशन को समाप्त करने की अनुमति मिलती है
आणविक दर्शक (जैसे वीएमडी)। साथ में -इमद्वैत, मद्रुन जब भी कोई IMD क्लाइंट नहीं होता है तो रुक जाता है
जुड़े हुए। IMD रिमोट से खींचने को किसके द्वारा चालू किया जा सकता है -आईएमडीपुल. बंदरगाह मद्रुन
सुनता है द्वारा बदला जा सकता है -आईएमडीपोर्ट.फ़ाइल द्वारा इंगित किया गया -अगर परमाणु सूचकांक शामिल हैं और
बलों अगर आईएमडी खींच प्रयोग किया जाता है।

. मद्रुन एमपीआई के साथ शुरू किया गया है, यह डिफ़ॉल्ट रूप से अच्छा नहीं चलता है।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-s [<.tpr>] (टॉपोल.टीपीआर)
पोर्टेबल xdr रन इनपुट फ़ाइल

-सीपीआई [<.सीपीटी>] (राज्य सीपीटी) (वैकल्पिक)
चेकपॉइंट फ़ाइल

-table [<.xvg>] (तालिका.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-टैबलेटफ [<.xvg>] (टैबलेटf.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-टेबलपी [<.xvg>] (टेबलपी.एक्सवीजी) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-टेबलबी [<.xvg>] (तालिका.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-रेरुन [<.xtc/.trr/...>] (फिर से चलाएँ.एक्सटीसी) (वैकल्पिक)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

-ईआई [<.edi>] (सैम ईडीआई) (वैकल्पिक)
ईडी नमूना इनपुट

-मल्टीडिर [ [...]] (रुंदिर) (वैकल्पिक)
निर्देशिका चलाएँ

-मेम्बेड [<.डेट>] (सदस्य.डेट) (वैकल्पिक)
सामान्य डेटा फ़ाइल

-एमपी [<.शीर्ष>] (मेमबेड.टॉप) (वैकल्पिक)
टोपोलॉजी फ़ाइल

-एमएन [<.ndx>] (सदस्य एनडीएक्स) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.trr/.cpt/...>] (ट्रेज.टीआरआर)
पूर्ण सटीक प्रक्षेपवक्र: ट्र्र CPT TNG

-x [<.xtc/.tng>] (traj_comp.xtc) (वैकल्पिक)
संपीड़ित प्रक्षेपवक्र (टीएनजी प्रारूप या पोर्टेबल एक्सडीआर प्रारूप)

-सीपीओ [<.सीपीटी>] (राज्य सीपीटी) (वैकल्पिक)
चेकपॉइंट फ़ाइल

-c [<.gro/.g96/...>] (confout.gro)
संरचना फ़ाइल: gro g96 पीडीबी बीआरके ईएनटी विशेष

-e [<.edr>] (ener.edr)
ऊर्जा फ़ाइल

-g [<.लॉग>] (एमडी.लॉग)
लॉग फ़ाइल

-डीएचडीएलई [<.xvg>] (डीएचडीएल.एक्सवीजी) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-मैदान [<.xvg>] (फ़ील्ड.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-टीपीआई [<.xvg>] (टीपीआई.एक्सवीजी) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-टीपीआईडी [<.xvg>] (टीपीडिस्ट.एक्सवीजी) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-ईओ [<.xvg>] (edsam.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-भक्त [<.xvg>] (विचलन.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-रुनावी [<.xvg>] (रनवर.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-पीएक्स [<.xvg>] (पुलएक्स.एक्सवीजी) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-पीएफ [<.xvg>] (पुलफ.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-- [<.xvg>] (रोटेशन.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-फ्रॉग [<.लॉग>] (घूर्णन.लॉग) (वैकल्पिक)
लॉग फ़ाइल

-आरएस [<.लॉग>] (rotslabs.log) (वैकल्पिक)
लॉग फ़ाइल

-आरटी [<.लॉग>] (रोट्टोर्क.लॉग) (वैकल्पिक)
लॉग फ़ाइल

-एमटीएक्स [<.एमटीएक्स>] (एनएम.एमटीएक्स) (वैकल्पिक)
हेसियन मैट्रिक्स

-डीएन [<.ndx>] (द्विध्रुव.ndx) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

-अगर [<.xvg>] (आईएमडीफोर्स.एक्सवीजी) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-स्वैप [<.xvg>] (स्वैपियन.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-डेफएनएम
सभी फ़ाइल विकल्पों के लिए डिफ़ॉल्ट फ़ाइल नाम सेट करें

-xvg
xvg प्लॉट स्वरूपण: xmgrace, xmgr, कोई नहीं

-डीडी (0 0 0)
डोमेन अपघटन ग्रिड, 0 अनुकूलित है

-डॉर्डर (इंटरलीव)
डीडी रैंक ऑर्डर: इंटरलीव, पीपी_पीएमई, कार्टेशियन

-एनपीएमई (-1)
पीएमई के लिए उपयोग की जाने वाली अलग-अलग रैंकों की संख्या, -1 अनुमान है

-एनटीई (0)
प्रारंभ करने के लिए थ्रेड्स की कुल संख्या (0 अनुमान है)

-एनटीएमपीआई (0)
प्रारंभ करने के लिए थ्रेड-एमपीआई थ्रेड्स की संख्या (0 अनुमान है)

-नटॉम्प (0)
शुरू करने के लिए प्रति एमपीआई रैंक ओपनएमपी थ्रेड्स की संख्या (0 अनुमान है)

-ntomp_pme (0)
शुरू करने के लिए प्रति MPI रैंक में OpenMP थ्रेड्स की संख्या (0 is -ntomp)

-pin (ऑटो)
क्या mdrun को थ्रेड एफ़िनिटी सेट करने का प्रयास करना चाहिए: ऑटो, ऑन, ऑफ

-पिनऑफसेट (0)
सबसे कम तार्किक कोर संख्या जिस पर mdrun को पहला धागा पिन करना चाहिए

-पिनस्ट्राइड (0)
थ्रेड्स के लिए लॉजिकल कोर में पिनिंग दूरी, की संख्या को कम करने के लिए 0 का उपयोग करें
थ्रेड प्रति भौतिक कोर

-जीपीयू_आईडी
उपयोग करने के लिए GPU डिवाइस आईडी की सूची, GPU मैपिंग के लिए प्रति-नोड PP रैंक निर्दिष्ट करती है

-[नहीं]डीडीचेक (हाँ)
डीडी के साथ सभी बंधुआ अंतःक्रियाओं की जांच करें

-आरडीडी (0)
डीडी (एनएम), 0 के साथ बंधुआ अंतःक्रियाओं के लिए अधिकतम दूरी निर्धारित की जाती है
प्रारंभिक निर्देशांक

-रकोन (0)
पी-लिंक्स (एनएम) के लिए अधिकतम दूरी, 0 अनुमान है

-डीएलबी (ऑटो)
डायनेमिक लोड बैलेंसिंग (डीडी के साथ): ऑटो, नहीं, हां

-डीडीएस (0.8)
में अंश (0,1) जिसके व्युत्क्रम द्वारा प्रारंभिक डीडी सेल आकार में वृद्धि की जाएगी
एक मार्जिन प्रदान करने के लिए जिसमें गतिशील भार संतुलन संरक्षित करते समय कार्य कर सकता है
न्यूनतम सेल आकार।

-जीकॉम (-1)
वैश्विक संचार आवृत्ति

-एनबीई (ऑटो)
गैर-बंधुआ इंटरैक्शन की गणना करें: ऑटो, सीपीयू, जीपीयू, जीपीयू_सीपीयू

-नस्टलिस्ट (0)
वर्लेट बफर टॉलरेंस का उपयोग करते समय nstlist सेट करें (0 अनुमान है)

-[नहीं]ट्यूनपमे (हाँ)
पीपी/पीएमई रैंक या जीपीयू/सीपीयू के बीच पीएमई लोड का अनुकूलन करें

-[नहीं]वी (नहीं)
जोर से और शोर करो

- [नहीं] कॉम्पैक्ट (हाँ)
एक कॉम्पैक्ट लॉग फ़ाइल लिखें

-पीफोर्स (-1)
इससे बड़े सभी बलों को प्रिंट करें (kJ/mol nm)

- [नहीं] पुनरुत्पादन (नहीं)
बाइनरी प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्यता को प्रभावित करने वाले अनुकूलन से बचने का प्रयास करें

-सीपीटी (15)
चेकपॉइंट अंतराल (मिनट)

-[नहीं]सीपीनम (नहीं)
चेकपॉइंट फाइलों को रखें और नंबर दें

-[नहीं]परिशिष्ट (हाँ)
जोड़ने के बजाय चेकपॉइंट से जारी रखते समय पिछली आउटपुट फ़ाइलों में जोड़ें
सभी फ़ाइल नामों के लिए अनुकार भाग संख्या

-नस्टेप्स (-2)
चरणों की इस संख्या को चलाएँ, .mdp फ़ाइल विकल्प को ओवरराइड करें (-1 का अर्थ अनंत है, -2 का अर्थ है
mdp विकल्प का उपयोग करें, छोटा अमान्य है)

-मैक्सहो (-1)
इस बार 0.99 बार के बाद समाप्त करें (घंटे)

-मल्टी (0)
समानांतर में कई सिमुलेशन करें

-रिप्लेक्स (0)
इस अवधि के साथ समय-समय पर प्रतिकृति विनिमय का प्रयास करें (चरण)

-नेक्स (0)
प्रत्येक एक्सचेंज अंतराल को पूरा करने के लिए यादृच्छिक एक्सचेंजों की संख्या (एन ^ 3 एक है
सुझाव)। -नेक्स शून्य या निर्दिष्ट नहीं पड़ोसी प्रतिकृति विनिमय देता है।

-रिसेड (-1)
प्रतिकृति विनिमय के लिए बीज, -1 बीज उत्पन्न करता है

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