mincresample - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

mincresample - नए स्थानिक आयामों के साथ एक minc फ़ाइल का पुन: नमूना बनाता है

SYNOPSIS

mincresample [ ]

वर्णन

Mincresample नए स्वर के साथ नए स्थानिक आयामों के साथ एक minc फ़ाइल को फिर से नमूना देगा
पद. इनपुट फ़ाइल में प्रत्येक वॉल्यूम (स्थानिक आयाम xspace, yspace द्वारा दिया गया है
और zspace) को कमांड-लाइन विकल्पों के अनुसार पुनः नमूनाबद्ध किया गया है। गैर-स्थानिक आयाम हैं
अपने मूल क्रम में संरक्षित, लेकिन स्थानिक आयाम देने के लिए पुनः क्रमबद्ध किया जा सकता है
अनुप्रस्थ, धनु या कोरोनल छवियां। नए स्वर मानों की गणना त्रि- का उपयोग करके की जाती है
रैखिक, त्रि-घन या निकटतम-पड़ोसी प्रक्षेप।

विश्व COORDINATES

विश्व निर्देशांक कुछ भौतिक उत्पत्ति के सापेक्ष मिलीमीटर निर्देशांक को संदर्भित करते हैं
(या तो स्कैनर या कुछ संरचनात्मक संरचना)। वॉक्सेल निर्देशांक बस हैं
किसी दिए गए स्वर की छवि मात्रा में सूचकांक। उपयुक्त निर्दिष्ट करने के लिए
पुन: नमूनाकरण विकल्पों के लिए, यह समझना आवश्यक है कि MINC समन्वय रूपांतरण कैसे काम करता है।

MINC छवि वॉल्यूम का प्रत्येक आयाम नाम से निर्दिष्ट है - स्थानिक आयाम हैं
एक्सस्पेस, वाईस्पेस और जेडस्पेस। परिपाटी यह है कि सकारात्मक xspace निर्देशांक इससे चलते हैं
रोगी के बाईं ओर से दाईं ओर, सकारात्मक yspace निर्देशांक रोगी के पीछे से चलते हैं
पूर्वकाल और सकारात्मक zspace निर्देशांक निम्न से श्रेष्ठ की ओर चलते हैं। प्रत्येक के लिए
इन स्थानिक आयामों, विश्व समन्वय रूपांतरण की एक जोड़ी द्वारा निर्दिष्ट किया गया है
विशेषताएँ: कदम बढ़ाएँ और प्रारंभ करें। उदाहरण के लिए, xspace विश्व निर्देशांक की गणना x का उपयोग करके की जाती है
= v*चरण + प्रारंभ, जहां x, x विश्व निर्देशांक है और v स्वर गणना है (प्रारंभ)।
शून्य)। इस प्रकार चरण विशेषता का परिमाण स्वरों और के बीच की दूरी को निर्दिष्ट करता है
चरण विशेषता का चिह्न अक्ष के उन्मुखीकरण को निर्दिष्ट करता है।

एक और मोड़ है: MINC फ़ाइलों को गैर-ऑर्थोगोनल अक्षों के साथ रखने की अनुमति है
आयाम नामित अक्ष के साथ पूरी तरह से संरेखित नहीं हैं। एक दिशा_कोज्या हो सकती है
वह विशेषता जो अक्ष का वास्तविक अभिविन्यास बताती है। उदाहरण के लिए, सामान्यतः xspace
आयाम विश्व x अक्ष के अनुरूप होना चाहिए, अर्थात। दिशा कोज्या = (1,0,0); हालाँकि,
(0.9, 0.43589, 0) की दिशा कोज्या होना संभव है।

ये विशेषताएँ (चरण, प्रारंभ और दिशा_कोसाइन) स्वर से रूपांतरण प्रदान करती हैं
विश्व निर्देशांक से समन्वय करता है। कई तत्वों या नमूनों के साथ संयुक्त
अक्ष, वे इस बात का पूरा विवरण प्रदान करते हैं कि आउटपुट नमूनाकरण कहाँ होना चाहिए।
हालाँकि, जब हम डेटा का पुन: नमूनाकरण कर रहे होते हैं, तो हम अक्सर दुनिया के बदलाव में रुचि रखते हैं
निर्देशांक: एमआरआई स्कैनर की समन्वय प्रणाली से पीईटी स्कैनर की समन्वय प्रणाली तक,
उदाहरण के लिए, या इसके अधिग्रहण स्थान में एक मात्रा से एक मानकीकृत में समन्वय करने के लिए
अंतरिक्ष। विश्व निर्देशांक के इस परिवर्तन को a के उपयोग के माध्यम से निर्दिष्ट किया जा सकता है
परिवर्तन (.xfm) फ़ाइल। इस प्रकार, सामान्य तौर पर, पुन: नमूनाकरण में तीन शामिल होते हैं
परिवर्तन: इनपुट फ़ाइल के स्वर निर्देशांक से लेकर उसके विश्व निर्देशांक तक
(इनपुट फ़ाइल द्वारा निर्दिष्ट), इनपुट दुनिया से आउटपुट दुनिया तक समन्वयित होता है
निर्देशांक (परिवर्तन फ़ाइल द्वारा निर्दिष्ट), और आउटपुट फ़ाइल की दुनिया से
इसके स्वर निर्देशांक को निर्देशांक (कमांड-लाइन विकल्पों द्वारा निर्दिष्ट)।

सामान्य तौर पर, दिशा कोसाइन का उपयोग शायद ही कभी किया जाता है - अक्ष पुनः-अभिविन्यास एक द्वारा निर्दिष्ट किया जाता है
विश्व निर्देशांक का परिवर्तन (परिवर्तन फ़ाइल)। साथ ही, पदों का पुनः नमूनाकरण
(आउटपुट वर्ल्ड से वोक्सल रूपांतरण) अक्सर एक मॉडल फ़ाइल के सापेक्ष निर्दिष्ट किए जाते हैं (यानी।
इस फ़ाइल का दोबारा नमूना लें ताकि यह उस फ़ाइल की तरह दिखे)। हालाँकि इसके लिए कई विकल्प हैं
परिवर्तन का पूरा विवरण, आमतौर पर किसी को और अधिक निर्दिष्ट करने की आवश्यकता नहीं होती है
उनमें से कुछ की तुलना में.

विकल्प

ध्यान दें कि विकल्प संक्षिप्त रूप में निर्दिष्ट किए जा सकते हैं (जब तक वे अद्वितीय हैं) और
कमांड लाइन पर कहीं भी दिया जा सकता है।

सामान्य जानकारी विकल्पों

-2 MINC 2.0 प्रारूप आउटपुट फ़ाइलें बनाएं।

-क्लोबर
किसी मौजूदा फ़ाइल को अधिलेखित करें।

-नोक्लोबर
किसी मौजूदा फ़ाइल (डिफ़ॉल्ट) को अधिलेखित न करें।

-कहना
गणना की गई प्रत्येक स्लाइस के लिए प्रगति जानकारी प्रिंट करें (डिफ़ॉल्ट)।

-शांत प्रगति की जानकारी का प्रिंट आउट न लें।

रीसेंपलिंग विनिर्देश

विकल्प जो आउटपुट सैंपलिंग देते हैं (निम्नलिखित को छोड़कर सभी)। -परिवर्तन) रहे
उन्हें उस क्रम में पार्स किया गया जिस क्रम में वे कमांड लाइन पर दिखाई देते हैं। इस प्रकार एक आदेश के साथ की तरह
फ़ाइल.एमएनसी -ज़नेलेमेंट्स 34 -ज़स्टेप 2 फ़ाइल में जैसा एक नमूना देगा फ़ाइल.एमएनसी लेकिन
34 मिमी पर 2 नमूनों के साथ zspace एक्सिस। डिफ़ॉल्ट नमूनाकरण से लिया गया है
इनपुट फ़ाइल, किसी भी परिवर्तन के अनुसार परिवर्तित।

-परिवर्तन फ़ाइल.xfm
विश्व समन्वय परिवर्तन देने वाली फ़ाइल निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट पहचान है
परिवर्तन)।

-उलटा_परिवर्तन
उपयोग करने से पहले परिवर्तन को पलटें।

-noinvert_transformation
परिवर्तन को उल्टा न करें (डिफ़ॉल्ट)।

-tfm_input_sampling
इनपुट सैंपलिंग को ट्रांसफ़ॉर्म करें (निर्दिष्ट ट्रांसफ़ॉर्म का उपयोग करके -परिवर्तन)
डेटा के साथ और इसे डिफ़ॉल्ट नमूने (डिफ़ॉल्ट) के रूप में उपयोग करें।

-use_input_sampling
इनपुट सैंपलिंग को डिफ़ॉल्ट सैंपलिंग के रूप में उपयोग करें, जैसा कि परिवर्तन के बिना भी होता है
हालाँकि डेटा को रूपांतरित किया जा रहा है (पुराना व्यवहार)।

की तरह फ़ाइल.एमएनसी
एक मॉडल फ़ाइल निर्दिष्ट करें जो आउटपुट वर्ल्ड को वोक्सल ट्रांसफॉर्मेशन और नंबर देती है
तत्वों का (अर्थात इस फ़ाइल को इस प्रकार रूपांतरित करें कि यह उसी जैसी दिखे)।

-मानक_नमूना
नमूने को मानक मानों पर सेट करें (प्रारंभ = 0, चरण = 1, दिशा कोसाइन बिंदु
उपयुक्त अक्षों के अनुदिश)।

-स्पेसटाइप स्ट्रिंग
आउटपुट स्पेस का नाम सेट करें (आमतौर पर)। देशी____ or तलैराच_).

-तलैराच
आउटपुट स्पेस का नाम talairach_ पर सेट करें।

-इकाइयाँ स्ट्रिंग
आउटपुट स्पेस की इकाइयाँ सेट करें।

-मूल ox oy oz
पहले स्वर का निर्देशांक निर्दिष्ट करें. यह आरंभिक मान के समान नहीं है
यदि दिशा कोसाइन गैर-मानक हैं। साथ ही, शुरुआत सिर्फ एक नहीं है
अक्ष पर मूल बिंदु का लंबवत प्रक्षेपण, यह एक समानांतर प्रक्षेपण है
(जैसा कि बहुआयामी समांतर चतुर्भुज प्रक्षेपण में होता है)। रूपांतरण संभाला जाता है
इस विकल्प द्वारा ठीक से.

-तत्व nx ny nz
विश्व के प्रत्येक आयाम में तत्वों की संख्या।

-एक्सनेलेमेंट्स nx
एक्सस्पेस आयाम के साथ तत्वों की संख्या।

-येतत्व ny
वाईस्पेस आयाम के साथ तत्वों की संख्या।

-ज़नेलेमेंट्स nz
zspace आयाम के साथ तत्वों की संख्या।

-चरण एक्सस्टेप यस्टेप zstep
विश्व के प्रत्येक आयाम के साथ स्वरों के बीच कदम।

-एक्सस्टेप एक्सस्टेप
एक्सस्पेस आयाम के साथ स्वरों के बीच कदम।

-ystep यस्टेप
वाईस्पेस आयाम के साथ स्वरों के बीच कदम।

-ज़स्टेप zstep
ज़ेडस्पेस आयाम के साथ स्वरों के बीच कदम।

-शुरू xstart यस्टार्ट zstart
विश्व के प्रत्येक आयाम के साथ प्रथम स्वर के केंद्र की स्थिति।

-एक्सस्टार्ट xstart
एक्सस्पेस आयाम के साथ पहले स्वर के केंद्र की स्थिति।

-ystart यस्टार्ट
वाईस्पेस आयाम के साथ पहले स्वर के केंद्र की स्थिति।

-ज़स्टार्ट zstart
ज़स्पेस आयाम के साथ पहले स्वर के केंद्र की स्थिति।

-डिर्कोस x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
विश्व के प्रत्येक अक्ष के लिए दिशा कोसाइन।

-xdircos x1 x2 x3
एक्सस्पेस आयाम के लिए दिशा कोसाइन।

-ydircos y1 y2 y3
वाईस्पेस आयाम के लिए दिशा कोसाइन।

-zdircos z1 z2 z3
ज़ेडस्पेस आयाम के लिए दिशा कोसाइन।

आयाम आदेश

डिफ़ॉल्ट मूल आयाम क्रम को संरक्षित करना है।

-अनुप्रस्थ
अनुप्रस्थ स्लाइस लिखें.

-धनु
धनु राशि के टुकड़े लिखें.

-कोरोनल
कोरोनल स्लाइस लिखें.

उत्पादन तिथि टाइप और रेंज

प्रकार, चिह्न और मान्य श्रेणी के लिए डिफ़ॉल्ट इनपुट फ़ाइल का उपयोग करना है। यदि प्रकार है
निर्दिष्ट किया जाता है, तो उस प्रकार के लिए चिह्न और वैध श्रेणी दोनों डिफ़ॉल्ट पर सेट हो जाते हैं। यदि संकेत है
निर्दिष्ट किया गया है, तो वैध श्रेणी को प्रकार और चिह्न के लिए डिफ़ॉल्ट पर सेट किया गया है।

-बाइट आउटपुट वोक्सल्स को 8-बिट पूर्णांक प्रारूप में संग्रहीत करें।

-कम आउटपुट वोक्सल्स को 16-बिट पूर्णांक प्रारूप में संग्रहीत करें।

-NS आउटपुट वोक्सल्स को 32-बिट पूर्णांक प्रारूप में संग्रहीत करें।

लंबी द्वारा प्रतिस्थापित -NS.

—लगाना आउटपुट वोक्सल्स को 32-बिट फ्लोटिंग पॉइंट फॉर्मेट में स्टोर करें।

डबल
आउटपुट वोक्सल्स को 64-बिट फ्लोटिंग पॉइंट फॉर्मेट में स्टोर करें।

-हस्ताक्षरित
मानों को हस्ताक्षरित पूर्णांकों के रूप में लिखें (लघु और दीर्घ के लिए डिफ़ॉल्ट)। के लिए अनदेखा किया गया
फ्लोटिंग पॉइंट प्रकार।

- अहस्ताक्षरित
मानों को अहस्ताक्षरित पूर्णांकों के रूप में लिखें (बाइट के लिए डिफ़ॉल्ट)। तैरने के लिए अनदेखा किया गया
बिंदु प्रकार।

-सुविधा मिनट मैक्स
आउटपुट वोक्सेल मानों की वैध सीमा निर्दिष्ट करता है। डिफ़ॉल्ट के लिए पूर्ण रेंज है
टाइप करें और हस्ताक्षर करें. फ़्लोटिंग पॉइंट मानों के लिए इस विकल्प को अनदेखा कर दिया जाता है।

-वास्तविक_रेंज रखें
इनपुट वॉल्यूम से वास्तविक न्यूनतम और अधिकतम को सुरक्षित रखें, ताकि मान हों
आउटपुट पर उसी तरह स्केल किया गया। यह लेबल के पुनः नमूनाकरण के लिए विशेष रूप से उपयोगी है
वॉल्यूम जहां तीव्रता मूल्यों को प्रक्षेपित करने का कोई मतलब नहीं है।

-नोकीप_रियल_रेंज
प्रत्येक आउटपुट स्लाइस के लिए वास्तविक न्यूनतम और अधिकतम की पुनः गणना करें। यह डिफ़ॉल्ट है.

हैंडलिंग of अपरिभाषित (अमान्य) वॉक्सेल मानों

-भरना इनपुट वॉल्यूम के बाहर आने वाले आउटपुट वोक्सल्स में अपरिभाषित मान होते हैं। जब
-भरना विकल्प का उपयोग किया जाता है, इन स्वरों को एक मान दिया जाता है जो वैध से बाहर है
रेंज (मान्य न्यूनतम से कम, यदि प्रकार, चिह्न और वैध रेंज अनुमति देते हैं) तो
कि उन्हें अन्य सॉफ्टवेयर द्वारा पता लगाया जा सकता है। इन स्वरों का मान नहीं है
में शामिल छवि-अधिकतम और छवि-मिनट चर।

-भरना नहीं
इनपुट के बाहर के बिंदुओं के लिए शून्य का वास्तविक/भौतिक मान (वोक्सेल मान नहीं) का उपयोग करें
आयतन। की गणना में इन बिंदुओं को शामिल किया गया है छवि-अधिकतम और छवि-मिनट
चर। यह डिफ़ॉल्ट है।

-भरणमूल्य fillvalue
इनपुट के बाहर के बिंदुओं के लिए वास्तविक/भौतिक मान (स्वर मान नहीं) निर्दिष्ट करता है
आयतन। की गणना में अंक शामिल नहीं हैं छवि-अधिकतम और छवि-
मिनट चर।

प्रक्षेप विकल्पों

-त्रिरेखीय
स्वरों के बीच त्रि-रेखीय प्रक्षेप करें। वॉल्यूम के किनारे पर हैं
किसी आयाम के पहले और अंतिम स्वर का केंद्र। यह डिफ़ॉल्ट है.

-ट्राइक्यूबिक
स्वरों के बीच त्रि-घन प्रक्षेप करें। वॉल्यूम के किनारे पर हैं
किसी आयाम के पहले और अंतिम स्वर का केंद्र।

-निकटतम_पड़ोसी
स्वरों के बीच निकटतम पड़ोसी प्रक्षेप करें (अर्थात निकटतम स्वर खोजें
बिंदु और उसके मान का उपयोग करें)। वॉल्यूम के किनारे पहले के किनारे पर हैं
और एक आयाम के अंतिम स्वर (केंद्र +/- आधा स्वर पृथक्करण)।

-सिंक जैसा कि थैकर द्वारा बताया गया है, स्वरों के बीच पुनर्सामान्यीकृत विंडोड-सिंक इंटरपोलेशन करें
और अन्य। जेएमआरआई 10:582-588 (1999)।

-चौड़ाई n
1 से लेकर रेंज में, सिन इंटरपोलेशन कर्नेल की आधी-चौड़ाई निर्दिष्ट करता है
10. पूर्ण सिंक कर्नेल चौड़ाई है n * 2 + 1, और इसलिए 3 से 21 तक भिन्न होता है।
डिफ़ॉल्ट मान 5 है जो 11 की पूर्ण-चौड़ाई देता है।

-हनिंग
सिंक इंटरपोलेंट के साथ हैनिंग विंडो का उपयोग करें। यह डिफ़ॉल्ट है.

-हैमिंग
सिंक इंटरपोलेंट के साथ हैमिंग विंडो का उपयोग करें।

सामान्य विकल्पों

-मदद कमांड-लाइन विकल्पों का प्रिंट सारांश और बाहर निकलें।

-संस्करण
प्रोग्राम की संस्करण संख्या प्रिंट करें और बाहर निकलें।

उदाहरण

एक मानक नमूना ग्रिड पर एक मानकीकृत स्थान में किसी व्यक्ति के मस्तिष्क का पुनः नमूना लें:

mincresample इंडिविजुअल.mnc in_std_space.mnc \
-ट्रांसफ़ॉर्म ट्रांसफ़ॉर्म_टू_स्टैंडर्ड_स्पेस.xfm \
-मानक_सैंपलिंग.एमएनसी की तरह

पीईटी वॉल्यूम के साथ मिलान करने के लिए एमआरआई वॉल्यूम का दोबारा नमूना लें, लेकिन बेहतर रिज़ॉल्यूशन के साथ:

mincresample mri.mnc mri_resampled.mnc \
-ट्रांसफॉर्म mri_to_pet.xfm -जैसे pet.mnc \
-चरण 1 1 2 -xstart -0.5 -ystart -0.5 \
-तत्व 256 256 64

अनुप्रस्थ आयतन को धनु आयतन में बदलें:

mincresample अनुप्रस्थ.mnc sagittal.mnc \
-धनु -निकटतम

256x256x64 (1x1x2मिमी) अनुप्रस्थ आयतन को 256x128x256 (1x1x1मिमी) धनु आयतन में बदलें:

mincresample अनुप्रस्थ.mnc धनु.mnc -धनु \
-ज़स्टेप 1 -ज़ेलेम 128

पीईटी वॉल्यूम पर बेहतर अक्षीय नमूनाकरण प्राप्त करें:

mincresample pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-ज़स्टेप 2 -ज़ेलेमेंट्स 46

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