एनटीडीपीएल - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

ntdpal - प्राइमर3 की संरेखण कार्यक्षमता प्रदान करता है

SYNOPSIS

ntdpal [-जी ग्वाल] [-एल लवल] [-एम एमवल] [-एफ1, एफ2, एफ3] [-पी] [-एस] [-ई] {seq1} {seq2} {मोड}

वर्णन

Ntdpal (न्यूक्लियोटाइड डायनेमिक प्रोग्रामिंग एलाइनमेंट) एक स्टैंड-अलोन प्रोग्राम है जो प्रदान करता है
प्राइमर3 की संरेखण कार्यक्षमता (स्थानीय, उर्फ ​​स्मिथ-वाटरमैन, वैश्विक, उर्फ
नीडलमैन-वुन्श, प्लस "आधा वैश्विक")।

विकल्प

-g ग्वाल
ग्वाल एक (सकारात्मक) फ़्लोट (.01 परिशुद्धता) है जो अंतराल बनाने के लिए दंड निर्दिष्ट करता है
क्रमशः (जुर्माना आउटपुट स्कोर से घटाया जाता है)

-l लहर
लवल एक (सकारात्मक) फ्लोट (.01 परिशुद्धता) है जो अंतराल को लंबा करने के लिए दंड निर्दिष्ट करता है
क्रमशः (जुर्माना आउटपुट स्कोर से घटाया जाता है)

-a
स्कोरिंग मैट्रिक्स को dpal_set_ambiguity_codes द्वारा संशोधित करने का कारण बनता है।

-e
दोनों अनुक्रमों में संरेखण की अंतिम स्थिति को मुद्रित करने का कारण बनता है। ऐसा न करें
'ई' से भ्रमित करें मोड.

-f1, -f2, -3
विशिष्ट कार्यान्वयन को बाध्य करें. -f2 बल एक कार्यान्वयन का उपयोग करते हैं जो प्रदान कर सकता है
अधिक जानकारीपूर्ण त्रुटि संदेश, संभवतः कुछ गति की कीमत पर।

-h
एक अलग स्कोरिंग मैट्रिक्स का उपयोग करें: जी और सी मेल खाते हैं = 3, ए और टी = 2, और बेमेल =
-0.5. (डिफ़ॉल्ट स्कोरिंग मैट्रिक्स एक मैच के लिए 1, और एक बेमेल के लिए -1 असाइन करता है।)

-p
संरेखण को stderr पर प्रदर्शित करने का कारण बनता है।

-s
का कारण बनता है केवल मुद्रित करने के लिए स्कोर.

-m एमवल
अधिकतम अनुमत अंतराल है (डिफ़ॉल्ट 3 है)।

seq1 और seq2
संरेखित किये जाने वाले अनुक्रम हैं।

मोड
में से एक है g, G, lया, L एक वैश्विक, वैश्विक अंत-एंकर, स्थानीय, या स्थानीय निर्दिष्ट करना
क्रमशः अंत-लंगर संरेखण। पश्चगामी अनुकूलता के लिए e के बराबर है G.

संदर्भ

कृपया सामान्य उपयोगकर्ताओं के लिए WWW पर रोज़ेन, एस., स्केलेत्स्की, एच. "प्राइमर3" का उद्धरण दें।
जीवविज्ञानी प्रोग्रामर।'' एस. क्रैवेट्ज़ और एस. मिसनर में, सं.
आण्विक जीवविज्ञान में पद्धतियों की श्रृंखला में प्रोटोकॉल। हुमाना प्रेस, टोटोवा, एनजे, 2000,
पेज 365-386।

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