फ़ाइबिन - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

फ़ाइबिन - टोपोलॉजी द्वारा न्यूविक पेड़ों को बिनिंग/क्लस्टर करना

SYNOPSIS

फ़ाइबिन [विकल्प...] फ़ाइलों or निर्देशिकाओं...

वर्णन

PhyBin न्यूविक ट्री फ़ाइलों को इनपुट के रूप में लेता है। न्यूविक फ़ाइलों के पथों को सीधे पारित किया जा सकता है
कमांड लाइन. या, यदि निर्देशिकाएँ प्रदान की गई हैं, तो उन निर्देशिकाओं में सभी फ़ाइलें होंगी
पढ़ना। टैक्सा का नाम उनमें मौजूद फाइलों के आधार पर रखा गया है। यदि किसी फ़ाइल में एकाधिक हैं
पेड़, सभी फ़ाइबिन द्वारा पढ़े जाते हैं, और टैक्सा नाम में फिर एक प्रत्यय शामिल होता है जो दर्शाता है
फ़ाइल में स्थिति:

उदाहरण के लिए FILENAME_0, FILENAME_1, आदि।

पेड़ों का समूह बनाते समय, फ़ाइबिन संपूर्ण रॉबिन्सन-फ़ोल्ड्स दूरी की गणना करता है
आव्यूह। यदि एक सीमा दूरी (वृक्ष संपादन दूरी) दी गई है, तो एक फ्लैट सेट
क्लस्टर क्लस्टरXX_YY.tr फ़ाइलों में निर्मित किए जाएंगे। अन्यथा यह पूर्ण उत्पन्न करता है
डेंडोग्राम

बिनिंग मोड क्लस्टरिंग का विशेष रूप से त्वरित और गंदा रूप प्रदान करता है। जब साथ चल रहा हो
la --बिन विकल्प, एक ही क्लस्टर में बिल्कुल बराबर पेड़ ही लगाए जाते हैं। पेड़
हालाँकि, पूर्व-प्रसंस्करण अभी भी लागू होता है: उदाहरण के लिए छोटी शाखाओं का ढहना।

उपयोग नोट:
* वर्तमान में फ़ाइबिन टैक्सा की गलत संख्या वाले इनपुट पेड़ों को अनदेखा करता है।

* यदि इनपुट फ़ाइबिन के रूप में एक निर्देशिका दी गई है तो मान लिया जाएगा कि इसमें शामिल सभी फ़ाइलें न्यूविक ट्री हैं।

विकल्प

-v --शब्दशः
चेतावनी और अन्य जानकारी प्रिंट करें (पहले अनुशंसित)

-V --संस्करण
संस्करण संख्या दिखाएं

-o डीआईआर --आउटपुट=डीआईआर
सभी आउटपुट फ़ाइलों को शामिल करने के लिए निर्देशिका सेट करें (डिफ़ॉल्ट "./phybin_out/")

--आत्म परीक्षण
आंतरिक इकाई परीक्षण चलाएँ

क्लस्टरिंग ऑप्शंस
--बिन सरल बिनिंग का उपयोग करें, जो 'क्लस्टरिंग' का सबसे सस्ता रूप है

--एक
सिंगल-लिंकेज क्लस्टरिंग (निकटतम पड़ोसी) का उपयोग करें

--पूरा
पूर्ण-लिंकेज क्लस्टरिंग (सबसे दूर का पड़ोसी) का उपयोग करें

--यूपीजीएमए
अनवेटेड पेयर ग्रुप विधि (औसत लिंकेज) का उपयोग करें - डिफ़ॉल्ट मोड

--एडिटडिस्ट=जिला
DIST या उससे कम द्वारा अलग किए गए सभी समूहों को संयोजित करें। समूहों की एक सपाट सूची की रिपोर्ट करें।
चाहे यह सक्रिय हो, एक पदानुक्रमित क्लस्टरिंग
(dendogram.pdf) तैयार किया गया है।

चुनते हैं रॉबिन्सन-फोल्ड्स (सममित अंतर) दूरी कलन विधि:
--हैशर्फ़
(डिफ़ॉल्ट) दूरी मैट्रिक्स के लिए HashRF एल्गोरिदम के एक प्रकार का उपयोग करें

--सहिष्णु
एक धीमी, संशोधित आरएफ मीट्रिक का उपयोग करें जो लापता टैक्सा को सहन करती है

विज़ुअलाइज़ेशन
-g --ग्राफ़बिन्स
.dot और .pdf आउटपुट फ़ाइलें बनाने के लिए ग्राफ़विज़ का उपयोग करें

-d --ड्राबिन्स
पसंद -g, लेकिन प्रत्येक बिन के पेड़ को दिखाने के लिए GUI विंडो खोलें

-w --दृश्य
सुविधा के लिए, "व्यू मोड" बिना बिनिंग के इनपुट न्यूविक फ़ाइलों को प्रदर्शित करता है

--शोपेड़
डेंड्रोग्राम के नोड्स के अंदर (टेक्स्टुअल) ट्री टोपोलॉजी प्रिंट करें

--हाइलाइट=फ़ाइल
ट्री-ऑफ-ट्रीज़ (डेंड्रोग्राम) के अनुरूप नोड्स को हाइलाइट करें। दिया गया पेड़
फ़ाइल। एकाधिक हाइलाइट्स की अनुमति है और विभिन्न रंगों का उपयोग करें।

--आंतरिक भाग
केवल के बजाय, डेंडोग्राम में आंतरिक नोड्स के लिए सर्वसम्मति वाले पेड़ दिखाएं
अंक.

पेड़ पूर्व प्रसंस्करण
--छटना=टैक्सा
कुछ भी करने से पहले केवल TAXA के लिए पेड़ों की छंटाई करें। स्पेस और अल्पविराम अलग हो गए
टैक्सा की सूचियों की अनुमति है। उद्धरण का प्रयोग करें.

-b LEN --मिनब्रांचलेन=LEN
LEN से कम शाखाओं का पतन

--मिनबूटस्ट्रैप=INT
INT से कम बूटस्ट्रैप मान वाली शाखाओं को संक्षिप्त करें

निकाला जा रहा है दर नामों
-p NUM --पूर्व नाम=NUM
इनपुट न्यूविक पेड़ों में पत्ती के नाम जीन नाम हो सकते हैं, टैक्सा नहीं। तो यह है
जीन से टैक्सा नाम निकालने के लिए विशिष्ट। यह विकल्प NUM का उपसर्ग निकालता है
टैक्सा नाम के रूप में काम करने वाले पात्र।

-s एसटीआर --नामसेप=एसटीआर
के लिए एक विकल्प --पूर्व नाम, एसटीआर डिलीमीटर वर्णों का एक सेट प्रदान करता है
उदाहरण '-' या '0123456789'। टैक्सा नाम तब एक चर-लंबाई उपसर्ग है
प्रत्येक जीन नाम तक, लेकिन एसटीआर में कोई भी चरित्र शामिल नहीं है।

-m फ़ाइल --नाममैप=फ़ाइल
एक बार उपसर्ग निकाले जाने के बाद भी लुकअप तालिका का उपयोग करना आवश्यक हो सकता है
टैक्सा नामों की गणना करें, उदाहरण के लिए यदि एकाधिक जीन/प्लास्मिड एक टैक्सा पर मैप करते हैं। इस विकल्प
फ़ॉर्म की प्रविष्टियों को ढूंढने/प्रतिस्थापित करने के साथ एक टेक्स्ट फ़ाइल निर्दिष्ट करता है " ",
जिसे बाद में लागू किया जाता है -s और -p.

उपयोगिता मोड
--rfdist
इनपुट ट्री के लिए रॉबिन्सन फ़ोल्ड्स दूरी मैट्रिक्स प्रिंट करें

--सेटडिफ़
सुविधा के लिए, क्लस्टर*.txt फ़ाइलों के बीच निर्धारित अंतर को प्रिंट करें

--प्रिंट
बस प्रत्येक इनपुट ट्री का संक्षिप्त रूप प्रिंट करें

--प्रिंटमानदंड
बस प्रत्येक इनपुट ट्री का संक्षिप्त और सामान्यीकृत रूप प्रिंट करें

--सर्वसम्मति
इनपुट के लिए एक सख्त सर्वसम्मति वृक्ष प्रिंट करें, फिर बाहर निकलें

--मेल मिलाना
किसी से मेल खाने वाले पेड़ों के नामों की सूची प्रिंट करें --हाइलाइट तर्क

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