प्रोग्रेसिवमाउव - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

प्रोग्रेसिवमाउव - कुशलतापूर्वक कई जीनोम संरेखण का निर्माण

वर्णन

प्रगतिशीलमाउव उपयोग:

जब प्रत्येक जीनोम एक अलग फ़ाइल में रहता है: प्रोग्रेसिवमाउव [विकल्प]
...

जब सभी जीनोम एक ही फ़ाइल में हों: प्रोग्रेसिवमाउव [विकल्प]

विकल्प

--द्वीप-अंतराल-आकार=न्यूक्लियोटाइड में इस आकार से ऊपर के संरेखण अंतराल को माना जाता है
द्वीप बनें [20]

--प्रोफाइल=(अभी तक लागू नहीं हुआ) एक्सएमएफए प्रारूप में मौजूदा अनुक्रम संरेखण पढ़ें
और इसे अन्य अनुक्रमों या संरेखणों के साथ संरेखित करें

--लागू-बैकबोन=एक्सएमएफए प्रारूप में मौजूदा अनुक्रम संरेखण पढ़ें और लागू करें
इसके लिए रीढ़ की हड्डी के आँकड़े

--अक्षम-बैकबोन बैकबोन डिटेक्शन अक्षम करें

--माँ केवल एमयूएम खोजें, स्थानीय रूप से कोलिनियर ब्लॉक (एलसीबी) निर्धारित करने का प्रयास न करें

--बीज-भार=प्रारंभिक एंकर की गणना के लिए निर्दिष्ट बीज वजन का उपयोग करें

--आउटपुट=आउटपुट फ़ाइल नाम।
डिफ़ॉल्ट रूप से स्क्रीन पर प्रिंट करता है

--बैकबोन-आउटपुट=बैकबोन आउटपुट फ़ाइल नाम (वैकल्पिक)।

--मैच-इनपुट=मैचों की खोज करने के बजाय निर्दिष्ट मिलान फ़ाइल का उपयोग करें

--इनपुट-आईडी-मैट्रिक्स=इनपुट के सभी जोड़ियों के बीच समानता का वर्णन करने वाला एक पहचान मैट्रिक्स
अनुक्रम/संरेखण

--मैक्स-गैप्ड-एलाइनर-लम्बाई=के साथ संरेखित करने का प्रयास करने के लिए आधार जोड़े की अधिकतम संख्या
गैप्ड एलाइनर

--इनपुट-गाइड-ट्री=NEWICK प्रारूप में एक फ़ाइलोजेनेटिक गाइड ट्री जो वर्णन करता है
जिस क्रम में अनुक्रमों को संरेखित किया जाएगा

--आउटपुट-गाइड-पेड़=किसी फ़ाइल में संरेखण के लिए उपयोग किए जाने वाले गाइड ट्री को लिखें

--संस्करण सॉफ़्टवेयर संस्करण जानकारी प्रदर्शित करें

- दाढ़ डिबग मोड में चलाएं (आंतरिक स्थिरता जांच करें - बहुत धीमी गति से)

--स्क्रैच-पथ-1=एक पथ निर्दिष्ट करें जिसका उपयोग अस्थायी डेटा भंडारण के लिए किया जा सकता है।
दो या दो से अधिक पथ निर्दिष्ट किये जाने चाहिए.

--स्क्रैच-पथ-2=एक पथ निर्दिष्ट करें जिसका उपयोग अस्थायी डेटा भंडारण के लिए किया जा सकता है।
दो या दो से अधिक पथ निर्दिष्ट किये जाने चाहिए.

--कोलीनियर मान लें कि इनपुट अनुक्रम समरेखीय हैं--उनमें कोई पुनर्व्यवस्था नहीं है

--स्कोरिंग-योजना=एंकरिंग स्कोर फ़ंक्शन का चयन करता है।
डिफ़ॉल्ट जोड़े का मौजूदा योग (एसपी) है।

--नो-वेट-स्केलिंग एलसीबी भार को संरक्षण दूरी और ब्रेकप्वाइंट के आधार पर न मापें
दूरी

--मैक्स-ब्रेकप्वाइंट-दूरी-स्केल=अधिकतम वजन स्केलिंग निर्धारित करें
ब्रेकप्वाइंट दूरी.
0.5 . के लिए डिफ़ॉल्ट

--संरक्षण-दूरी-पैमाना=इस राशि से संरक्षण दूरियाँ मापें।
0.5 . के लिए डिफ़ॉल्ट

--पेशी-आर्ग्स =MUSCLE के लिए अतिरिक्त कमांड-लाइन विकल्प।
किसी भी उद्धरण को बैकस्लैश से बचा लिया जाना चाहिए

--स्किप-परिष्करण पुनरावृत्तीय परिशोधन न करें

--स्किप-गैप्ड-एलाइनमेंट गैप्ड एलाइनमेंट न करें

--बीपी-जिला-अनुमान-न्यूनतम-स्कोर=जोड़ीवार ब्रेकप्वाइंट का अनुमान लगाने के लिए न्यूनतम एलसीबी स्कोर
दूरी

--मेम-साफ मेमोरी आवंटन डीबग करते समय इसे सत्य पर सेट करें

--गैप-ओपन=गैप ओपन पेनल्टी

--दोहराना-दंड=सेट करता है कि दोहराए गए स्कोर नकारात्मक होंगे या शून्य पर जाएंगे
अत्यधिक दोहराव वाले अनुक्रमों के लिए.
डिफ़ॉल्ट नकारात्मक है.

--अंतराल-विस्तार=गैप एक्सटेंड पेनल्टी

--प्रतिस्थापन-मैट्रिक्स=एनसीबीआई प्रारूप में न्यूक्लियोटाइड प्रतिस्थापन मैट्रिक्स

--वजन =न्यूनतम जोड़ीवार एलसीबी स्कोर

--न्यूनतम-बढ़ाया-जुर्माना=पेनल्टी स्केल करने के बाद न्यूनतम ब्रेकप्वाइंट पेनल्टी
अपेक्षित विचलन

--हम्म-पी-गो-होमोलॉगस=असंबद्ध से संक्रमण की संभावना
समजात अवस्था [0.00001]

--हम्म-पी-जाओ-असंबंधित=सजातीय से सजातीय में संक्रमण की संभावना
असंबद्ध स्थिति [0.000000001]

--हम्म-पहचान=अनुक्रमों के युग्मों के बीच अनुक्रम पहचान का अपेक्षित स्तर,
0 और 1 के बीच [0.7]

--बीज-परिवार संवेदनशीलता में सुधार के लिए दूरी वाले बीजों के एक परिवार का उपयोग करें

--ठोस-बीज ठोस बीजों का प्रयोग करें। एंकर मैचों में प्रतिस्थापन की अनुमति न दें।

--कोडिंग-बीज कोडिंग पैटर्न वाले बीजों का उपयोग करें. मिलान कोडिंग क्षेत्रों को उत्पन्न करने के लिए उपयोगी
तीसरा कोडन स्थिति अध:पतन।

--कैश निष्क्रिय करें क्रैश बग को हल करने के लिए पुनरावर्ती एंकर खोज कैशिंग अक्षम करें

--नहीं-पुनरावृत्ति पुनरावर्ती एंकर खोज अक्षम करें

उदाहरण

प्रोग्रेसिवमाउव --आउटपुट=my_seqs.xmfa my_genome1.gbk my_genome2.gbk my_genome3.fasta

यदि जीनोम एक ही फाइल में हैं और उनमें कोई पुनर्व्यवस्था नहीं है: प्रोग्रेसिवमाउव --कोलिनियर
--आउटपुट=my_seqs.xmfa my_genomes.fasta

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन प्रोग्रेसिव माउव का उपयोग करें