तरकश - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

तरकश - पैसिफिक बायोसाइंसेज डेटा के लिए डिज़ाइन किया गया जीनोमिक सर्वसम्मति कॉलर

वर्णन

तरकश एकाधिक PacBio रीड्स से अत्यधिक सटीक सर्वसम्मति को कॉल करने के लिए एक एल्गोरिदम है,
सही अंतर्निहित का अनुमान लगाने के लिए बेसकॉल और क्यूवी मेट्रिक्स दोनों का शोषण करते हुए एक जोड़ी-एचएमएम का उपयोग करना
डीएनए अनुक्रम.

जानकारी पट्टिका आवश्यकताओं
सबसे सटीक सर्वसम्मति कॉल को संभव बनाने के लिए, क्विवर एक बैटरी का उपयोग करता है
बेसकॉलर द्वारा गणना की गई गुणवत्ता मूल्य मेट्रिक्स। यदि आप SMRTportal का उपयोग कर रहे हैं
इंस्टॉलेशन संस्करण 1.4 या बाद का, तो SMRTportal क्विवर की सारी जानकारी लोड कर देगा
आवश्यकताएँ, इसलिए आप इस अनुभाग के शेष भाग को छोड़ सकते हैं।

SMRTportal संस्करण 1.3.3 और उससे पहले में, डिफ़ॉल्ट रूप से इन गुणवत्ता मानों का केवल एक सबसेट
में शामिल हैं .cmp.h5 SMRTanalysy द्वारा निर्मित फ़ाइलें। एक पाने के लिए .cmp.h5 सभी के साथ
क्यूवी लोड हो गए हैं, आपको इसका उपयोग करने की आवश्यकता होगी आरएस_मैपिंग_क्यूवी एक बनाने के लिए प्रोटोकॉल सीएमपी.एच5 के लिए दर्ज
तरकश।

यदि आप SMRTportal/SMRTanalyse 1.3.3 से पुराना संस्करण उपयोग कर रहे हैं, तो कृपया अपग्रेड करें।

उदाहरण

रनिंग तरकश
उदाहरण के लिए,

$ तरकश -j8 संरेखित_रीड्स.bam \
> -r पथ/से/lambda.fasta \
> -ओ वेरिएंट.जीएफएफ -ओ सर्वसम्मति.फास्टा

क्विवर को चलाने के लिए 8 सीपीयू का उपयोग किया जाएगा संरेखित_रीड्स.bam, सर्वसम्मति अनुक्रम को आउटपुट करना और
वेरिएंट।

ध्यान दें कि यदि आप cmp.h5 फ़ाइल का उपयोग कर रहे हैं और इसका उपयोग नहीं किया है आरएस_मैपिंग_क्यूवी प्रोटोकॉल को
उस फ़ाइल को जनरेट करें --- या यदि स्रोत bas.h5 फ़ाइल प्री-1.3.1 उपकरण द्वारा जेनरेट की गई थी
सॉफ़्टवेयर---cmp.h5 में इष्टतम के लिए आवश्यक QV मेट्रिक्स की पूरी बैटरी शामिल नहीं होगी
तरकश सटीकता. आदेश अभी भी काम करेगा, लेकिन यह एक चेतावनी देगा कि यह
सटीकता उपइष्टतम होगी.

रन तरकश on विभिन्न निवेश फ़ाइलें
FOFN (फ़ाइल नामों की फ़ाइल) में एकाधिक संरेखण फ़ाइलों को एक के विरुद्ध विभाजित किया जा सकता है
संदर्भ (जीनोमिक सहमति >= 1.1.0).

एक उदाहरण इनपुट FOFN:

$ कैट एलाइन्ड_रीड्स.फोफ़न
/पथ/से/पढ़ता है1.bam
/पथ/से/पढ़ता है2.bam

रीड्स फ़ाइल के स्थान पर उपयोग किया जा सकता है:

$ तरकश -j8 संरेखित_reads.fofn \
> -r पथ/से/lambda.fasta \
> -ओ वेरिएंट.जीएफएफ -ओ सर्वसम्मति.फास्टा

क्विवर का उपयोग डेटासेट XML फ़ाइलों के साथ भी किया जा सकता है। नया बनाने के विवरण के लिए pbcore देखें
आपकी संरेखण फ़ाइलों के लिए डेटासेट XML फ़ाइलें।

बेहद सटीक विधानसभा आम सहमति
क्विवर जीनोम असेंबलियों पर सटीकता के करीब या यहां तक ​​कि सर्वसम्मति की सटीकता को सक्षम बनाता है
Q60 से अधिक (प्रति मिलियन आधार पर एक त्रुटि)। यदि आप HGAP असेंबली प्रोटोकॉल का उपयोग करते हैं
SMRTportal 2.0 या बाद का संस्करण, क्विवर अंतिम "असेंबली पॉलिशिंग" चरण के रूप में स्वचालित रूप से चलता है।

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