rasmol - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

rasmol - आण्विक ग्राफिक्स विज़ुअलाइज़ेशन टूल v2.7.5

SYNOPSIS

रसमोल [-नोडिप्ले] [[-प्रारूप ] फ़ाइल का नाम] [-स्क्रिप्ट स्क्रिप्ट फाइल]

प्रारूप

-पीडीबी प्रोटीन डाटा बैंक
-एमडीएलई एमडीएल का एमओएल फ़ाइल स्वरूप
-मोल2 Tripos' Sybyl MOL2 प्रारूप
-xyz MSC का XYZ (XMol) प्रारूप
-मोपैक MOPAC इनपुट या आउटपुट फ़ाइल स्वरूप
-कीमिया कीमिया फ़ाइल स्वरूप
-चार्म CHARMm फ़ाइल स्वरूप
-सीआईएफ IUCr CIF या CIF फ़ाइल स्वरूप

चर्चित मुद्दे

यह सॉफ्टवेयर कई स्रोतों से बनाया गया है। अधिकांश कोड RasMol 2.6 से है,
रोजर सैले द्वारा बनाया गया। मरोड़ कोण कोड, नया POVRAY3 कोड और अन्य विशेषताएं
Arne Mueller द्वारा RasMol2.6x1 संशोधनों से व्युत्पन्न हैं। रामचंद्रन प्रिंटर प्लॉट
कोड फ़्रांसिस सी. बर्नस्टीन द्वारा बनाए गए fisipl से लिया गया था। प्रोटीन डाटा बैंक देखें
कार्यक्रम टेप।

कई अणुओं को प्रदर्शित करने और बॉन्ड रोटेशन की अनुमति देने के लिए कोड बड़े हिस्से में लिया गया है
गैरी ग्रॉसमैन और मार्को मोलिनारो द्वारा यूसीबी मोड से, एलीन की अनुमति के साथ शामिल
मॉड्यूलरकेम कंसोर्टियम के लुईस।

सीआईएफ संशोधन पॉल जे एलिस द्वारा सीबीएफलिब पर आधारित पुस्तकालय का उपयोग करते हैं और
हर्बर्ट जे बर्नस्टीन। सीबीएफलिब के हिस्से सिफपर्स सॉफ्टवेयर पैकेज पर आधारित हैं
रटगर्स विश्वविद्यालय में एनडीबी से। कृपया रासमोल कमांड टाइप करें मदद नकल करना, मदद
कुल मिलाकर, मदद आईयूसीआर, मदद सीबीएफलिब,
और मदद सिफ़ारसी लागू नोटिस के लिए। कृप्या टाइप करे मदद Copyright कॉपीराइट के लिए
नोटिस यदि आप RasMol V2.6 या पुराने संस्करण का उपयोग करते हैं, तो RasMol कमांड टाइप करें मदद
पुराना नोटिस

प्रतिलिपि बनाई जा रही

यह संस्करण सीधे रासमोल संस्करण 2.7.4.2 पर आधारित है, रासमोल संस्करण 2.7.4.2 पर,
रासमोल संस्करण 2.7.4, रासमोल संस्करण 2.7.3.1 पर, रासमोल संस्करण 2.7.3 पर, रासमोल पर
संस्करण 2.7.2.1.1, रासमोल संस्करण 2.7.2, रासमोल संस्करण 2.7.1.1 और रासटॉप संस्करण 1.3 और
परोक्ष रूप से RasMol 2.5-ucb और 2.6-ucb संस्करणों और संस्करण 2.6_CIF.2, RasMol 2.6x1 पर
और रासमोल_2.6.4.

रासमोल 2.7.5 जीएनयू जनरल पब्लिक लाइसेंस की शर्तों के तहत वितरित किया जा सकता है
जीपीएल), देखें

http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt

या फ़ाइल जीपीएल या कमांड टाइप करें मदद जीपीएल

या रसमोल 2.7.5 को रसमोल लाइसेंस के तहत वितरित किया जा सकता है। फ़ाइल देखें नोटिस या टाइप करें
आदेश मदद रासलिक

जीपीएल
जीएनयू जनरल पब्लिक लाइसेंस
संस्करण 2, जून 1991

कॉपीराइट (C) 1989, 1991 फ्री सॉफ्टवेयर फाउंडेशन, इंक।
59 टेंपल प्लेस, सुइट 330, बोस्टन, एमए 02111-1307 यूएसए
हर किसी को शब्दशः प्रतियों को कॉपी और वितरित करने की अनुमति है
इस लाइसेंस दस्तावेज़ का, लेकिन इसे बदलने की अनुमति नहीं है।

प्रस्तावना

अधिकांश सॉफ़्टवेयर के लाइसेंस साझा करने की आपकी स्वतंत्रता को छीनने के लिए डिज़ाइन किए गए हैं
और इसे बदलो। इसके विपरीत, जीएनयू जनरल पब्लिक लाइसेंस का इरादा है
मुफ़्त सॉफ़्टवेयर साझा करने और बदलने की अपनी स्वतंत्रता की गारंटी दें--सॉफ़्टवेयर सुनिश्चित करने के लिए
अपने सभी उपयोगकर्ताओं के लिए निःशुल्क है। यह सामान्य सार्वजनिक लाइसेंस अधिकांश मुफ़्त . पर लागू होता है
सॉफ़्टवेयर फ़ाउंडेशन का सॉफ़्टवेयर और किसी भी अन्य प्रोग्राम के लिए जिसके लेखक प्रतिबद्ध हैं
उसका इस्तेमाल कर रहे हैं। (कुछ अन्य फ्री सॉफ्टवेयर फाउंडेशन सॉफ्टवेयर जीएनयू द्वारा कवर किया गया है
इसके बजाय लाइब्रेरी जनरल पब्लिक लाइसेंस।) आप इसे अपने कार्यक्रमों में भी लागू कर सकते हैं।

जब हम मुफ्त सॉफ्टवेयर की बात करते हैं, तो हम स्वतंत्रता की बात कर रहे हैं, कीमत की नहीं। हमारी
सामान्य सार्वजनिक लाइसेंस यह सुनिश्चित करने के लिए डिज़ाइन किए गए हैं कि आपको करने की स्वतंत्रता है
मुफ्त सॉफ्टवेयर की प्रतियां वितरित करें (और यदि आप चाहें तो इस सेवा के लिए शुल्क लें), कि
आप स्रोत कोड प्राप्त करते हैं या यदि आप चाहें तो इसे प्राप्त कर सकते हैं, कि आप इसे बदल सकते हैं
सॉफ्टवेयर या नए मुफ्त कार्यक्रमों में इसके टुकड़ों का उपयोग करें; और यह कि आप जानते हैं कि आप कर सकते हैं
ये बातें।

आपके अधिकारों की रक्षा के लिए, हमें ऐसे प्रतिबंध लगाने होंगे जो किसी को भी इनकार करने से मना करें
आप इन अधिकारों को या आपको अधिकारों को आत्मसमर्पण करने के लिए कहने के लिए। ये प्रतिबंध
यदि आप की प्रतियां वितरित करते हैं तो आपके लिए कुछ जिम्मेदारियों का अनुवाद करें
सॉफ्टवेयर, या यदि आप इसे संशोधित करते हैं।

उदाहरण के लिए, यदि आप ऐसे कार्यक्रम की प्रतियां वितरित करते हैं, चाहे वह निःशुल्क हो या किसी के लिए
शुल्क, आपको प्राप्तकर्ताओं को वे सभी अधिकार देने होंगे जो आपके पास हैं। आपको सुनिश्चित करना चाहिए
कि वे भी स्रोत कोड प्राप्त कर सकते हैं या प्राप्त कर सकते हैं। और आपको उन्हें ये दिखाना होगा
ताकि वे अपने अधिकारों को जान सकें।

हम दो चरणों में आपके अधिकारों की रक्षा करते हैं: (1) सॉफ़्टवेयर का कॉपीराइट, और (2) ऑफ़र
आपको यह लाइसेंस जो आपको प्रतिलिपि बनाने, वितरित करने और/या संशोधित करने की कानूनी अनुमति देता है
सॉफ्टवेयर।

साथ ही, प्रत्येक लेखक और हमारी सुरक्षा के लिए, हम यह सुनिश्चित करना चाहते हैं कि
हर कोई समझता है कि इस मुफ्त सॉफ्टवेयर की कोई वारंटी नहीं है। अगर
सॉफ़्टवेयर किसी और के द्वारा संशोधित किया गया है और इसे आगे बढ़ाया गया है, हम चाहते हैं कि इसके प्राप्तकर्ताओं को पता चले
कि उनके पास जो कुछ है वह मूल नहीं है, जिससे कि दूसरों द्वारा पेश की गई कोई भी समस्या
मूल लेखकों की प्रतिष्ठा पर प्रतिबिंबित नहीं होगा।

अंत में, किसी भी मुफ्त कार्यक्रम को सॉफ्टवेयर पेटेंट द्वारा लगातार खतरा होता है। हमारी इच्छा है
उस खतरे से बचने के लिए जो एक मुफ्त कार्यक्रम के पुनर्वितरणकर्ता व्यक्तिगत रूप से प्राप्त करेंगे
पेटेंट लाइसेंस, कार्यक्रम को मालिकाना बनाने के प्रभाव में। इसे रोकने के लिए हम
यह स्पष्ट कर दिया है कि किसी भी पेटेंट को सभी के मुफ्त उपयोग के लिए लाइसेंस प्राप्त होना चाहिए या नहीं
बिल्कुल लाइसेंस।

प्रतिलिपि, वितरण और संशोधन के लिए सटीक नियम और शर्तें
का पालन करें।

जीएनयू जनरल पब्लिक लाइसेंस
कॉपीराइट और वितरण के लिए नियम और शर्तें

0. यह लाइसेंस किसी भी कार्यक्रम या अन्य कार्य पर लागू होता है जिसमें नोटिस होता है
कॉपीराइट धारक द्वारा यह कहते हुए रखा गया है कि इसे इस की शर्तों के तहत वितरित किया जा सकता है
सामान्य जनता लाइसेंस। नीचे दिया गया "कार्यक्रम", ऐसे किसी भी कार्यक्रम या कार्य को संदर्भित करता है,
और "कार्यक्रम पर आधारित कार्य" का अर्थ है या तो कार्यक्रम या कोई व्युत्पन्न कार्य
कॉपीराइट कानून के तहत: यह कहना है, एक कार्य जिसमें कार्यक्रम या उसका एक हिस्सा शामिल है
यह, या तो शब्दशः या संशोधनों के साथ और/या किसी अन्य भाषा में अनुवादित।
(इसके बाद, अनुवाद को बिना किसी सीमा के शब्द में शामिल किया गया है
"संशोधन"।) प्रत्येक लाइसेंसधारी को "आप" के रूप में संबोधित किया जाता है।

नकल, वितरण और संशोधन के अलावा अन्य गतिविधियां द्वारा कवर नहीं की जाती हैं
यह लाइसेंस; वे इसके दायरे से बाहर हैं। प्रोग्राम चलाने की क्रिया नहीं है
प्रतिबंधित है, और कार्यक्रम से आउटपुट केवल तभी कवर किया जाता है जब इसकी सामग्री
कार्यक्रम के आधार पर एक कार्य का गठन करें (चलाने से स्वतंत्र)
कार्यक्रम)। क्या यह सच है यह इस बात पर निर्भर करता है कि कार्यक्रम क्या करता है।

1. आप प्रोग्राम के सोर्स कोड की शब्दशः कॉपी कॉपी और वितरित कर सकते हैं:
आप इसे किसी भी माध्यम से प्राप्त करते हैं, बशर्ते कि आप स्पष्ट रूप से और उचित रूप से
प्रत्येक प्रति पर एक उपयुक्त कॉपीराइट नोटिस और वारंटी का अस्वीकरण प्रकाशित करें;
इस लाइसेंस और किसी की अनुपस्थिति के संदर्भ में सभी सूचनाओं को बरकरार रखें
वारंटी; और कार्यक्रम के किसी अन्य प्राप्तकर्ता को इस लाइसेंस की एक प्रति के साथ दें
कार्यक्रम के साथ।

आप एक प्रतिलिपि स्थानांतरित करने के भौतिक कार्य के लिए शुल्क ले सकते हैं, और आप निम्न कर सकते हैं
आपका विकल्प शुल्क के बदले वारंटी सुरक्षा प्रदान करता है।

2. आप अपनी प्रति या कार्यक्रम की प्रतियों या इसके किसी भाग को संशोधित कर सकते हैं, इस प्रकार
कार्यक्रम के आधार पर एक कार्य बनाना, और ऐसे संशोधनों की प्रतिलिपि बनाना और वितरित करना या
उपरोक्त धारा 1 की शर्तों के तहत काम करें, बशर्ते कि आप भी इन सभी को पूरा करते हों
शर्तेँ:

क) आपको प्रमुख नोटिस को ले जाने के लिए संशोधित फ़ाइलों का कारण बनना चाहिए
यह कहते हुए कि आपने फ़ाइलों और किसी भी परिवर्तन की तिथि बदल दी है।

ख) आपको अपने द्वारा वितरित या प्रकाशित किए जाने वाले किसी भी कार्य का कारण बनना चाहिए
पूरा या आंशिक रूप से होता है या प्रोग्राम या किसी से प्राप्त होता है
इसके अलावा, किसी तीसरे पर बिना किसी शुल्क के लाइसेंस के रूप में
इस लाइसेंस की शर्तों के तहत पार्टियां।

ग) यदि संशोधित कार्यक्रम आम तौर पर अंतःक्रियात्मक रूप से आदेश पढ़ता है
जब रन किया जाता है, तो आपको इसका कारण होना चाहिए, जब इस तरह के लिए दौड़ना शुरू किया गया हो
एक प्रिंट या प्रदर्शित करने के लिए, सबसे साधारण तरीके से इंटरैक्टिव उपयोग
एक उपयुक्त कॉपीराइट नोटिस और एक सहित घोषणा
ध्यान दें कि कोई वारंटी नहीं है (या यह कहते हुए कि आप प्रदान करते हैं
एक वारंटी) और उपयोगकर्ताओं को कार्यक्रम के तहत पुनर्वितरित कर सकते हैं
ये स्थितियां, और उपयोगकर्ता को बता रही है कि इस की एक प्रति कैसे देखें
लाइसेंस। (अपवाद: यदि प्रोग्राम स्वयं इंटरैक्टिव है लेकिन
आमतौर पर इस तरह की घोषणा, आपके काम के आधार पर प्रिंट नहीं करता है
कार्यक्रम को घोषणा को प्रिंट करने की आवश्यकता नहीं है।)

ये आवश्यकताएँ समग्र रूप से संशोधित कार्य पर लागू होती हैं। यदि पहचाने जाने योग्य खंड
उस काम के कार्यक्रम से प्राप्त नहीं होते हैं, और उचित रूप से विचार किया जा सकता है
अपने आप में स्वतंत्र और अलग काम करता है, तो यह लाइसेंस, और इसकी शर्तें, करती हैं
जब आप उन्हें अलग-अलग कार्यों के रूप में वितरित करते हैं तो उन अनुभागों पर लागू नहीं होते हैं। लेकिन जब
आप उन्हीं वर्गों को एक पूरे के हिस्से के रूप में वितरित करते हैं जो कि पर आधारित एक कार्य है
कार्यक्रम, संपूर्ण का वितरण इस लाइसेंस की शर्तों पर होना चाहिए, जिसका
अन्य लाइसेंसधारियों के लिए अनुमतियाँ संपूर्ण रूप से विस्तारित होती हैं, और इस प्रकार प्रत्येक और
हर हिस्से की परवाह किए बिना कि इसे किसने लिखा है।

इस प्रकार, अधिकारों का दावा करने या अपने अधिकारों का विरोध करने का इस खंड का इरादा नहीं है
पूरी तरह से आपके द्वारा लिखित कार्य करने के लिए; बल्कि, इरादा अधिकार का प्रयोग करना है
कार्यक्रम के आधार पर व्युत्पन्न या सामूहिक कार्यों के वितरण को नियंत्रित करें।

इसके अलावा, केवल एक अन्य कार्य का एकत्रीकरण जो कार्यक्रम पर आधारित नहीं है
भंडारण की मात्रा पर कार्यक्रम (या कार्यक्रम पर आधारित कार्य के साथ) या
वितरण माध्यम अन्य कार्यों को इस लाइसेंस के दायरे में नहीं लाता है।

3. आप कार्यक्रम की प्रतिलिपि बना सकते हैं और वितरित कर सकते हैं (या इस पर आधारित कार्य, अनुभाग . के अंतर्गत)
2) उपरोक्त धारा 1 और 2 की शर्तों के तहत ऑब्जेक्ट कोड या निष्पादन योग्य रूप में
बशर्ते कि आप भी निम्न में से कोई एक कार्य करें:

क) पूरी संगत मशीन से पठनीय है
स्रोत कोड, जिसे अनुभागों की शर्तों के तहत वितरित किया जाना चाहिए
सॉफ्टवेयर इंटरचेंज के लिए उपयोग किए जाने वाले एक माध्यम पर 1 और 2 ऊपर; या,

ख) एक लिखित प्रस्ताव के साथ इसे कम से कम तीन के लिए वैध मानते हैं
साल, किसी भी तीसरे पक्ष को देने के लिए, आपसे अधिक शुल्क नहीं
शारीरिक रूप से प्रदर्शन स्रोत वितरण की लागत, एक पूर्ण
इसी स्रोत कोड की मशीन-पठनीय प्रतिलिपि, होना
एक माध्यम पर ऊपर अनुभाग 1 और 2 की शर्तों के तहत वितरित किया गया
सॉफ्टवेयर इंटरचेंज के लिए कस्टम रूप से उपयोग किया जाता है; या,

ग) प्रस्ताव के अनुसार आपको मिली जानकारी के साथ इसे मिला लें
समान स्रोत कोड वितरित करने के लिए। (यह है)
केवल गैर-वाणिज्यिक वितरण की अनुमति है और केवल यदि आप
इस तरह के साथ वस्तु कोड या निष्पादन योग्य रूप में कार्यक्रम प्राप्त किया
उपर्युक्त बी के साथ एक प्रस्ताव।)

किसी कार्य के लिए स्रोत कोड का अर्थ है बनाने के लिए कार्य का पसंदीदा रूप
इसमें संशोधन। एक निष्पादन योग्य कार्य के लिए, पूर्ण स्रोत कोड का अर्थ है सभी
इसमें शामिल सभी मॉड्यूल के लिए स्रोत कोड, साथ ही किसी भी संबद्ध इंटरफ़ेस परिभाषा
फ़ाइलें, साथ ही स्क्रिप्ट के संकलन और स्थापना को नियंत्रित करने के लिए उपयोग किया जाता है
निष्पादन योग्य। हालांकि, एक विशेष अपवाद के रूप में, वितरित स्रोत कोड की आवश्यकता नहीं है
कुछ भी शामिल करें जो सामान्य रूप से वितरित किया जाता है (किसी भी स्रोत या बाइनरी रूप में)
ऑपरेटिंग सिस्टम के प्रमुख घटकों (कंपाइलर, कर्नेल, और इसी तरह) के साथ
जो निष्पादन योग्य चलता है, जब तक कि वह घटक स्वयं निष्पादन योग्य के साथ न हो।

यदि निष्पादन योग्य या ऑब्जेक्ट कोड का वितरण प्रतिलिपि तक पहुंच प्रदान करके किया जाता है
एक निर्दिष्ट स्थान से, फिर स्रोत कोड की प्रतिलिपि बनाने के लिए समकक्ष पहुंच प्रदान करना
उसी स्थान से स्रोत कोड के वितरण के रूप में गिना जाता है, भले ही तीसरा
पार्टियों को ऑब्जेक्ट कोड के साथ स्रोत को कॉपी करने के लिए बाध्य नहीं किया जाता है।

4. आप प्रोग्राम को कॉपी, संशोधित, उप-लाइसेंस या वितरित नहीं कर सकते सिवाय इसके कि
इस लाइसेंस के तहत स्पष्ट रूप से प्रदान किया गया। कॉपी करने, संशोधित करने का कोई अन्य प्रयास,
कार्यक्रम का उप-लाइसेंस या वितरण शून्य है, और स्वचालित रूप से आपका समाप्त कर देगा
इस लाइसेंस के तहत अधिकार। हालाँकि, जिन पार्टियों को प्रतियां, या अधिकार प्राप्त हुए हैं,
आप से इस लाइसेंस के तहत उनके लाइसेंस तब तक समाप्त नहीं होंगे जब तक कि
पक्ष पूर्ण अनुपालन में रहते हैं।

5. आपको इस लाइसेंस को स्वीकार करने की आवश्यकता नहीं है, क्योंकि आपने इस पर हस्ताक्षर नहीं किए हैं।
हालाँकि, और कुछ भी आपको कार्यक्रम को संशोधित करने या वितरित करने की अनुमति नहीं देता है या
इसके व्युत्पन्न कार्य। यदि आप स्वीकार नहीं करते हैं तो ये कार्य कानून द्वारा निषिद्ध हैं
यह लाइसेंस। इसलिए, कार्यक्रम को संशोधित या वितरित करके (या कोई भी कार्य
कार्यक्रम के आधार पर), आप ऐसा करने के लिए इस लाइसेंस की अपनी स्वीकृति का संकेत देते हैं, और
कार्यक्रम की प्रतिलिपि बनाने, वितरित करने या संशोधित करने के लिए इसके सभी नियम और शर्तें या
उसके आधार पर काम करता है।

6. हर बार जब आप कार्यक्रम का पुनर्वितरण करते हैं (या कार्यक्रम पर आधारित कोई कार्य), तो
प्राप्तकर्ता स्वचालित रूप से मूल लाइसेंसकर्ता से प्रतिलिपि बनाने के लिए लाइसेंस प्राप्त करता है,
इन नियमों और शर्तों के अधीन कार्यक्रम को वितरित या संशोधित करें। आप कर सकते हैं
प्राप्तकर्ताओं के अधिकारों के प्रयोग पर कोई और प्रतिबंध न लगाएं
यहां दी गई। आप तृतीय पक्षों द्वारा अनुपालन लागू करने के लिए ज़िम्मेदार नहीं हैं
इस लाइसेंस के लिए।

7. अगर, अदालत के फैसले या पेटेंट उल्लंघन के आरोप के परिणामस्वरूप
या किसी अन्य कारण से (पेटेंट मुद्दों तक सीमित नहीं), शर्तें लगाई जाती हैं
आप (चाहे अदालत के आदेश, समझौते या अन्यथा) जो शर्तों का खंडन करते हैं
इस लाइसेंस के लिए, वे आपको इस लाइसेंस की शर्तों से क्षमा नहीं करते हैं। अगर
आप इसके तहत अपने दायित्वों को एक साथ पूरा करने के लिए वितरित नहीं कर सकते हैं
लाइसेंस और कोई अन्य प्रासंगिक दायित्व, तो परिणामस्वरूप आप नहीं कर सकते हैं
कार्यक्रम को बिल्कुल वितरित करें। उदाहरण के लिए, यदि कोई पेटेंट लाइसेंस अनुमति नहीं देगा
सीधे प्रतियां प्राप्त करने वाले सभी लोगों द्वारा कार्यक्रम का रॉयल्टी मुक्त पुनर्वितरण
या परोक्ष रूप से आपके माध्यम से, तभी आप इसे और इस दोनों को संतुष्ट कर सकते हैं
लाइसेंस पूरी तरह से कार्यक्रम के वितरण से बचना होगा।

यदि इस धारा के किसी भाग को किसी के अंतर्गत अमान्य या अप्रवर्तनीय माना जाता है
विशेष परिस्थिति में, अनुभाग का संतुलन लागू करने के लिए अभिप्रेत है और
एक पूरे के रूप में धारा अन्य परिस्थितियों में लागू करने के लिए अभिप्रेत है।

इस खंड का उद्देश्य आपको किसी पेटेंट का उल्लंघन करने के लिए प्रेरित करना या
अन्य संपत्ति अधिकार के दावे या ऐसे किसी भी दावे की वैधता का विरोध करने के लिए; यह अनुभाग
मुफ्त सॉफ्टवेयर वितरण की अखंडता की रक्षा करने का एकमात्र उद्देश्य है
प्रणाली, जिसे सार्वजनिक लाइसेंस प्रथाओं द्वारा कार्यान्वित किया जाता है। कई लोगों ने बनाया है
इसके माध्यम से वितरित सॉफ्टवेयर की विस्तृत श्रृंखला में उदार योगदान
उस प्रणाली के सुसंगत अनुप्रयोग पर निर्भरता में प्रणाली; यह इस पर निर्भर है
लेखक/दाता को यह तय करना होगा कि क्या वह किसी के माध्यम से सॉफ्टवेयर वितरित करने को तैयार है
अन्य प्रणाली और एक लाइसेंसधारी उस विकल्प को लागू नहीं कर सकता है।

इस खंड का उद्देश्य पूरी तरह से स्पष्ट करना है कि क्या माना जाता है a
इस लाइसेंस के बाकी के परिणाम।

8. यदि कार्यक्रम का वितरण और/या उपयोग कुछ निश्चित में प्रतिबंधित है
पेटेंट या कॉपीराइट इंटरफेस द्वारा देश, मूल कॉपीराइट
धारक जो इस लाइसेंस के तहत कार्यक्रम रखता है, एक स्पष्ट भौगोलिक जोड़ सकता है
उन देशों को छोड़कर वितरण सीमा, ताकि वितरण है
केवल या उन देशों में अनुमति दी गई है जिन्हें इस प्रकार बाहर नहीं रखा गया है। ऐसे मामले में, यह लाइसेंस
सीमा को शामिल करता है जैसे कि इस लाइसेंस के मुख्य भाग में लिखा गया हो।

9. फ्री सॉफ्टवेयर फाउंडेशन के संशोधित और/या नए संस्करण प्रकाशित कर सकता है
समय-समय पर सामान्य सार्वजनिक लाइसेंस। इस तरह के नए संस्करण समान होंगे
वर्तमान संस्करण के लिए भावना, लेकिन नई समस्याओं के समाधान के लिए विस्तार से भिन्न हो सकती है या
चिंताओं.

प्रत्येक संस्करण को एक अलग संस्करण संख्या दी जाती है। यदि प्रोग्राम निर्दिष्ट करता है a
इस लाइसेंस की संस्करण संख्या जो इस पर लागू होती है और "कोई बाद का संस्करण", आप
या तो उस संस्करण या के नियमों और शर्तों का पालन करने का विकल्प है
फ्री सॉफ्टवेयर फाउंडेशन द्वारा प्रकाशित कोई भी बाद का संस्करण। यदि कार्यक्रम करता है
इस लाइसेंस की संस्करण संख्या निर्दिष्ट न करें, आप कभी भी कोई भी संस्करण चुन सकते हैं
फ्री सॉफ्टवेयर फाउंडेशन द्वारा प्रकाशित।

10. यदि आप कार्यक्रम के कुछ हिस्सों को अन्य मुफ्त कार्यक्रमों में शामिल करना चाहते हैं
जिनकी वितरण शर्तें अलग हैं, पूछने के लिए लेखक को लिखें
अनुमति। सॉफ्टवेयर के लिए जो फ्री सॉफ्टवेयर फाउंडेशन द्वारा कॉपीराइट किया गया है,
फ्री सॉफ्टवेयर फाउंडेशन को लिखें; हम कभी-कभी इसके लिए अपवाद बनाते हैं। हमारी
निर्णय सभी की स्वतंत्र स्थिति को संरक्षित करने के दो लक्ष्यों द्वारा निर्देशित किया जाएगा
हमारे मुफ्त सॉफ्टवेयर के डेरिवेटिव और सॉफ्टवेयर के साझाकरण और पुन: उपयोग को बढ़ावा देने के लिए
आम तौर पर।

कोई वारंटी नहीं

11. चूंकि कार्यक्रम का लाइसेंस नि:शुल्क है, इसलिए इसके लिए कोई वारंटी नहीं है।
कार्यक्रम, लागू कानून द्वारा अनुमत सीमा तक। सिवाय इसके कि जब अन्यथा कहा गया हो
कॉपीराइट धारकों और/या अन्य पार्टियों को लिखने में कार्यक्रम "जैसा है" प्रदान करें
किसी भी प्रकार की वारंटी के बिना, व्यक्त या निहित, सहित, लेकिन नहीं
किसी विशेष के लिए व्यापारिकता और उपयुक्तता की निहित वारंटी तक सीमित
प्रयोजन। कार्यक्रम की गुणवत्ता और प्रदर्शन के संबंध में संपूर्ण जोखिम इसके साथ है
आप। क्या कार्यक्रम दोषपूर्ण साबित होना चाहिए, आप सभी आवश्यक लागतों का अनुमान लगाते हैं
सर्विसिंग, मरम्मत या सुधार।

12. किसी भी स्थिति में जब तक लागू कानून द्वारा आवश्यक न हो या लिखित में सहमत न हो
कोई कॉपीराइट धारक, या कोई अन्य पक्ष जो संशोधित और/या पुनर्वितरित कर सकता है
उपरोक्त अनुमत कार्यक्रम, किसी भी सामान्य सहित, नुकसान के लिए आप के लिए उत्तरदायी हो,
उपयोग या अक्षमता से उत्पन्न होने वाली विशेष, आकस्मिक या परिणामी क्षति
कार्यक्रम का उपयोग करें (डेटा या डेटा के नुकसान सहित लेकिन इन्हीं तक सीमित नहीं है)
आपके या तीसरे पक्ष द्वारा गलत या नुकसान या कार्यक्रम की विफलता
किसी अन्य कार्यक्रम के साथ संचालन करने के लिए), भले ही ऐसा धारक या अन्य पक्ष किया गया हो
इस तरह के नुकसान की संभावना की सलाह दी।

नियम और शर्तों का अंत

कैसे अपने नए कार्यक्रमों के लिए ये नियम लागू करने के लिए

यदि आप एक नया कार्यक्रम विकसित करते हैं, और आप चाहते हैं कि यह सबसे बड़ा संभव उपयोग हो
जनता के लिए, इसे प्राप्त करने का सबसे अच्छा तरीका यह है कि इसे मुफ्त सॉफ्टवेयर बनाया जाए जो
हर कोई इन शर्तों के तहत पुनर्वितरण और परिवर्तन कर सकता है।

ऐसा करने के लिए, कार्यक्रम में निम्नलिखित नोटिस संलग्न करें। संलग्न करना सबसे सुरक्षित है
उन्हें प्रत्येक स्रोत फ़ाइल की शुरुआत में सबसे प्रभावी ढंग से बहिष्करण को व्यक्त करने के लिए
वारंटी; और प्रत्येक फ़ाइल में कम से कम "कॉपीराइट" लाइन और एक सूचक होना चाहिए
जहां पूरा नोटिस मिलता है।


कॉपीराइट (सी)

यह कार्यक्रम मुफ्त सॉफ्टवेयर है; आप इसे पुनर्वितरित कर सकते हैं और / या संशोधित कर सकते हैं
यह GNU जनरल पब्लिक लाइसेंस की शर्तों के तहत प्रकाशित होता है
फ्री सॉफ्टवेयर फाउंडेशन; लाइसेंस का या तो संस्करण 2, या
(अपने विकल्प पर) किसी भी बाद के संस्करण।

यह कार्यक्रम इस आशा में वितरित किया जाता है कि यह उपयोगी होगा,
लेकिन किसी भी वारंटी के बिना; बिना निहित वारंटी के भी
किसी विशेष उद्देश्य के लिए अनुरूपता या फिटनेस। देखें
अधिक जानकारी के लिए जीएनयू जनरल पब्लिक लाइसेंस।

आपको GNU जनरल पब्लिक लाइसेंस की एक प्रति प्राप्त होनी चाहिए
इस कार्यक्रम के साथ; यदि नहीं, तो फ्री सॉफ्टवेयर को लिखें
फाउंडेशन, इंक., 59 टेंपल प्लेस, सुइट 330, बोस्टन, एमए 02111-1307 यूएसए

यह भी कि कैसे इलेक्ट्रॉनिक और कागज मेल से संपर्क करने पर जानकारी जोड़ें।

यदि प्रोग्राम इंटरेक्टिव है, तो इसे इस तरह से एक संक्षिप्त नोटिस आउटपुट करें जब यह
एक इंटरैक्टिव मोड में शुरू होता है:

लेखक का Gnomovision संस्करण 69, कॉपीराइट (C) वर्ष का नाम
Gnomovision बिल्कुल वारंटी के साथ आता है; विवरण के लिए 'शो डब्ल्यू' टाइप करें।
यह मुफ्त सॉफ्टवेयर है, और आप इसे फिर से वितरित करने के लिए स्वागत करते हैं
खास शर्तों के अन्तर्गत; विवरण के लिए 'शो सी' टाइप करें।

काल्पनिक कमांड `शो डब्ल्यू' और `शो सी' को उपयुक्त भागों को दिखाना चाहिए
सामान्य सार्वजनिक लाइसेंस के। बेशक, आपके द्वारा उपयोग किए जाने वाले आदेशों को कहा जा सकता है
'शो डब्ल्यू' और 'शो सी' के अलावा कुछ; वे माउस-क्लिक या मेनू भी हो सकते हैं
आइटम - जो भी आपके कार्यक्रम के अनुकूल हो।

आपको अपने नियोक्ता (यदि आप एक प्रोग्रामर के रूप में काम करते हैं) या अपने स्कूल, यदि
यदि आवश्यक हो, तो कार्यक्रम के लिए "कॉपीराइट अस्वीकरण" पर हस्ताक्षर करने के लिए। यहां है
नमूना; नाम बदलें:

Yoyodyne, Inc., इस कार्यक्रम में सभी कॉपीराइट हित का खुलासा करता है
जेम्स हैकर द्वारा लिखित 'ग्नोमोविज़न' (जो कंपाइलर्स पर पास बनाता है)।

, 1 अप्रैल 1989
टाइ कोन, वाइस प्रेसिडेंट

यह सामान्य सार्वजनिक लाइसेंस आपके कार्यक्रम को शामिल करने की अनुमति नहीं देता है
मालिकाना कार्यक्रम। यदि आपका प्रोग्राम एक सबरूटीन लाइब्रेरी है, तो आप इस पर विचार कर सकते हैं
मालिकाना अनुप्रयोगों को पुस्तकालय के साथ जोड़ने की अनुमति देने के लिए अधिक उपयोगी है। अगर यह
आप क्या करना चाहते हैं, इसके बजाय जीएनयू लाइब्रेरी जनरल पब्लिक लाइसेंस का उपयोग करें
लाइसेंस।

रासलिक यदि आप GPL का उपयोग नहीं करते हैं, तो निम्नलिखित लाइसेंस शर्तें लागू होती हैं:

रसमोल लाइसेंस

भले ही यहां पाए गए विभिन्न दस्तावेजों और सॉफ्टवेयर के लेखकों ने बनाया है
यह सुनिश्चित करने के लिए एक अच्छा विश्वास प्रयास है कि दस्तावेज़ सही हैं और यह कि सॉफ़्टवेयर
इसके दस्तावेज़ीकरण के अनुसार प्रदर्शन करता है, और हम इसकी सुनने की बहुत सराहना करेंगे
किसी भी समस्या का सामना करना पड़ सकता है, प्रोग्राम और दस्तावेज़ द्वारा बनाई गई कोई भी फाइल
कार्यक्रमों को **जैसा है** प्रदान किया जाता है, जिसमें शुद्धता की कोई वारंटी नहीं होती है,
किसी विशेष या सामान्य उपयोग के लिए व्यापारिकता या फिटनेस।

कार्यक्रमों के उपयोग से किसी भी प्रतिकूल परिणाम के लिए जिम्मेदारी या
दस्तावेज़ या प्रोग्राम या दस्तावेज़ों के उपयोग से बनाई गई कोई भी फ़ाइल या फ़ाइलें झूठ बोलती हैं
केवल प्रोग्राम या दस्तावेज़ या फ़ाइल या फ़ाइलों के उपयोगकर्ताओं के साथ और इसके साथ नहीं
कार्यक्रमों या दस्तावेजों के लेखक।

ऊपर बताई गई शर्तों की आपकी स्वीकृति के अधीन, और के लिए आपके सम्मान के अधीन
नीचे दिए गए नोटिस में बताए गए नियम और शर्तें, यदि आप कोई नहीं करने जा रहे हैं
संशोधनों या व्युत्पन्न कार्यों को बनाने के लिए, आपको स्वतंत्र रूप से कॉपी करने की अनुमति दी जाती है और
इस पैकेज को वितरित करें, बशर्ते आप निम्न कार्य करें:

1. या तो पूरा दस्तावेज शामिल करें, विशेष रूप से फाइल नोटिस, के साथ
आप क्या वितरित करते हैं या एक स्पष्ट संकेत प्रदान करते हैं जहां लोग इसकी एक प्रति प्राप्त कर सकते हैं
दस्तावेज़ीकरण; तथा

2. कृपया क्रेडिट दें जहां संस्करण और मूल का हवाला देते हुए क्रेडिट देय है
लेखक ठीक से; तथा

3. कृपया किसी को यह आभास न दें कि मूल लेखक हैं
किसी भी प्रकार की वारंटी प्रदान करना।

यदि आप किसी अन्य कार्यक्रम में रसमोल के प्रमुख अंशों का उपयोग करना चाहते हैं, तो करें
रासमोल में संशोधन, या किसी अन्य तरीके से एक वकील क्या कहेगा a
"व्युत्पन्न कार्य", आपको केवल ऐसा करने की अनुमति नहीं है, आपको ऐसा करने के लिए प्रोत्साहित किया जाता है।
जिन चीजों पर हमने ऊपर चर्चा की, उनके अलावा, कृपया निम्नलिखित कार्य करें:

4. कृपया अपने दस्तावेज़ में बताएं कि आपने जो किया वह इससे कैसे भिन्न है
रसमोल का संस्करण; तथा

5. कृपया अपना संशोधित स्रोत कोड उपलब्ध कराएं।

RasMol का यह संस्करण सार्वजनिक डोमेन में _not_ है, लेकिन इसे स्वतंत्र रूप से दिया जाता है
विज्ञान को आगे बढ़ाने की उम्मीद में समुदाय। यदि आप परिवर्तन करते हैं, तो कृपया उन्हें करें
एक जिम्मेदार तरीके से, और कृपया हमें उन्हें शामिल करने का अवसर प्रदान करें
रासमोल के भविष्य के संस्करणों में परिवर्तन।

सामान्य जानकारी नोटिस
निम्नलिखित नोटिस इस कार्य पर समग्र रूप से और शामिल कार्यों पर लागू होता है
इसके अंदर:

* रचनात्मक प्रयास विचारों के जीवंत आदान-प्रदान पर निर्भर करते हैं। कानून हैं और
सीमा शुल्क जो लेखकों और उपयोगकर्ताओं के लिए अधिकार और जिम्मेदारियां स्थापित करते हैं
लेखक क्या बनाते हैं। इस नोटिस का उद्देश्य आपको इसका उपयोग करने से रोकना नहीं है
इस पैकेज में सॉफ्टवेयर और दस्तावेज, लेकिन यह सुनिश्चित करने के लिए कि कोई नहीं है
इस तरह के उपयोग के नियमों और शर्तों के बारे में गलतफहमी।

* कृपया निम्नलिखित सूचना को ध्यान से पढ़ें। अगर आपको कोई भाग समझ में नहीं आता है
इस नोटिस का, कृपया उपयोग करने से पहले उचित पेशेवर कानूनी सलाह लें
इस सॉफ्टवेयर पैकेज में शामिल सॉफ्टवेयर और दस्तावेजों की। निम्न के अलावा
बुद्धिजीवियों का सम्मान करने के लिए आप जो भी अन्य कदम उठाने के लिए बाध्य हो सकते हैं
यदि आप सॉफ़्टवेयर का उपयोग करते हैं, तो इसमें शामिल विभिन्न पक्षों के संपत्ति अधिकार
और इस पैकेज में दस्तावेज़, कृपया क्रेडिट दें जहां क्रेडिट देय है . का हवाला देते हुए
यह पैकेज, इसके लेखक और URL या अन्य स्रोत जिससे आपने इसे प्राप्त किया है,
या समान लेखकों के साथ साहित्य में समकक्ष प्राथमिक संदर्भ।

* इस सॉफ़्टवेयर पैकेज में शामिल कुछ सॉफ़्टवेयर और दस्तावेज़ हैं:
विभिन्न दलों की बौद्धिक संपदा, और इस पैकेज में प्लेसमेंट नहीं है
किसी भी तरह से इसका मतलब यह है कि ऐसे किसी भी अधिकार को किसी भी तरह से माफ या कम कर दिया गया है।

* किसी भी सॉफ़्टवेयर या दस्तावेज़ के संबंध में जिसके लिए कॉपीराइट मौजूद है, ALL
ऐसे कॉपीराइट के मालिकों के अधिकार सुरक्षित हैं।

*भले ही यहां पाए गए विभिन्न दस्तावेजों और सॉफ्टवेयर के लेखकों ने
यह सुनिश्चित करने के लिए एक अच्छा विश्वास प्रयास किया कि दस्तावेज सही हैं और
सॉफ़्टवेयर अपने दस्तावेज़ीकरण के अनुसार प्रदर्शन करता है, और हम इसकी बहुत सराहना करेंगे
आपके सामने आने वाली किसी भी समस्या, कार्यक्रमों और दस्तावेजों और किसी भी फाइल की सुनवाई
प्रोग्राम द्वारा बनाए गए **जैसा है** बिना किसी वारंटी के प्रदान किए जाते हैं
किसी विशेष या सामान्य उपयोग के लिए शुद्धता, व्यापारिकता या उपयुक्तता।

* कार्यक्रमों के उपयोग से किसी भी प्रतिकूल परिणाम के लिए जिम्मेदारी या
दस्तावेज़ या प्रोग्राम या दस्तावेज़ों के उपयोग से बनाई गई कोई भी फ़ाइल या फ़ाइलें झूठ बोलती हैं
केवल प्रोग्राम या दस्तावेज़ या फ़ाइल या फ़ाइलों के उपयोगकर्ताओं के साथ और इसके साथ नहीं
कार्यक्रमों या दस्तावेजों के लेखक।

इस पैकेज को लाइसेंस देने के दो वैकल्पिक तरीकों के लिए GPL और RASLIC फ़ाइलें देखें।

रसमोली V2.6 नोटिस
निम्नलिखित सूचना RasMol V 2.6 और पुराने RasMol संस्करणों पर लागू होती है।

इस दस्तावेज़ में जानकारी बिना किसी सूचना के परिवर्तन के अधीन है और नहीं
आपूर्तिकर्ता की ओर से एक प्रतिबद्धता का प्रतिनिधित्व करते हैं। यह पैकेज है
इस शर्त के अधीन बेचा/वितरित किया जाता है कि यह व्यापार के माध्यम से या
अन्यथा, उधार दिया जा सकता है, फिर से बेचा जा सकता है, किराए पर लिया जा सकता है या अन्यथा परिचालित किया जा सकता है
आपूर्तिकर्ता की पूर्व सहमति, उसके अलावा किसी भी प्रकार की पैकेजिंग या कवर में
जिसका उत्पादन किया गया था। इस मैनुअल या इसके साथ आने वाले सॉफ़्टवेयर का कोई भी भाग नहीं हो सकता है
पुन: प्रस्तुत, ऑप्टिकल या चुंबकीय डिस्क, टेप या किसी पर एक पुनर्प्राप्ति प्रणाली में संग्रहीत
अन्य माध्यम, या किसी भी रूप में या किसी भी माध्यम से प्रेषित, इलेक्ट्रॉनिक, मैकेनिकल,
खरीदार के अलावा किसी अन्य उद्देश्य के लिए फोटोकॉपी, रिकॉर्डिंग या अन्यथा
निजी इस्तेमाल।

इस उत्पाद का उपयोग नियोजन, निर्माण, रखरखाव में नहीं किया जाना है,
किसी भी परमाणु सुविधा का संचालन या उपयोग और न ही उड़ान, नेविगेशन या
विमान या जमीनी समर्थन उपकरण का संचार। लेखक नहीं होगा
इस तरह के उपयोग से उत्पन्न होने वाले किसी भी दावे या क्षति के लिए, संपूर्ण या आंशिक रूप से उत्तरदायी,
मृत्यु, दिवालियेपन या युद्ध के प्रकोप सहित।

आईयूसीआर नीति
RSI आईयूसीआर नीति एसटी la सुरक्षा और la पार्टनरशिप of la स्टार पट्टिका और सीआईएफ
मानक एसटी का आदान प्रदान और संग्रह करने इलेक्ट्रोनिक डेटा।

अवलोकन

क्रिस्टलोग्राफिक सूचना फ़ाइल (CIF)[1] सूचना के लिए एक मानक है
इंटरनेशनल यूनियन ऑफ क्रिस्टलोग्राफी (IUCr) द्वारा प्रख्यापित इंटरचेंज। सीआईएफ
(हॉल, एलन एंड ब्राउन, 1991) प्रकाशन प्रस्तुत करने का अनुशंसित तरीका है
एक्टा क्रिस्टलोग्राफिका अनुभाग सी और क्रिस्टल संरचना निर्धारण की रिपोर्ट
एक्टा क्रिस्टलोग्राफिका और कई अन्य पत्रिकाओं के अन्य वर्गों के लिए। वाक्य रचना
एक सीआईएफ अधिक सामान्य स्टार फ़ाइल [2] प्रारूप का एक सबसेट है। सीआईएफ और स्टार फाइल
डेटा विनिमय के लिए संरचनात्मक विज्ञान में दृष्टिकोणों का तेजी से उपयोग किया जाता है और
संग्रह, और अन्य में इन गतिविधियों पर एक महत्वपूर्ण प्रभाव डाल रहे हैं
क्षेत्रों.

कथन of इरादा

स्टार फ़ाइल में IUCr की रुचि के लिए एक सामान्य डेटा इंटरचेंज मानक के रूप में है
विज्ञान, और सीआईएफ में इसकी रुचि, स्टार फ़ाइल का एक अनुरूप व्युत्पन्न, है
क्रिस्टलोग्राफी और स्ट्रक्चरल के लिए एक संक्षिप्त डेटा एक्सचेंज और अभिलेखीय मानक के रूप में
विज्ञान।

सुरक्षा of la मानकों

इंटरचेंजिंग और संग्रह के मानकों के रूप में स्टार फ़ाइल और सीआईएफ की रक्षा करने के लिए
वैज्ञानिक समुदाय की ओर से इलेक्ट्रॉनिक डेटा, IUCr,

* मानकों पर कॉपीराइट स्वयं रखता है,

* संबद्ध ट्रेडमार्क और सेवा चिह्नों का स्वामी है, और

* स्टार फाइल पर पेटेंट रखता है।

ये बौद्धिक संपदा अधिकार पूरी तरह से इंटरचेंज प्रारूपों से संबंधित हैं, न कि
उसमें निहित डेटा, न ही पीढ़ी में उपयोग किए गए सॉफ़्टवेयर, एक्सेस या
डेटा का हेरफेर।

पार्टनरशिप of la मानकों

एकमात्र आवश्यकता जो IUCr, अपनी सुरक्षात्मक भूमिका में, सॉफ़्टवेयर पर लागू करती है
स्टार फ़ाइल या सीआईएफ डेटा को संसाधित करने का तात्पर्य यह है कि निम्नलिखित शर्तों को पूरा किया जाए
बिक्री या वितरण से पहले।

* सॉफ़्टवेयर जो STAR फ़ाइल या CIF में लिखी गई फ़ाइलों को पढ़ने का दावा करता है
मानक एक फ़ाइल अनुरूप से प्रासंगिक डेटा निकालने में सक्षम होना चाहिए
स्टार फ़ाइल सिंटैक्स, या सीआईएफ सिंटैक्स, क्रमशः।

* सॉफ़्टवेयर जो STAR फ़ाइल, या CIF, मानक में फ़ाइलों को लिखने का दावा करता है
ऐसी फाइलें तैयार करनी चाहिए जो स्टार फाइल सिंटैक्स, या सीआईएफ सिंटैक्स के अनुरूप हों,
क्रमशः.

* एक विशिष्ट डेटा डिक्शनरी से परिभाषाओं को पढ़ने का दावा करने वाला सॉफ़्टवेयर स्वीकृत
आईयूसीआर द्वारा किसी भी प्रासंगिक परिभाषा को निकालने में सक्षम होना चाहिए जो कि अनुरूप हो
डिक्शनरी डेफिनिशन लैंग्वेज (DDL)[3] जो उस डिक्शनरी से जुड़ी है।

IUCr, CIF मानकों पर अपनी समिति के माध्यम से, किसी भी डेवलपर की सहायता करेगा
सत्यापित करें कि सॉफ़्टवेयर इन अनुरूपता शर्तों को पूरा करता है।

शब्दकोष of शर्तों

[1] सीआईएफ:

पर परिभाषित फ़ाइल सिंटैक्स के अनुरूप एक डेटा फ़ाइल है http://www.iucr.org/iucr-
शीर्ष/सिफ/कल्पना/index.html

[2] स्टार फ़ाइल:

पर परिभाषित फ़ाइल सिंटैक्स के अनुरूप एक डेटा फ़ाइल है http://www.iucr.org/iucr-
शीर्ष/सीआईएफ/कल्पना/स्टार/index.html

[3] डीडीएल:

डेटा डिक्शनरी में डेटा आइटम को परिभाषित करने के लिए उपयोग की जाने वाली भाषा है
"गुण"। शब्दकोश वर्तमान में IUCr, और DDL संस्करणों द्वारा अनुमोदित हैं
इन शब्दकोशों के निर्माण के लिए प्रयुक्त, पर सूचीबद्ध हैं http://www.iucr.org/iucr-
शीर्ष/सीआईएफ/कल्पना/डीडीएल/index.html

अंतिम बार संशोधित: 30 सितंबर 2000

आईयूसीआर नीति कॉपीराइट (सी) 2000 इंटरनेशनल यूनियन ऑफ क्रिस्टलोग्राफी

सीबीएफएलआईबी निम्नलिखित अस्वीकरण सूचना CBFlib V0.1 पर लागू होती है, जिसमें से यह कोड
भाग व्युत्पन्न है।

* इसके साथ प्रस्तुत की गई वस्तुओं को यूएस के प्रायोजन के तहत विकसित किया गया था
सरकार। न तो यूएस, न यूएसडीओई, न ही लेलैंड स्टैनफोर्ड जूनियर
विश्वविद्यालय, न ही उनके कर्मचारी, कोई वारंटी, व्यक्त या निहित, या मान लेते हैं
सटीकता, पूर्णता या किसी की उपयोगिता के लिए कोई दायित्व या जिम्मेदारी
सूचना, उपकरण, उत्पाद या प्रक्रिया का खुलासा किया गया है, या इसके उपयोग का प्रतिनिधित्व करता है
निजी स्वामित्व वाले अधिकारों का उल्लंघन नहीं करेगा। किसी उत्पाद, उसके निर्माता का उल्लेख करें,
या आपूर्तिकर्ता अनुमोदन, अस्वीकृति, या का अर्थ नहीं करेंगे, न ही इसका इरादा है
किसी विशेष उपयोग के लिए फिटनेस। अमेरिका और विश्वविद्यालय हर समय बरकरार रखते हैं
किसी भी उद्देश्य के लिए सुसज्जित वस्तुओं के उपयोग और प्रसार का अधिकार।

नोटिस 91 02 01

सिफ़ारसी
इस सॉफ़्टवेयर के कुछ अंश के CIFPARSE सॉफ़्टवेयर पैकेज पर आधारित हैं
रटगर्स विश्वविद्यालय में एनडीबी। देखो

http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif/software

CIFPARSE NDBQUERY एप्लिकेशन का हिस्सा है, जो न्यूक्लिक का एक प्रोग्राम घटक है
एसिड डेटाबेस प्रोजेक्ट [ एचएम बर्मन, डब्ल्यूके ओल्सन, डीएल बेवरिज, जेके
वेस्टब्रुक, ए। गेलबिन, टी। डेमेनी, एसएच शीह, एआर श्रीनिवासन, और बी। श्नाइडर।
(1992)। न्यूक्लिक एसिड डेटाबेस: तीन का एक व्यापक संबंधपरक डेटाबेस-
न्यूक्लिक एसिड की आयामी संरचनाएं। बायोफिज़ जे., 63, 751-759.], जिसका
सहयोग को कृतज्ञतापूर्वक स्वीकार किया जाता है, विशेष रूप से डिजाइन अवधारणाओं के रूप में
जे वेस्टब्रुक द्वारा बनाया गया।

कृपया CIFPARSE API में निम्नलिखित नोटिस से अवगत रहें:

यह सॉफ़्टवेयर A के लिए व्यापारिकता या उपयुक्तता की वारंटी के बिना प्रदान किया जाता है
विशेष प्रयोजन या कोई अन्य वारंटी, व्यक्त या निहित। रटगर्स मेक नो
प्रतिनिधित्व या वारंटी कि सॉफ़्टवेयर किसी पेटेंट का उल्लंघन नहीं करेगा,
कॉपीराइट या अन्य मालिकाना अधिकार।

वर्णन

रासमोल एक आणविक ग्राफिक्स प्रोग्राम है जो प्रोटीन, न्यूक्लिक . के दृश्य के लिए अभिप्रेत है
एसिड और छोटे अणु। कार्यक्रम का उद्देश्य प्रदर्शन, शिक्षण और उत्पादन करना है
प्रकाशन गुणवत्ता चित्र। रासमोल वास्तुकला और संचालन की विस्तृत श्रृंखला पर चलता है
Microsoft Windows, Apple Macintosh, UNIX और VMS सिस्टम सहित सिस्टम। यूनिक्स और वीएमएस
संस्करणों के लिए 8, 24 या 32 बिट रंग X Windows डिस्प्ले (X11R4 या बाद के संस्करण) की आवश्यकता होती है। एक्स
रासमोल का विंडोज संस्करण हार्डवेयर डायल बॉक्स के लिए वैकल्पिक समर्थन प्रदान करता है और
त्वरित साझा स्मृति संचार (XInput और MIT-SHM एक्सटेंशन के माध्यम से) यदि
वर्तमान एक्स सर्वर पर उपलब्ध है।

कार्यक्रम एक अणु समन्वय फ़ाइल में पढ़ता है और अंतःक्रियात्मक रूप से अणु को प्रदर्शित करता है
रंग योजनाओं और अणु अभ्यावेदन की एक किस्म में स्क्रीन। वर्तमान में
उपलब्ध अभ्यावेदन में गहराई से जुड़े वायरफ्रेम, 'ड्राइडिंग' स्टिक्स, स्पेसफिलिंग शामिल हैं
(CPK) गोले, गेंद और छड़ी, ठोस और स्ट्रैंड जैव-आणविक रिबन, परमाणु लेबल और डॉट
सतहों।

एक बार में अधिकतम 5 अणुओं को लोड और प्रदर्शित किया जा सकता है। कोई एक या सभी
अणुओं को घुमाया और अनुवादित किया जा सकता है।

रासमोल हेल्प फैसिलिटी को "help ." टाइप करके एक्सेस किया जा सकता है "या" मदद
" कमांड लाइन से। RasMol कमांड की पूरी सूची प्रदर्शित की जा सकती है
"सहायता आदेश" टाइप करना। कीवर्ड को संक्षिप्त करने के लिए एक प्रश्न चिह्न का भी उपयोग किया जा सकता है
"मदद"। कृपया महत्वपूर्ण सूचनाओं के लिए "सहायता नोटिस" टाइप करें।

कमानों

RasMol पर टाइप किए गए इंटरैक्टिव कमांड के निष्पादन की अनुमति देता है रसमोल> में शीघ्र
टर्मिनल विंडो। प्रत्येक कमांड को एक अलग लाइन पर दिया जाना चाहिए। कीवर्ड केस हैं
असंवेदनशील और अपर या लोअर केस अक्षरों में दर्ज किया जा सकता है। सभी व्हाइटस्पेस
कीवर्ड और उनके तर्कों को अलग करने के अलावा वर्णों को अनदेखा किया जाता है।

सभी आदेशों को एक कोष्ठक द्वारा उपसर्ग किया जा सकता है परमाणु अभिव्यक्ति अस्थायी रूप से चयन करने के लिए
कुछ परमाणु केवल उस एक आदेश के निष्पादन के लिए। आदेश के निष्पादन के बाद,
आदेशों को छोड़कर पिछला चयन बहाल कर दिया गया है चयन , रोकना और लिपियों.

वर्तमान में रसमोल द्वारा मान्यता प्राप्त कमांड/कीवर्ड नीचे दिए गए हैं।

आधार
रसमोली रीढ़ की हड्डी कमांड एक पॉलीपेप्टाइड रीढ़ की हड्डी के प्रतिनिधित्व की अनुमति देता है:
प्रत्येक अमीनो एसिड के आसन्न अल्फा कार्बन को जोड़ने वाले बंधों की एक श्रृंखला a
जंजीर। इन बैकबोन 'बॉन्ड्स' का प्रदर्शन कमांड द्वारा चालू और बंद किया जाता है
पैरामीटर उसी तरह से जैसे wireframe आदेश। आदेश रीढ़ की हड्डी बंद
चयनित 'बॉन्ड' को बंद कर देता है, और रीढ़ की हड्डी on या एक नंबर के साथ उन्हें चालू करता है। NS
संख्या का उपयोग या तो प्रतिनिधित्व के सिलेंडर त्रिज्या को निर्दिष्ट करने के लिए किया जा सकता है
एंगस्ट्रॉम या रासमोल इकाइयाँ। 500 (2.0 एंगस्ट्रॉम) या उससे अधिक परिणामों का एक पैरामीटर मान
"पैरामीटर मान बहुत बड़ा" त्रुटि में। बैकबोन ऑब्जेक्ट्स को का उपयोग करके रंगीन किया जा सकता है
रसमोली रंग रीढ़ की हड्डी आदेश।

आरक्षित शब्द बैकबोन का उपयोग पूर्वनिर्धारित सेट ("सहायता सेट") के रूप में और a . के रूप में भी किया जाता है
के लिए पैरामीटर सेट हबोंड और सेट एसएसबॉन्ड आदेश। रसमोल कमांड निशान
के विपरीत एक चिकनी रीढ़ प्रदान करता है रीढ़ की हड्डी जो अल्फा कार्बन को जोड़ता है
सीधी रेखाओं के साथ।

बैकबोन को धराशायी लाइनों के साथ प्रदर्शित किया जा सकता है रीढ़ की हड्डी पानी का छींटा
आदेश।

पृष्ठभूमि
रसमोली पृष्ठभूमि कमांड का उपयोग "कैनवास" पृष्ठभूमि का रंग सेट करने के लिए किया जाता है।
रंग या तो रंग के नाम के रूप में दिया जा सकता है या लाल रंग के अल्पविराम से अलग किए गए ट्रिपल,
वर्गाकार कोष्ठकों में संलग्न हरे और नीले (RGB) घटक। कमांड टाइप करना
मदद रंग रसमोल द्वारा मान्यता प्राप्त पूर्वनिर्धारित रंग नामों की एक सूची देगा।
X Windows के अंतर्गत चलने पर, RasMol X सर्वर के रंगों को भी पहचानता है
रंग नाम डेटाबेस।

RSI पृष्ठभूमि कमांड रासमोल का पर्याय है सेट पृष्ठभूमि आदेश।

बंधन रसमोल कमांड बंधन + में निर्दिष्ट बांड जोड़ता है
ड्राइंग, बॉन्ड ऑर्डर बढ़ाना यदि बॉन्ड पहले से मौजूद है। आदेश बंधन
चुनना परमाणु क्रमांक द्वारा निर्दिष्ट दो परमाणुओं का चयन करता है
एक बंधन के दो सिरों के रूप में जिसके चारों ओर घुमाएँ बंधन आदेश होगा
लागू। यदि कोई बंधन मौजूद नहीं है, तो यह बनाया जाता है।

पहले से चुने गए बांड के चारों ओर रोटेशन द्वारा निर्दिष्ट किया जा सकता है घुमाएँ बंधन
कमांड, या का उपयोग करके माउस से भी नियंत्रित किया जा सकता है बंधन घुमाएँ
पर / बंद या समकक्ष घुमाएँ बंधन पर / बंद आदेश देता है।

बल्गेरियाई
रसमोली बल्गेरियाई कमांड मेनू और संदेशों को बल्गेरियाई संस्करणों में सेट करता है।

यह आदेश ठीक से काम नहीं कर सकता है जब तक कि उपयुक्त फोंट स्थापित नहीं किया गया हो।
आज्ञा बल्गेरियाई, चीनी, अंग्रेज़ी, फ्रेंच, इतालवी, रूसी और स्पेनिश मई
बल्गेरियाई, चीनी, अंग्रेजी, फ्रेंच, इतालवी, जापानी, रूसी का चयन करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है
और स्पेनिश मेनू और संदेश यदि उपयुक्त फोंट स्थापित किए गए हैं।

कार्टून
रसमोली कार्टून आदेश एक अणु का प्रदर्शन करता है रिबन रिचर्डसन के रूप में
(मोलस्क्रिप्ट) स्टाइल प्रोटीन कार्टून, मोटे (गहरे) रिबन के रूप में लागू किया गया। NS
एक प्रोटीन का कार्टून निरूपण प्राप्त करने का सबसे आसान तरीका इसका उपयोग करना है कार्टून
पर विकल्प डिस्प्ले मेन्यू। कार्टून आदेश वर्तमान में चयनित का प्रतिनिधित्व करता है
कमांड के तर्क द्वारा निर्दिष्ट चौड़ाई के साथ एक गहरे रिबन के रूप में अवशेष। का उपयोग करते हुए
एक पैरामीटर के बिना आदेश रिबन की चौड़ाई से लिया जा रहा है
प्रोटीन की द्वितीयक संरचना, जैसा कि में वर्णित है रिबन आदेश। डिफ़ॉल्ट रूप से,
बीटा-शीट्स के सी-टर्मिनी को एरो हेड्स के रूप में प्रदर्शित किया जाता है। यह सक्षम किया जा सकता है और
का उपयोग कर अक्षम सेट कार्टून आदेश। कार्टून की गहराई को समायोजित किया जा सकता है
का उपयोग सेट कार्टून आदेश। सेट कार्टून बिना किसी के आदेश
पैरामीटर इन दो विकल्पों को उनके डिफ़ॉल्ट मानों पर लौटाता है।

केंद्र रसमोली केंद्र कमांड उस बिंदु को परिभाषित करता है जिसके बारे में घुमाएँ आदेश और
स्क्रॉल बार वर्तमान अणु को घुमाते हैं। एक पैरामीटर के बिना केंद्र कमांड
रोटेशन के केंद्र को अणु के गुरुत्वाकर्षण के केंद्र के रूप में रीसेट करता है। यदि एक
परमाणु अभिव्यक्ति निर्दिष्ट है, रासमोल अणु को के केंद्र के बारे में घुमाता है
व्यंजक द्वारा निर्दिष्ट परमाणुओं के समुच्चय का गुरुत्व। इसलिए, यदि एक एकल परमाणु है
व्यंजक द्वारा निर्दिष्ट, कि परमाणु घूर्णन के दौरान 'स्थिर' रहेगा।

प्रकार मदद अभिव्यक्ति रासमोल परमाणु व्यंजक के बारे में अधिक जानकारी के लिए।

वैकल्पिक रूप से केंद्र को [CenX, CenY, के अल्पविराम से अलग किए गए ट्रिपल के रूप में दिया जा सकता है
CenZ] गुरुत्वाकर्षण के केंद्र से रसमोल इकाइयों (एक एंगस्ट्रॉम का 1/250) में ऑफसेट।
ट्रिपल को वर्ग कोष्ठक में संलग्न किया जाना चाहिए।

वैकल्पिक रूप केंद्र ... अनुवाद करना और केंद्र ... केंद्र करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है
रोटेशन के अनुवादित केंद्र का उपयोग निर्दिष्ट करें (जरूरी नहीं कि केंद्र में हो)
कैनवास) या रोटेशन का केंद्र जो कैनवास के केंद्र में रखा गया है।
RasMol 2.7.2 से शुरू होकर, कैनवास पर नए अक्ष को केन्द्रित करने के लिए डिफ़ॉल्ट है।

चैनीस
रसमोली चैनीस कमांड मेनू और संदेशों को चीनी संस्करणों में सेट करता है।

यह आदेश ठीक से काम नहीं कर सकता है जब तक कि उपयुक्त फोंट स्थापित नहीं किया गया हो।
आज्ञा बल्गेरियाई, चीनी, अंग्रेज़ी, फ्रेंच, इतालवी, रूसी और स्पेनिश मई
बल्गेरियाई, चीनी, अंग्रेजी, फ्रेंच, इतालवी, जापानी, रूसी का चयन करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है
और स्पेनिश मेनू और संदेश यदि उपयुक्त फोंट स्थापित किए गए हैं।

क्लिपबोर्ड
रसमोली क्लिपबोर्ड आदेश वर्तमान में प्रदर्शित छवि की एक प्रति पर रखता है
स्थानीय ग्राफिक्स 'क्लिपबोर्ड'। नोट: यह आदेश अभी तक UNIX या VMS पर समर्थित नहीं है
मशीनें। इसका उद्देश्य अनुप्रयोगों के बीच छवियों को स्थानांतरित करना आसान बनाना है
Microsoft Windows के अंतर्गत या Apple Macintosh पर।

यूनिक्स या वीएमएस सिस्टम पर रासमोल का उपयोग करते समय यह कार्यक्षमता किसके द्वारा प्राप्त की जा सकती है
एक प्रारूप में एक रेखापुंज छवि उत्पन्न करना जिसे प्राप्त करने वाले कार्यक्रम द्वारा पढ़ा जा सकता है
रसमोल का उपयोग करना लिखना आदेश।

रंग चयनित क्षेत्र के परमाणुओं (या अन्य वस्तुओं) को रंग दें। रंग दिया जा सकता है
लाल, हरे और नीले (RGB) के रंग के नाम या अल्पविराम से अलग किए गए ट्रिपल के रूप में
वर्ग कोष्ठक में संलग्न घटक। कमांड टाइप करना मदद रंग एक दे देंगे
रसमोल द्वारा मान्यता प्राप्त सभी पूर्वनिर्धारित रंग नामों की सूची।

अनुमत वस्तुएं हैं परमाणु, बांड, रीड की हड्डी, रिबन, लेबल, बिंदु, बांड, नक्शा, और
एसएस बांड यदि कोई वस्तु निर्दिष्ट नहीं है, तो डिफ़ॉल्ट कीवर्ड परमाणु माना गया है। कुछ
रंग योजनाओं को कुछ वस्तु प्रकारों के लिए परिभाषित किया गया है। रंग योजना कोई नहीं हो सकता है
परमाणुओं और बिंदुओं को छोड़कर सभी वस्तुओं पर लागू होता है, यह बताते हुए कि चयनित वस्तुएं
उनका अपना कोई रंग नहीं होता है, लेकिन वे अपने संबंधित परमाणुओं के रंग का उपयोग करते हैं (अर्थात
परमाणु वे जुड़ते हैं)। परमाणु वस्तुओं को द्वारा भी रंगा जा सकता है कुल मिलाकर, अमीनो, जंजीर,
चार्ज, सीपीके, समूह, आदर्श, सुडौल, संरचना, तापमान or उपयोगकर्ता. हाइड्रोजन बांड
द्वारा भी रंगा जा सकता है टाइप और डॉट सतहों को किसके द्वारा रंगा जा सकता है इलेक्ट्रोस्टैटिक
क्षमता। अधिक जानकारी के लिए टाइप करें मदद रंग . मानचित्र वस्तुएं हो सकती हैं
निकटतम परमाणु द्वारा विशिष्ट रंग से रंगा जाता है।

रंग मोड
ColorMode उपयोगकर्ता को नए का उपयोग करने के बीच स्विच करने की अनुमति देता है रंग तरीका। पर
वर्तमान में, नई रंगाई तकनीक पुराने के समान ही है, लेकिन संरक्षित करने के लिए
पुरानी लिपियों के लिए अनुकूलता शीर्ष के पास "कलरमोड ऑन" जोड़ना बुद्धिमानी हो सकती है
आपकी स्क्रिप्ट का कहीं, यदि स्क्रिप्ट को RasMol के संस्करण 2.7.3 के लिए डिज़ाइन किया गया था या
पूर्व। नई रंग पद्धति, जब पूर्ण हो जाती है, तो इसका उद्देश्य कुछ बगों को ठीक करना है
रंगाई दिनचर्या।

जुड़ें
रसमोली कनेक्ट कमांड का उपयोग रासमोल को (पुनः) गणना करने के लिए मजबूर करने के लिए किया जाता है
वर्तमान अणु की कनेक्टिविटी। यदि मूल इनपुट फ़ाइल में निहित है
कनेक्टिविटी जानकारी, इसे खारिज कर दिया जाता है। आदेश कनेक्ट असत्य उपवास का उपयोग करता है
अनुमानी एल्गोरिथ्म जो बड़े जैव-अणुओं में संबंध निर्धारित करने के लिए उपयुक्त है
जैसे प्रोटीन और न्यूक्लिक एसिड। आदेश कनेक्ट <strong>उद्देश्य</strong> अधिक धीमे का उपयोग करता है
सहसंयोजक त्रिज्या पर आधारित सटीक एल्गोरिथ्म जो छोटे के लिए अधिक उपयुक्त है
अणु जिसमें अकार्बनिक तत्व या तनावपूर्ण छल्ले होते हैं। यदि कोई पैरामीटर नहीं हैं
दिया गया है, रासमोल यह निर्धारित करता है कि परमाणुओं की संख्या के आधार पर किस एल्गोरिथम का उपयोग करना है
इनपुट फ़ाइल। 255 से अधिक परमाणुओं के कारण रसमोल तेजी से कार्यान्वयन का उपयोग करता है।
यह वह विधि है जिसका उपयोग अणु के होने पर, यदि आवश्यक हो, तो संबंध निर्धारित करने के लिए किया जाता है
पहले का उपयोग करते हुए पढ़ें भार आदेश।

आस्थगित करें रसमोली टालना कमांड मैक्रो को दिए गए नाम के साथ दिए गए कमांड को जोड़ता है, यदि नहीं
नाम दिया गया है, कमांड को रिक्त नाम के साथ मैक्रो में जोड़ा जाता है। आदेश ज़ैप
एक विशेष मामला है। उस स्थिति में मैक्रो मिटा दिया जाता है। यदि कोई नाम नहीं दिया गया है
आदेश चयन के साथ शुरू होना चाहिए, उदाहरण के लिए टालना (चयन).स्पेसफिल

दिए गए नाम के तहत संचित आस्थगित आदेशों का उपयोग करके निष्पादित किया जा सकता है
निष्पादित आदेश

परिभाषित करें रसमोली परिभाषित कमांड उपयोगकर्ता को परमाणुओं के एक मनमाना सेट को जोड़ने की अनुमति देता है
एक विशिष्ट पहचानकर्ता के साथ। यह उपयोगकर्ता द्वारा परिभाषित सेट की परिभाषा की अनुमति देता है। इन
सेट को स्थिर रूप से घोषित किया जाता है, यानी एक बार सेट की सामग्री को परिभाषित नहीं किया जाता है
परिवर्तन, भले ही उन्हें परिभाषित करने वाली अभिव्यक्ति वर्तमान परिवर्तन पर निर्भर करती हो
और अणु का प्रतिनिधित्व।

गहराई रसमोली गहराई कमांड बैक-क्लिपिंग प्लेन को सक्षम, अक्षम या स्थिति देता है
अणु। कार्यक्रम केवल अणु के उन हिस्सों को खींचता है जो करीब हैं
क्लिपिंग प्लेन की तुलना में दर्शक के लिए। पूर्णांक मान शून्य से बहुत पर होते हैं
अणु के पीछे 100 जो पूरी तरह अणु के सामने होता है।
मध्यवर्ती मान खींचे जाने वाले अणु का प्रतिशत निर्धारित करते हैं।

यह कमांड के साथ इंटरैक्ट करता है पत्थर की पटिया कमांड, जो a . के सामने क्लिप करता है
जेड-क्लिपिंग प्लेन दिया गया।

डॉट्स रसमोली डॉट्स कमांड का उपयोग वैन डेर वाल्स की डॉट सतह के चारों ओर उत्पन्न करने के लिए किया जाता है
वर्तमान में चयनित परमाणु। डॉट सतहें एक गोले पर नियमित रूप से दूरी वाले बिंदु प्रदर्शित करती हैं
प्रत्येक चयनित परमाणु के बारे में वैन डेर वाल्स की त्रिज्या का। डॉट्स जो 'दफन' होंगे
किसी अन्य परमाणु (चयनित या नहीं) के वैन डेर वाल्स त्रिज्या के भीतर नहीं हैं
प्रदर्शित किया गया। आदेश डॉट्स on किसी भी मौजूदा डॉट सतह को हटाता है और उत्पन्न करता है a
वर्तमान में चयनित परमाणु के चारों ओर डॉट्स सतह के डिफ़ॉल्ट डॉट घनत्व के साथ सेट किया गया है
100. आदेश डॉट्स बंद किसी भी मौजूदा डॉट सतह को हटा देता है। डॉट घनत्व हो सकता है
1 और 1000 के बीच एक संख्यात्मक पैरामीटर प्रदान करके निर्दिष्ट किया गया है। यह मान
लगभग एक मध्यम आकार की सतह पर बिंदुओं की संख्या से मेल खाती है
परमाणु।

डिफ़ॉल्ट रूप से, डॉट सतह पर प्रत्येक बिंदु का रंग उसके निकटतम का रंग होता है
सतह के उत्पन्न होने के समय परमाणु। पूरे डॉट सतह का रंग हो सकता है
का उपयोग करके बदला जा सकता है रंग डॉट्स आदेश।

गूंज रसमोली गूंज रासमोल कमांड/टर्मिनल में संदेश प्रदर्शित करने के लिए कमांड का उपयोग किया जाता है
खिड़की। स्ट्रिंग पैरामीटर को वैकल्पिक रूप से दोहरे उद्धरण में सीमांकित किया जा सकता है
पात्र। यदि कोई पैरामीटर निर्दिष्ट नहीं है, तो गूंज कमांड एक खाली लाइन प्रदर्शित करता है।
यह कमांड विशेष रूप से रासमोल के भीतर से टेक्स्ट प्रदर्शित करने के लिए उपयोगी है लिपि
फ़ाइल.

अंग्रेज़ी
रसमोली अंग्रेज़ी कमांड मेनू और संदेशों को अंग्रेजी संस्करणों में सेट करता है।

यह आदेश ठीक से काम नहीं कर सकता है जब तक कि उपयुक्त फोंट स्थापित नहीं किया गया हो।
आज्ञा बल्गेरियाई, चीनी, अंग्रेज़ी, फ्रेंच, इतालवी, रूसी और स्पेनिश मई
बल्गेरियाई, चीनी, अंग्रेजी, फ्रेंच, इतालवी, जापानी, रूसी का चयन करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है
और स्पेनिश मेनू और संदेश यदि उपयुक्त फोंट स्थापित किए गए हैं।

निष्पादित करना
रसमोली निष्पादित आदेश:

1. अणु की पुरानी स्थिति को बचाता है (अनुवाद, रोटेशन और ज़ूम)

2. स्क्रीन अपडेट और रिकॉर्डिंग दोनों को दबाने वाले निर्दिष्ट मैक्रो को निष्पादित करता है

3. पुराने पॉइज़ से तक रैखिक रूप से नए प्रदान किए गए अणु की गति को एनिमेट करता है
नई कविता

मैक्रो को पहले कॉल द्वारा परिभाषित किया जाना चाहिए टालना आदेश।

गति की एनीमेशन की पूर्व सेटिंग्स पर निर्भर करता है रिकॉर्ड आदेश।

फ्रेंच रसमोली फ्रेंच कमांड मेनू और संदेशों को फ्रेंच संस्करणों में सेट करता है।

यह आदेश ठीक से काम नहीं कर सकता है जब तक कि उपयुक्त फोंट स्थापित नहीं किया गया हो।
आज्ञा बल्गेरियाई, चीनी, अंग्रेज़ी, फ्रेंच, इतालवी, रूसी और स्पेनिश मई
बल्गेरियाई, चीनी, अंग्रेजी, फ्रेंच, इतालवी, जापानी, रूसी का चयन करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है
और स्पेनिश मेनू और संदेश यदि उपयुक्त फोंट स्थापित किए गए हैं।

एचबॉन्ड्स रसमोली हबोंड कमांड का प्रयोग प्रोटीन के हाइड्रोजन आबंध को निरूपित करने के लिए किया जाता है
अणु की रीढ़। यह जानकारी प्रोटीन के आकलन में उपयोगी है
माध्यमिक संरचना। हाइड्रोजन बांड को या तो बिंदीदार रेखाओं के रूप में दर्शाया जाता है या
दाता और स्वीकर्ता अवशेषों के बीच सिलेंडर। पहली बार हबोंड आदेश
उपयोग किया जाता है, प्रोग्राम हाइड्रोजन बंधुआ खोजने के लिए अणु की संरचना की खोज करता है
अवशेष और उपयोगकर्ता को बांड की संख्या की रिपोर्ट करता है। आदेश हबॉन्ड्स on
चयनित 'बॉन्ड' को बिंदीदार रेखाओं के रूप में प्रदर्शित करता है, और हबॉन्ड्स बंद उनका बंद कर देता है
प्रदर्शन। hbond वस्तुओं का रंग द्वारा बदला जा सकता है रंग हबोंड आदेश।
प्रारंभ में, प्रत्येक हाइड्रोजन बंधन में इसके जुड़े परमाणुओं के रंग होते हैं।

डिफ़ॉल्ट रूप से बिंदीदार रेखाएं ऑक्सीजन स्वीकार करने और दान करने के बीच खींची जाती हैं
नाइट्रोजन। का उपयोग करके सेट हबॉन्ड्स के अल्फा कार्बन पदों को कमांड करें
इसके स्थान पर उपयुक्त अवशेषों का उपयोग किया जा सकता है। जांच करते समय यह विशेष रूप से उपयोगी होता है
रीढ़ की हड्डी के प्रतिनिधित्व में प्रोटीन।

मदद रसमोली मदद कमांड दिए गए विषय पर ऑनलाइन सहायता प्रदान करता है।

इतालवी
रसमोली इतालवी कमांड मेनू और संदेशों को इतालवी संस्करणों में सेट करता है।

यह आदेश ठीक से काम नहीं कर सकता है जब तक कि उपयुक्त फोंट स्थापित नहीं किया गया हो।
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बल्गेरियाई, चीनी, अंग्रेजी, फ्रेंच, इतालवी, जापानी, रूसी का चयन करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है
और स्पेनिश मेनू और संदेश यदि उपयुक्त फोंट स्थापित किए गए हैं।

जापानी
रसमोली जापानी कमांड मेनू और संदेशों को जापानी संस्करणों में सेट करता है।

यह आदेश ठीक से काम नहीं कर सकता है जब तक कि उपयुक्त फोंट स्थापित नहीं किया गया हो।
आज्ञा बल्गेरियाई, चीनी, अंग्रेज़ी, फ्रेंच, इतालवी, रूसी और स्पेनिश मई
बल्गेरियाई, चीनी, अंग्रेजी, फ्रेंच, इतालवी, जापानी, रूसी का चयन करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है
और स्पेनिश मेनू और संदेश यदि उपयुक्त फोंट स्थापित किए गए हैं।

लेबल रसमोली लेबल कमांड एक मनमाना स्वरूपित टेक्स्ट स्ट्रिंग को संबद्ध करने की अनुमति देता है
प्रत्येक वर्तमान में चयनित परमाणु के साथ। इस स्ट्रिंग में एम्बेडेड 'विस्तार' हो सकता है
स्पेसिफायर' जो लेबल किए जा रहे परमाणु के गुणों को प्रदर्शित करते हैं। एक विस्तार
विनिर्देशक में एक '%' वर्ण होता है जिसके बाद एकल वर्णमाला वर्ण होता है
प्रदर्शित करने के लिए संपत्ति निर्दिष्ट करना। एक वास्तविक '%' वर्ण प्रदर्शित किया जा सकता है
विस्तार विनिर्देशक '%%' का उपयोग करके।

वर्तमान में चयनित परमाणुओं के लिए परमाणु लेबलिंग को कमांड द्वारा बंद किया जा सकता है
लेबल बंद। डिफ़ॉल्ट रूप से, यदि पैरामीटर के रूप में कोई स्ट्रिंग नहीं दी गई है, तो RasMol लेबल का उपयोग करता है
वर्तमान अणु के लिए उपयुक्त।

प्रत्येक लेबल का रंग का उपयोग करके बदला जा सकता है रंग लेबल आदेश। डिफ़ॉल्ट रूप से,
प्रत्येक लेबल उसी रंग में खींचा जाता है जिस परमाणु से वह जुड़ा होता है। NS
प्रदर्शित टेक्स्ट का आकार और रिक्ति का उपयोग करके बदला जा सकता है सेट फ़ॉन्ट आकार
आदेश। प्रदर्शित पाठ में स्ट्रोक की चौड़ाई को बदला जा सकता है
का उपयोग सेट फॉन्टस्ट्रोक
आदेश।

भार एक अणु समन्वय फ़ाइल को RasMol में लोड करें। मान्य अणु फ़ाइल स्वरूप हैं पीडीबी
(प्रोटीन डाटा बैंक प्रारूप), एमडीएल (आणविक डिजाइन लिमिटेड का एमओएल फ़ाइल स्वरूप),
कीमिया (Tripos 'कीमिया फ़ाइल स्वरूप), mol2 (Tripos 'Sybyl mol2 फ़ाइल स्वरूप),
आकर्षक (CHARMm फ़ाइल स्वरूप), xyz (एमएससी का एक्समोल एक्सवाईजेड फाइल फॉर्मेट), मोपाक (जेपी
स्टीवर्ट का MOPAC फ़ाइल स्वरूप) या सीआईएफ (आईयूसीआर सीआईएफ या एमएमसीआईएफ फ़ाइल प्रारूप)। अगर कोई फ़ाइल नहीं
प्रारूप निर्दिष्ट है, पीडीबी, सीआईएफ, or एमएमसीआईएफ डिफ़ॉल्ट रूप से माना जाता है। 20 अणुओं तक
एक बार में लोड किया जा सकता है। यदि CHEM_COMP लिगैंड मॉडल एक mmCIF फ़ाइल में शामिल हैं,
उन्हें एनएमआर मॉडल के रूप में लोड किया जाएगा, पहले मॉडल के लिए सभी एनएमआर मॉडल दिए जाएंगे
यदि निर्दिष्ट हो तो निर्देशांक करता है और फिर आदर्श मॉडल के लिए सभी एनएमआर मॉडल देता है
निर्देशांक।

दूसरे को लोड करने से पहले एक अणु को हटाने के लिए रासमोल का उपयोग करें ज़ैप आदेश। प्रति
हेरफेर के लिए एक अणु का चयन करें रासमोल का उपयोग करें अणु आदेश।

RSI भार कमांड अणु में सभी परमाणुओं का चयन करता है, इसे स्क्रीन पर केंद्रित करता है
और इसे CPK रंगीन वायरफ्रेम मॉडल के रूप में प्रस्तुत करता है। यदि अणु में कोई बंधन नहीं है
(अर्थात इसमें केवल अल्फा कार्बन होते हैं), इसे अल्फा कार्बन बैकबोन के रूप में खींचा जाता है। अगर
फ़ाइल परमाणुओं की तुलना में कम बांड निर्दिष्ट करती है, RasMol का उपयोग करके कनेक्टिविटी निर्धारित करता है
कनेक्ट आदेश।

RSI भार इनलाइन कमांड भी स्क्रिप्ट में परमाणु निर्देशांक के भंडारण की अनुमति देता है
WWW ब्राउज़र के साथ बेहतर एकीकरण की अनुमति दें। एक स्क्रिप्ट के अंदर निष्पादित एक लोड कमांड
फ़ाइल कीवर्ड निर्दिष्ट कर सकती है इनलाइन एक पारंपरिक फ़ाइल नाम के बजाय। इस विकल्प
निर्दिष्ट करता है कि लोड करने के लिए अणु के निर्देशांक एक ही फ़ाइल में संग्रहीत हैं
वर्तमान में निष्पादित आदेशों के रूप में।

नक्शा रसमोली नक्शा कमांड के साथ समन्वय में इलेक्ट्रॉन घनत्व मानचित्रों में हेरफेर करते हैं
अणुओं का प्रदर्शन। ये कमांड बहुत मेमोरी इंटेंसिव हैं और शायद काम न करें
सीमित मेमोरी वाली मशीनें। प्रत्येक अणु में उतने ही मानचित्र हो सकते हैं जितने उपलब्ध हों
मेमोरी परमिट। मैप्स को फाइलों से पढ़ा जा सकता है या गाऊसी घनत्व से उत्पन्न किया जा सकता है
परमाणुओं के आसपास वितरण।

नक्शा रंग, किसी दिए गए रंग योजना के अनुसार मानचित्र को रंगने के लिए, नक्शा उत्पन्न करना, सेवा मेरे
छद्म-गॉसियन के आधार पर चयनित परमाणुओं से एक मानचित्र तैयार करें, नक्शा स्तर, सेट करने के लिए
चयनित मानचित्रों के लिए समोच्च स्तर, नक्शा भार, किसी फ़ाइल से मानचित्र लोड करने के लिए, नक्शा मुखौटा
चयनित मानचित्रों के लिए एक मुखौटा निर्दिष्ट करने के लिए, नक्शा संकल्प, संकल्प निर्धारित करने के लिए
चयनित मानचित्रों की रूपरेखा तैयार करने के लिए, नक्शा प्रतिबंध लगाना, एक या अधिक मानचित्रों का चयन करने के लिए और
अन्य सभी को अक्षम करें, नक्शा सहेजें, मानचित्र जानकारी को फ़ाइल में सहेजने के लिए, नक्शा पैमाने पर, नियंत्रण
la स्केलिंग of छद्म-गॉसियन कब सृजन नक्शे, नक्शा चुनते हैं, एक या का चयन करने के लिए
अधिक मानचित्र, नक्शा प्रदर्शन, एक या अधिक मानचित्रों के बारे में जानकारी प्रदर्शित करने के लिए
अगले मानचित्र को बनाने या लोड करने में उपयोग किए जाने वाले पैरामीटर, नक्शा रिक्ति, सेट करने के लिए
चयनित मानचित्रों की समोच्च रेखाओं के बीच का अंतर, नक्शा फैला हुआ, विचरण सेट करने के लिए
परमाणु त्रिज्या के एक अंश के रूप में मानचित्र निर्माण के लिए गाऊसी का, और नक्शा ज़ैप
पहले से निर्मित या लोड किए गए मानचित्रों को हटाने के लिए।

का असर नक्शा उत्पन्न और नक्शा भार कमांड्स द्वारा संशोधित किया जाता है नक्शा मुखौटा
कमांड जो डिस्प्ले स्पेस के उस हिस्से को सीमित करता है जिस पर विचार किया जा सकता है
मानचित्रों का प्रदर्शन.

नक्शा रंग
रसमोली नक्शा रंग कमांड चयनित मानचित्रों को निर्दिष्ट के अनुसार रंग देता है
रंग योजना। रंग योजना एक रंग नाम या आरबीजी ट्रिपल इन हो सकती है
कोष्ठक, या कीवर्ड परमाणु मानचित्र बिंदुओं को रंग से रंगीन करने के लिए
निकटतम परमाणु का.

नक्शा उत्पन्न
रसमोली नक्शा उत्पन्न कमांड वर्तमान में जो भी परमाणु हैं उससे एक नक्शा तैयार करता है
गॉसियन वितरण द्वारा अनुमानित इलेक्ट्रॉन घनत्व के योग द्वारा चयनित।
प्रत्येक गाऊसी की ऊंचाई सेटिंग द्वारा निर्धारित की जाती है नक्शा स्केल आदेश।
मानचित्र पैमाने के डिफ़ॉल्ट सत्य में, प्रत्येक गाऊसी में ऊंचाई आनुपातिक तत्व होता है
परमाणु का प्रकार. यदि वैकल्पिक 'LRSurf' पैरामीटर दिया गया है या यदि मानचित्र पैमाना है
false निष्पादित किया गया है, प्रत्येक गॉसियन को स्केल किया गया है ताकि गॉसियन समोच्च स्तर हो
1 वैन डेर वाल्स त्रिज्या पर है। किसी भी मामले में एक मानक विचलन निर्धारित किया गया
सबसे हाल ही में निर्दिष्ट प्रसार या रिज़ॉल्यूशन का उपयोग किया जाता है। यदि एक गैर-शून्य प्रसार
ज्ञात करने के लिए परमाणु की त्रिज्या को फैलाव से गुणा किया जाता है
मानक विचलन। डिफ़ॉल्ट 2/3 है. यदि कोई संकल्प दिया गया है, तो
प्रसार का अनुमान रिज़ॉल्यूशन के 2/3 के रूप में लगाया गया है।

उदाहरण के लिए, यदि रिज़ॉल्यूशन 1 के रूप में दिया गया है, और प्रश्न में परमाणु एक कार्बन है
468 रासमोल इकाइयों (1.87 एंगस्ट्रॉम) के वैन डेर वाल्स त्रिज्या के साथ, अनुमानित
गति .6667 है, और गॉसियन का मानक विचलन 1.25 के रूप में लिया गया है
एंगस्ट्रॉम्स।

यदि प्रसार शून्य पर सेट किया गया है, तो प्रत्येक परमाणु के लिए प्रसार निर्धारित किया जाता है
ली के प्रभाव का अनुकरण करने के लिए वैन डेर वाल्स त्रिज्या और जांच परमाणु त्रिज्या-
रिचर्ड्स सतह.

यदि मानचित्र चयनकर्ता द्वारा कोई विशिष्ट मानचित्र नहीं दिया गया है, तो नया मानचित्र अगला दिया जाता है
उपलब्ध मानचित्र संख्या.

यदि मानचित्र चयनकर्ता द्वारा कोई विशिष्ट मानचित्र दिया गया था, तो नया मानचित्र उस मानचित्र को प्रतिस्थापित कर देता है। अगर
मानचित्र चयनकर्ता द्वारा एक से अधिक मानचित्र दिए गए थे, नया मानचित्र निम्नतम मानचित्र का स्थान लेता है
चयनित मानचित्रों को क्रमांकित किया गया। किसी भी स्थिति में नया नक्शा वर्तमान में बन जाता है
चयनित मानचित्र.

मानचित्र को अंतिम मानचित्र के आधार पर बिंदुओं, जाल या सतह के रूप में प्रदर्शित किया जाता है
रेंडरिंग मोड चयनित या कमांड पर ही मोड चयनित।

नक्शा स्तर
रसमोली नक्शा स्तर कमांड निर्माण में उपयोग किए जाने वाले समोच्च स्तर को निर्धारित करता है
उत्पन्न या लोड किए गए मानचित्रों का बाद का प्रतिनिधित्व। यदि कीवर्ड का मतलब है
उपयोग किया गया स्तर मानचित्र डेटा के माध्य के सापेक्ष है। अन्यथा स्तर है
पूर्ण।

सामान्य तौर पर, निचले स्तर के परिणामस्वरूप मानचित्र में प्रदर्शित मात्रा अधिक होती है,
जबकि उच्च स्तर के परिणामस्वरूप मानचित्र में प्रदर्शित मात्रा कम होती है।

नक्शा भार
रसमोली नक्शा भार कमांड एक मैप फ़ाइल को RasMol में लोड करता है। वैध प्रारूप हैं
CCP4 मानचित्र प्रारूप और imgCIF प्रारूप।

यदि मानचित्र चयनकर्ता द्वारा कोई विशिष्ट मानचित्र नहीं दिया गया है, तो नया मानचित्र अगला दिया जाता है
उपलब्ध मानचित्र संख्या.

यदि मानचित्र चयनकर्ता द्वारा कोई विशिष्ट मानचित्र दिया गया था, तो नया मानचित्र उस मानचित्र को प्रतिस्थापित कर देता है। अगर
मानचित्र चयनकर्ता द्वारा एक से अधिक मानचित्र दिए गए थे, नया मानचित्र निम्नतम मानचित्र का स्थान लेता है
चयनित मानचित्रों को क्रमांकित किया गया। किसी भी स्थिति में नया नक्शा वर्तमान में बन जाता है
चयनित मानचित्र.

मानचित्र को अंतिम मानचित्र प्रतिपादन के आधार पर बिंदुओं, जाल या सतह के रूप में प्रदर्शित किया जाता है
मोड चयनित.

नक्शा मुखौटा
रसमोली नक्शा मुखौटा कमांड डिस्प्ले स्पेस को सीमित करने के लिए उपयोग किए जाने वाले मास्क को निर्दिष्ट करता है
इसका उपयोग अन्य मानचित्रों का प्रतिनिधित्व करने या पहले वाले मुखौटे को हटाने के लिए किया जाता है
विनिर्देश।

'चयनित' विकल्प इंगित करता है कि मुखौटा वर्तमान से बनाया जाना है
चयनित परमाणु. ' 'विकल्प इंगित करता है कि मास्क से कॉपी किया जाना है
निर्दिष्ट संख्या का नक्शा. 'कोई नहीं' विकल्प पहले वाले को हटा देता है
निर्दिष्ट मास्क, यदि कोई हो।

मानचित्र चयनकर्ता उस मानचित्र या मानचित्रों को निर्दिष्ट करता है जिस पर निर्दिष्ट मुखौटा लागू होगा
लागू। उदाहरण के लिए, 'मैप नेक्स्ट मास्क सिलेक्टेड' निर्दिष्ट करता है कि वर्तमान में
चयनित परमाणुओं का उपयोग किसी भी बनाए गए मानचित्र पर लगाए जाने वाले मास्क को उत्पन्न करने के लिए किया जाना है
बाद के 'मैप लोड' या 'मैप जनरेट' कमांड द्वारा।

किसी भी मानचित्र का उपयोग मुखौटे के रूप में किया जा सकता है। मुखौटा मानचित्र के भाग या से अधिक बड़े होते हैं
मास्क मानचित्र के औसत मान के बराबर, मास्क किए जा रहे मानचित्र के मानों की अनुमति देता है
दिए गए अनुसार उपयोग किया जाए। मुखौटा मानचित्र के भाग औसत मूल्य से कम हैं
नकाब मानचित्र के कारण नकाबपोश किए जा रहे मानचित्र के मानों के साथ ऐसा व्यवहार किया जाता है जैसे कि वे थे
नकाबपोश किए जा रहे मानचित्र के न्यूनतम डेटा मान के बराबर।

नक्शा संकल्प
रसमोली नक्शा संकल्प कमांड RasMol इकाइयों में रिज़ॉल्यूशन निर्दिष्ट करता है या, यदि ए
दशमलव बिंदु वाली संख्या दी गई है, एंगस्ट्रॉम में रिज़ॉल्यूशन का उपयोग किया जाना है
मानचित्र बनाने और प्रस्तुत करने में।

रिज़ॉल्यूशन का उपयोग मानचित्रों के प्रतिनिधित्व, संकेत के लिए मानचित्र रिक्ति पर किया जाता है
समोच्च स्तरों के बीच पृथक्करण (देखें)। नक्शा अंतर आदेश) और अनुमान लगाना
मानचित्र का प्रसार चयनित परमाणुओं से उत्पन्न मानचित्रों में किया जाएगा (देखें)। नक्शा विस्तार
आज्ञा)। मानचित्र प्रसार निर्दिष्ट रिज़ॉल्यूशन के दो तिहाई पर सेट है।

नक्शा रोकना
रसमोली नक्शा रोकना कमांड विशेष मानचित्रों को सक्रिय बनाने के लिए उनका चयन करता है
बाद के मानचित्र आदेश। यह के समान है नक्शा चयन आदेश, लेकिन करता है
उन मानचित्रों का प्रदर्शन अक्षम कर देता है जिनका चयन नहीं किया गया था।

नक्शा बचाना
रसमोली नक्शा बचाना कमांड एक imgCIF मैप फ़ाइल को सहेजता है।

यदि मानचित्र चयनकर्ता द्वारा कोई विशिष्ट मानचित्र नहीं दिया गया था, तो वर्तमान में चयनित मानचित्र और
उनके मास्क फ़ाइल में लिखे गए हैं, प्रति डेटा ब्लॉक एक मैप और मास्क जोड़ी।

नक्शा स्केल
रसमोली नक्शा स्केल कमांड छद्म-गॉसियन की स्केलिंग का चयन करता है नक्शा
उत्पन्न आदेश. मानचित्र पैमाने के डिफ़ॉल्ट सत्य में, प्रत्येक गाऊसी की एक ऊंचाई होती है
परमाणु का आनुपातिक तत्व प्रकार। यदि मानचित्र स्केल गलत निष्पादित किया गया है, तो प्रत्येक
गॉसियन को स्केल किया गया है ताकि गॉसियन समोच्च स्तर 1 वैन डेर वाल्स पर हो
त्रिज्या. किसी भी मामले में एक मानक विचलन सबसे हाल ही में निर्धारित किया गया है
निर्दिष्ट प्रसार या रिज़ॉल्यूशन का उपयोग किया जाता है।

नक्शा चयन
रसमोली नक्शा चयन कमांड विशेष मानचित्रों को सक्रिय बनाने के लिए उनका चयन करता है
बाद के मानचित्र आदेश। यह के समान है नक्शा रोकना आदेश देता है, लेकिन नहीं देता
उन मानचित्रों का प्रदर्शन अक्षम करें जिनका चयन नहीं किया गया था।

यदि वैकल्पिक परमाणु पैरामीटर दिया गया है, कमांड केंद्रों वाले परमाणुओं का चयन करता है
मानचित्र बिंदुओं के निकटतम। खोज का दायरा इसके द्वारा निर्दिष्ट किया जा सकता है
प्राचल search_radius. डिफ़ॉल्ट 4 एंगस्ट्रॉम प्लस के भीतर परमाणुओं की तलाश करना है
जांच त्रिज्या. यदि वैकल्पिक अंदर पैरामीटर दिया गया है, नया चयन है
वर्तमान में चयनित परमाणुओं के भीतर से लिया गया। यदि विकल्प जोड़ना पैरामीटर है
दिया गया है, नया चयन वर्तमान में चयनित परमाणुओं में जोड़ा जाता है। डिफ़ॉल्ट है
सभी परमाणुओं के भीतर खोजना।

नक्शा दिखाना
रसमोली नक्शा दिखाना कमांड मानचित्र द्वारा निर्दिष्ट मानचित्रों के बारे में जानकारी उत्पन्न करता है
चयनकर्ता को कमांड विंडो पर लिखा जाना है।

नक्शा अंतर
रसमोली नक्शा अंतर कमांड समोच्च के बीच उपयोग की जाने वाली रिक्ति को निर्दिष्ट करता है
मानचित्रों का प्रतिनिधित्व बनाने में रेखाएँ। रिक्ति सामान्यतः होती है
एंगस्ट्रॉम्स में दशमलव बिंदु के साथ दिया गया है, लेकिन रासमोल इकाइयों में भी निर्दिष्ट किया जा सकता है
(एंग्स्टॉम का 250वां भाग) एक पूर्णांक के रूप में। ग्रिड में लोड किए गए मानचित्रों के लिए वह समन्वय करता है
रिक्ति कोशिका किनारों के समानांतर होती है। डिफ़ॉल्ट रिक्ति आधा एंगस्ट्रॉम है।

नक्शा विस्तार
रसमोली नक्शा विस्तार कमांड मानक की संख्या के व्युत्क्रम को निर्दिष्ट करता है
प्रति त्रिज्या विचलन का उपयोग केन्द्रित गाऊसी के योग के रूप में मानचित्र तैयार करने में किया जाएगा
परमाणु पदों पर. डिफ़ॉल्ट प्रसार एक दो तिहाई है (अर्थात प्रत्येक त्रिज्या कवर करती है
1.5 मानक विचलन)।

यदि प्रसार शून्य पर सेट किया गया है, तो प्रत्येक परमाणु के लिए प्रसार निर्धारित किया जाता है
ली के प्रभाव का अनुकरण करने के लिए वैन डेर वाल्स त्रिज्या और जांच परमाणु त्रिज्या-
रिचर्ड्स सतह.

नक्शा ज़ैप
रसमोली नक्शा ज़ैप कमांड मानचित्रों के डेटा और प्रतिनिधित्व को हटा देता है
मानचित्र चयनकर्ता द्वारा निर्दिष्ट. जिन मानचित्रों को हटाया नहीं गया है उनके मानचित्र क्रमांक
नहीं बदले गए हैं.

अणु
रसमोली अणु कमांड पहले से लोड किए गए 5 अणुओं में से एक का चयन करता है
सक्रिय हेरफेर. जबकि सभी अणु प्रदर्शित होते हैं और घुमाए जा सकते हैं
सामूहिक रूप से (देखें) घुमाएँ सब कमांड), एक समय में केवल एक अणु होता है
कमांड द्वारा हेरफेर के लिए सक्रिय है जो रेंडरिंग के विवरण को नियंत्रित करता है।

मॉनिटर
रसमोली मॉनिटर कमांड दूरी मॉनिटर के प्रदर्शन की अनुमति देता है। एक दूरी
मॉनिटर वैकल्पिक रूप से परमाणुओं की एक मनमानी जोड़ी के बीच एक धराशायी (बिंदीदार) रेखा है
उनके बीच की दूरी द्वारा लेबल किया गया। रसमोल कमांड मॉनिटर
परमाणु द्वारा निर्दिष्ट दो परमाणुओं के बीच ऐसी दूरी मॉनिटर जोड़ता है
पैरामीटर के रूप में सीरियल नंबर दिए गए हैं

दूरी मॉनिटर कमांड के साथ बंद कर दिए जाते हैं पर नज़र रखता है बंद। डिफ़ॉल्ट रूप से,
मॉनिटर इसके दो अंतिम बिंदुओं के बीच की दूरी को केंद्र में एक लेबल के रूप में प्रदर्शित करता है
मॉनिटर का. इन दूरी लेबलों को कमांड से बंद किया जा सकता है सेट
पर नज़र रखता है बंद, और कमांड के साथ पुनः सक्षम किया गया सेट पर नज़र रखता है पर। अन्य की तरह
निरूपण, मॉनिटर का रंग उसके अंतिम बिंदुओं के रंग से लिया जाता है
जब तक कि द्वारा निर्दिष्ट न किया गया हो रंग पर नज़र रखता है आदेश।

दूरी मॉनिटर को माउस के साथ अंतःक्रियात्मक रूप से एक अणु में भी जोड़ा जा सकता है,
का उपयोग सेट चयन मॉनिटर आज्ञा। किसी परमाणु पर क्लिक करने से उसका अस्तित्व समाप्त हो जाता है
रासमोल कमांड लाइन पर पहचाना गया। इसके अलावा प्रत्येक परमाणु में वृद्धि होती है
मॉड्यूलो काउंटर ऐसा है कि, मॉनिटर मोड में, हर दूसरा परमाणु दूरी प्रदर्शित करता है
इस परमाणु और पिछले परमाणु के बीच. दूरी बनाने के लिए शिफ्ट कुंजी का उपयोग किया जा सकता है
एक निश्चित परमाणु और कई लगातार स्थितियों के बीच मॉनिटर करता है। एक दूरी मॉनिटर
परमाणु अंत बिंदुओं की उपयुक्त जोड़ी का चयन करके भी हटाया (टॉगल) किया जा सकता है
दूसरी बार।

नोटोगल
रसमोली कोई टॉगल नहीं कमांड टॉगल क्षमता के उपयोग को सक्षम या अक्षम करता है
कुछ अन्य RasMol कमांड द्वारा उपयोग किया जाता है। जब कोई बूलियन मान निर्दिष्ट नहीं किया जाता है,
नोटॉगल मोड सक्षम है. जब NoToggle मोड सक्षम होता है, तो सभी कार्यक्षमता टॉगल हो जाती है
अक्षम है। इसे बंद करने के लिए, किसी को स्पष्ट रूप से सेट करना होगा नोटोगल बंद।

कुछ कमांड जो टॉगल सुविधा का उपयोग करते हैं वे हैं: रंगमोड. वह और अधिक कार्य करता है
इस क्षमता का उपयोग बाद की तारीख में जोड़ा जा सकता है।

ठहराव रसमोली विराम स्थानीय के लिए स्क्रिप्ट फ़ाइल को रोकने के लिए स्क्रिप्ट फ़ाइलों में कमांड का उपयोग किया जाता है
माउस द्वारा हेरफेर, जब तक कि स्क्रिप्ट फ़ाइल को पुनरारंभ करने के लिए कोई कुंजी नहीं दबाई जाती। रुकिए
का पर्यायवाची है रोक सकते हैं। इस आदेश को RasMol स्क्रिप्ट फ़ाइलों में निष्पादित किया जा सकता है
आदेशों के क्रमिक निष्पादन को निलंबित करें और उपयोगकर्ता को इसकी जांच करने की अनुमति दें
वर्तमान छवि। जब RasMol निष्पादित करता है विराम एक स्क्रिप्ट फ़ाइल में कमांड, यह निलंबित कर देता है
शेष फ़ाइल का निष्पादन, स्क्रीन पर छवि को ताज़ा करता है और अनुमति देता है
माउस और स्क्रॉल बार का उपयोग करके छवि में हेरफेर करना, या उसका आकार बदलना
ग्राफ़िक्स विंडो. एक बार कुंजी दबाए जाने पर, नियंत्रण स्क्रिप्ट फ़ाइल पर वापस आ जाता है
के बाद वाली पंक्ति विराम आज्ञा। जबकि एक स्क्रिप्ट निलंबित है, अणु हो सकता है
हमेशा की तरह घुमाया गया, अनुवादित किया गया, स्केल किया गया, स्लैब किया गया और चुना गया, लेकिन सभी मेनू कमांड हैं
विकलांग।

प्ले रसमोली प्ले कमांड उस रिकॉर्डिंग माध्यम को निर्दिष्ट करता है जिससे उसे प्लेबैक करना है
चलचित्र। प्लेबैक फ़्रेम प्रारंभ समय सेकंड से मिलीसेकंड परिशुद्धता में दिया गया है।
चूँकि हम कंप्यूटर पर काम कर रहे हैं, प्रत्येक माध्यम को फ़ाइलों के एक सेट के रूप में निर्दिष्ट किया गया है
नाम के भाग के रूप में प्लेबैक फ़्रेम आरंभ समय को मिलीसेकेंड में चिह्नित किया गया है।
प्लेबैक फ़्रेम के प्रारंभ समय को देखने के लिए नाम का स्थान रखें
मिलीसेकंड को उपयुक्त संख्या के साथ "sssss" वर्णों द्वारा चिह्नित किया जाता है
अंक. RasMol चिह्नित करने के लिए ऊपरी या निचले केस या दशमलव अंकों को स्वीकार करता है
समय के लिए जगह. प्ले ऑफ और प्ले इजेक्ट कमांड प्रभावी ढंग से हटा देते हैं
उपयोग से निर्दिष्ट माध्यम. यदि कोई माध्यम निर्दिष्ट नहीं है, तो प्ले ऑफ खेलना निलंबित कर देता है
और बायोडाटा पर खेलें। आम तौर पर खेल तुरंत शुरू होता है और अंत तक चलता है
माध्यम का. हालाँकि, यदि प्ले ऑफ और/या या प्ले फ्रॉम और का कुछ संयोजन
पहले दर्ज होने तक खेलें प्ले टाइप मध्यम, उन सेटिंग्स का उपयोग किया जाएगा.

रिलीज़ 2.7.5 के अनुसार, RasMol स्क्रिप्ट और डेटा फ़ाइलों से प्ले का समर्थन करता है।

प्रिंट रसमोली छाप कमांड वर्तमान में प्रदर्शित छवि को स्थानीय डिफ़ॉल्ट पर भेजता है
ऑपरेटिंग सिस्टम के मूल प्रिंटर ड्राइवर का उपयोग कर प्रिंटर। नोट: यह आदेश है
अभी तक UNIX या VMS के अंतर्गत समर्थित नहीं है. इसका उद्देश्य माइक्रोसॉफ्ट का लाभ उठाना है
विंडोज़ और एप्पल मैकिंटोश प्रिंटर ड्राइवर। उदाहरण के लिए, यह छवियों को बनने की अनुमति देता है
सीधे डॉट मैट्रिक्स प्रिंटर पर मुद्रित।

यूनिक्स या वीएमएस सिस्टम पर रासमोल का उपयोग करते समय यह कार्यक्षमता किसके द्वारा प्राप्त की जा सकती है
या तो RasMol का उपयोग करके एक पोस्टस्क्रिप्ट फ़ाइल तैयार करना लिखना ps or लिखना vectps
कमांड और उसे प्रिंट करना या एक रैस्टर छवि फ़ाइल बनाना और एक उपयोगिता का उपयोग करना
उसे स्थानीय प्रिंटर पर डंप करें।

छोड़ना RasMol प्रोग्राम से बाहर निकलें। रसमोल आदेश निकास और छोड़ना पर्यायवाची हैं,
नेस्टेड स्क्रिप्ट को छोड़कर। उस मामले में, निकास केवल धारा को समाप्त करता है
स्तर, जबकि छोड़ना स्क्रिप्ट के सभी नेस्टेड स्तरों को समाप्त करता है।

अभिलेख रसमोली रिकॉर्ड कमांड मूवी को होल्ड करने के लिए रिकॉर्डिंग माध्यम निर्दिष्ट करता है। तब से
हम कंप्यूटर पर काम कर रहे हैं, माध्यम को एक सेट के लिए टेम्पलेट के रूप में निर्दिष्ट किया गया है
फ़ाइलें, प्रत्येक को प्लेबैक फ़्रेम प्रारंभ समय के साथ मिलीसेकंड में चिह्नित किया गया है (इसके बजाय)।
नाम के भाग के रूप में दशमलव बिंदु को एम्बेड करने से बचने के लिए सेकंड के रूप में)। में जगह
प्लेबैक फ़्रेम प्रारंभ समय के साथ प्रतिस्थापित किया जाने वाला नाम मिलीसेकेंड में है
अंकों की उचित संख्या के साथ "ssssss" वर्णों द्वारा चिह्नित। रसमोल
के लिए स्थान चिह्नित करने के लिए ऊपरी या निचले केस या दशमलव अंकों को स्वीकार करता है
समय। रिकॉर्ड बंद आदेश निर्दिष्ट माध्यम को उपयोग से हटा देते हैं। अगर कोई माध्यम नहीं
निर्दिष्ट किया गया है, रिकॉर्ड बंद रिकॉर्डिंग को निलंबित कर देता है और साथ में रिकॉर्डिंग को फिर से शुरू करने पर रिकॉर्ड करता है
अगला उपलब्ध समय उसी माध्यम पर। स्क्रीन डिफ़ॉल्ट माध्यम है और
डिफ़ॉल्ट रूप से, चालू है। डिस्क पर लिखना स्पष्ट रूप से निर्दिष्ट किया जाना चाहिए ताकि डिस्क
अनायास नहीं भर जाता. रिकॉर्डिंग माध्यम का प्रकार एक हो सकता है
वास्तविक स्क्रीन छवियों या स्क्रिप्ट को रिकॉर्ड करने के लिए छवि प्रकार जैसे GIF, चित्र या पीएनजी
फ़्रेम उत्पन्न करने के लिए उपयोग किए गए RasMol कमांड को रिकॉर्ड करें।

आम तौर पर रिकॉर्डिंग प्लेबैक फ़्रेम प्रारंभ समय 0 सेकंड पर शुरू होती है। एक गैर-शून्य
सेकंड में प्रारंभ समय को इसके साथ निर्दिष्ट किया जा सकता है रिकॉर्ड से आदेश के रूप में रिकॉर्ड
से 25 or रिकॉर्ड से 37.25 फिल्मों के दृश्यों को एकत्रित करने के लिए उन्हें व्यवस्थित करने में मदद करना
बाद में उचित क्रम में। रिकॉर्ड जब तक कमांड एक ऊपरी सीमा की अनुमति देता है
सेकंड में रिकॉर्डिंग समय पर सेट किया जाए। डिफ़ॉल्ट यह है कि इसकी कोई सीमा नहीं है. जारी करना
आज्ञाओं

रिकॉर्ड से 600

रिकॉर्ड जब तक 1800

इसके परिणामस्वरूप 20 मिनट का मूवी सेगमेंट होगा, जिसे 10 मिनट में शुरू करने का इरादा है
लंबी फिल्म. ये आदेश चयनित समय खंडों को फिर से लिखने पर नियंत्रण की अनुमति देते हैं।

ताज़ा करना
रसमोली ताज़ा करना कमांड वर्तमान छवि को फिर से बनाता है। यह स्क्रिप्ट में उपयोगी है
पैरामीटर परिवर्तनों की एक जटिल सूची का अनुप्रयोग सुनिश्चित करें।

अंकित करना
रसमोली अंकित करना कमांड मैक्रोमोलेक्यूलर में अवशेषों को क्रमिक रूप से क्रमांकित करता है
जंजीर। वैकल्पिक पैरामीटर में पहले अवशेष का मान निर्दिष्ट करता है
अनुक्रम। डिफ़ॉल्ट रूप से, यह मान एक है. प्रोटीन के लिए, प्रत्येक अमीनो एसिड को क्रमांकित किया जाता है
एन टर्मिनस से सी टर्मिनस तक लगातार। न्यूक्लिक एसिड के लिए, प्रत्येक आधार
5' टर्मिनस से 3' टर्मिनस तक क्रमांकित है। वर्तमान में सभी जंजीरें
डेटाबेस को पुनः क्रमांकित किया जाता है और मूल अनुक्रम में अंतराल को नजरअंदाज कर दिया जाता है। शुरुआत
क्रमांकन का मान ऋणात्मक हो सकता है।

रीसेट रसमोली रीसेट करें कमांड मूल दृश्य परिवर्तन और केंद्र को पुनर्स्थापित करता है
घूर्णन. स्केल को उसके डिफ़ॉल्ट मान पर सेट किया गया है, ज़ूम 100, घूर्णन का केंद्र
वर्तमान में लोड किए गए अणु के ज्यामितीय केंद्र पर सेट है, केंद्र सब, इसका
केंद्र को स्क्रीन के मध्य में अनुवादित किया जाता है और दृष्टिकोण को सेट किया जाता है
डिफ़ॉल्ट अभिविन्यास.

इस आदेश को RasMol समझने की भूल नहीं की जानी चाहिए ज़ैप आदेश जो हटा देता है
वर्तमान में संग्रहीत अणु, प्रोग्राम को उसकी प्रारंभिक स्थिति में लौटाता है।

रोकना
रसमोली रोकना दोनों कमांड वर्तमान में चयनित क्षेत्र को परिभाषित करते हैं
अणु और अणु के उन हिस्सों (अधिकांश) के प्रतिनिधित्व को अक्षम कर देता है
अब चयनित नहीं. बाद के सभी RasMol कमांड एक अणु के रंग को संशोधित करते हैं
या प्रतिनिधित्व केवल वर्तमान में चयनित क्षेत्र को प्रभावित करता है। ए का पैरामीटर
रोकना कमांड एक RasMol परमाणु अभिव्यक्ति है जिसका मूल्यांकन प्रत्येक परमाणु के लिए किया जाता है
वर्तमान अणु. यह कमांड RasMol से काफी मिलता-जुलता है चयन आदेश,
सिवाय रोकना अक्षम करता है वायरफ़्रेम, अंतरिक्षभरण और रीढ़ की हड्डी में अभ्यावेदन
गैर-चयनित क्षेत्र.

RasMol परमाणु अभिव्यक्तियों पर अधिक जानकारी के लिए "सहायता अभिव्यक्ति" टाइप करें या देखें
अनुभाग परमाणु भाव।

रिबन
रसमोली रिबन कमांड वर्तमान में लोड किए गए प्रोटीन या न्यूक्लिक एसिड को प्रदर्शित करता है
प्रोटीन की रीढ़ की हड्डी के साथ गुजरने वाली एक चिकनी ठोस "रिबन" सतह।
प्रत्येक अमीनो एसिड के बीच रिबन खींचा जाता है जिसका अल्फा कार्बन वर्तमान में चुना गया है।
रिबन का रंग RasMol द्वारा बदला जाता है रंग रिबन आदेश। अगर
वर्तमान रिबन का रंग है कोई नहीं (डिफ़ॉल्ट), रंग अल्फ़ा से लिया गया है
इसकी लंबाई के साथ प्रत्येक स्थिति में कार्बन।

प्रत्येक स्थिति में रिबन की चौड़ाई वैकल्पिक पैरामीटर द्वारा निर्धारित की जाती है
सामान्य RasMol इकाइयाँ। डिफ़ॉल्ट रूप से रिबन की चौड़ाई से ली जाती है
प्रोटीन की द्वितीयक संरचना या 720 (2.88 एंगस्ट्रॉम) का स्थिर मान
न्यूक्लिक एसिड। प्रोटीन अल्फा हेलिकॉप्टर और बीटा शीट की डिफ़ॉल्ट चौड़ाई 380 है
(1.52 एंगस्ट्रॉम) और 100 (0.4 एंगस्ट्रॉम) घुमावों और यादृच्छिक कुंडल के लिए। गौण
संरचना असाइनमेंट या तो पीडीबी फ़ाइल से है या डीएसएसपी का उपयोग करके गणना की गई है
एल्गोरिथम जैसा कि उपयोग किया गया है संरचना आज्ञा। यह कमांड RasMol के समान है
आदेश किस्में जो बायोमोलेक्यूलर रिबन को समानांतर गहराई-संकेत के रूप में प्रस्तुत करता है
घटता।

घुमाएँ अणु को निर्दिष्ट अक्ष के परितः घुमाएँ। अक्ष के लिए अनुमत मान
पैरामीटर "x", "y", "z" और "बॉन्ड" हैं। पूर्णांक पैरामीटर कोण बताता है
संरचना को घुमाने के लिए डिग्री। एक्स और वाई अक्षों के लिए, सकारात्मक मान चलते हैं
निकटतम बिंदु ऊपर और दाएँ, और ऋणात्मक मान इसे नीचे और बाएँ ले जाते हैं,
क्रमश। Z अक्ष के लिए, एक सकारात्मक घूर्णन दक्षिणावर्त कार्य करता है और एक नकारात्मक
वामावर्त कोण।

वैकल्पिक रूप से, इस कमांड का उपयोग यह निर्दिष्ट करने के लिए किया जा सकता है कि माउस कौन सा घुमाता है या
डायल नियंत्रित करेंगे. अगर घुमाएँ बंधन <strong>उद्देश्य</strong> क्षैतिज स्क्रॉल पट्टी का चयन किया जाता है
द्वारा चयनित अक्ष के चारों ओर घूर्णन को नियंत्रित करेगा बंधन " डीएसटी चुनना आदेश।
If घुमाएँ सब <strong>उद्देश्य</strong> का चयन किया गया है, और कई अणुओं को लोड किया गया है, फिर सभी को
अणु एक साथ घूमेंगे। अन्य सभी मामलों में, माउस और डायल नियंत्रित करते हैं
द्वारा चयनित अणु का घूर्णन अणु n आदेश।

रूसी
रसमोली रूसी कमांड मेनू और संदेशों को रूसी संस्करणों पर सेट करता है।

यह आदेश ठीक से काम नहीं कर सकता है जब तक कि उपयुक्त फोंट स्थापित नहीं किया गया हो।
आज्ञा बल्गेरियाई, चीनी, अंग्रेज़ी, फ्रेंच, इतालवी, रूसी और स्पेनिश मई
बल्गेरियाई, चीनी, अंग्रेजी, फ्रेंच, इतालवी, जापानी, रूसी का चयन करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है
और स्पेनिश मेनू और संदेश यदि उपयुक्त फोंट स्थापित किए गए हैं।

सहेजें वर्तमान में चयनित परमाणुओं के सेट को प्रोटीन डेटा बैंक (पीडीबी), एमडीएल में सहेजें,
अल्केमी(tm) या XYZ प्रारूप फ़ाइल। इस आदेश और के बीच अंतर
रसमोली लिखना आदेश हटा दिया गया है. फर्क सिर्फ इतना है कि बिना किसी फॉर्मेट के
निर्दिष्ट करें बचाना कमांड एक उत्पन्न करता है पी डी बी फ़ाइल और लिखना कमांड एक उत्पन्न करता है
GIF छवि।

लिपि रसमोली लिपि कमांड एक टेक्स्ट से RasMol कमांड के एक सेट को क्रमिक रूप से पढ़ता है
फ़ाइल करें और उन्हें निष्पादित करें। यह आमतौर पर उपयोग किए जाने वाले आदेशों के अनुक्रम की अनुमति देता है
एकल कमांड द्वारा संग्रहीत और निष्पादित। RasMol स्क्रिप्ट फ़ाइल में और कुछ शामिल हो सकता है
10 की अधिकतम "गहराई" तक स्क्रिप्ट कमांड, जटिल अनुक्रमों की अनुमति देता है
क्रियान्वित की जाने वाली कार्यवाही. RasMol पहले '#' वर्ण के बाद सभी वर्णों को अनदेखा कर देता है
प्रत्येक पंक्ति पर स्क्रिप्ट को एनोटेट करने की अनुमति मिलती है। स्क्रिप्ट फ़ाइलें भी अक्सर होती हैं
RasMol का उपयोग करके एनोटेट किया गया गूंज आदेश।

RasMol स्क्रिप्ट फ़ाइल उत्पन्न करने का सबसे आम तरीका इसका उपयोग करना है लिखना लिपि or
लिखना रसमोल आवश्यक आदेशों के अनुक्रम को आउटपुट करने के लिए आदेश
वर्तमान के वर्तमान दृश्य, प्रतिनिधित्व और रंग को पुनर्जीवित करें
प्रदर्शित अणु.

रसमोल कमांड स्रोत का पर्यायवाची है लिपि आदेश।

चुनते हैं अणु के वर्तमान में चयनित क्षेत्र को परिभाषित करें। बाद के सभी रसमोल
ऐसे आदेश जो किसी अणु में हेरफेर करते हैं या केवल उसके रंग या प्रतिनिधित्व को संशोधित करते हैं
वर्तमान में चयनित क्षेत्र को प्रभावित करें. ए का पैरामीटर चयन कमांड एक RasMol है
वह अभिव्यक्ति जिसका मूल्यांकन वर्तमान अणु के प्रत्येक परमाणु के लिए किया जाता है। वर्तमान में
अणु का चयनित (सक्रिय) क्षेत्र वे परमाणु हैं जो अभिव्यक्ति का कारण बनते हैं
सत्य का मूल्यांकन करना। संपूर्ण अणु का चयन करने के लिए RasMol कमांड का उपयोग करें चयन सब।
का व्यवहार चयन बिना किसी पैरामीटर के कमांड द्वारा निर्धारित किया जाता है
रसमोली सीधे और हाइड्रोजनीकरण मापदंडों।

RasMol परमाणु अभिव्यक्तियों पर अधिक जानकारी के लिए "सहायता अभिव्यक्ति" टाइप करें या देखें
अनुभाग परमाणु भाव।

सेट रसमोली सेट कमांड उपयोगकर्ता को विभिन्न आंतरिक प्रोग्राम मापदंडों को बदलने की अनुमति देता है
जैसे कि रेंडरिंग विकल्पों को नियंत्रित करने वाले। प्रत्येक पैरामीटर का अपना सेट या होता है
अनुमेय पैरामीटर विकल्प. आमतौर पर, पैरामीटर विकल्प को छोड़ने से वह रीसेट हो जाता है
इसके डिफ़ॉल्ट मान के लिए पैरामीटर। वैध पैरामीटर नामों की एक सूची नीचे दी गई है।

दिखाना रसमोली दिखाना कमांड वर्तमान में लोड की गई स्थिति का विवरण प्रदर्शित करता है
अणु. आदेश दिखाना करें- अणु का नाम, वर्गीकरण, सूचीबद्ध करता है
पीडीबी कोड और इसमें मौजूद परमाणुओं, श्रृंखलाओं, समूहों की संख्या। यदि हाइड्रोजन आबंधन,
डाइसल्फ़ाइड पुलों या द्वितीयक संरचना की संख्या निर्धारित की गई है
क्रमशः एचबॉन्ड, एसएसबॉन्ड, हेलीकॉप्टर, सीढ़ी और मोड़ भी प्रदर्शित किए जाते हैं।
आदेश दिखाना केंद्र द्वारा चयनित कोई भी गैर-शून्य केन्द्रित मान दिखाता है केंद्र
[सेनएक्स, सेनवाई, सेनज़] आदेश। आदेश दिखाना फ़िप्सी का फाई और पीएसआई कोण दिखाता है
वर्तमान में चयनित अवशेष और सीआईएस पेप्टाइड बांड के ओमेगा कोण।
आदेश दिखाना रामप्रिंट (या 'आरपीपी दिखाएं' या 'रामचंद्रनप्रिंटरप्लॉट दिखाएं') एक दिखाता है
फ्रांसिस बर्नस्टीन की फिसिपल की शैली में सरल रामचन्द्रन प्रिंटर प्लॉट
कार्यक्रम. आदेश दिखाना रोटेशन (या 'शो रोट' या 'शो 'रोटेट') दर्शाता है
z, y, x और बॉन्ड रोटेशन के वर्तमान में चयनित मान, यदि कोई हो। आदेश दिखाना
चयनित (या 'चयनित समूह दिखाएँ' या 'चयनित श्रृंखला दिखाएँ' या 'चयनित दिखाएँ
परमाणु' ) वर्तमान चयन के समूहों (डिफ़ॉल्ट), श्रृंखलाओं या परमाणुओं को दर्शाता है।
आदेश दिखाना अनुक्रम उन अवशेषों को सूचीबद्ध करता है जिनमें अणु की प्रत्येक श्रृंखला शामिल होती है।
आदेश दिखाना समरूपता अणु के अंतरिक्ष समूह और इकाई कोशिका को दर्शाता है।
आदेश दिखाना अनुवाद द्वारा चयनित कोई भी गैर-शून्य अनुवाद मान दिखाता है
अनुवाद करना आदेश। आदेश दिखाना ज़ूम कोई भी गैर-शून्य ज़ूम दिखाता है
द्वारा चयनित मान ज़ूम आदेश।

पटिया रसमोली पत्थर की पटिया कमांड z-क्लिपिंग प्लेन को सक्षम, अक्षम या स्थिति में रखता है
अणु. प्रोग्राम अणु के केवल उन हिस्सों को खींचता है जो आगे हैं
स्लैबिंग प्लेन की तुलना में दर्शक से। पूर्णांक मान शून्य से लेकर होते हैं
अणु के बिल्कुल पीछे 100 तक जो कि अणु के बिल्कुल सामने होता है।
मध्यवर्ती मान खींचे जाने वाले अणु का प्रतिशत निर्धारित करते हैं।

यह कमांड के साथ इंटरैक्ट करता है गहराई कमांड, जो a के पीछे क्लिप होता है
जेड-क्लिपिंग प्लेन दिया गया।

स्पेसफिल
रसमोली अंतरिक्षभरण कमांड का उपयोग वर्तमान में चयनित सभी को दर्शाने के लिए किया जाता है
परमाणु ठोस गोले के रूप में। इस कमांड का उपयोग यूनियन-ऑफ-स्फेयर और दोनों को उत्पन्न करने के लिए किया जाता है
एक अणु के बॉल-एंड-स्टिक मॉडल। आदेश, अंतरिक्षभरण सच, डिफ़ॉल्ट,
प्रत्येक परमाणु को वैन डेर वाल्स त्रिज्या के एक गोले के रूप में दर्शाता है। आदेश अंतरिक्षभरण
बंद चयनित परमाणु का गोले के रूप में प्रतिनिधित्व बंद कर देता है। एक गोला त्रिज्या
RasMol इकाइयों (1/250वें एंगस्ट्रॉम) या एक मान में पूर्णांक के रूप में निर्दिष्ट किया जा सकता है
एक दशमलव बिंदु युक्त. 500 (2.0 एंगस्ट्रॉम) या इससे अधिक का मान परिणाम देता है
"पैरामीटर मान बहुत बड़ा है" त्रुटि.

RSI तापमान विकल्प प्रत्येक गोले की त्रिज्या को उसमें संग्रहीत मान पर सेट करता है
तापमान क्षेत्र. शून्य या नकारात्मक मानों का कोई प्रभाव नहीं होता और मान इससे अधिक होते हैं
2.0 को छोटा करके 2.0 कर दिया गया है। उपयोगकर्ता विकल्प प्रत्येक गोले की त्रिज्या की अनुमति देता है
रैस्टर 3डी के रंग का उपयोग करके अणु की पीडीबी फ़ाइल में अतिरिक्त लाइनों द्वारा निर्दिष्ट किया गया है
रिकार्ड विस्तार.

रसमोल कमांड CPK का पर्यायवाची है अंतरिक्षभरण आदेश।

रसमोल कमांड cpknew का पर्यायवाची है अंतरिक्षभरण आदेश, सिवाय इसके कि ए
रंगों के थोड़े अलग सेट का उपयोग किया जाता है।

स्पेनिश
रसमोली स्पेनिश कमांड मेनू और संदेशों को स्पैनिश संस्करणों पर सेट करता है।

यह आदेश ठीक से काम नहीं कर सकता है जब तक कि उपयुक्त फोंट स्थापित नहीं किया गया हो।
आज्ञा बल्गेरियाई, चीनी, अंग्रेज़ी, फ्रेंच, इतालवी, रूसी और स्पेनिश मई
बल्गेरियाई, चीनी, अंग्रेजी, फ्रेंच, इतालवी, जापानी, रूसी का चयन करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है
और स्पेनिश मेनू और संदेश यदि उपयुक्त फोंट स्थापित किए गए हैं।

एसएसबॉन्ड
रसमोली एसएसबॉन्ड कमांड का उपयोग डाइसल्फ़ाइड पुलों को दर्शाने के लिए किया जाता है
प्रोटीन अणु या तो बिंदीदार रेखाओं या सिलेंडरों के बीच जुड़े होते हैं
सिस्टीन। पहली बार कि एसएसबॉन्ड कमांड का उपयोग किया जाता है, प्रोग्राम खोजता है
अर्ध-सिस्टीन जोड़े (सिस्टीन जिनके सल्फर) को खोजने के लिए प्रोटीन की संरचना
एक दूसरे से 3 एंगस्ट्रॉम के भीतर हैं) और पुलों की संख्या की रिपोर्ट करते हैं
उपयोगकर्ता. आदेश एसएसबॉन्ड on चयनित "बॉन्ड" को बिंदीदार रेखाओं के रूप में प्रदर्शित करता है, और
आदेश एसएसबॉन्ड बंद वर्तमान में चयनित क्षेत्र में ssbonds का प्रदर्शन अक्षम कर देता है।
डाइसल्फ़ाइड पुलों का चयन सामान्य बांड के समान है, और इसे समायोजित किया जा सकता है
रसमोल का उपयोग करना सेट बॉन्डमोड आज्ञा। डाइसल्फ़ाइड बांड का रंग हो सकता है
का उपयोग कर बदल गया रंग एसएसबॉन्ड आज्ञा। डिफ़ॉल्ट रूप से, प्रत्येक डाइसल्फ़ाइड बांड में होता है
इससे जुड़े परमाणुओं के रंग।

डिफ़ॉल्ट रूप से डाइसल्फ़ाइड बांड सिस्टीन के भीतर सल्फर परमाणुओं के बीच खींचे जाते हैं
समूह. का उपयोग करके सेट एसएसबॉन्ड सिस्टीन के अल्फा की स्थिति को नियंत्रित करें
इसके स्थान पर कार्बन का उपयोग किया जा सकता है।

तारा रसमोली सितारा कमांड का उपयोग वर्तमान में चयनित सभी परमाणुओं को दर्शाने के लिए किया जाता है
सितारे (छह स्ट्रोक, प्रत्येक x, -x, y, -y, z और -z दिशाओं में)।
आज्ञाओं चयन नहीं बंधुआ द्वारा पीछा सितारा 75 अबंधित परमाणुओं को चिह्नित करने के लिए उपयोगी हैं
a wireframe द्वारा प्रदान की गई तुलना में कम ओवरहेड के साथ प्रदर्शित करें अंतरिक्षभरण 75. यह हो सकता है
कमांड के साथ बाद के सभी वायरफ्रेम डिस्प्ले के लिए स्वचालित रूप से किया जाता है सेट
बॉन्डमोड नहीं बंधुआ

आदेश सितारा सच, डिफ़ॉल्ट, प्रत्येक परमाणु को स्ट्रोक के साथ एक तारे के रूप में दर्शाता है
लंबाई वैन डेर वाल्स त्रिज्या के बराबर। आदेश सितारा बंद बंद कर देता है
सितारों के रूप में चयनित परमाणु का प्रतिनिधित्व। एक स्टार स्ट्रोक लंबाई निर्दिष्ट की जा सकती है
रासमोल इकाइयों (1/250वें एंगस्ट्रॉम) में एक पूर्णांक के रूप में या दशमलव युक्त मान के रूप में
बिंदु। 500 (2.0 एंगस्ट्रॉम) या इससे अधिक का मान "पैरामीटर मान" में भी परिणत होता है
बड़ी" त्रुटि.

RSI तापमान विकल्प प्रत्येक तारे की स्ट्रोक लंबाई को संग्रहीत मान पर सेट करता है
इसका तापमान क्षेत्र. शून्य या नकारात्मक मूल्यों का कोई प्रभाव नहीं होता और मूल्य अधिक होते हैं
2.0 से छोटा करके 2.0 कर दिया गया है। उपयोगकर्ता विकल्प प्रत्येक की स्ट्रोक लंबाई की अनुमति देता है
रैस्टर का उपयोग करके अणु की पीडीबी फ़ाइल में अतिरिक्त लाइनों द्वारा स्टार को निर्दिष्ट किया जाना है
3डी का रंग रिकॉर्ड एक्सटेंशन।

रसमोली अंतरिक्षभरण कमांड का उपयोग परमाणुओं के अधिक कलात्मक प्रतिपादन के लिए किया जा सकता है
गोले

स्टीरियो रसमोली स्टीरियो कमांड छवियों का साइड-बाय-साइड स्टीरियो डिस्प्ले प्रदान करता है। स्टीरियो
किसी अणु को देखना या तो चयन करके चालू (और बंद) किया जा सकता है स्टीरियो से
la ऑप्शंस मेनू, या कमांड टाइप करके स्टीरियो on or स्टीरियो बंद।

RasMol संस्करण 2.7.2.1 से प्रारंभ करते हुए, स्टीरियो मेनू चयन और आदेश
स्टीरियो प्रारंभिक अवस्था से बिना तर्क चक्र के स्टीरियो बंद सेवा मेरे स्टीरियो on in
क्रॉस-आइड मोड स्टीरियो on वॉल-आइड मोड में और फिर वापस स्टीरियो बंद।

दो दृश्यों के बीच पृथक्करण कोण को इसके साथ समायोजित किया जा सकता है सेट स्टीरियो [-]
कमांड, जहां सकारात्मक मानों का परिणाम क्रॉस-आंख से देखना और नकारात्मक होता है
आराम से (दीवार की आंखों से) देखने में मूल्य। का समावेश [-] में स्टीरियो
आदेश, उदाहरण के लिए स्टीरियो 3 or स्टीरियो - 5, कोण को भी नियंत्रित करता है और
दिशा.

स्टीरियो कमांड केवल आंशिक रूप से लागू किया गया है। जब स्टीरियो चालू होता है, तो
छवि ठीक से ताज़ा नहीं की गई है. (यह एक के साथ किया जा सकता है अनुवाद करना x -
कमांड।) यह वेक्टर पोस्टस्क्रिप्ट आउटपुट फ़ाइलों में समर्थित नहीं है, द्वारा सहेजा नहीं गया है
la लिखना लिपि आदेश, और सामान्य तौर पर अभी तक ठीक से इंटरफ़ेस नहीं किया गया है
कार्यक्रम की कई अन्य विशेषताएं.

किस्में
रसमोली किस्में कमांड वर्तमान में लोड किए गए प्रोटीन या न्यूक्लिक एसिड को प्रदर्शित करता है
प्रोटीन की रीढ़ की हड्डी के साथ गुजरने वाले गहराई-संकेतित वक्रों का एक चिकना "रिबन"।
रिबन कई धागों से बना होता है जो एक दूसरे के समानांतर चलते हैं
प्रत्येक अवशेष के पेप्टाइड तल के साथ। प्रत्येक अमीनो के बीच रिबन खींचा जाता है
अम्ल जिसका अल्फा कार्बन वर्तमान में चयनित है। रिबन का रंग बदल दिया गया है
रासमोल द्वारा रंग रिबन आज्ञा। यदि वर्तमान रिबन का रंग है कोई नहीं (
डिफ़ॉल्ट), रंग इसके साथ प्रत्येक स्थिति में अल्फा कार्बन से लिया जाता है
लंबाई। केंद्रीय और सबसे बाहरी धागों को स्वतंत्र रूप से उपयोग करके रंगा जा सकता है
रंग रिबन 1 और रंग रिबन 2 आदेश, क्रमशः। में धागों की संख्या
RasMol का उपयोग करके रिबन को बदला जा सकता है सेट किस्में आदेश।

प्रत्येक स्थिति में रिबन की चौड़ाई वैकल्पिक पैरामीटर द्वारा निर्धारित की जाती है
सामान्य RasMol इकाइयाँ। डिफ़ॉल्ट रूप से रिबन की चौड़ाई से ली जाती है
प्रोटीन की द्वितीयक संरचना या न्यूक्लिक एसिड के लिए 720 का स्थिर मान
(जो 2.88 एंगस्ट्रॉम चौड़ा रिबन बनाता है)। प्रोटीन अल्फा की डिफ़ॉल्ट चौड़ाई
हेलिकॉप्टर और बीटा शीट टर्न के लिए 380 (1.52 एंगस्ट्रॉम) और 100 (0.4 एंगस्ट्रॉम) हैं
और यादृच्छिक कुंडल. द्वितीयक संरचना असाइनमेंट या तो पीडीबी फ़ाइल से है या
द्वारा उपयोग किए गए डीएसएसपी एल्गोरिदम का उपयोग करके गणना की गई संरचना आज्ञा। यह आदेश
RasMol कमांड के समान है रिबन जो बायोमोलेक्यूलर रिबन को एक के रूप में प्रस्तुत करता है
चिकनी छायांकित सतह.

संरचना
रसमोली संरचना कमांड इसके लिए द्वितीयक संरचना असाइनमेंट की गणना करता है
वर्तमान में भरा हुआ प्रोटीन। यदि मूल पीडीबी फ़ाइल में संरचनात्मक असाइनमेंट शामिल है
रिकॉर्ड (हेलिक्स, शीट और टर्न) को हटा दिया जाता है। प्रारंभ में, हाइड्रोजन बांड
यदि यह पहले से ही नहीं किया गया है, तो वर्तमान अणु पाए जाते हैं। गौण
फिर संरचना काब्श और सैंडर के डीएसएसपी एल्गोरिदम का उपयोग करके निर्धारित की जाती है। एक बार
कार्यक्रम समाप्त होने पर पाए गए हेलिकॉप्टरों, स्ट्रैंडों और घुमावों की संख्या की रिपोर्ट आती है।

सतह
रसमोली सतह कमांड ली-रिचर्ड्स आणविक सतह का प्रतिपादन करता है जिसके परिणामस्वरूप
चयनित परमाणुओं पर एक जांच परमाणु को घुमाना। दिया गया मान त्रिज्या निर्दिष्ट करता है
जांच का. यदि पहले रूप में दिया गया है, तो जांच की सतह का विकास
दिखाया गया है (विलायक सतह को छोड़कर)। दूसरे रूप में दिया जाए तो लिफाफा
जांच के केंद्र की स्थिति दिखाई गई है (विलायक सुलभ है)।
सतह)।

निशान रसमोली निशान कमांड लगातार अल्फा कार्बन के बीच एक चिकनी तख़्ता प्रदर्शित करता है
पद. यह तख़्ता बिल्कुल अल्फा कार्बन स्थिति से नहीं गुजरता है
प्रत्येक अवशेष, लेकिन उसी पथ का अनुसरण करता है रिबन, किस्में और कार्टून। नोट
उस अवशेष को इस प्रकार प्रदर्शित किया जा सकता है रिबन, किस्में, कार्टून या एक के रूप में ट्रेस।
इनमें से एक अभ्यावेदन को सक्षम करने से अन्य अभ्यावेदन अक्षम हो जाते हैं। हालाँकि, अवशेष हो सकता है
रीढ़ की हड्डी के रूप में और उपरोक्त अभ्यावेदन में से एक के रूप में एक साथ प्रदर्शित किया जाना चाहिए।
RasMol के भविष्य के संस्करणों में यह बदल सकता है। संस्करण 2.6 से पहले, निशान था
के समानार्थक रीड की हड्डी।

निशान तापमान उच्च तापमान पर रीढ़ की हड्डी को एक व्यापक सिलेंडर के रूप में प्रदर्शित करता है
कारक और निचले स्तर पर पतले। यह प्रस्तुतिकरण एक्स-रे के लिए उपयोगी है
क्रिस्टलोग्राफर और एनएमआर स्पेक्ट्रोस्कोपिस्ट।

अनुवाद करना
रसमोली अनुवाद करना आदेश अणु के केंद्र की स्थिति को आगे बढ़ाता है
पर्दा डालना। अक्ष पैरामीटर निर्दिष्ट करता है कि अणु को किस अक्ष पर होना है
स्थानांतरित हो गया और पूर्णांक पैरामीटर अणु की पूर्ण स्थिति निर्दिष्ट करता है
स्क्रीन के मध्य से केंद्र। अक्ष पैरामीटर के लिए अनुमत मान हैं
"एक्स", "वाई" और "जेड"। विस्थापन मान -100 और 100 के बीच होना चाहिए
वर्तमान अणु को स्क्रीन से ठीक बाहर ले जाने के अनुरूप। एक सकारात्मक "x"
विस्थापन अणु को दाईं ओर ले जाता है, और एक सकारात्मक "y" विस्थापन चलता है
स्क्रीन के नीचे अणु. आदेशों की जोड़ी अनुवाद करना x 0 और अनुवाद करना y 0
अणु को स्क्रीन पर केन्द्रित करता है।

बंधन मुक्त करें रसमोल कमांड बंधन मुक्त करना से निर्दिष्ट बांड हटा देता है
चि त्र का री।

आदेश बंधन मुक्त करना बिना किसी तर्क के पहले से चुने गए बांड को हटा देता है बंधन
चुनना आदेश।

वायरफ़्रेम
रसमोली wireframe कमांड चयनित क्षेत्र के भीतर प्रत्येक बॉन्ड का प्रतिनिधित्व करता है
एक सिलेंडर, एक रेखा या गहराई-संकेतित वेक्टर के रूप में अणु। बांड का प्रदर्शन इस प्रकार है
गहराई-संकेतित वेक्टर (दर्शक से अधिक दूर गहरा खींचा गया) द्वारा चालू किया जाता है
आदेश wireframe or wireframe पर। चयनित बांड इस प्रकार प्रदर्शित किए जाते हैं
RasMol इकाइयों में पूर्णांक के रूप में या युक्त त्रिज्या को निर्दिष्ट करके सिलेंडर
एंगस्ट्रॉम्स में मान के रूप में एक दशमलव बिंदु। 500 का एक पैरामीटर मान (2.0 एंगस्ट्रॉम)
या इससे ऊपर के परिणाम में "पैरामीटर मान बहुत बड़ा" त्रुटि होती है। बांड रंगीन हो सकते हैं
का उपयोग रंग बांड आदेश।

यदि चयनित बांड में वैकल्पिक अनुरूपकों के परमाणु शामिल हैं तो बांड हैं
मध्य में निर्दिष्ट त्रिज्या के .8 की त्रिज्या तक संकुचित (या त्रिज्या तक)।
वैकल्पिक दूसरे पैरामीटर के रूप में निर्दिष्ट)।

अबंधित परमाणु, जो सामान्य में अदृश्य हो सकते हैं wireframe प्रदर्शन कर सकते हैं
पूर्ववर्ती द्वारा चिह्नित किया जाए सेट बॉन्डमोड नहीं बंधुआ आज्ञा। यदि लगभग सह-रैखिक
परमाणुओं के बंधन के कारण उन्हें वायरफ्रेम डिस्प्ले में देखना मुश्किल हो जाता है सेट
बॉन्डमोड सब कमांड के लिए मार्कर जोड़ देगा सब बाद में परमाणु wireframe आदेश
निष्पादन.

लिखना वर्तमान छवि को एक मानक प्रारूप में फ़ाइल में लिखें। वर्तमान में समर्थित छवि
फ़ाइल स्वरूपों में शामिल हैं bmp (माइक्रोसॉफ्ट बिटमैप) और gif (कंप्यूसर्व जीआईएफ), ईरिस (आँख की पुतली
आरजीबी), पीपीएम (पोर्टेबल पिक्समैप), रास (सन रैस्टरफ़ाइल), ps और ईपीएसएफ (एनकैप्सुलेटेड
परिशिष्ट भाग), मोनोप्स (मोनोक्रोम इनकैप्सुलेटेड पोस्टस्क्रिप्ट), pict (ऐप्पल चित्र), vectps
(वेक्टर पोस्टस्क्रिप्ट)। लिखना कमांड का उपयोग कमांड उत्पन्न करने के लिए भी किया जा सकता है
अन्य ग्राफ़िक्स प्रोग्राम के लिए स्क्रिप्ट. प्रारूप लिपि युक्त एक फ़ाइल लिखता है
रसमोल लिपि वर्तमान छवि को पुन: उत्पन्न करने का आदेश देता है। प्रारूप मोलस्क्रिप्ट
अणु के वर्तमान दृश्य को प्रस्तुत करने के लिए आवश्यक आदेशों को लिखता है
पेर क्राउलिस के मोलस्क्रिप्ट कार्यक्रम और प्रारूप में रिबन किनेमेज के लिए आदेश
डेविड रिचर्डसन का कार्यक्रम मैज। निम्नलिखित प्रारूप आगे के लिए उपयोगी हैं
प्रसंस्करण: पोवरे (पीओवीरे 2), povray3 (पीओवीरे 3--विकासाधीन), वीआरएमएल (वीआरएमएल
फ़ाइल)। अंत में, लिस्टिंग के लिए फाई-पीएसआई डेटा प्रदान करने के लिए कई प्रारूप प्रदान किए जाते हैं
या के लिए फ़िप्सी (फी-पीएसआई डेटा सीआईएस ओमेगा के साथ एक एनोटेट सूची के रूप में), रामचन और RDF
और रामचन्द्रनडेटाफ़ाइल (gnuplot के लिए संख्याओं के कॉलम के रूप में phi-psi डेटा), आरपीपी और
रामचन्द्रनप्रिंटरप्लॉट (प्रिंटर प्लॉट के रूप में phi-psi डेटा)।

इस कमांड और RasMol के बीच अंतर बचाना आदेश हटा दिया गया है.
अंतर केवल इतना है कि बिना किसी प्रारूप विनिर्देशक के बचाना कमांड एक उत्पन्न करता है
पी डी बी फ़ाइल और लिखना कमांड एक उत्पन्न करता है GIF छवि।

गाली मार देना वर्तमान डेटाबेस की सामग्री को हटाता है और पैरामीटर चर को रीसेट करता है
उनकी प्रारंभिक डिफ़ॉल्ट स्थिति.

ज़ूम वर्तमान में प्रदर्शित छवि का आवर्धन बदलें। बूलियन पैरामीटर
वर्तमान अणु के पैमाने को या तो बढ़ाएं या रीसेट करें। एक पूर्णांक पैरामीटर
वांछित आवर्धन को डिफ़ॉल्ट पैमाने के प्रतिशत के रूप में निर्दिष्ट करता है।
न्यूनतम पैरामीटर मान 10 है; अधिकतम पैरामीटर मान पर निर्भर है
प्रदर्शित किये जा रहे अणु का आकार। मध्यम आकार के प्रोटीन के लिए यह लगभग 500 है।

SET पैरामीटर

RasMol में कई आंतरिक पैरामीटर हैं जिन्हें इसका उपयोग करके संशोधित किया जा सकता है सेट आदेश।
ये पैरामीटर कई प्रोग्राम विकल्पों जैसे रेंडरिंग विकल्प और माउस को नियंत्रित करते हैं
बटन मैपिंग।

Play.fps त्रिज्या रिकॉर्ड.aps चुनना

सेट व्यापक
रसमोली व्यापक पैरामीटर का उपयोग परिवेश की मात्रा को नियंत्रित करने के लिए किया जाता है (या
आसपास) दृश्य में प्रकाश। व्यापक मान 0 और 100 के बीच होना चाहिए
किसी वस्तु की सबसे गहरी छाया की प्रतिशत तीव्रता को नियंत्रित करता है। एक ठोस के लिए
वस्तु, यह प्रकाश स्रोत से दूर या अंदर की ओर स्थित सतहों की तीव्रता है
छाया। गहराई से संकेतित वस्तुओं के लिए यह सबसे दूर की वस्तुओं की तीव्रता है
दर्शक।

इस पैरामीटर का उपयोग आमतौर पर विभिन्न "गामा" वाले मॉनिटरों को सही करने के लिए किया जाता है
मान" (चमक), यह बदलने के लिए कि हार्डकॉपी छवि कितनी हल्की या गहरी दिखाई देगी
मुद्रित या वायरफ्रेम या रिबन अभ्यावेदन के लिए गहराई की भावना को बदलने के लिए।

सेट कुल्हाड़ियों
रसमोली कुल्हाड़ियों पैरामीटर ऑर्थोगोनल समन्वय अक्षों के प्रदर्शन को नियंत्रित करता है
वर्तमान प्रदर्शन. समन्वय अक्ष वे हैं जिनका उपयोग अणु डेटा फ़ाइल में किया जाता है, और
मूल अणु के बाउंडिंग बॉक्स का केंद्र है। सेट कुल्हाड़ियों आदेश है
आदेशों के समान सेट बाउंडबॉक्स और सेट यूनिट सेल जो बाउंडिंग बॉक्स प्रदर्शित करता है
और क्रिस्टलोग्राफिक यूनिट सेल, क्रमशः।

सेट बैकफ़ेड
रसमोली बैकफ़ेड पैरामीटर का उपयोग निर्दिष्ट बैकफ़ेड को नियंत्रित करने के लिए किया जाता है
काले के बजाय पृष्ठभूमि का रंग। इसे कमांड द्वारा नियंत्रित किया जाता है सेट
बैकफ़ेड on और सेट बैकफ़ेड बंद। उदाहरण के लिए, इसका उपयोग गहराई उत्पन्न करने के लिए किया जा सकता है-
ऐसी छवियां उद्धृत की गईं जो काले के बजाय सफेद हो जाती हैं।

सेट पृष्ठभूमि
रसमोली पृष्ठभूमि पैरामीटर का उपयोग "कैनवास" का रंग सेट करने के लिए किया जाता है
पृष्ठभूमि। रंग को या तो रंग के नाम के रूप में या अल्पविराम से अलग करके दिया जा सकता है
वर्गाकार कोष्ठकों में संलग्न लाल, हरा, नीला (आरजीबी) घटकों का त्रिगुण। टाइप कर रहा हूँ
आदेश मदद रंग द्वारा पहचाने गए पूर्वनिर्धारित रंग नामों की एक सूची देगा
रसमोल। एक्स विंडोज़ के तहत चलने पर, रसमोल एक्स में रंगों को भी पहचानता है
सर्वर का रंग नाम डेटाबेस।

आदेश सेट पृष्ठभूमि RasMol कमांड का पर्याय है पृष्ठभूमि.

सेट बॉन्डमोड
रसमोली सेट बॉन्डमोड कमांड व्यक्ति का चयन करने के लिए प्रयुक्त तंत्र को नियंत्रित करता है
बाद में बंधित और गैर-बंधित परमाणुओं के प्रदर्शन को बंधन और संशोधित करता है
wireframe आदेश देता है।

का उपयोग करते समय चयन और रोकना आदेश, एक दिए गए बांड का चयन किया जाएगा यदि मैं)
बॉन्डमोड है or और जुड़े हुए परमाणुओं में से किसी एक का चयन किया जाता है, या ii) को
बॉन्डमोड है और और बंधन से जुड़े दोनों परमाणुओं का चयन किया जाता है। इसलिए ए
कमांड का उपयोग करके व्यक्तिगत बांड को विशिष्ट रूप से पहचाना जा सकता है सेट बॉन्डमोड और
और फिर दोनों सिरों पर परमाणुओं का विशिष्ट रूप से चयन करना।

RSI बॉन्डमोड [सभी | कोई नहीं | नहीं बंधुआ] आदेश जोड़ें सितारा 75 or अंतरिक्षभरण 75 मार्कर
नामित परमाणुओं के लिए wireframe प्रदर्शित करता है. निर्दिष्ट होने पर सितारों का उपयोग किया जाता है
वायरफ़्रेम त्रिज्या शून्य है.

सेट बांड
रसमोली बांड पैरामीटर का उपयोग डबल और ट्रिपल बॉन्ड के प्रदर्शन को नियंत्रित करने के लिए किया जाता है
एकाधिक लाइनें या सिलेंडर। वर्तमान में बांड ऑर्डर केवल एमडीएल मोल से पढ़े जाते हैं
फ़ाइलें, Sybyl Mol2 प्रारूप फ़ाइलें, ट्रिपोस अल्केमी प्रारूप फ़ाइलें, CIF और mmCIF, और
उपयुक्त पीडीबी फ़ाइलें। कुछ पीडीबी फाइलों में डबल (और ट्रिपल) बांड निर्दिष्ट किए गए हैं
CONECT रिकॉर्ड में किसी दिए गए बांड को दो बार (और तीन बार) निर्दिष्ट करना। आदेश
सेट बांड on बॉन्ड ऑर्डर और कमांड के प्रदर्शन को सक्षम बनाता है सेट बांड बंद
उन्हें निष्क्रिय कर देता है।

सेट बाउंडबॉक्स
रसमोली बाउंडबॉक्स पैरामीटर वर्तमान अणु के प्रदर्शन को नियंत्रित करता है
डिस्प्ले पर बाउंडिंग बॉक्स। बाउंडिंग बॉक्स डेटा फ़ाइल के लिए ऑर्थोगोनल है
मूल निर्देशांक अक्ष. सेट बाउंडबॉक्स कमांड कमांड के समान है सेट
कुल्हाड़ियों और सेट यूनिट सेल जो ऑर्थोगोनल समन्वय अक्षों और बाउंडिंग बॉक्स को प्रदर्शित करता है,
क्रमशः.

सेट कार्टून
रसमोली कार्टून पैरामीटर का उपयोग कार्टून संस्करण के प्रदर्शन को नियंत्रित करने के लिए किया जाता है
la रिबन प्रदर्शन। डिफ़ॉल्ट रूप से, बीटा-शीट के सी-टर्मिनी को इस प्रकार प्रदर्शित किया जाता है
तीर के सिरे. इसका उपयोग करके इसे सक्षम और अक्षम किया जा सकता है सेट कार्टून
आज्ञा। कार्टून की गहराई का उपयोग करके समायोजित किया जा सकता है कार्टून
आदेश। सेट कार्टून बिना किसी पैरामीटर के कमांड इन दो विकल्पों को लौटाता है
सेवा मेरे
उनके डिफ़ॉल्ट मान।

सेट CisAngle
रसमोली सिसैंगल पैरामीटर सीआईएस पेप्टाइड की पहचान के लिए कटऑफ कोण को नियंत्रित करता है
बांड. यदि कोई मान नहीं दिया गया है, तो कटऑफ़ 90 डिग्री पर सेट है।

सेट डिस्प्ले
यह कमांड RasMol के भीतर डिस्प्ले मोड को नियंत्रित करता है। डिफ़ॉल्ट रूप से, सेट प्रदर्शन
सामान्य RasMol उपयोगकर्ता द्वारा निर्दिष्ट प्रतिनिधित्व में अणु प्रदर्शित करता है।
आदेश सेट प्रदर्शन चयनित डिस्प्ले मोड को ऐसे बदलता है कि अणु है
अस्थायी रूप से खींचा गया ताकि अणु के वर्तमान में चयनित भाग को इंगित किया जा सके।
उपयोगकर्ता द्वारा निर्दिष्ट रंग योजना और प्रतिनिधित्व अपरिवर्तित रहता है। इस में
प्रतिनिधित्व में सभी चयनित परमाणुओं को पीले रंग में और सभी गैर-चयनित परमाणुओं को पीले रंग में दिखाया गया है
नीले रंग में दिखाए गए हैं. पृष्ठभूमि का रंग भी गहरे भूरे रंग में बदल दिया गया है
डिस्प्ले मोड में बदलाव का संकेत दें। यह कमांड आमतौर पर केवल द्वारा उपयोग किया जाता है
बाहरी ग्राफिकल यूजर इंटरफेस (जीयूआई)।

सेट फ़ॉन्ट आकार
रसमोली सेट फ़ॉन्ट आकार कमांड का उपयोग अक्षरों के आकार को नियंत्रित करने के लिए किया जाता है
परमाणु लेबल बनाएं। यह मान प्रदर्शित वर्ण की ऊंचाई से मेल खाता है
पिक्सेल में. का अधिकतम मान फ़ॉन्ट आकार 48 पिक्सेल है, और डिफ़ॉल्ट मान 8 है
पिक्सेल उच्च. निश्चित या आनुपातिक रिक्ति को "एफएस" जोड़कर चुना जा सकता है
या क्रमशः "पीएस" संशोधक। डिफ़ॉल्ट "एफएस" है। परमाणु लेबल प्रदर्शित करने के लिए
स्क्रीन RasMol का उपयोग करती है लेबल कमांड और प्रदर्शित का रंग बदलने के लिए
लेबल, का उपयोग करें रंग लेबलों आदेश।

सेट फॉन्टस्ट्रोक
रसमोली सेट फॉन्टस्ट्रोक कमांड का उपयोग स्ट्रोक की चौड़ाई के आकार को नियंत्रित करने के लिए किया जाता है
उन वर्णों का जो परमाणु लेबल बनाते हैं। यह मान पिक्सेल में त्रिज्या है
स्ट्रोक बनाने के लिए सिलेंडर का उपयोग किया जाता है। "0" का विशेष मान डिफ़ॉल्ट रूप से उपयोग किया जाता है
सामान्य एकल पिक्सेल स्ट्रोक चौड़ाई के लिए, जो तेजी से ड्राइंग की अनुमति देता है
छवि का घूमना. अधिक कलात्मकता की अनुमति देने के लिए गैर-शून्य मान प्रदान किए जाते हैं
छवि प्रस्तुत करने में अतिरिक्त समय की कीमत पर प्रकाशन के लिए परमाणु लेबल।

जब व्यापक स्ट्रोक का उपयोग किया जाता है, तो बड़े फ़ॉन्ट आकार की अनुशंसा की जाती है, उदाहरण के लिए का उपयोग करके
रसमोली सेट फ़ॉन्ट आकार 24 PS आदेश, उसके बाद सेट फॉन्टस्ट्रोक 2

स्क्रीन पर परमाणु लेबल प्रदर्शित करने के लिए RasMol का उपयोग करें लेबल आदेश, और बदलने के लिए
प्रदर्शित लेबल के रंग का उपयोग करें रंग लेबलों आदेश।

सेट एचबॉन्ड्स
रसमोली हबॉन्ड्स पैरामीटर यह निर्धारित करता है कि हाइड्रोजन बांड किसके बीच खींचे गए हैं
हाइड्रोजन बांड के दाता और स्वीकर्ता परमाणु, सेट हबॉन्ड्स पक्ष श्रृंखला या के बीच
प्रोटीन रीढ़ की हड्डी के अल्फा कार्बन परमाणुओं और फॉस्फोरस परमाणुओं के बीच
न्यूक्लिक एसिड रीढ़ की हड्डी, सेट हबॉन्ड्स रीड की हड्डी। हाइड्रोजन बांड का वास्तविक प्रदर्शन
द्वारा नियंत्रित किया जाता है हबॉन्ड्स आज्ञा। प्रोटीन अल्फा के बीच हाइड्रोजन बांड खींचना
कार्बन या न्यूक्लिक एसिड फास्फोरस परमाणु जब अणु के बाकी उपयोगी है
जैसे कि केवल एक योजनाबद्ध प्रतिनिधित्व में दिखाया गया है रीड की हड्डी, रिबन or किस्में।
यह पैरामीटर RasMol के समान है एसएसबॉन्ड पैरामीटर।

सेट असमलैंगिक
रसमोली सीधे पैरामीटर का उपयोग RasMol के 'डिफ़ॉल्ट' व्यवहार को संशोधित करने के लिए किया जाता है
चयन आदेश, यानी का व्यवहार चयन बिना किसी पैरामीटर के. जब यह
मूल्य है असत्य, डिफ़ॉल्ट चयन क्षेत्र में कोई भी विषम परमाणु शामिल नहीं है
(पूर्वनिर्धारित सेट का संदर्भ लें सीधे ). जब यह मान है सच, डिफ़ॉल्ट चयन
क्षेत्र में विषम परमाणु हो सकते हैं। यह पैरामीटर RasMol के समान है हाइड्रोजनीकरण
पैरामीटर जो यह निर्धारित करता है कि हाइड्रोजन परमाणुओं को डिफ़ॉल्ट में शामिल किया जाना चाहिए या नहीं
तय करना। अगर दोनों सीधे और हाइड्रोजनीकरण रहे सच, चयन बिना किसी पैरामीटर के है
के बराबर चयन सब।

सेट hourglass
रसमोली hourglass पैरामीटर उपयोगकर्ता को इसके उपयोग को सक्षम और अक्षम करने की अनुमति देता है
RasMol द्वारा 'आवर ग्लास' कर्सर का उपयोग यह इंगित करने के लिए किया जाता है कि प्रोग्राम वर्तमान में व्यस्त है
अगला फ़्रेम खींचना. आदेश सेट hourglass on जबकि, सूचक को सक्षम बनाता है
सेट hourglass बंद RasMol को कर्सर बदलने से रोकता है। यह तब उपयोगी होता है जब
अणु को घुमाना, स्क्रिप्ट फ़ाइल से आदेशों का अनुक्रम चलाना या उपयोग करना
आदेशों के जटिल अनुक्रमों को निष्पादित करने के लिए इंटरप्रोसेस संचार। ऐसे मामलों में
'चमकता' कर्सर ध्यान भटकाने वाला हो सकता है।

सेट हाइड्रोजन
रसमोली हाइड्रोजनीकरण पैरामीटर का उपयोग "डिफ़ॉल्ट" व्यवहार को संशोधित करने के लिए किया जाता है
रसमोली चयन आदेश, यानी का व्यवहार चयन बिना किसी पैरामीटर के. कब
यह मान है असत्य, डिफ़ॉल्ट चयन क्षेत्र में कोई हाइड्रोजन शामिल नहीं है,
ड्यूटेरियम या ट्रिटियम परमाणु (पूर्वनिर्धारित सेट को देखें)। हाइड्रोजनीकरण ). जब यह मान
is सच, डिफ़ॉल्ट चयन क्षेत्र में हाइड्रोजन परमाणु हो सकते हैं। यह पैरामीटर है
रसमोल के समान सीधे पैरामीटर जो यह निर्धारित करता है कि परमाणु विषमांगी हैं या नहीं
डिफ़ॉल्ट सेट में शामिल किया जाना चाहिए. अगर दोनों हाइड्रोजनीकरण और सीधे रहे सच, चयन
बिना किसी पैरामीटर के बराबर है चयन सब।

सेट किनेमेज
रसमोली सेट किनेमेज कमांड किनेमेज में संग्रहीत विवरण की मात्रा को नियंत्रित करता है
RasMol द्वारा उत्पन्न आउटपुट फ़ाइल लिखना किनेमेज आज्ञा। आउटपुट किनेमेज
फ़ाइलों को डेविड रिचर्डसन के मैज प्रोग्राम द्वारा प्रदर्शित करने का इरादा है। सेट
किनेमेज असत्य, डिफ़ॉल्ट, केवल वर्तमान में प्रदर्शित प्रतिनिधित्व को संग्रहीत करता है
उत्पन्न आउटपुट फ़ाइल। आदेश सेट किनेमेज सच, अधिक जटिल उत्पन्न करता है
किनेमेज जिसमें वायरफ्रेम और बैकबोन प्रतिनिधित्व दोनों शामिल हैं
समन्वय अक्ष, बाउंडिंग बॉक्स और क्रिस्टल यूनिट सेल।

सेट मेनू
रसमोली सेट मेनू कमांड कैनवास विंडो के मेनू बटन या मेनू बार को सक्षम करता है।
यह कमांड आमतौर पर केवल ग्राफिकल यूजर इंटरफेस द्वारा या बनाने के लिए उपयोग किया जाता है
Microsoft Windows का उपयोग करते समय छवि को यथासंभव बड़ा करें।

सेट मॉनिटर
रसमोली सेट मॉनिटर आदेश सक्षम बनाता है पर नज़र रखता है। दूरी मॉनीटर लेबल हो सकते हैं
आदेश के साथ बंद कर दिया जाएगा सेट मॉनिटर बंद, और कमांड के साथ पुनः सक्षम किया गया सेट
मॉनिटर पर।

सेट माउस
रसमोली सेट माउस कमांड रोटेशन, अनुवाद, स्केलिंग और ज़ूमिंग सेट करता है
माउस बाइंडिंग. डिफ़ॉल्ट मान है रसमोल जो दो बटन वाले चूहों के लिए उपयुक्त है
(तीन बटन चूहों के लिए दूसरा और तीसरा बटन पर्यायवाची हैं); XY रोटेशन
पहले बटन द्वारा नियंत्रित किया जाता है, और XY अनुवाद दूसरे द्वारा। अतिरिक्त
कार्यों को कीबोर्ड पर संशोधक कुंजी दबाकर नियंत्रित किया जाता है। [शिफ्ट] और
पहला बटन स्केलिंग करता है, [शिफ्ट] और दूसरा बटन Z- निष्पादित करता है
रोटेशन, और [नियंत्रण] और पहला माउस बटन क्लिपिंग प्लेन को नियंत्रित करता है।
अन्तर्दृष्टि और क्वांटा विकल्प अन्य पैकेजों के समान ही माउस बाइंडिंग प्रदान करते हैं
अनुभवी उपयोगकर्ता।

सेट उठा
रसमोली सेट चयन आदेशों की श्रृंखला यह प्रभावित करती है कि उपयोगकर्ता किसी के साथ कैसे इंटरैक्ट कर सकता है
RasMol में स्क्रीन पर प्रदर्शित अणु।

सक्षम/अक्षम करना परमाणु पहचान उठा: माउस से किसी परमाणु पर क्लिक करना
इसके परिणामस्वरूप पहचान और उसके अवशेष नाम, अवशेष संख्या, परमाणु का प्रदर्शन होता है
कमांड विंडो में नाम, परमाणु क्रमांक और श्रृंखला। यह व्यवहार हो सकता है
आदेश के साथ अक्षम किया गया सेट चयन कोई नहीं और आदेश के साथ बहाल किया गया सेट
चयन पहचान आदेश सेट चयन समन्वयक के परमाणु निर्देशांक जोड़ता है
प्रदर्शन के लिए परमाणु.

उपयोग करके चयन को अक्षम करना सेट चयन बंद निष्पादित करते समय उपयोगी है विराम
RasMol स्क्रिप्ट में कमांड क्योंकि यह नकली संदेश के प्रदर्शन को रोकता है
स्क्रिप्ट निलंबित होने पर कमांड लाइन।

मापने दूरियाँ, कोण और मरोड़: दूरियों का इंटरैक्टिव माप,
कोणों और मरोड़ों को आदेशों का उपयोग करके प्राप्त किया जाता है: सेट चयन दूरी, सेट
चयन मॉनिटर, सेट चयन कोण और सेट चयन मरोड़, क्रमश। इन मे
मोड में, किसी परमाणु पर क्लिक करने से उसे रासमोल कमांड पर पहचाना जा सकता है
रेखा। इसके अलावा प्रत्येक परमाणु में एक मॉड्यूलो काउंटर की वृद्धि होती है जैसे कि
दूरी मोड, प्रत्येक दूसरा परमाणु दूरी प्रदर्शित करता है (या दूरी मॉनिटर)
इस परमाणु और पिछले परमाणु के बीच. कोण मोड में, हर तीसरा परमाणु प्रदर्शित होता है
पिछले तीन परमाणुओं के बीच का कोण और प्रत्येक चौथे परमाणु मरोड़ मोड में
अंतिम चार परमाणुओं के बीच मरोड़ प्रदर्शित करता है। शिफ्ट कुंजी दबाकर रखें
एक परमाणु चुनते समय, यह मॉड्यूलो काउंटर बढ़ाया नहीं जाता है और इसकी अनुमति देता है
उदाहरण के लिए, एक निश्चित परमाणु से लगातार परमाणुओं की दूरी प्रदर्शित की जानी है। देखना
la मॉनिटर दूरी मॉनिटर लाइनों के प्रदर्शन को नियंत्रित करने के तरीके के लिए कमांड
लेबल।

लेबलिंग परमाणुओं साथ में la माउस: माउस का उपयोग डिस्प्ले को टॉगल करने के लिए भी किया जा सकता है
किसी दिए गए परमाणु पर एक परमाणु लेबल। रसमोल कमांड सेट चयन लेबल एक लेबल हटा देता है
किसी चुने हुए परमाणु से यदि उसमें पहले से ही एक परमाणु है या उस परमाणु पर एक संक्षिप्त लेबल प्रदर्शित करता है
अन्यथा स्थिति.

केंद्रित रोटेशन साथ में la माउस: एक अणु एक निर्दिष्ट परमाणु पर केन्द्रित हो सकता है
RasMol कमांड का उपयोग करके स्थिति सेट चयन केंद्र or सेट चयन केंद्र। In
इस मोड में, एक परमाणु को चुनने से आगे के सभी घूर्णन उसी बिंदु के आसपास होते हैं।

उठा a बंधन as a रोटेशन एक्सिस: किसी भी बंधन को घूर्णन की धुरी के रूप में चुना जा सकता है
चयनित दूसरे परमाणु से परे अणु के भाग के लिए। यह सुविधा
इसका उपयोग सावधानी से किया जाना चाहिए, क्योंकि, स्वाभाविक रूप से, यह इसकी संरचना को बदल देता है
अणु. क्रियान्वित करने के बाद सेट चयन बंधन या समकक्ष "पिक बॉन्ड" का उपयोग करना
"सेटिंग्स" मेनू में, घुमाए जाने वाले बॉन्ड को उसी प्रकार के माउस से चुना जाता है
दूरी माप के लिए परमाणुओं को चुनने के लिए क्लिक का उपयोग किया जाता है। सामान्यतः यह
ऐसा वहां किया जाना चाहिए जहां कोई बंधन मौजूद है, लेकिन यदि कोई बंधन मौजूद नहीं है, तो इसे जोड़ा जाएगा।
यदि यह किसी भी आकार की रिंग का हिस्सा है तो बॉन्ड का उपयोग रोटेशन के लिए नहीं किया जा सकता है। सभी बंधन
रोटेशन के लिए चयनित को याद रखा जाता है ताकि जब उन्हें ठीक से रिपोर्ट किया जा सके
एक स्क्रिप्ट लिखना, लेकिन केवल सबसे हाल ही में चयनित बांड को सक्रिय रूप से घुमाया जा सकता है।

सक्षम करने से परमाणु/समूह/श्रृंखला चयन उठा: परमाणु, समूह और शृंखलाएँ हो सकती हैं
चयनित (जैसे कि के साथ चयन आदेश), के साथ सेट चयन परमाणु, सेट चयन
समूह, सेट चयन श्रृंखला आदेश. इनमें से प्रत्येक कमांड के लिए, शिफ्ट कुंजी हो सकती है
पुराने में नया चयन जोड़ने के लिए उपयोग किया जा सकता है, और नियंत्रण कुंजी का उपयोग किया जा सकता है
पुराने से नया चयन हटाने के लिए। जब सेट चयन परमाणु आदेश है
दिया गया है, माउस का उपयोग परमाणुओं के चारों ओर एक बॉक्स को खींचने या खींचने के लिए किया जा सकता है
चयन वांछित है. जब सेट चयन समूह किसी भी एक को चुनते हुए आदेश दिया गया है
परमाणु उन सभी परमाणुओं के चयन का कारण बनेगा जो अवशेष संख्या में सहमत हैं
चुना हुआ परमाणु, भले ही अलग-अलग श्रृंखलाओं में हो। जब सेट चयन श्रृंखला आदेश है
दिया गया है, किसी भी परमाणु को चुनने से श्रृंखला में सहमत सभी परमाणुओं का चयन हो जाएगा
चुने गए परमाणु के साथ पहचानकर्ता।

सेट प्ले
रसमोली सेट प्ले.एफपीएस कमांड प्लेबैक के लिए प्रति सेकंड फ्रेम की संख्या देता है
द्वारा प्ले कमांड (डिफ़ॉल्ट 24 फ़्रेम प्रति सेकंड)।

RasMol की वर्तमान रिलीज़ में, प्ले टाइमिंग को इसके द्वारा नियंत्रित नहीं किया जाता है
पैरामीटर।

सेट त्रिज्या
रसमोली सेट त्रिज्या RasMol के व्यवहार को बदलने के लिए कमांड का उपयोग किया जाता है डॉट्स
के मान के आधार पर कमांड विलायक पैरामीटर. कब विलायक is सच,
la त्रिज्या पैरामीटर नियंत्रित करता है कि वास्तविक वैन डेर वाल्स की सतह किसके द्वारा उत्पन्न होती है
la डॉट्स आज्ञा। यदि का मान त्रिज्या शून्य के अलावा कुछ भी है, वह मान है
प्रत्येक परमाणु के वास्तविक vdW मान के बजाय उसकी त्रिज्या के रूप में उपयोग किया जाता है। जब का मूल्य
विलायक is सच, यह पैरामीटर 'जांच क्षेत्र' (विलायक) त्रिज्या निर्धारित करता है।
पैरामीटर को रास्मोल इकाइयों में पूर्णांक के रूप में या दशमलव युक्त दिया जा सकता है
एंगस्ट्रॉम में बिंदु. इस पैरामीटर का डिफ़ॉल्ट मान मान द्वारा निर्धारित किया जाता है
of विलायक और बदल रहा है विलायक फिर सेट करता है त्रिज्या इसके नए डिफ़ॉल्ट मान के लिए।

सेट अभिलेख
रसमोली सेट रिकॉर्ड.एपी.एस एंगस्ट्रॉम्स प्रति में अधिकतम ऑन-स्क्रीन वेग देता है
एनिमेटिंग अनुवाद, घुमाव और ज़ूम में दूसरा (डिफ़ॉल्ट 10 ए/सेकंड)।

रसमोली सेट रिकॉर्ड.एपी.एस कमांड रिकॉर्डिंग के लिए प्रति सेकंड फ़्रेम की संख्या देता है
द्वारा रिकॉर्ड कमांड (डिफ़ॉल्ट 24 फ़्रेम प्रति सेकंड)।

रसमोली सेट रिकॉर्ड.निवास कमांड किसी परिवर्तन पर ध्यान देने के लिए सेकंडों में समय निर्धारित करता है
दिखने में (डिफ़ॉल्ट .5 सेकंड)।

सेट छायाशक्ति
RSI छायाशक्ति पैरामीटर (RasTop से अपनाया गया) शेड पुनर्विभाजन निर्धारित करता है
(विपरीत) ठोस वस्तुओं को प्रस्तुत करने में उपयोग किया जाता है। यह मान 0 और 100 के बीच है
प्रकाश की दिशा में उन्मुख किसी वस्तु की सतह पर छायांकन को समायोजित करता है
स्रोत। शेडपावर पैरामीटर बदलने से अधिकतम या में परिवर्तन नहीं होता है
इस छायांकन के न्यूनतम मान, जैसा कि बदलता है व्यापक पैरामीटर. का एक मान
100 गोले के शीर्ष पर प्रकाश को केंद्रित करता है, जिससे अत्यधिक स्पेक्युलर, कांच जैसा दिखता है
प्रतिपादन (देखें) specpower पैरामीटर). 0 का मान प्रकाश को वितरित करता है
संपूर्ण वस्तु.

शेडपॉवर का यह कार्यान्वयन रासटॉप से ​​केवल चयन में भिन्न है
रेंज की (RasTop में 0 से 100 बनाम -20 से 20)।

सेट छाया
रसमोली सेट छाया कमांड वर्तमान में रे-ट्रेसिंग को सक्षम और अक्षम करता है
प्रस्तुत छवि. वर्तमान में केवल स्पेसफिलिंग प्रतिनिधित्व ही छाया हुआ है या हो सकता है
छाया डालें। शैडोइंग सक्षम करने से Z-क्लिपिंग स्वचालित रूप से अक्षम हो जाएगी
(स्लैबिंग) कमांड का उपयोग करके विमान पत्थर की पटिया बंद। रे-ट्रेसिंग में आमतौर पर लगभग समय लगता है
मध्यम आकार के प्रोटीन के लिए कई सेकंड। छाया देने की सलाह दी जाती है
जब अणु परिवर्तित या हेरफेर किया जा रहा हो तो सामान्य रूप से अक्षम हो, और
एक बेहतर दृष्टिकोण प्रदान करने के लिए उपयुक्त दृष्टिकोण का चयन होने के बाद ही इसे सक्षम किया जाता है
गहराई का आभास.

सेट स्लैबमोड
रसमोली स्लैबमोड पैरामीटर द्वारा काटी गई वस्तुओं की रेंडरिंग विधि को नियंत्रित करता है
स्लैबिंग (जेड-क्लिपिंग) विमान। मान्य स्लैबमोड पैरामीटर "अस्वीकार", "आधा", हैं
"खोखला", "ठोस" और "खंड"।

सेट विलायक
रसमोली सेट विलायक RasMol के व्यवहार को नियंत्रित करने के लिए कमांड का उपयोग किया जाता है डॉट्स
आज्ञा। के मूल्य पर निर्भर करता है विलायक पैरामीटर, डॉट्स या तो आदेश दें
वर्तमान में चारों ओर एक वैन डेर वाल्स या एक विलायक सुलभ सतह उत्पन्न करता है
परमाणुओं का चयनित सेट. इस पैरामीटर को बदलने से स्वचालित रूप से का मान रीसेट हो जाता है
रसमोल त्रिज्या पैरामीटर. आदेश सेट विलायक असत्य, डिफ़ॉल्ट मान,
इंगित करता है कि एक वैन डेर वाल्स की सतह उत्पन्न की जानी चाहिए और इसके मूल्य को रीसेट करता है
त्रिज्या शून्य करने के लिए. आदेश सेट विलायक <strong>उद्देश्य</strong> इंगित करता है कि एक 'कोनोली' या
'रिचर्ड्स' विलायक सुलभ सतह खींची जानी चाहिए और सेट किया जाना चाहिए त्रिज्या
पैरामीटर, विलायक त्रिज्या, 1.2 एंगस्ट्रॉम (या 300 रासमोल इकाइयाँ)।

सेट स्पेक्युलर
रसमोली सेट specular कमांड स्पेक्युलर के डिस्प्ले को सक्षम और अक्षम करता है
RasMol द्वारा खींची गई ठोस वस्तुओं पर प्रकाश डाला गया। स्पेक्युलर हाइलाइट्स सफेद दिखाई देते हैं
वस्तु की सतह पर प्रकाश स्रोत का प्रतिबिंब। वर्तमान रसमोल
इस हाइलाइट को उत्पन्न करने के लिए कार्यान्वयन एक सन्निकटन फ़ंक्शन का उपयोग करता है।

ठोस वस्तुओं की सतहों पर स्पेक्युलर हाइलाइट्स को उपयोग करके बदला जा सकता है
स्पेक्युलर परावर्तन गुणांक, जिसे रासमोल का उपयोग करके बदला जाता है सेट
specpower आदेश।

सेट स्पेकपावर
RSI specpower पैरामीटर द्वारा प्रदान की गई ठोस वस्तुओं की चमक निर्धारित करता है
रसमोल। 0 और 100 के बीच का यह मान प्रयुक्त प्रतिबिंब गुणांक को समायोजित करता है
स्पेक्युलर हाइलाइट गणना। स्पेक्युलर हाइलाइट्स सक्षम और अक्षम हैं
रासमोल द्वारा सेट specular आज्ञा। 20 या 30 के आसपास का मान प्लास्टिक जैसा दिखता है
सतहों. उच्च मान धातु जैसी अधिक चमकदार सतहों का प्रतिनिधित्व करते हैं, जबकि निम्न मान
मान अधिक विसरित/सुस्त सतहें उत्पन्न करते हैं।

सेट एसएसबॉन्ड
रसमोली एसएसबॉन्ड पैरामीटर यह निर्धारित करता है कि डाइसल्फ़ाइड पुल खींचे गए हैं या नहीं
साइडचेन में सल्फर परमाणुओं के बीच (डिफ़ॉल्ट) या अल्फा के बीच
सिस्टीन अवशेषों की रीढ़ की हड्डी में कार्बन परमाणु। का वास्तविक प्रदर्शन
डाइसल्फ़ाइड पुलों को किसके द्वारा नियंत्रित किया जाता है? एसएसबॉन्ड आज्ञा। डाइसल्फ़ाइड पुलों का आरेखण
अल्फा कार्बन के बीच तब उपयोगी होता है जब शेष प्रोटीन केवल एक में दिखाया जाता है
योजनाबद्ध प्रतिनिधित्व जैसे रीड की हड्डी, रिबन or किस्में। यह पैरामीटर है
रसमोल के समान हबॉन्ड्स पैरामीटर।

सेट स्टीरियो
रसमोली सेट स्टीरियो पैरामीटर बाएँ और दाएँ के बीच अलगाव को नियंत्रित करता है
इमेजिस। स्टीरियो को चालू और बंद करने से अणु के केंद्र की स्थिति नहीं बदलती।

किसी अणु का स्टीरियो व्यूइंग या तो चयन करके चालू (और बंद) किया जा सकता है स्टीरियो
से ऑप्शंस मेनू, या कमांड टाइप करके स्टीरियो on or स्टीरियो बंद।

दो दृश्यों के बीच पृथक्करण कोण को इसके साथ समायोजित किया जा सकता है सेट स्टीरियो [-]
कमांड, जहां सकारात्मक मानों का परिणाम क्रॉस-आंख से देखना और नकारात्मक होता है
आराम से (दीवार की आंखों से) देखने में मूल्य। वर्तमान में, स्टीरियो व्यूइंग समर्थित नहीं है
in वेक्टर पोस्टस्क्रिप्ट आउटपुट फ़ाइलें।

सेट किस्में
रसमोली किस्में पैरामीटर समानांतर धागों की संख्या को नियंत्रित करता है
प्रोटीन के रिबन अभ्यावेदन में प्रदर्शित। के लिए अनुमेय मान
यह पैरामीटर 1, 2, 3, 4, 5 और 9 हैं। डिफ़ॉल्ट मान 5 है। की संख्या
प्रदर्शित होने वाले सभी रिबन के लिए स्ट्रैंड स्थिर है। हालाँकि, रिबन की चौड़ाई
(स्ट्रैंड्स के बीच अलगाव) को अवशेषों के आधार पर अवशेषों पर नियंत्रित किया जा सकता है
रसमोल का उपयोग करना रिबन आदेश।

सेट पारदर्शक
रसमोली पारदर्शी पैरामीटर पारदर्शी GIFs के लेखन को नियंत्रित करता है
लिखना gif आज्ञा। इस पर नियंत्रण किया जा सकता है सेट पारदर्शी on और
सेट पारदर्शी बंद आदेश देता है।

सेट यूनिट सेल
रसमोली यूनिट सेल पैरामीटर क्रिस्टलोग्राफिक इकाई के प्रदर्शन को नियंत्रित करता है
वर्तमान डिस्प्ले पर सेल. क्रिस्टल सेल केवल उपयुक्त होने पर ही सक्षम किया जाता है
क्रिस्टल समरूपता जानकारी पीडीबी, सीआईएफ या एमएमसीआईएफ डेटा फ़ाइल में निहित है।
रसमोल कमांड दिखाना समरूपता क्रिस्टल के अंतरिक्ष समूह और इकाई का विवरण प्रदर्शित करें
कोशिका अक्ष. सेट यूनिट सेल कमांड कमांड के समान है सेट कुल्हाड़ियों और सेट
बाउंडबॉक्स जो ऑर्थोगोनल समन्वय अक्षों और बाउंडिंग बॉक्स को प्रदर्शित करता है,
क्रमशः.

सेट वेक्टपीएस
रसमोली vectps पैरामीटर का उपयोग RasMol के तरीके को नियंत्रित करने के लिए किया जाता है लिखना
कमांड वेक्टर पोस्टस्क्रिप्ट आउटपुट फ़ाइलें उत्पन्न करता है। आदेश सेट vectps on सक्षम बनाता है
गोले और सिलेंडर बांड के चारों ओर काली रूपरेखा का उपयोग "कार्टून-" का निर्माण करता है
जैसे" उच्च रिज़ॉल्यूशन आउटपुट। हालाँकि, RasMol का वर्तमान कार्यान्वयन
गलत तरीके से कार्टून किए गए गोले जो एक से अधिक अन्य क्षेत्रों द्वारा प्रतिच्छेदित होते हैं।
इसलिए "बॉल और स्टिक" मॉडल सही ढंग से प्रस्तुत किए गए हैं लेकिन बड़ी जगह भरने वाले नहीं हैं
गोले मॉडल. कार्टून रूपरेखा को कमांड द्वारा डिफ़ॉल्ट रूप से अक्षम किया जा सकता है सेट
vectps बंद।

सेट लिखना
रसमोली लिखना पैरामीटर के उपयोग को नियंत्रित करता है बचाना और लिखना के भीतर आदेश
स्क्रिप्ट, लेकिन इसे केवल कमांड लाइन से ही निष्पादित किया जा सकता है। डिफ़ॉल्ट रूप से, यह मान
is असत्य, स्टार्ट-अप पर निष्पादित किसी भी स्क्रिप्ट में फ़ाइलों के निर्माण पर रोक लगाना
(जैसे कि WWW ब्राउज़र से लॉन्च किए गए)। हालाँकि, एनिमेटर RasMol शुरू कर सकते हैं
अंतःक्रियात्मक रूप से: टाइप करें सेट लिखना on और फिर प्रत्येक फ्रेम उत्पन्न करने के लिए एक स्क्रिप्ट निष्पादित करें
स्रोत कमांड का उपयोग करना।

ATOM अभिव्यक्ति

रासमोल परमाणु अभिव्यक्तियाँ एक अणु के भीतर परमाणुओं के एक मनमाने समूह की विशिष्ट रूप से पहचान करती हैं।
परमाणु अभिव्यक्तियाँ या तो आदिम अभिव्यक्तियों, पूर्वनिर्धारित सेटों, तुलना से बनी होती हैं
ऑपरेटरों, अंदर उपरोक्त अभिव्यक्ति के भाव, या तार्किक (बूलियन) संयोजन
प्रकार के।

तार्किक ऑपरेटर जटिल प्रश्नों को सरल प्रश्नों से निर्मित करने की अनुमति देते हैं
मानक बूलियन संयोजक तथा, or और नहीं। इन्हें प्रतीकों द्वारा संक्षिप्त किया जा सकता है
"&", "|" और "!", क्रमशः। प्राथमिकता बदलने के लिए कोष्ठक (कोष्ठक) का उपयोग किया जा सकता है
ऑपरेटरों का. सुविधा के लिए, बूलियन विच्छेदन के लिए अल्पविराम का भी उपयोग किया जा सकता है।

इसलिए, प्रत्येक परमाणु के लिए परमाणु अभिव्यक्ति का मूल्यांकन किया जाता है प्रोटीन और रीढ़ की हड्डी प्रोटीन का चयन करता है
रीढ़ की हड्डी के परमाणु, प्रोटीन और [न्यूक्लिक] एसिड रीढ़ की हड्डी के परमाणु नहीं!

आदिम एक्सप्रेशंस
रासमोल आदिम अभिव्यक्तियाँ परमाणु के मूलभूत निर्माण खंड हैं
भाव. आदिम अभिव्यक्ति दो प्रकार की होती है। प्रथम प्रकार का प्रयोग किया जाता है
किसी दिए गए अवशेष संख्या या अवशेष संख्याओं की श्रेणी की पहचान करने के लिए। एक ही अवशेष है
इसकी संख्या (अनुक्रम में स्थिति) द्वारा पहचाना जाता है, और एक सीमा निर्दिष्ट की जाती है
निचली और ऊपरी सीमाएं एक हाइफ़न वर्ण द्वारा अलग की जाती हैं। उदाहरण के लिए चयन 5,6,7,8
भी है चयन 5-8। ध्यान दें कि यह दिए गए सभी शेष संख्याओं का चयन करता है
मैक्रोमोलेक्यूल चेन।

दूसरे प्रकार की आदिम अभिव्यक्ति फ़ील्ड के अनुक्रम को निर्दिष्ट करती है जो आवश्यक है
किसी दिए गए परमाणु के लिए मिलान करें। पहला भाग एक अवशेष (या अवशेषों का समूह) निर्दिष्ट करता है
और एक वैकल्पिक दूसरा भाग उन अवशेषों के भीतर परमाणुओं को निर्दिष्ट करता है। पहला
भाग में एक अवशेष नाम होता है, जिसके बाद वैकल्पिक रूप से एक अवशेष संख्या और/या होती है
श्रृंखला पहचानकर्ता.

दूसरे भाग में एक आवर्त वर्ण और उसके बाद एक परमाणु नाम शामिल है। एक परमाणु
नाम अधिकतम चार वर्णमाला या संख्यात्मक वर्ण का हो सकता है। एक वैकल्पिक अर्धविराम
इसके बाद एक वैकल्पिक संरचना पहचानकर्ता जोड़ा जा सकता है। एक वैकल्पिक
स्लैश के बाद मॉडल नंबर भी जोड़ा जा सकता है।

तारांकन चिह्न का उपयोग संपूर्ण फ़ील्ड के लिए वाइल्ड कार्ड के रूप में और प्रश्न चिह्न का उपयोग वाइल्ड कार्ड के रूप में किया जा सकता है
एकल वर्ण वाइल्डकार्ड.

तुलना ऑपरेटरों
किसी अणु के हिस्सों को समानता, असमानता और का उपयोग करके भी अलग किया जा सकता है
ऑपरेटरों को उनकी संपत्तियों पर आदेश देना। ऐसी तुलना अभिव्यक्ति का प्रारूप है
एक संपत्ति का नाम, उसके बाद एक तुलना ऑपरेटर और फिर एक पूर्णांक मान।

रासमोल में जिन परमाणु गुणों का उपयोग किया जा सकता है वे हैं परमाणु परमाणु धारावाहिक के लिए
संख्या, elemno परमाणु के परमाणु क्रमांक (तत्व) के लिए, रेस्नो अवशेष के लिए
संख्या, त्रिज्या RasMol इकाइयों में स्पेसफिल त्रिज्या के लिए (या यदि प्रतिनिधित्व नहीं किया गया है तो शून्य)।
एक गोले के रूप में) और तापमान पीडीबी आइसोट्रोपिक तापमान मान के लिए।

समानता ऑपरेटर को या तो "=" या "==" दर्शाया जाता है। असमानता ऑपरेटर के रूप में
या तो "<>", "!=" या "/="। ऑर्डर देने वाले ऑपरेटर "<" से कम के लिए, "<=" के लिए हैं
इससे कम या इसके बराबर, इससे अधिक के लिए ">", और इससे अधिक या इसके बराबर के लिए ">"।

अंदर एक्सप्रेशंस
एक रसमोल अंदर अभिव्यक्ति परमाणुओं को उनकी निकटता के आधार पर चुनने की अनुमति देती है
परमाणुओं का एक और सेट. ए अंदर अभिव्यक्ति अल्पविराम द्वारा अलग किए गए दो पैरामीटर लेती है
और कोष्ठकों से घिरा हुआ है। पहला तर्क एक पूर्णांक मान है जिसे कहा जाता है
भीतर की अभिव्यक्ति की "कट-ऑफ" दूरी और दूसरा तर्क कोई भी मान्य है
परमाणु अभिव्यक्ति. कट-ऑफ दूरी पूर्णांक RasMol इकाइयों में व्यक्त की जाती है
या दशमलव बिंदु वाले एंगस्ट्रॉम। एक परमाणु का चयन तब किया जाता है जब वह भीतर हो
दूसरे तर्क द्वारा परिभाषित किसी भी परमाणु की कट-ऑफ दूरी। यह अनुमति देता है
नेस्टेड युक्त जटिल अभिव्यक्तियों का निर्माण किया जाना है अंदर भाव।

उदाहरण के लिए, कमांड चयन भीतर(3.2,रीढ़ की हड्डी) 3.2 के भीतर किसी भी परमाणु का चयन करता है
प्रोटीन या न्यूक्लिक एसिड रीढ़ की हड्डी में किसी भी परमाणु की एंगस्ट्रॉम त्रिज्या। अंदर
किसी सक्रिय स्थल के आसपास परमाणुओं का चयन करने के लिए अभिव्यक्तियाँ विशेष रूप से उपयोगी होती हैं।

पूर्वनिर्धारित सेट
RasMol परमाणु अभिव्यक्तियों में पूर्वनिर्धारित सेट हो सकते हैं। ये सेट एकल कीवर्ड हैं
जो रुचि के अणु के भागों का प्रतिनिधित्व करता है। पूर्वनिर्धारित सेट अक्सर होते हैं
आदिम परमाणु अभिव्यक्तियों का संक्षिप्त रूप। कुछ मामलों में पूर्वनिर्धारित का उपयोग
सेट एक अणु के क्षेत्रों के चयन की अनुमति देता है जो अन्यथा नहीं हो सकता
विशिष्ट। वर्तमान में पूर्वनिर्धारित सेटों की एक सूची नीचे दी गई है। में
यहां सूचीबद्ध सेटों के अलावा, RasMol तत्व नामों (और उनके) का भी इलाज करता है
बहुवचन) पूर्वनिर्धारित सेट के रूप में जिसमें उस तत्व प्रकार के सभी परमाणु होते हैं, अर्थात
आदेश चयन ऑक्सीजन कमांड के बराबर है चयन एलिमनो=8.

पूर्वनिर्धारित सेट

AT सेट इस सेट में पूरक न्यूक्लियोटाइड्स एडेनोसिन और में परमाणु शामिल हैं
थाइमिडीन (क्रमशः ए और टी)। सभी न्यूक्लियोटाइड को या तो सेट के रूप में वर्गीकृत किया गया है
at या सेट cg यह सेट RasMol परमाणु अभिव्यक्तियों के समतुल्य है पर, और
न्यूक्लिक और नहीं तटरक्षक।

अम्लीय सेट
अम्लीय अमीनो एसिड का सेट. ये अवशेष प्रकार एएसपी और ग्लू हैं। सभी अमीनो
अम्लों को या तो वर्गीकृत किया गया है अम्लीय, बुनियादी or तटस्थ। यह सेट के बराबर है
रासमोल परमाणु अभिव्यक्तियाँ एएसपी, glu और अमीनो और नहीं (बुनियादी or तटस्थ)।

अचक्रीय सेट
अमीनो एसिड में परमाणुओं का समूह जिसमें कोई चक्र या वलय नहीं होता। सभी अमीनो एसिड हैं
या तो के रूप में वर्गीकृत किया गया है चक्रीय or चक्रीय. यह सेट RasMol परमाणु के बराबर है
अभिव्यक्ति अमीनो और नहीं चक्रीय.

एलिफैटिक सेट
इस सेट में एलिफैटिक अमीनो एसिड होते हैं। ये हैं अमीनो एसिड अला, ग्लाइ,
इले, लेउ और वैल। यह सेट RasMol परमाणु अभिव्यक्ति के बराबर है अल्ला, ग्लाइ,
साथ, लिउ, वैल।

अल्फा सेट
प्रोटीन अणु में अल्फा कार्बन का सेट। यह सेट लगभग है
RasMol परमाणु अभिव्यक्ति के समतुल्य *।सीए। इस आदेश से भ्रमित नहीं होना चाहिए
पूर्वनिर्धारित सेट के साथ कुंडलिनी जिसमें अमीनो एसिड के परमाणु होते हैं
प्रोटीन के अल्फा हेलिकॉप्टर.

एमिनो सेट
इस सेट में अमीनो एसिड अवशेषों में निहित सभी परमाणु शामिल हैं। यह उपयोगी है
न्यूक्लिक एसिड और विषमांगी परमाणुओं से प्रोटीन को अलग करने के लिए
वर्तमान अणु डेटाबेस।

सुगंधित सेट
अमीनो एसिड में सुगंधित वलय वाले परमाणुओं का समूह। ये अमीनो हैं
एसिड His, Phe, Trp और Tyr। क्योंकि इनमें सभी सदस्यों में सुगंधित वलय होते हैं
यह सेट पूर्वनिर्धारित सेट का सदस्य है चक्रीय. यह सेट के बराबर है
रसमोल परमाणु अभिव्यक्तियाँ उसका, फे, टीआरपी, tyr और चक्रीय और नहीं के लिए।

आधार सेट
इस सेट में प्रत्येक अमीनो एसिड के चार परमाणु होते हैं जो पॉलीपेप्टाइड एनसी बनाते हैं-
प्रोटीन की रीढ़ CO, और न्यूक्लिक की रीढ़ की हड्डी में शर्करा फॉस्फेट के परमाणु होते हैं
अम्ल. RasMol पूर्वनिर्धारित सेट का उपयोग करें प्रोटीन और न्यूक्लिक के बीच अंतर करना
रीढ़ की हड्डी के दो रूप. न्यूक्लिक एसिड और प्रोटीन में परमाणु या तो होते हैं रीढ़ की हड्डी
or पक्ष श्रृंखला। यह सेट RasMol अभिव्यक्ति के समतुल्य है (प्रोटीन or न्यूक्लिक)
और नहीं पक्ष श्रृंखला।

पूर्वनिर्धारित सेट मुख्य समुच्चय का पर्यायवाची है रीड की हड्डी।

बुनियादी सेट
बुनियादी अमीनो एसिड का सेट. ये अवशेष प्रकार Arg, His और Lys हैं। सभी
अमीनो एसिड को या तो वर्गीकृत किया गया है अम्लीय, बुनियादी or तटस्थ। यह सेट है
RasMol परमाणु अभिव्यक्ति के बराबर तर्क, उसका, लिली और अमीनो और नहीं (अम्लीय
or तटस्थ)।

बंधुआ सेट
इस सेट में वर्तमान अणु डेटाबेस के सभी परमाणु शामिल हैं जो बंधे हुए हैं
कम से कम एक अन्य परमाणु.

दफन सेट
इस सेट में उन अमीनो एसिड में परमाणु शामिल हैं जो दफन होने की प्रवृत्ति रखते हैं (पसंद करते हैं)।
प्रोटीन के अंदर, विलायक अणुओं के संपर्क से दूर। यह सेट संदर्भित करता है
अमीनो एसिड वरीयता और वर्तमान के लिए वास्तविक विलायक पहुंच नहीं
प्रोटीन. सभी अमीनो एसिड को या तो वर्गीकृत किया गया है सतह or दफन। यह सेट है
RasMol परमाणु अभिव्यक्ति के समतुल्य अमीनो और नहीं सतह।

CG सेट इस सेट में पूरक न्यूक्लियोटाइड्स साइटिडीन और गुआनोसिन में परमाणु शामिल हैं
(क्रमशः सी और जी)। सभी न्यूक्लियोटाइड को या तो सेट के रूप में वर्गीकृत किया गया है at या
सेट cg यह सेट RasMol परमाणु अभिव्यक्तियों के समतुल्य है सी,जी और न्यूक्लिक और
नहीं पर।

आरोपी सेट
इस सेट में आवेशित अमीनो एसिड होते हैं। ये वे अमीनो एसिड हैं जो हैं
भी अम्लीय or बुनियादी। अमीनो एसिड को या तो वर्गीकृत किया गया है आरोप लगाया or
तटस्थ। यह सेट RasMol परमाणु अभिव्यक्तियों के समतुल्य है अम्लीय or बुनियादी और
अमीनो और नहीं तटस्थ।

चक्रीय सेट
अमीनो एसिड में परमाणुओं का समूह जिसमें एक चक्र या वलय होता है। सभी अमीनो एसिड हैं
या तो के रूप में वर्गीकृत किया गया है चक्रीय or चक्रीय. इस सेट में अमीनो एसिड हिस,
पीएचई, प्रो, टीआरपी और टायर। पूर्वनिर्धारित सेट के सदस्य सुरभित के सदस्य हैं
यह सेट। एकमात्र चक्रीय लेकिन गैर-सुगंधित अमीनो एसिड प्रोलाइन है। यह सेट है
RasMol परमाणु अभिव्यक्ति के बराबर उसका, फे, समर्थक, टीआरपी, tyr और सुरभित or
के लिए और अमीनो और नहीं चक्रीय.

cystine सेट
इस सेट में सिस्टीन अवशेषों के परमाणु होते हैं जो डाइसल्फ़ाइड का हिस्सा बनते हैं
ब्रिज, यानी आधा सिस्टीन। RasMol स्वचालित रूप से डाइसल्फ़ाइड पुलों को निर्धारित करता है, यदि
न ही पूर्वनिर्धारित सेट cystine न ही रसमोल एसएसबॉन्ड कमांड का उपयोग किया गया है
चूंकि अणु लोड किया गया था। मुक्त सिस्टीन का सेट का उपयोग करके निर्धारित किया जा सकता है
रासमोल परमाणु अभिव्यक्ति CYS और नहीं सिस्टीन.

कुंडलित वक्रता सेट
इस सेट में सभी परमाणु शामिल हैं जो निर्धारित अनुसार प्रोटीन अल्फा हेलिक्स का हिस्सा बनते हैं
या तो पीडीबी फ़ाइल लेखक या काब्श और सैंडर के डीएसएसपी एल्गोरिदम द्वारा। डिफ़ॉल्ट रूप से,
RasMol यदि PDB फ़ाइल में दिए गए द्वितीयक संरचना निर्धारण का उपयोग करता है
मौजूद। अन्यथा, यह RasMol द्वारा प्रयुक्त DSSP एल्गोरिथम का उपयोग करता है संरचना
आदेश।

इस पूर्वनिर्धारित सेट को पूर्वनिर्धारित सेट के साथ भ्रमित नहीं किया जाना चाहिए अल्फा कौन कौन से
इसमें एक प्रोटीन के अल्फा कार्बन परमाणु होते हैं।

असमलैंगिक सेट
इस सेट में अणु में सभी विषम परमाणु शामिल हैं। ये परमाणु हैं
पीडीबी फ़ाइल में HETATM प्रविष्टियों द्वारा वर्णित। इनमें आमतौर पर पानी होता है,
सहकारक और अन्य विलायक और लिगेंड। सभी सीधे परमाणुओं को या तो वर्गीकृत किया गया है
ligand or विलायक परमाणु. ये विषमांगी विलायक परमाणुओं को आगे वर्गीकृत किया गया है
किसी भी रूप में पानी or आयनों।

हाइड्रोजन सेट
इस पूर्वनिर्धारित सेट में सभी हाइड्रोजन, ड्यूटेरियम और ट्रिटियम परमाणु शामिल हैं
वर्तमान अणु. यह पूर्वनिर्धारित सेट RasMol परमाणु अभिव्यक्ति के बराबर है
एलिमनो=1.

जल विरोधी सेट
इस सेट में सभी हाइड्रोफोबिक अमीनो एसिड शामिल हैं। ये अमीनो एसिड हैं अला,
ल्यू, वैल, इले, प्रो, फे, मेट और टीआरपी। सभी अमीनो एसिड को या तो वर्गीकृत किया गया है
हाइड्रोफोबिक or ध्रुवीय यह सेट RasMol परमाणु अभिव्यक्तियों के समतुल्य है अल्ला,
लिउ, वैल, साथ, समर्थक, फे, मिला टीआरपी और अमीनो और नहीं ध्रुवीय

आयनों सेट
इस सेट में धारा के सभी विषमांगी फॉस्फेट और सल्फेट आयन शामिल हैं
अणु डेटा फ़ाइल. कभी-कभी बड़ी संख्या में ये आयन जुड़े होते हैं
एक्स-रे क्रिस्टलोग्राफी द्वारा निर्धारित प्रोटीन और न्यूक्लिक एसिड संरचनाएं। इन
परमाणु किसी छवि को अव्यवस्थित कर देते हैं। सभी सीधे परमाणुओं को या तो वर्गीकृत किया गया है ligand or
विलायक परमाणु. सभी विलायक परमाणुओं को या तो वर्गीकृत किया गया है पानी or आयनों।

बड़ा सेट
सभी अमीनो एसिड को या तो वर्गीकृत किया गया है छोटे, मध्यम or बड़े. यह सेट है
RasMol परमाणु अभिव्यक्ति के समतुल्य अमीनो और नहीं (छोटा or मध्यम)।

लिगैंड सेट
इस सेट में सभी विषम सहकारक और लिगैंड अंश शामिल हैं
वर्तमान अणु डेटा फ़ाइल में निहित है। इस सेट को सभी के रूप में परिभाषित किया गया है सीधे
परमाणु जो नहीं हैं विलायक परमाणु. इसलिए यह सेट रासमोल परमाणु के बराबर है
अभिव्यक्ति सीधे और नहीं विलायक।

मध्यम सेट
सभी अमीनो एसिड को या तो वर्गीकृत किया गया है छोटे, मध्यम or बड़े. यह सेट है
RasMol परमाणु अभिव्यक्ति के समतुल्य अमीनो और नहीं (विशाल or छोटा)।

तटस्थ सेट
तटस्थ अमीनो एसिड का सेट. सभी अमीनो एसिड को या तो वर्गीकृत किया गया है अम्लीय,
बुनियादी or तटस्थ। यह सेट RasMol परमाणु अभिव्यक्ति के बराबर है अमीनो और
नहीं (अम्लीय or बुनियादी)।

नाभिक सेट
न्यूक्लिक एसिड में सभी परमाणुओं का समूह, जिसमें चार न्यूक्लियोटाइड आधार होते हैं
एडेनोसिन, साइटिडीन, ग्वानोसिन और थाइमिडीन (क्रमशः ए, सी, जी और टी)। सभी
न्यूक्लियोटाइड्स को या तो वर्गीकृत किया गया है प्यूरीन or पाइरीमिडीन यह सेट समतुल्य है
रासमोल परमाणु अभिव्यक्तियों के लिए ए, सी, जी, टी और प्यूरीन or पाइरीमिडीन के लिए प्रतीक
आरएनए न्यूक्लियोटाइड्स (यू, +यू, आई, 1एमए, 5एमसी, ओएमसी, 1एमजी, 2एमजी, एम2जी, 7एमजी, ओएमजी, वाईजी, एच2यू, 5एमयू,
और पीएसयू) को भी इस सेट के सदस्यों के रूप में मान्यता प्राप्त है।

ध्रुवीय सेट
इस सेट में ध्रुवीय अमीनो एसिड होते हैं। सभी अमीनो एसिड को या तो वर्गीकृत किया गया है
हाइड्रोफोबिक or ध्रुवीय यह सेट RasMol परमाणु अभिव्यक्ति के बराबर है अमीनो
और नहीं हाइड्रोफोबिक

प्रोटीन सेट
प्रोटीन में सभी परमाणुओं का समुच्चय। इसमें RasMol पूर्वनिर्धारित सेट शामिल है अमीनो
और सामान्य पोस्ट-अनुवाद संशोधन।

प्यूरीन सेट
प्यूरीन न्यूक्लियोटाइड का सेट. ये आधार एडेनोसिन और गुआनोसिन (ए और) हैं
जी, क्रमशः)। सभी न्यूक्लियोटाइड या तो हैं प्यूरीन or pyrimidines. यह सेट है
RasMol परमाणु अभिव्यक्ति के बराबर ए,जी और न्यूक्लिक और नहीं पाइरीमिडीन

pyrimidine सेट
पाइरीमिडीन न्यूक्लियोटाइड्स का सेट। ये आधार हैं साइटिडीन और थाइमिडीन (सी
और टी, क्रमशः)। सभी न्यूक्लियोटाइड या तो हैं प्यूरीन or pyrimidines. यह सेट
RasMol परमाणु अभिव्यक्ति के बराबर है सी,टी और न्यूक्लिक और नहीं प्यूरीन

चयनित सेट
इस सेट में वर्तमान में चयनित क्षेत्र में परमाणुओं का सेट शामिल है। वर्तमान में
चयनित क्षेत्र पूर्ववर्ती द्वारा परिभाषित किया गया है चयन or रोकना आदेश और नहीं
परमाणु अभिव्यक्ति युक्त चयनित कीवर्ड।

चादर सेट
इस सेट में वे सभी परमाणु शामिल हैं जो प्रोटीन बीटा शीट का हिस्सा बनते हैं जैसा कि निर्धारित किया गया है
या तो PDB फ़ाइल लेखक या Kabsch और Sander का DSSP एल्गोरिथ्म। डिफ़ॉल्ट रूप से,
RasMol यदि PDB फ़ाइल में दिए गए द्वितीयक संरचना निर्धारण का उपयोग करता है
मौजूद। अन्यथा, यह RasMol द्वारा प्रयुक्त DSSP एल्गोरिथम का उपयोग करता है संरचना
आदेश।

sidechain सेट
इस सेट में किसी भी अमीनो एसिड की कार्यात्मक साइडचेन और प्रत्येक का आधार शामिल है
न्यूक्लियोटाइड. ये परमाणु पॉलीपेप्टाइड एन-सी-सी-ओ रीढ़ की हड्डी का हिस्सा नहीं हैं
प्रोटीन या न्यूक्लिक एसिड की चीनी फॉस्फेट रीढ़। रसमोल का प्रयोग करें
पूर्वनिर्धारित सेट प्रोटीन और न्यूक्लिक के दो रूपों के बीच अंतर करना
पक्ष श्रृंखला। न्यूक्लिक एसिड और प्रोटीन में परमाणु या तो होते हैं रीढ़ की हड्डी or पक्ष श्रृंखला।
यह सेट RasMol अभिव्यक्ति के समतुल्य है (प्रोटीन or न्यूक्लिक) और नहीं
रीड की हड्डी।

छोटा सेट
सभी अमीनो एसिड को या तो वर्गीकृत किया गया है छोटे, मध्यम or बड़े. यह सेट है
RasMol परमाणु अभिव्यक्ति के समतुल्य अमीनो और नहीं (मध्यम or बड़ा)।

विलायक सेट
इस सेट में अणु समन्वय फ़ाइल में विलायक परमाणु शामिल हैं। ये हैं
विषम जल अणु, फॉस्फेट और सल्फेट आयन। सभी सीधे परमाणु हैं
या तो के रूप में वर्गीकृत किया गया है ligand or विलायक परमाणु. सभी विलायक परमाणुओं को इस प्रकार वर्गीकृत किया गया है
भी पानी or आयनों। यह सेट RasMol परमाणु अभिव्यक्तियों के समतुल्य है सीधे
और नहीं ligand और पानी or आयनों।

सतह सेट
इस सेट में उन अमीनो एसिड में परमाणु शामिल हैं जो कि (पसंद) करते हैं
प्रोटीन की सतह, विलायक अणुओं के संपर्क में। यह सेट संदर्भित करता है
अमीनो एसिड वरीयता और वर्तमान के लिए वास्तविक विलायक पहुंच नहीं
प्रोटीन. सभी अमीनो एसिड को या तो वर्गीकृत किया गया है सतह or दफन। यह सेट है
RasMol परमाणु अभिव्यक्ति के समतुल्य अमीनो और नहीं दफन।

मोड़ सेट
इस सेट में वे सभी परमाणु शामिल हैं जो प्रोटीन का हिस्सा बनते हैं, जैसा कि निर्धारित किया गया है
या तो PDB फ़ाइल लेखक या Kabsch और Sander का DSSP एल्गोरिथ्म। डिफ़ॉल्ट रूप से,
RasMol यदि PDB फ़ाइल में दिए गए द्वितीयक संरचना निर्धारण का उपयोग करता है
मौजूद। अन्यथा, यह RasMol द्वारा प्रयुक्त DSSP एल्गोरिथम का उपयोग करता है संरचना
आदेश।

पानी सेट
इस सेट में वर्तमान डेटाबेस में सभी विषम जल अणु शामिल हैं। ए
बड़ी संख्या में पानी के अणु कभी-कभी प्रोटीन और न्यूक्लिक से जुड़े होते हैं
एक्स-रे क्रिस्टलोग्राफी द्वारा निर्धारित एसिड संरचनाएं। ये परमाणु अव्यवस्थित हो जाते हैं
छवि। सभी सीधे परमाणुओं को या तो वर्गीकृत किया गया है ligand or विलायक परमाणु.
विलायक परमाणुओं को आगे या तो वर्गीकृत किया गया है पानी or आयनों।

सेट सारांश
नीचे दी गई तालिका रासमोल के सामान्य अमीनो एसिड के वर्गीकरण का सारांश प्रस्तुत करती है।

रंग योजनाओं

रसमोली रंग कमांड विभिन्न वस्तुओं (जैसे परमाणु, बंधन और रिबन) की अनुमति देता है
खंडों) को एक निर्दिष्ट रंग दिया जाना चाहिए। आमतौर पर यह रंग या तो रसमोल होता है
पूर्वनिर्धारित रंग नाम या RGB ट्रिपल। इसके अतिरिक्त RasMol भी सपोर्ट करता है कुल मिलाकर, अमीनो,
जंजीर, चार्ज, सीपीके, समूह, आदर्श, सुडौल, संरचना, तापमान or उपयोगकर्ता रंग योजनाएं
परमाणुओं के लिए, और हबोंड टाइप हाइड्रोजन बांड के लिए रंग योजना और इलेक्ट्रोस्टैटिक संभावित
डॉट सतहों के लिए रंग योजना। वर्तमान में 24 पूर्वनिर्धारित रंग नाम हैं काला, नीला,
ब्लूटिंट, भूरा, सियान, सोना, ग्रे, हरा, हरानीला, ग्रीनटिंट, हॉटपिंक, मैजेंटा, नारंगी,
गुलाबी, गुलाबी रंगत, बैंगनी, लाल, लाल नारंगी, समुद्री हरा, आसमानी नीला, बैंगनी, सफेद, पीला और
पीला रंग

यदि आप बार-बार ऐसे रंग का उपयोग करना चाहते हैं जो पूर्वनिर्धारित नहीं है, तो आप एक-पंक्ति वाली स्क्रिप्ट लिख सकते हैं।
उदाहरण के लिए, यदि आप फ़ाइल बनाते हैं ग्रे.कोल पंक्ति युक्त, रंग [180,180,180]
#स्लेटी, फिर आदेश लिपि ग्रे.कोल वर्तमान में चयनित परमाणु का रंग धूसर हो गया है।

ऑल्ट ध्वज
रसमोली alt (वैकल्पिक अनुरूपक) रंग योजना आधार संरचना को कोडित करती है
एक रंग और प्रत्येक वैकल्पिक अनुरूपक पर सीमित संख्या में रंग लागू होता है। में
RasMol 8-बिट रंग प्रणालियों के लिए बनाया गया है, वैकल्पिक रूप से 4 रंगों की अनुमति है
अनुरूपकर्ता अन्यथा, 8 रंग उपलब्ध हैं.

एमिनो ध्वज
रसमोली अमीनो रंग योजना पारंपरिक अमीनो के अनुसार अमीनो एसिड को रंगती है
अम्ल गुण. रंग भरने का उद्देश्य असामान्य अमीनो एसिड की पहचान करना है
या आश्चर्यजनक वातावरण. प्रोटीन के बाहरी हिस्से जो ध्रुवीय होते हैं, दिखाई देते हैं
(उज्ज्वल) रंग और गैर-ध्रुवीय अवशेष गहरे। अधिकांश रंग पवित्र माने जाते हैं
परंपरा। यह रंग योजना के समान है सुडौल योजना।

जंजीर ध्वज
रसमोली श्रृंखला रंग योजना प्रत्येक मैक्रोमोलेक्यूलर श्रृंखला को एक अद्वितीय रंग प्रदान करती है।
यह रंग योजना विशेष रूप से भागों को अलग करने के लिए उपयोगी है
मल्टीमेरिक संरचना या डीएनए श्रृंखला के व्यक्तिगत 'स्ट्रैंड'। जंजीर हो सकता है
RasMol से चयनित ध्वज मेनू.

प्रभार ध्वज
रसमोली प्रभार रंग योजना प्रत्येक परमाणु को आवेश के अनुसार रंग कोडित करती है
इनपुट फ़ाइल (या पीडीबी फ़ाइलों के बीटा फ़ैक्टर फ़ील्ड) में संग्रहीत मान। उच्च मूल्य हैं
नीले रंग में रंगा हुआ (सकारात्मक) और निचला मान लाल रंग में रंगा हुआ (नकारात्मक) है। की अपेक्षा
एक निश्चित पैमाने का उपयोग करने की तुलना में यह योजना अधिकतम और न्यूनतम मान निर्धारित करती है
चार्ज/तापमान क्षेत्र और उचित रूप से लाल से नीले रंग में प्रक्षेपित होता है। इस तरह,
हरे रंग को 'नो नेट चार्ज' चार्ज नहीं माना जा सकता।

के बीच का अंतर प्रभार और तापमान रंग योजनाएं बढ़ती जा रही हैं
तापमान का मान नीले से लाल की ओर बढ़ता है, जबकि बढ़ता हुआ चार्ज मान बढ़ता है
लाल से नीला।

यदि चार्ज/तापमान क्षेत्र उचित मान संग्रहीत करता है तो इसका उपयोग करना संभव है
रसमोली रंग डॉट्स संभावित एक बिंदु सतह को रंग कोड करने का आदेश (द्वारा उत्पन्न)।
डॉट्स कमांड) इलेक्ट्रोस्टैटिक क्षमता द्वारा।

CPK ध्वज
रसमोली CPK रंग योजना लोकप्रिय प्लास्टिक के रंगों पर आधारित है
स्पेसफिलिंग मॉडल जो कोरी, पॉलिंग द्वारा विकसित किए गए थे और बाद में उनमें सुधार किया गया
कुलटुन. यह रंग योजना 'परमाणु' वस्तुओं को परमाणु (तत्व) प्रकार के आधार पर रंगती है। यह
यह योजना परंपरागत रूप से रसायनज्ञों द्वारा उपयोग की जाती है। सबसे आम तौर पर का असाइनमेंट
रंगों के लिए प्रयुक्त तत्व प्रकार नीचे दिए गए हैं।

समूह ध्वज
रसमोली समूह रंग योजना अवशेषों को उनकी स्थिति के आधार पर रंग कोड करती है
मैक्रोमोलेक्यूलर श्रृंखला। प्रत्येक श्रृंखला को नीले रंग से एक चिकने स्पेक्ट्रम के रूप में खींचा जाता है
हरा, पीला और नारंगी से लाल। इसलिए प्रोटीन का एन टर्मिनस और 5' टर्मिनस
न्यूक्लिक एसिड का रंग लाल होता है और प्रोटीन का C टर्मिनस और 3' का टर्मिनस होता है
न्यूक्लिक एसिड नीले रंग में खींचे जाते हैं। यदि किसी शृंखला में बड़ी संख्या में विषमांगी हैं
इससे जुड़े अणु, मैक्रोमोलेक्यूल को पूर्ण रूप से नहीं खींचा जा सकता है
स्पेक्ट्रम की 'रेंज'. समूह RasMol से चुना जा सकता है ध्वज मेनू.

यदि किसी श्रृंखला में बड़ी संख्या में विषमांगी अणु जुड़े हों, तो
मैक्रोमोलेक्यूल को स्पेक्ट्रम की पूरी श्रृंखला में नहीं खींचा जा सकता है। जब रसमोल
समूह रंगाई करता है, यह अवशेषों से उपयोग किए जाने वाले रंगों की सीमा तय करता है
पीडीबी फाइल में दी गई नंबरिंग। इसलिए सबसे कम अवशेष संख्या प्रदर्शित की जाती है
नीला और उच्चतम अवशेष संख्या लाल के रूप में प्रदर्शित होती है। दुर्भाग्य से, यदि कोई पी.डी.बी
फ़ाइल में बड़ी संख्या में हेटरोएटोम्स, जैसे कि पानी के अणु, मौजूद हैं
उच्च अवशेष संख्या में, प्रोटीन नीले-हरे सिरे में प्रदर्शित होता है
स्पेक्ट्रम और स्पेक्ट्रम के पीले-लाल सिरे में पानी। ये और बढ़ गया है
क्योंकि वहां आम तौर पर अमीनो एसिड अवशेषों की तुलना में बहुत अधिक पानी के अणु होते हैं।
इस समस्या का समाधान कमांड का उपयोग करना है सेट सीधे बंद आवेदन करने से पहले
समूह रंग योजना. इसे टॉगल करके भी हासिल किया जा सकता है असमलैंगिक परमाणुओं पर
ऑप्शंस चयन करने से पहले मेनू समूह पर रंग मेन्यू। यह आदेश निर्देश देता है
RasMol समूह रंग स्केलिंग में केवल गैर-हेटेरो अवशेषों का उपयोग करेगा।

एनएमआर आदर्श ध्वज
रसमोली आदर्श रंग योजना प्रत्येक एनएमआर मॉडल को एक अलग रंग के साथ कोड करती है।
एनएमआर मॉडल नंबर को एक संख्यात्मक मान के रूप में लिया जाता है। उच्च मान नीले रंग में रंगे जाते हैं और
निम्न मान लाल रंग में रंगे हुए हैं। एक निश्चित पैमाने का उपयोग करने के बजाय यह योजना निर्धारित करती है
एनएमआर मॉडल संख्या का अधिकतम मूल्य और लाल से नीले रंग में प्रक्षेपित होता है
उचित रूप से।

सुडौल ध्वज
रसमोली सुडौल रंग योजना अमीनो एसिड गुण द्वारा अवशेषों का रंग कोड करती है। यह
यह योजना बॉब फ़्लैटरिक के "शेपली मॉडल्स" पर आधारित है। प्रत्येक अमीनो एसिड और न्यूक्लिक
एसिड अवशेषों को एक अनोखा रंग दिया जाता है। सुडौल रंग योजना का उपयोग डेविड द्वारा किया जाता है
बेकन का रैस्टर3डी प्रोग्राम। यह रंग योजना के समान है अमीनो रंग योजना।

संरचना ध्वज
रसमोली संरचना रंग योजना अणु को प्रोटीन द्वितीयक द्वारा रंगती है
संरचना। अल्फा हेलिकॉप्टर रंगीन मैजेंटा हैं, [240,0,128], बीटा शीट हैं
पीला रंग, [255,255,0], मोड़ हल्के नीले रंग के हैं, [96,128,255] और सभी
अन्य अवशेष सफेद रंग के हैं। द्वितीयक संरचना या तो से पढ़ी जाती है
PDB फ़ाइल (HELIX, SHEET और TURN रिकॉर्ड), यदि उपलब्ध हो, या Kabsch का उपयोग करके निर्धारित किया गया हो
और सैंडर का डीएसएसपी एल्गोरिदम। रसमोल संरचना आदेश का उपयोग बल देने के लिए किया जा सकता है
डीएसएसपी की संरचना असाइनमेंट का उपयोग किया जाना है।

तापमान ध्वज
रसमोली तापमान रंग योजना के अनुसार प्रत्येक परमाणु का रंग कोड होता है
अनिसोट्रोपिक तापमान (बीटा) मान पीडीबी फ़ाइल में संग्रहीत है। आमतौर पर यह एक देता है
किसी दिए गए परमाणु की स्थिति की गतिशीलता/अनिश्चितता का माप। उच्च मूल्य हैं
गर्म (लाल) रंगों में और ठंडे (नीले) रंगों में कम मूल्य वाले। यह
फीचर का उपयोग अक्सर "स्केल" मान को जोड़ने के लिए किया जाता है [जैसे कि अमीनो एसिड परिवर्तनशीलता
वायरल म्यूटेंट में] एक पीडीबी फ़ाइल में प्रत्येक परमाणु के साथ, और अणु को रंग दें
उचित रूप से।

के बीच का अंतर तापमान और प्रभार रंग योजनाएं बढ़ती जा रही हैं
तापमान का मान नीले से लाल की ओर बढ़ता है, जबकि बढ़ता हुआ चार्ज मान बढ़ता है
लाल से नीला।

उपयोगकर्ता ध्वज
रसमोली उपयोगकर्ता रंग योजना RasMol को संग्रहीत रंग योजना का उपयोग करने की अनुमति देती है
पीडीबी फ़ाइल। प्रत्येक परमाणु के रंग पीडीबी में रखे गए COLO रिकॉर्ड में संग्रहीत होते हैं
डेटा फाइल। यह सम्मेलन डेविड बेकन के Raster3D कार्यक्रम द्वारा प्रस्तुत किया गया था।

एचबॉन्ड प्रकार ध्वज
रसमोली टाइप रंग योजना केवल हाइड्रोजन बांड पर लागू होती है, इसलिए इसका उपयोग किया जाता है
आदेश रंग हबॉन्ड्स प्रकार। यह योजना प्रत्येक हाइड्रोजन बांड के अनुसार रंग कोड करती है
हाइड्रोजन बांड दाता और स्वीकर्ता के बीच प्रोटीन श्रृंखला की दूरी तक।
यह योजनाबद्ध प्रतिनिधित्व बेलहादज-मोस्टेफ़ा और मिलनर-व्हाइट द्वारा प्रस्तुत किया गया था।
यह प्रतिनिधित्व प्रोटीन द्वितीयक संरचना (एचबॉन्ड्स) में एक अच्छी जानकारी देता है
अल्फा हेलिकॉप्टर बनाने वाले लाल दिखाई देते हैं, शीट बनाने वाले पीले दिखाई देते हैं और वे
गठन मोड़ मैजेंटा दिखाई देते हैं)।

संभावित ध्वज
रसमोली संभावित रंग योजना केवल बिंदु सतहों पर लागू होती है, इसलिए इसका उपयोग किया जाता है
आदेश रंग डॉट्स क्षमता। यह योजना वर्तमान में प्रदर्शित प्रत्येक रंग को प्रदर्शित करती है
अंतरिक्ष में उस बिंदु पर इलेक्ट्रोस्टैटिक क्षमता द्वारा बिंदु। यह क्षमता है
इनपुट के तापमान/आवेश क्षेत्र को लेते हुए कूलम्ब के नियम का उपयोग करके गणना की जाती है
उस परमाणु के साथ जुड़े चार्ज को फ़ाइल करें। यह वही व्याख्या है
द्वारा उपयोग किया जाता है रंग प्रभार आज्ञा। की तरह प्रभार रंग योजना निम्न मान हैं
नीला/सफ़ेद और उच्च मान लाल हैं।

एमिनो एसिड संहिताओं
निम्नलिखित तालिका में प्रत्येक के नाम, एक अक्षर और तीन अक्षर कोड सूचीबद्ध हैं
अमीनो एसिड का.

बूलियन्स
बूलियन पैरामीटर एक सत्य मान है। मान्य बूलियन मान 'सही' और 'गलत' हैं,
और उनके पर्यायवाची शब्द 'चालू' और 'बंद'। बूलियन पैरामीटर आमतौर पर RasMol द्वारा उपयोग किए जाते हैं
किसी प्रतिनिधित्व या विकल्प को सक्षम या अक्षम करने के लिए।

फ़ाइल प्रारूप

प्रोटीन जानकारी बैंक फ़ाइलें

यदि आपके पास पीडीबी दस्तावेज नहीं है, तो आपको पीडीबी का निम्नलिखित सारांश मिल सकता है
फ़ाइल स्वरूप उपयोगी. प्रोटीन डेटा बैंक एक कंप्यूटर-आधारित अभिलेखीय डेटाबेस है
मैक्रोमोलेक्यूलर संरचनाएं। डेटाबेस की स्थापना 1971 में ब्रुकहेवन नेशनल द्वारा की गई थी
प्रयोगशाला, अप्टन, न्यूयॉर्क, समाधानित क्रिस्टलोग्राफिक के लिए एक सार्वजनिक डोमेन भंडार के रूप में
संरचनाएँ। बैंक परमाणु निर्देशांक और आंशिक बांड को संग्रहीत करने के लिए एक समान प्रारूप का उपयोग करता है
क्रिस्टलोग्राफिक अध्ययन से प्राप्त कनेक्टिविटी। 1999 में प्रोटीन डाटा बैंक
स्ट्रक्चरल बायोलॉजी के लिए रिसर्च कोलैबोरेटरी में ले जाया गया।

पीडीबी फ़ाइल प्रविष्टियों में प्रत्येक 80 वर्णों का रिकॉर्ड होता है। छिद्रित कार्ड सादृश्य का उपयोग करते हुए,
कॉलम 1 से 6 में एक रिकॉर्ड-प्रकार पहचानकर्ता होता है, कॉलम 7 से 70 में डेटा होता है। में
पुरानी प्रविष्टियाँ, कॉलम 71 से 80 सामान्यतः रिक्त होते हैं, लेकिन उनमें क्रम संबंधी जानकारी हो सकती है
पुस्तकालय प्रबंधन कार्यक्रमों द्वारा जोड़ा गया। 1996 पीडीबी प्रारूप के अनुरूप नई प्रविष्टियों में,
उन कॉलमों में अन्य जानकारी भी है. रिकॉर्ड के पहले चार अक्षर
पहचानकर्ता विशिष्ट रूप से रिकॉर्ड के प्रकार और प्रत्येक के सिंटैक्स की पहचान करने के लिए पर्याप्त हैं
रिकॉर्ड किसी विशेष प्रविष्टि के भीतर रिकॉर्ड के क्रम से स्वतंत्र है
मैक्रोमोलेक्यूल।

रासमोल कार्यक्रम के लिए प्रमुख रुचि वाले एकमात्र रिकॉर्ड प्रकार एटीओएम और हैं
HETATM रिकॉर्ड जो प्रत्येक परमाणु की स्थिति का वर्णन करते हैं। ATOM/HETATM रिकॉर्ड में शामिल हैं
मानक परमाणु नाम और अवशेष संक्षिप्तीकरण, अनुक्रम पहचानकर्ताओं के साथ,
एंगस्ट्रॉम इकाइयों, अधिभोगों और थर्मल गति कारकों में समन्वय। सटीक विवरण
नीचे फोरट्रान प्रारूप विवरण के रूप में दिया गया है। "एफएमटी" कॉलम इसके उपयोग को इंगित करता है
सभी पीडीबी प्रारूपों में फ़ील्ड, 1992 और पहले के प्रारूपों में या 1996 और बाद के प्रारूपों में
प्रारूपों.

प्रोटीन के लिए एन-टर्मिनल अवशेष और 5'-टर्मिनस से शुरू होने वाले क्रम में अवशेष होते हैं
न्यूक्लिक एसिड के लिए. यदि अवशेष अनुक्रम ज्ञात है, तो कुछ परमाणु क्रमांक संख्याएं हो सकती हैं
किसी भी लापता परमाणु को भविष्य में सम्मिलित करने की अनुमति देने के लिए छोड़ा गया। प्रत्येक अवशेष के भीतर परमाणु होते हैं
एक मानक तरीके से आदेश दिया गया, रीढ़ की हड्डी (प्रोटीन के लिए एन-सी-सी-ओ) से शुरू किया गया और
साइड चेन के साथ अल्फा कार्बन से दूरदर्शिता बढ़ाने की दिशा में आगे बढ़ रहा है।

HETATM रिकॉर्ड का उपयोग पोस्ट-ट्रांसलेशनल संशोधनों और सहकारकों को परिभाषित करने के लिए किया जाता है
मुख्य अणु से संबद्ध। टीईआर रिकॉर्ड की व्याख्या मुख्य में ब्रेक के रूप में की जाती है
अणु की रीढ़.

यदि मौजूद है, तो RasMol हेडर, कंपाउंड, हेलिक्स, शीट, टर्न, कनेक्ट, CRYST1 का भी निरीक्षण करता है।
स्केल, मॉडल, ENDMDL, EXPDTA और END रिकॉर्ड। जानकारी जैसे नाम, डेटाबेस कोड,
संशोधन तिथि और अणु का वर्गीकरण HEADER और COMPND से निकाला जाता है
रिकॉर्ड, प्रारंभिक माध्यमिक संरचना असाइनमेंट HELIX, SHEET और TURN से लिए गए हैं
रिकॉर्ड, और फ़ाइल का अंत एक END रिकॉर्ड द्वारा दर्शाया जा सकता है।

रसमोली व्याख्या of पी डी बी फ़ील्ड्स
9999.000, 9999.000, 9999.000 पर स्थित परमाणुओं को इनसाइट छद्म माना जाता है
परमाणुओं और RasMol द्वारा नजरअंदाज कर दिया जाता है। 'Q' से शुरू होने वाले परमाणु नाम भी माने जाते हैं
छद्म परमाणु या स्थिति मार्कर।

जब किसी डेटा फ़ाइल में एनएमआर संरचना होती है, तो कई अनुरूपताएँ रखी जा सकती हैं
मॉडल और ईएनडीएमडीएल रिकॉर्ड के जोड़े द्वारा सीमांकित एक एकल पीडीबी फ़ाइल। रसमोल प्रदर्शित करता है
फ़ाइल में मौजूद सभी एनएमआर मॉडल।

अवशेष नाम "सीएसएच", "सीवाईएच" और "सीएसएम" को सिस्टीन "सीवाईएस" के लिए छद्म शब्द माना जाता है।
अवशेष नाम "WAT", "H20", "SOL" और "TIP" को पानी के लिए छद्म शब्द माना जाता है
"होह"। अवशेष नाम "D20" को भारी जल "DOD" माना जाता है। अवशेष नाम "एसयूएल"
सल्फेट आयन "SO4" माना जाता है। अवशेष नाम "सीपीआर" को सीआईएस माना जाता है-
प्रोलाइन और इसका अनुवाद "प्रो" के रूप में किया गया है। अवशेष नाम "TRY" माना जाता है
ट्रिप्टोफैन "टीआरपी" के लिए छद्म नाम।

RasMol सेट हेटेरो, पानी, विलायक और लिगैंड को परिभाषित करने के लिए HETATM फ़ील्ड का उपयोग करता है।
"HOH", "DOD", "SO4" या "PO4" नाम वाला कोई भी समूह (या इनमें से किसी एक का उपनाम)
पूर्ववर्ती नियमों के अनुसार नाम) को विलायक माना जाता है और माना जाता है
HETATM फ़ील्ड द्वारा परिभाषित।

RasMol केवल PDB फ़ाइलों में CONECT कनेक्टिविटी रिकॉर्ड का सम्मान करता है जिनमें इससे कम है
256 परमाणु. इसे अणु निर्धारण अनुभाग में अधिक विस्तार से समझाया गया है
कनेक्टिविटी. CONECT रिकॉर्ड जो एक बांड को एक से अधिक बार परिभाषित करते हैं, उनकी व्याख्या इस प्रकार की जाती है
उस बांड के बांड क्रम को निर्दिष्ट करना, यानी दो बार निर्दिष्ट बांड एक डबल है
बांड और तीन (या अधिक) बार निर्दिष्ट बांड एक ट्रिपल बांड है। यह नहीं है एक
मानक पीडीबी सुविधा।

पी डी बी रंग योजना विशिष्टता
RasMol PDB फ़ाइलों में पूरक COLO रिकॉर्ड प्रकार को भी स्वीकार करता है। यह
को निर्दिष्ट करने के लिए डेविड बेकन के Raster3D प्रोग्राम द्वारा रिकॉर्ड प्रारूप पेश किया गया था
अणु को प्रस्तुत करते समय उपयोग की जाने वाली रंग योजना। यह एक्सटेंशन नहीं है
वर्तमान में पीडीबी द्वारा समर्थित है। COLO रिकॉर्ड में वही मूल रिकॉर्ड प्रकार होता है
ऊपर वर्णित ATOM और HETATM रिकॉर्ड।

मिलान प्रक्रिया का उपयोग करके परमाणुओं को रंग निर्दिष्ट किए जाते हैं। मास्क फ़ील्ड का उपयोग किया जाता है
मिलान प्रक्रिया इस प्रकार है. सबसे पहले RasMol सभी ATOM को पढ़ता है और याद रखता है,
इनपुट क्रम में HETATM और COLO रिकॉर्ड। जब उपयोगकर्ता द्वारा परिभाषित ('उपयोगकर्ता') रंग
योजना का चयन किया जाता है, RasMol प्रत्येक याद किए गए ATOM/HETATM रिकॉर्ड को बारी-बारी से देखता है,
और एक COLO रिकॉर्ड की खोज करता है जो सभी कॉलम 7 से 30 में मेल खाता है
ऐसा पाया जाने वाला पहला COLO रिकॉर्ड परमाणु का रंग और त्रिज्या निर्धारित करता है।

ध्यान दें कि लाल, हरा और नीला घटक X, Y के समान स्थिति में हैं।
और ATOM या HETA रिकॉर्ड के Z घटक, और वैन डेर वाल्स त्रिज्या अंदर जाती है
अधिभोग का स्थान. लाल, हरा और नीला सभी घटक इसमें होने चाहिए
रेंज 0 से 1.

ताकि एक COLO रिकॉर्ड अधिक के लिए रंग और त्रिज्या विनिर्देश प्रदान कर सके
एक से अधिक परमाणु (उदाहरण के लिए अवशेष, परमाणु प्रकार, या किसी अन्य मानदंड के आधार पर)।
लेबल कॉलम 7 से 30 में कहीं दिए जा सकते हैं), एक 'परवाह न करें' वर्ण,
हैश चिह्न "#" (संख्या या तीक्ष्ण चिह्न) का उपयोग किया जाता है। यह चरित्र, जब एक में पाया जाता है
COLO रिकॉर्ड, ATOM/HETATM में संबंधित कॉलम में किसी भी वर्ण से मेल खाता है
अभिलेख। मिलान के रूप में गिने जाने के लिए अन्य सभी वर्णों का समान रूप से मिलान होना चाहिए। एक के रूप में
विनिर्देश का विस्तार, कोई भी परमाणु जो COLO रिकॉर्ड से मेल खाने में विफल रहता है
सफेद रंग में प्रदर्शित.

विभिन्न एनएमआर मॉडल
RasMol सभी NMR मॉडल को PDB फ़ाइल से लोड करता है, चाहे किसी भी कमांड का उपयोग किया गया हो:
भार पीडीबी or भार nmrpdb

एक बार कई एनएमआर अनुरूपताएं लोड हो जाने के बाद उनमें हेरफेर किया जा सकता है
परमाणु अभिव्यक्ति एक्सटेंशन में वर्णित है आदिम भाव। विशेष रूप से,
आदेश रोकना * / 1 प्रदर्शन को केवल पहले मॉडल तक ही सीमित रखा जाएगा।

सीआईएफ और एमएमसीआईएफ प्रारूप फ़ाइलें
CIF छोटे अणुओं की प्रस्तुति के लिए IUCr मानक है और mmCIF का इरादा है
की प्रस्तुति के लिए निश्चित-क्षेत्र पीडीबी प्रारूप के प्रतिस्थापन के रूप में
मैक्रोमोलेक्यूलर संरचनाएं। RasMol किसी भी प्रारूप में डेटा सेट स्वीकार कर सकता है।

वर्ल्ड वाइड वेब पर कई उपयोगी साइटें हैं जहां सूचना उपकरण और
सीआईएफ, एमएमसीआईएफ और पीडीबी से संबंधित सॉफ्टवेयर पाया जा सकता है। निम्नलिखित अच्छे हैं
अन्वेषण के लिए शुरुआती बिंदु:

इंटरनेशनल यूनियन ऑफ क्रिस्टलोग्राफी (आईयूसीआर) सॉफ्टवेयर तक पहुंच प्रदान करता है,
CIF और mmCIF से संबंधित शब्दकोश, नीति विवरण और दस्तावेज़ीकरण:
IUCr, चेस्टर, इंग्लैंड (www.iucr.org/iucr-top/cif/) कई मिरर साइटों के साथ।

न्यूक्लिक एसिड डेटाबेस प्रोजेक्ट इसकी प्रविष्टियों, सॉफ्टवेयर और तक पहुंच प्रदान करता है
दस्तावेज़ीकरण, एक mmCIF पृष्ठ के साथ जो शब्दकोश और mmCIF तक पहुँच प्रदान करता है
रटगर्स यूनिवर्सिटी, न्यू जर्सी, यूएसए में सॉफ्टवेयर उपकरण
(http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif) कई दर्पण साइटों के साथ।

RasMol का यह संस्करण CIF या mmCIF टैग मानों को अनिवार्य रूप से समान तक सीमित करता है
फिक्स्ड-फील्ड पीडीबी प्रारूप के लिए उपयोग किए जाने वाले कन्वेंशन। इस प्रकार श्रृंखला पहचानकर्ता और
वैकल्पिक संरचना पहचानकर्ता एकल वर्ण, परमाणु नामों तक सीमित हैं
4 वर्णों आदि तक सीमित हैं। RasMol निम्नलिखित CIF और mmCIF की व्याख्या करता है
टैग: वांछित टैग के लिए कई डेटा ब्लॉक के माध्यम से खोज की जाती है, इसलिए a
एकल डेटासेट एकाधिक डेटा ब्लॉक से बना हो सकता है, लेकिन एकाधिक डेटा सेट
एक ही फ़ाइल में संग्रहीत नहीं किया जा सकता.

मशीन विशिष्ट समर्थन

निम्नलिखित अनुभागों में, के लिए समर्थन मोनोक्रोम एक्स-विंडोज़, टीसीएल/टीके आईपीसी, यूनिक्स कुर्सियां
आधारित आईपीसी, संकलन रासविन साथ में Borland और मेट्रोवर्क्स वर्णित हैं।

मोनोक्रोम एक्स विंडोज सहायता
RasMol आमतौर पर शिक्षा जगत में पाए जाने वाले कई मोनोक्रोम UNIX वर्कस्टेशनों का समर्थन करता है,
जैसे लो-एंड SUN वर्कस्टेशन और NCD X-टर्मिनल। RasMol का X11 संस्करण
(जब 8 बिट मोड में संकलित किया जाता है) अब काले और सफेद एक्स-विंडोज़ डिस्प्ले का पता लगाता है और
डिथरिंग को स्वचालित रूप से सक्षम बनाता है। रन-टाइम त्रुटि प्रसार डिथरिंग का उपयोग
इसका मतलब है कि रासमोल के सभी डिस्प्ले मोड मोनोक्रोम मोड में उपलब्ध हैं। के लिए
सर्वोत्तम परिणाम, उपयोगकर्ताओं को यह सुनिश्चित करने के लिए सेट एम्बिएंट कमांड के साथ प्रयोग करना चाहिए
परिणामी छवियों में अधिकतम कंट्रास्ट।

टीसीएल/टीके आईपीसी समर्थन
Tk ग्राफ़िक्स लाइब्रेरी के संस्करण 4 ने बीच संचार के लिए उपयोग किए जाने वाले प्रोटोकॉल को बदल दिया
टीके अनुप्रयोग। RasMol संस्करण 2.6 को इस प्रकार संशोधित किया गया कि यह संचार कर सके
इस नए प्रोटोकॉल और पिछले संस्करण 3 प्रोटोकॉल दोनों के साथ RasMol द्वारा समर्थित
v2.5. हालाँकि Tcl/Tk 3.x एप्लिकेशन केवल अन्य 3.x के साथ संचार कर सकते हैं
एप्लिकेशन और Tcl/Tk 4.x एप्लिकेशन अन्य 4.x अनुप्रयोगों के साथ, ये परिवर्तन
RasMol को दोनों प्रोटोकॉल वाली प्रक्रियाओं के बीच संचार करने की अनुमति दें (संभावित रूप से)।
समवर्ती)।

यूनिक्स कुर्सियां आधारित आईपीसी
RasMol का UNIX कार्यान्वयन BSD-शैली सॉकेट संचार का समर्थन करता है। एक
वीएमएस, एप्पल मैकिंटोश और के लिए भी समान सॉकेट तंत्र विकसित किया जा रहा है
माइक्रोसॉफ्ट विंडोज सिस्टम. इससे RasMol को अंतःक्रियात्मक रूप से प्रदर्शित होने की अनुमति मिलनी चाहिए
दूरस्थ होस्ट पर गणना के परिणाम। वर्तमान प्रोटोकॉल टीसीपी/आईपी के रूप में कार्य करता है
पोर्ट 21069 पर सर्वर जो किसी भी कमांड तक कमांड लाइन निष्पादित करता है निकास or
आदेश छोड़ना टाइप किया गया है. RasMol सर्वर से कमांड बाहर निकलें, कमांड
छोड़ना दोनों वर्तमान सत्र को डिस्कनेक्ट कर देते हैं और RasMol को समाप्त कर देते हैं। यह कार्यक्षमता
UNIX कमांड का उपयोग करके परीक्षण किया जा सकता है टेलनेट 21069.

संकलन रासविन साथ में Borland और मेट्रोवर्क्स
संस्करण 2.5 से संक्रमण में स्रोत कोड में कई बदलाव किए गए
RasMol के Microsoft Windows संस्करण को का उपयोग करके संकलित करने की अनुमति देने के लिए 2.6 तक
बोर्लैंड सी/सी++ कंपाइलर। इन सुधारों में मानक लाइब्रेरी के लिए नाम परिवर्तन शामिल हैं
और _fmemset में बग से बचने के लिए विशेष कोड। में अतिरिक्त परिवर्तन किये गये
मेट्रोवर्क्स कंपाइलर्स के साथ संकलन की अनुमति देने के लिए 2.6 से 2.7 में संक्रमण।

ग्रंथ सूची

आणविक ग्राफिक्स

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