रैस्टेप - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

रैस्टेप - (रैस्टर3डी थर्मल एलिप्सॉइड प्रोग्राम)

SYNOPSIS

रैस्टेप [-h] [-आईएसओ] [-Bरंग Bmin BMAX] [-समस्या स्तर] [-फैंसी[0-3]] [-त्रिज्या R] <
infile.pdb > ellipsoids.r3d

रैस्टेप -सारणीबद्ध करें [टैबफ़ाइल] [-by_atomtype] [-कॉम [comtabfile]] < infile.pdb >
सांख्यिकी.पाठ

रैस्टेप पीडीबी समन्वय फ़ाइल पढ़ता है। इस फ़ाइल में वर्णन करने वाले ANISOU रिकॉर्ड होने चाहिए
परमाणु अनिसोट्रोपिक रूप से परिष्कृत होते हैं। रैस्टेप या तो Raster3D के लिए एक इनपुट फ़ाइल बना सकते हैं
कार्यक्रम प्रस्तुत करना या विभिन्न के लिए परमाणु अनिसोट्रॉपी का सांख्यिकीय विश्लेषण करना
इनपुट परमाणुओं की श्रेणियाँ। डिफ़ॉल्ट रूप से प्रोग्राम एक दीर्घवृत्त+स्टिक दृश्य बनाता है
विवरण जिसमें प्रत्येक परमाणु को एक समद्विबाहु सतह को घेरने वाले दीर्घवृत्ताकार द्वारा दर्शाया गया है
संभाव्यता घनत्व फ़ंक्शन। इन्हें आमतौर पर थर्मल इलिप्सॉइड्स के रूप में जाना जाता है।

प्रोग्राम को वैकल्पिक मोड में चलाया जा सकता है, जिसे -टैबुलेट विकल्प द्वारा नियंत्रित किया जाता है
stdout के लिए प्राथमिक आउटपुट Uij मैट्रिक्स के आइजेनवैल्यू की एक सूची है, जिसके बाद
इनपुट फ़ाइल में प्रत्येक परमाणु के लिए संबंधित परमाणु अनिसोट्रॉपी और आइसोट्रोपिक यूईक्यू
ATOM रिकॉर्ड और मेल खाते ANISOU रिकॉर्ड दोनों के साथ। इस मोड का उपयोग किया जाता है
सत्यापन उपकरण पार्वती और स्किटल्स।

उदाहरण

डिफ़ॉल्ट सीपीके रंगों के साथ, 50% संभाव्यता स्तर पर थर्मल इलिप्सॉइड का वर्णन करने के लिए, और
इसे पीएनजी फ़ाइल में तत्काल रेंडरिंग के लिए भेजें

रैस्टेप < infile.pdb | रेंडर -पीएनजी चित्र.पीएनजी

बिसो द्वारा रंगीन समान दीर्घवृत्त का वर्णन करने के लिए, हेडर रिकॉर्ड को छोड़ दें ताकि
परिणामी इनपुट फ़ाइल को अन्य दृश्य घटकों के साथ विलय किया जा सकता है

rastep -h -Bcolor 10. 30. < infile.pdb > ellipsoids.r3d
कैट हेडर.r3d ellipsoids.r3d अन्य सामान.r3d | रेंडर > चित्र.पीएनजी

विकल्प

ऑटो

देखने के कोण का स्वत: चयन, दृश्य के साथ परमाणुओं के प्रसार को कम करने के लिए चुना गया
दिशा.

-Bरंग Bmin BMAX

इनपुट या डिफ़ॉल्ट के विरुद्ध ATOM रिकॉर्ड का मिलान करने के बजाय B मानों के आधार पर रंग निर्दिष्ट करें
रंग रिकार्ड. B <= Bmin वाले परमाणु गहरे नीले रंग के होंगे; B >= Bmax वाले परमाणु होंगे
हल्के लाल रंग का होना; Bmin < B < Bmax वाले परमाणुओं को रंग शेडिंग सुचारू रूप से सौंपी जाएगी
स्पेक्ट्रम के माध्यम से नीले से लाल तक।

-फैंसी[0-6]

RSI -कल्पना विकल्प प्रस्तुत किए गए दीर्घवृत्ताकार के तेजी से जटिल अभ्यावेदन का चयन करता है।
-फैंसी0 [डिफ़ॉल्ट] = ठोस सतह
-फैंसी1 = पारदर्शी सीमा सतह के साथ दीर्घवृत्ताकार के प्रमुख अक्ष
-फैंसी2 = दीर्घवृत्त के रंगीन भूमध्यरेखीय तल
-फैंसी3 = पारदर्शी सीमाबद्ध सतह के साथ रंगीन भूमध्यरेखीय तल
-फैंसी4 = सबसे लंबी सिद्धांत अक्ष वाली पारदर्शी बाउंडिंग सतह
-fancy5 = ORTEP प्रेमियों के लिए, एक ठोस दीर्घवृत्ताकार जिसमें एक अष्टक लुप्त है
-फैंसी6 = ओआरटीईपी प्रेमियों के लिए जो लापता अष्टक को एक अलग रंग में चाहते हैं

-h

आउटपुट में हेडर रिकॉर्ड दबाएँ। डिफ़ॉल्ट रूप से रैस्टेप एक आउटपुट फ़ाइल तैयार करेगा जो
स्केलिंग और प्रोसेसिंग विकल्पों के डिफ़ॉल्ट सेट वाले हेडर रिकॉर्ड से शुरू होता है।
RSI -h फ़्लैग इन हेडर रिकॉर्ड्स को दबा देगा। यह विकल्प फ़ाइलें बनाने के लिए उपयोगी है
जो किसी दृश्य के केवल एक भाग का वर्णन करते हैं, और जिन्हें बाद में वर्णनकर्ता के साथ जोड़ दिया जाता है
अन्य प्रोग्रामों द्वारा निर्मित फ़ाइलें।

-आईएसओ

बल आइसोट्रोपिक संभाव्यता सतहों (गोले)। डिफ़ॉल्ट रूप से रैस्टेप ANISOU की तलाश करेगा
पीडीबी फ़ाइल में रिकॉर्ड और इनका उपयोग एलिप्सॉइड उत्पन्न करने के लिए करें। यदि कोई ANISOU रिकॉर्ड नहीं है
किसी दिए गए परमाणु के लिए मौजूद, ATOM/HETATM रिकॉर्ड में दिए गए B मान का उपयोग किया जाएगा
इसके बजाय एक गोला उत्पन्न करें. का चयन कर रहा हूँ -आईएसओ विकल्प प्रोग्राम को B का उपयोग करने के लिए बाध्य करेगा
ATOM रिकॉर्ड में मूल्य, भले ही ANISOU रिकॉर्ड भी मौजूद हो।

-छोटा

ऑटो-ओरिएंटेशन (जैसे -ऑटो) और छोटे आकार का प्लॉट (176x208)।

-नोहाइड्रोजन

हाइड्रोजन प्लॉट न करें, भले ही वह पीडीबी फ़ाइल में मौजूद हो।

-समस्या स्तर

डिफ़ॉल्ट रूप से, घनत्व में 50% संभाव्यता स्तर को घेरने के लिए आइसोसर्फेस खींचे जाते हैं
ANISOU रिकॉर्ड में Uij मानों द्वारा वर्णित फ़ंक्शन। -समस्या विकल्प आपको अनुमति देता है
इसके बजाय एक अलग संभाव्यता स्तर चुनें। यदि 0 < लेवल < 1 है तो इस मान की व्याख्या की जाती है
अंश के रूप में; यदि स्तर > 1 है तो इस मान की व्याख्या प्रतिशत के रूप में की जाती है।

-त्रिज्या R

डिफ़ॉल्ट रूप से, रैस्टेप उसी का उपयोग करके पड़ोसी परमाणुओं के बीच त्रिज्या 0.10A के साथ बंधन खींचता है
छड़ के रूप में एल्गोरिथ्म. यह विकल्प आपको बांड की त्रिज्या बदलने की अनुमति देता है। यदि त्रिज्या
0 पर सेट है, कोई बांड नहीं खींचा गया है।

-सारणीबद्ध करें [टैबफ़ाइल]

-टैबुलेट विकल्प अनुरोध करता है कि प्रोग्राम आँकड़े जमा करे और प्रिंट करे
इनपुट उत्पन्न करने के बजाय इनपुट फ़ाइल में परमाणुओं के बीच अनिसोट्रॉपी का वितरण
प्रस्तुत करने के लिए फ़ाइल. प्रत्येक परमाणु के सिद्धांत अक्ष और अनिसोट्रॉपी को स्टडआउट करने के लिए लिखा जाता है। एक
यदि निर्दिष्ट किया गया है तो समग्र सांख्यिकीय सारांश टैबफ़ाइल पर लिखा जाता है, अन्यथा stdout पर।

-by_atomtype

-by_atomtype विकल्प -टैब्युलेट करने के लिए एक संशोधक है। यह एक और उपविभाजन का कारण बनता है
सांख्यिकीय सारांश तैयार करने में परमाणु प्रकार के अनुसार परमाणु। परमाणु प्रकार से लिये गये हैं
पीडीबी एटीओएम रिकॉर्ड के कॉलम 77:78।

-कॉम [comtabfile]

द्रव्यमान के केंद्र से दूरी के आधार पर कोशों में अनिसोट्रॉपी के वितरण को सारणीबद्ध करें। को आउटपुट
यदि निर्दिष्ट हो तो comtabfile, अन्यथा stdout करें।

टिप्पणियाँ

लिखने वाले विभिन्न कार्यक्रमों के प्रारूप में बहुत कम, यदि कोई हो, एकरूपता है
अनिसोट्रोपिक विस्थापन पैरामीटर। यह प्रोग्राम क्रम में Uij मानों की व्याख्या करता है
PDB प्रारूप में ANISOU रिकॉर्ड के लिए निर्दिष्ट। यानी पीडीबी रिकार्ड के कॉलम 29-70 हैं
U10000 U11 U22 U33 U12 U13 क्रम में 23 * Uij का प्रतिनिधित्व करने वाले पूर्णांक के रूप में व्याख्या की गई।
विशेष रूप से ध्यान दें कि क्रॉस-टर्म का क्रम ORTEP द्वारा उपयोग किए गए क्रम के समान नहीं है
या शेल्क्स, इनमें से कोई भी पीडीबी प्रारूप का उपयोग नहीं करता है। हालाँकि, शेलएक्सप्रो कार्यक्रम करेगा
शेल्क्स समन्वय फ़ाइल से सही ढंग से स्वरूपित पीडीबी रिकॉर्ड तैयार करें।

स्रोत

वेब यूआरएल:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html संपर्क:
एथन ए मेरिटो
वाशिंगटन विश्वविद्यालय, सिएटल WA 98195
[ईमेल संरक्षित]

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