आरटैक्स - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

आरटैक्स - लघु युग्मित-अंत अनुक्रम का तीव्र और सटीक वर्गीकरण वर्गीकरण से पढ़ता है
16एस राइबोसोमल आरएनए जीन

SYNOPSIS

आरटैक्स [विकल्प] ...

वर्णन

विकल्प

-r रेफरी FASTA प्रारूप में संदर्भ डेटाबेस

-t वर्गीकरण संदर्भ डेटाबेस से मेल खाने वाली अनुक्रम आईडी वाली वर्गीकरण फ़ाइल

-a क्वेरीए FASTA फ़ाइल जिसमें क्वेरी अनुक्रम हैं (एकल-समाप्त या पढ़ें 1)

-b क्वेरीबी FASTA फ़ाइल जिसमें क्वेरी अनुक्रम हैं (बी पढ़ें, मिलान आईडी के साथ)

-x रिवर्स-पूरक क्वेरी ए अनुक्रम (यदि वे इसमें प्रदान किए गए हैं तो आवश्यक है
उलटा भाव)

-y रिवर्स-पूरक क्वेरी बी अनुक्रम (यदि वे इसमें प्रदान किए गए हैं तो आवश्यक है
उलटा भाव)

-i regex के रूप में उपयोग करने के लिए फास्टा हेडर के भाग का चयन करने के लिए रेगुलर एक्सप्रेशन का उपयोग किया जाता है
अनुक्रम आईडी. डिफ़ॉल्ट: "(\S+)"

-l पट्टिका प्रोसेस करने के लिए अनुक्रम आईडी वाली टेक्स्ट फ़ाइल, प्रति पंक्ति एक

-d सीमांकक एक फ़ाइल में प्रदान किए जाने पर दोनों रीडिंग को अलग करने वाला डिलीमीटर

-m टेम्पदिरि अस्थायी निर्देशिका. सफल समापन पर हटा दिया जाएगा, लेकिन संभावना है
यदि कोई त्रुटि है तो नहीं

-f उन अनुक्रमों के लिए जहां केवल एक ही पढ़ा जा सकता है, एकल-समाप्त पर वापस आएं
वर्गीकरण. डिफ़ॉल्ट: इन अनुक्रमों को छोड़ें

-g उन अनुक्रमों के लिए जहां एक पढ़ा गया अत्यधिक सामान्य है, एकल पर वापस न जाएं-
वर्गीकरण समाप्त. डिफ़ॉल्ट: इन अनुक्रमों को केवल के आधार पर वर्गीकृत करें
अधिक विशिष्ट पढ़ें

-o वर्गीकरण.आउट
उत्पादन के पथ

उदाहरण

एक त्वरित प्रारंभ उदाहरण यहां पाया जा सकता है:
https://github.com/davidsoergel/rtax/wiki/QuickStart

आरटैक्स का उपयोग भीतर भी किया जा सकता है QIIME वर्कफ़्लोज़, अधिक जानकारी के लिए यह लिंक देखें:
http://www.qiime.org/tutorials/rtax.html

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन rtax का उपयोग करें