यह कमांड seq-gen है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
seq-gen - अनुक्रम जेनरेटर
SYNOPSIS
seq-जनरल [-m आदर्श] [-l #] [-n #] [-p #] [-s # | -d #] [-k #][-सी #1 #2 #3 | -ए # [-जी #]]
[-एफ ई | #] [-टी # | -आर #][-जेड #] [-ओ[पी][आर][एन]] [-डब्ल्यू[ए][आर]] [-एक्स नाम] [-क्यू] [-एच] [ट्रीफाइल]
वर्णन
अनुक्रम जेनरेटर - सीक-जेन संस्करण 1.3.3
-l: # = अनुक्रम लंबाई [डिफ़ॉल्ट = 1000]।
-n: # = प्रति पेड़ सिम्युलेटेड डेटासेट [डिफ़ॉल्ट = 1]।
-p: # = प्रति अनुक्रम विभाजन (और पेड़ों) की संख्या [डिफ़ॉल्ट = 1]।
-s: # = शाखा लंबाई स्केलिंग कारक [डिफ़ॉल्ट = 1.0]।
-d: # = कुल वृक्ष पैमाना [डिफ़ॉल्ट = शाखा की लंबाई का उपयोग करें]।
-k: # = अनुक्रम k को पैतृक के रूप में उपयोग करें (संरेखण की आवश्यकता है) [डिफ़ॉल्ट = यादृच्छिक]।
प्रतिस्थापन मॉडल विकल्प:
-m: मॉडल = एचकेवाई, एफ84, जीटीआर, जेटीटी, डब्ल्यूएजी, पीएएम, ब्लोसम, एमटीआरईवी, जनरल
HKY, F84 और GTR न्यूक्लियोटाइड के लिए हैं बाकी अमीनो एसिड के लिए हैं
-a: # = गामा दर विषमता के लिए आकार (अल्फा) [डिफ़ॉल्ट = कोई नहीं]।
-g: # = गामा दर श्रेणियों की संख्या [डिफ़ॉल्ट = निरंतर]।
-i: # = अपरिवर्तनीय साइटों का अनुपात [डिफ़ॉल्ट = 0.0]।
न्यूक्लियोटिड मॉडल विशिष्ट विकल्प:
-c: #1 #2 #3 = कोडन स्थिति विविधता के लिए दरें [डिफ़ॉल्ट = कोई नहीं]।
-t: # = संक्रमण-अनुप्रवर्तन अनुपात [डिफ़ॉल्ट = समान दर]।
-r: #1 #2 #3 #4 #5 #6= सामान्य दर मैट्रिक्स [डिफ़ॉल्ट = सभी 1.0]।
-f: #ए #सी #जी #टी = न्यूक्लियोटाइड आवृत्तियाँ [डिफ़ॉल्ट = सभी समान]।
अमीनो एसिड मॉडल विशिष्ट विकल्प:
आदेश ARNDCQEGHILKMFPSTWYV का उपयोग करके निर्दिष्ट करें
-r: #1 .. #190 = सामान्य दर मैट्रिक्स [डिफ़ॉल्ट = सभी 1.0]।
-f: #1 .. #20 = अमीनो एसिड आवृत्तियाँ ई=बराबर [डिफ़ॉल्ट = मैट्रिक्स आवृत्तियाँ]।
विविध विकल्प:
-z: # = यादृच्छिक संख्या जनरेटर के लिए बीज [डिफ़ॉल्ट = सिस्टम उत्पन्न]।
-o: आउटपुट फ़ाइल स्वरूप [डिफ़ॉल्ट = PHYLIP]
p PHYLIP प्रारूप r शिथिल PHYLIP प्रारूप n NEXUS प्रारूप
-w: अतिरिक्त जानकारी लिखें [डिफ़ॉल्ट = कोई नहीं]
a प्रत्येक नोड के लिए पैतृक अनुक्रम लिखें r प्रत्येक साइट के लिए दर लिखें
-x: NAME = प्रत्येक डेटासेट के बाद सम्मिलित करने के लिए एक टेक्स्ट फ़ाइल [डिफ़ॉल्ट = कोई नहीं]।
-h: यह सहायता संदेश दें
-q: शांत
ट्रीफ़ाइल: ट्री फ़ाइल का नाम [डिफ़ॉल्ट = stdin पर पेड़]
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन seq-gen का उपयोग करें
