यह कमांड टाइगर-एक्सट्रैक्ट है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
टाइगर-ग्लिमर - जीनोम अनुक्रम में जीन की ठीक शुरुआत/रोक स्थिति
SYNOPSIS
बाघ-अर्क [जीनोम-फाइल विकल्प]
वर्णन
प्रोग्राम एक्सट्रैक्ट एक FASTA प्रारूप अनुक्रम फ़ाइल और स्टार्ट/स्टॉप की सूची वाली एक फ़ाइल लेता है
उस फ़ाइल में स्थितियाँ (उदाहरण के लिए, जैसा कि long-orfs प्रोग्राम द्वारा निर्मित) और अर्क और
निर्दिष्ट अनुक्रमों को आउटपुट करता है।
पहला कमांड-लाइन तर्क अनुक्रम फ़ाइल का नाम है, जो FASTA में होना चाहिए
प्रारूप.
दूसरा कमांड-लाइन तर्क समन्वय फ़ाइल का नाम है। इसमें एक होना चाहिए
पहली फ़ाइल में पदों के जोड़े की सूची, प्रति पंक्ति एक। प्रत्येक प्रविष्टि का प्रारूप है:
>
इस फ़ाइल में कोई अन्य जानकारी नहीं होनी चाहिए, इसलिए यदि आप ग्लिमर के आउटपुट का उपयोग कर रहे हैं
या long-orfs, आपको हेडर लाइनें काटनी होंगी।
प्रोग्राम का आउटपुट मानक आउटपुट में जाता है और इसमें प्रत्येक पंक्ति के लिए एक पंक्ति होती है
समन्वय फ़ाइल. प्रत्येक पंक्ति में आईडीस्ट्रिंग होती है, उसके बाद सफेद स्थान होता है
समन्वय युग्म द्वारा निर्दिष्ट अनुक्रम फ़ाइल के सबस्ट्रिंग द्वारा। विशेष रूप से,
सबस्ट्रिंग जोड़ी के पहले स्थान से शुरू होती है और दूसरे स्थान पर समाप्त होती है
(सहित)। यदि पहली स्थिति दूसरी से बड़ी है, तो डीएनए उल्टा हो जाता है
प्रत्येक पद का पूरक उत्पन्न होता है। उन जोड़ियों को प्रारंभ/बंद करें जो अंत में "चारों ओर लपेटें"।
जीनोम की अनुमति है.
विकल्प
-छोड़ें आउटपुट प्रत्येक अनुक्रम के पहले 3 वर्णों को छोड़ देता है, यानी, इसे छोड़ देता है
प्रारंभ कोडन के ऊपर। यह इसके पिछले संस्करण का व्यवहार था
कार्यक्रम.
-l आउटपुट में n वर्णों से छोटे अनुक्रमों को छोड़ दिया जाता है। n में शामिल है
यदि -स्किप स्विच एक है तो 3 छोड़े गए अक्षर।
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन tigr-extract का उपयोग करें
