यह ISVASE नाम का लिनक्स ऐप है जिसकी नवीनतम रिलीज़ को ISVASE1.1.tar.gz के रूप में डाउनलोड किया जा सकता है। इसे वर्कस्टेशन के लिए मुफ्त होस्टिंग प्रदाता ऑनवर्क्स में ऑनलाइन चलाया जा सकता है।
ISVASE नाम के इस ऐप को OnWorks के साथ मुफ्त में ऑनलाइन डाउनलोड करें और चलाएं।
इस ऐप को चलाने के लिए इन निर्देशों का पालन करें:
- 1. इस एप्लिकेशन को अपने पीसी में डाउनलोड करें।
- 2. हमारे फ़ाइल प्रबंधक में https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX उस उपयोगकर्ता नाम के साथ दर्ज करें जो आप चाहते हैं।
- 3. इस एप्लिकेशन को ऐसे फाइल मैनेजर में अपलोड करें।
- 4. इस वेबसाइट से ऑनवर्क्स लिनक्स ऑनलाइन या विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैकोज़ ऑनलाइन एमुलेटर शुरू करें।
- 5. ऑनवर्क्स लिनक्स ओएस से आपने अभी शुरुआत की है, हमारे फाइल मैनेजर को https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX उस यूजरनेम के साथ जाएं जो आप चाहते हैं।
- 6. एप्लिकेशन डाउनलोड करें, इसे इंस्टॉल करें और इसे चलाएं।
स्क्रीनशॉट
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ISVASE
वर्णन
सही परिपक्व एमआरएनए उत्पन्न करने के लिए, एक्सॉन की पहचान की जानी चाहिए और आरएनए स्प्लिसिंग तंत्र द्वारा सटीक और कुशलता से एक साथ जोड़ा जाना चाहिए। यह ध्यान दिया जाना चाहिए कि सभी रोग पैदा करने वाले उत्परिवर्तनों में से लगभग एक तिहाई या आधे आरएनए स्प्लिसिंग को प्रभावित करते हैं। हालाँकि, आरएनए-सीक्यू डेटा के आधार पर स्प्लिसिंग घटनाओं (एसवीएएसई) से जुड़े अनुक्रम वेरिएंट की सीधे पहचान करने के लिए बहुत कम जैव सूचना विज्ञान उपकरण हैं। हमने ISVASE विकसित किया है, जो RNA-seq डेटा का उपयोग करके सीधे SVASE की पहचान करने के लिए एक सरल और सुविधाजनक उपकरण है। मौजूदा सॉफ्टवेयर पीवीएएएस के साथ तुलना करने पर, हमारी पद्धति के कई फायदे हैं जैसे प्रत्येक चरण में कड़े नियम-निर्भर फिल्टर और सांख्यिकीय फिल्टर, ज्ञात स्प्लिसिंग घटनाओं के लिए डिटेक्शन अनुक्रम वेरिएंट, स्प्लिसिंग (जंक्शन) के दो हिस्सों में अलग-अलग पहचान अनुक्रम वेरिएंट, डिटेक्शन जंक्शन शिफ्ट घटनाएँ यदि ज्ञात स्प्लिसिंग एनोटेशन प्रदान करती हैं, स्प्लिसिंग सिग्नल का मूल्यांकन करती हैं, ज्ञात डीएनए उत्परिवर्तन और/या आरएनए संपादन डेटा और कम चलने वाले समय के साथ तुलना करती हैं।
विशेषताएं
- यह नए स्प्लिसिंग वेरिएंट और ज्ञात स्प्लिसिंग वेरिएंट दोनों के लिए स्प्लिसिंग इवेंट से जुड़े अनुक्रम वेरिएंट की पहचान करने वाला पहला उपकरण है।
- ISVASE पहले प्रत्येक स्प्लिसिंग वैरिएंट के लिए अनुक्रम वेरिएंट की पहचान करता है, फिर तुलना विश्लेषण और सांख्यिकीय परीक्षण के लिए सभी संबंधित स्प्लिसिंग वेरिएंट (समान जंक्शन प्रारंभ या अंत) के लिए अनुक्रम वेरिएंट की पहचान करता है।
- ISVASE जंक्शन के दोनों हिस्सों के लिए अनुक्रम वेरिएंट की अलग-अलग पहचान करता है और उनका मूल्यांकन करता है, जो जंक्शन के विभिन्न हिस्सों के लिए अनुक्रम वेरिएंट के प्रभाव को और अलग कर सकता है।
- ISVASE विभिन्न चरणों में कई कड़े नियम-आधारित फ़िल्टर और सांख्यिकीय फ़िल्टर लागू करता है।
- ISVASE गलत स्प्लिसिंग वेरिएंट को हटाने के लिए जंक्शन शिफ्ट इवेंट और जंक्शन सिग्नल (5' ss और 3' ss) पर विचार करता है।
- ISVASE अनुक्रम वेरिएंट के स्रोत प्रकार को निर्दिष्ट करने के लिए उपयोगकर्ता द्वारा प्रदत्त डीएनए उत्परिवर्तन और आरएनए संपादन डेटा का उपयोग कर सकता है।
- ISVASE एक्सोनिक स्प्लिसिंग एन्हांसर मोटिफ खोज के लिए अनुक्रम वेरिएंट का फ़्लैंकिंग अनुक्रम प्राप्त करता है।
- ISVASE वैरिएंट एनोटेशन के लिए डिफ़ॉल्ट अनुक्रम वैरिएंट फ़ाइल को ANNOVAR इनपुट प्रारूप फ़ाइल में परिवर्तित कर सकता है।
- ISVASE स्प्लिसिंग घटनाओं से जुड़े अनुक्रम वेरिएंट की विशेषताओं को दिखाने के लिए 8 आंकड़ों का उपयोग करता है।
दर्शक
विज्ञान/अनुसंधान
प्रोग्रामिंग भाषा
पर्ल
कैटिगरीज
यह एक एप्लिकेशन है जिसे https://sourceforge.net/projects/isvase/ से भी प्राप्त किया जा सकता है। हमारे निःशुल्क ऑपरेटिव सिस्टमों में से एक से सबसे आसान तरीके से ऑनलाइन चलाने के लिए इसे ऑनवर्क्स में होस्ट किया गया है।
