यह लिनक्स ऐप है जिसका नाम PASHA: पैरेललाइज्ड शॉर्ट रीड असेंबली है जो लिनक्स में ऑनलाइन चलता है, जिसकी नवीनतम रिलीज को Pasha-1.0.10.tar.bz2 के रूप में डाउनलोड किया जा सकता है। इसे वर्कस्टेशन के लिए मुफ्त होस्टिंग प्रदाता ऑनवर्क्स में ऑनलाइन चलाया जा सकता है।
PASHA नामक इस ऐप को ऑनलाइन डाउनलोड करें और चलाएं: ऑनवर्क्स के साथ लिनक्स में ऑनलाइन चलाने के लिए पैरेललाइज्ड शॉर्ट रीड असेंबली।
इस ऐप को चलाने के लिए इन निर्देशों का पालन करें:
- 1. इस एप्लिकेशन को अपने पीसी में डाउनलोड करें।
- 2. हमारे फ़ाइल प्रबंधक में https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX उस उपयोगकर्ता नाम के साथ दर्ज करें जो आप चाहते हैं।
- 3. इस एप्लिकेशन को ऐसे फाइल मैनेजर में अपलोड करें।
- 4. इस वेबसाइट से ऑनवर्क्स लिनक्स ऑनलाइन या विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैकोज़ ऑनलाइन एमुलेटर शुरू करें।
- 5. ऑनवर्क्स लिनक्स ओएस से आपने अभी शुरुआत की है, हमारे फाइल मैनेजर को https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX उस यूजरनेम के साथ जाएं जो आप चाहते हैं।
- 6. एप्लिकेशन डाउनलोड करें, इसे इंस्टॉल करें और इसे चलाएं।
पाशा: लिनक्स में ऑनलाइन चलने के लिए समानांतर लघु पठन असेंबली
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वर्णन
पाशा डी ब्रुइज़न ग्राफ़ का उपयोग करके बड़े जीनोम के लिए एक समानांतर लघु रीड असेंबलर है। साझा-मेमोरी मल्टी-कोर सीपीयू और वितरित-मेमोरी कंप्यूट क्लस्टर दोनों का लाभ उठाते हुए, PASHA ने मामूली कंप्यूटिंग संसाधनों के साथ उचित समय में बड़े जीनोम की उच्च-गुणवत्ता वाली डी-नोवो असेंबली करने की अपनी क्षमता का प्रदर्शन किया है। तीन छोटे वास्तविक युग्मित-अंत डेटासेट का उपयोग करके हमारे मूल्यांकन से पता चलता है कि PASHA तीन प्रमुख असेंबलरों की तुलना में तुलनीय जीनोम कवरेज और गलत-असेंबली दरों के साथ बेहतर असेंबली का उत्पादन करने में सक्षम है: वेलवेट, एबीवाईएसएस और एसओएपीडेनोवो। इसके अलावा, PASHA एक ही सीपीयू पर सभी तीन डेटासेट के लिए सबसे तेज़ गति प्राप्त करता है। मानव जीनोम के लिए, PASHA ABySS के साथ प्रतिस्पर्धी असेंबली गुणवत्ता प्राप्त करता है और लगभग 21 घंटों में असेंबली को पूरा करने में सक्षम है, जो समान हार्डवेयर कॉन्फ़िगरेशन पर ABySS से लगभग 2.38× तेज है।यूजर इंटरफेस
कंसोल/टर्मिनल
प्रोग्रामिंग भाषा
सी + +
यह एक एप्लिकेशन है जिसे https://sourceforge.net/projects/pasha/ से भी प्राप्त किया जा सकता है। हमारे निःशुल्क ऑपरेटिव सिस्टमों में से एक से सबसे आसान तरीके से ऑनलाइन चलाने के लिए इसे ऑनवर्क्स में होस्ट किया गया है।
