यह trj_cavity नाम का Linux ऐप है जिसकी नवीनतम रिलीज़ को trj_cavity_v2.1.tar.gz के रूप में डाउनलोड किया जा सकता है। इसे वर्कस्टेशन के लिए मुफ्त होस्टिंग प्रदाता ऑनवर्क्स में ऑनलाइन चलाया जा सकता है।
trj_cavity नाम के इस ऐप को OnWorks के साथ मुफ्त में ऑनलाइन डाउनलोड करें और चलाएं।
इस ऐप को चलाने के लिए इन निर्देशों का पालन करें:
- 1. इस एप्लिकेशन को अपने पीसी में डाउनलोड करें।
- 2. हमारे फ़ाइल प्रबंधक में https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX उस उपयोगकर्ता नाम के साथ दर्ज करें जो आप चाहते हैं।
- 3. इस एप्लिकेशन को ऐसे फाइल मैनेजर में अपलोड करें।
- 4. इस वेबसाइट से ऑनवर्क्स लिनक्स ऑनलाइन या विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैकोज़ ऑनलाइन एमुलेटर शुरू करें।
- 5. ऑनवर्क्स लिनक्स ओएस से आपने अभी शुरुआत की है, हमारे फाइल मैनेजर को https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX उस यूजरनेम के साथ जाएं जो आप चाहते हैं।
- 6. एप्लिकेशन डाउनलोड करें, इसे इंस्टॉल करें और इसे चलाएं।
स्क्रीनशॉट:
trj_cavity
विवरण:
trj_cavity पूरे आणविक गतिशीलता (एमडी) सिमुलेशन प्रक्षेप पथ में प्रोटीन गुहाओं का पता लगाता है। प्रोग्राम पीडीबी प्रारूप में फ़ाइलों के साथ काम करता है, लेकिन यह XTC जैसे GROMACS संगत प्रारूपों को भी पढ़/उत्पन्न कर सकता है।
उसी प्रोजेक्ट को GROMACS टूल या स्टैंडअलोन संस्करण के रूप में संकलित किया जा सकता है। इंस्टॉलेशन निर्देश प्रोजेक्ट की INSTALL फ़ाइल और में दिए गए हैं https://sourceforge.net/p/trjcavity/wiki/Home/#ffad
यदि आपको इस टूल का उपयोग करने में सहायता की आवश्यकता है (या बग की रिपोर्ट करें), तो कृपया इसे चर्चा मंच पर पोस्ट करें।
टिप्पणियाँ: v2 समानांतर में चलता है और GROMACS v5.1+ श्रृंखला का समर्थन करता है। यदि आप GROMACS v4.x का उपयोग जारी रखना चाहते हैं, तो कृपया trj_cavity_v1.1 का उपयोग करें।
विशेषताएं
- एमडी सिमुलेशन प्रक्षेप पथ में प्रोटीन गुहाओं का पता लगाता है।
- समय बनाम प्रोटीन गुहाओं के एमडी प्रक्षेप पथ का निर्माण करता है।
- प्रोटीन गुहा वितरण के आँकड़े प्रदान करता है।
- कैविटी वॉल्यूम डिस्क्रिप्टर की गणना करता है।
- सामान्य अक्ष छिद्र सुरंग त्रिज्या प्रोफ़ाइल।
प्रोग्रामिंग भाषा
सी + +
कैटिगरीज
यह एक एप्लिकेशन है जिसे https://sourceforge.net/projects/trjcavity/ से भी प्राप्त किया जा सकता है। हमारे निःशुल्क ऑपरेटिव सिस्टमों में से एक से सबसे आसान तरीके से ऑनलाइन चलाने के लिए इसे ऑनवर्क्स में होस्ट किया गया है।