altreep - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

altree - Tes Asosiasi dan Lokalisasi menggunakan Pohon filogenetik

RINGKASAN

altree [opsi]

Pilihan:
--versi versi program
--short-help|h pesan bantuan singkat
--bantuan pesan bantuan dengan deskripsi opsi
--man dokumentasi lengkap
--association|a melakukan tes asosiasi
--s-localisation|l melakukan lokalisasi menggunakan karakter S
--first-input-file|i result_file dari program rekonstruksi filogeni
--second-input-file|j file yang berisi nb kasus/kontrol yang membawa haplotype
--file-keluaran|o file_keluaran
--tipe data|t DNA|SNP
--data-qual|q kualitatif|kuantitatif
--nama_kelompok luar_kelompok luar
--hapus-kelompok-keluar
--program-pembangunan pohon|p phylip|paup|paml
--splitmode|s nosplit|chi2split
--tidak ada perpanjangan
--chi2-ambang|n nilai
--permutasi|bilangan r
--jumlah pohon yang akan dianalisis
--nomor pohon-untuk-analisis
--s-situs-nomor nomor
--s-site-characters negara leluhur -> negara turunan
--co-evo|e sederhana|ganda
--print-pohon
--anc-seq urutan leluhur (hanya dengan phylip)
--nb-files jumlah file input untuk dianalisis (hanya untuk uji asosiasi)

PILIHAN

--Versi: kapan
Cetak versi program dan keluar.

--singkat-bantuan
Cetak pesan bantuan singkat dan keluar.

--membantu Cetak pesan bantuan dengan deskripsi opsi dan keluar.

--pria Mencetak halaman manual dan keluar.

--asosiasi|a
Lakukan tes asosiasi

--s-lokalisasi|l
Lokalisasi lokus kerentanan menggunakan "metode karakter-S"

--file-input-pertama|i hasil_file
File input 1 (file hasil paup, phylip atau paml). Jika beberapa file input adalah
dianalisis, nama mereka harus dipisahkan dengan titik dua. Contoh: input1:input2 dll

--file masukan kedua|j sesuai_file
Masukkan file 2, default sesuai.txt. Jumlah file input 2 harus sama
sebagai jumlah file input 1. Nama file input yang berbeda 2 harus
dipisahkan oleh titik dua

--file-keluaran|o file keluar
Berkas keluaran

--tipe data|t "DNA"|"SNP"
Jenis data: DNA (ATGCU) atau SNP (0-1)

--data-kual|q "kualitatif"|"kuantitatif"
Analisis data kualitatif (kasus/kontrol) atau kuantitatif

--kelompok luar kelompok luar
Rooting pohon dengan outgroup ini

--hapus-kelompok-keluar
Hapus outgroup dari pohon sebelum melakukan tes

--program-pembangunan pohon|p "phylip"|"paup"|"paml"
Program rekonstruksi filogeni

--mode terpisah|s "nosplit"|"chi2split"
bagaimana tes dilakukan dari level ke level lainnya

--tidak ada perpanjangan
Tidak ada perpanjangan cabang di pohon

--chi2-ambang|n nilai
Ambang batas signifikansi untuk chi2 (nilai default 0.01)

--permutasi|r jumlah
Jumlah permutasi yang digunakan untuk menghitung nilai p_yang tepat (Hanya untuk asosiasi
uji)

--jumlah-pohon-untuk-dianalisis jumlah
Jumlah pohon yang akan dianalisis dalam analisis lokalisasi (hanya untuk lokalisasi
metode menggunakan S-karakter)

--pohon-untuk-menganalisis jumlah
Dengan opsi ini, Anda dapat menentukan pohon yang akan digunakan (bukan acak). Dapat digunakan
beberapa kali untuk menentukan beberapa pohon.

--s-situs-nomor jumlah
Jumlah situs karakter S dalam urutan (hanya untuk metode pelokalan menggunakan
S-karakter)

--s-situs-karakter transisi
Status karakter untuk karakter S: status leluhur -> status turunan mis: G->C atau
0->1 (hanya untuk metode pelokalan menggunakan karakter-S)

--co-evo|e "sederhana"|"ganda"
Jenis indeks ko-evolusi
sederhana: hanya transisi anc -> der dari S yang digunakan
ganda: dua transisi yang mungkin digunakan

--print-pohon
Jika opsi ini dipilih, pohon akan dicetak ke output

--anc-seq anc_seq
Dengan opsi ini, Anda dapat menentukan urutan leluhur. Pilihan ini hanya
berguna ketika pohon direkonstruksi menggunakan program campuran phylip dengan
negara leluhur yang ditentukan dalam file "leluhur"

--nb-file jumlah
Dengan opsi ini, Anda menentukan jumlah file input (1 dan 2) untuk menganalisis Ini
opsi hanya berfungsi untuk tes asosiasi. Hati-hati jika jumlah pohon
tidak sama untuk file input yang berbeda: jika pohon yang dipilih tidak ada di
satu file, program tidak akan bekerja dengan benar

DESKRIPSI

Kredensial mikro program melakukan

(a) uji asosiasi antara gen kandidat dan penyakit atau sifat kuantitatif

(b) tes lokalisasi: memungkinkan untuk mendeteksi SNP mana yang terlibat dalam determinisme
penyakit atau sifat kuantitatif

Kedua pengujian ini didasarkan pada analisis pohon filogenetik haplotipe.

Gunakan altreep online menggunakan layanan onworks.net