amap - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

amap - Penjajaran berganda protein dengan anil urutan

RINGKASAN

sebuah peta [PILIHAN] [MFAFILE] [MFAFILE]

DESKRIPSI

AMAP adalah alat untuk melakukan beberapa penyelarasan sekuens peptidik. Ini menggunakan posterior
decoding, dan penyelarasan urutan-anil, bukan progresif tradisional
metode penyelarasan. Ini adalah satu-satunya program penyelarasan yang memungkinkan seseorang untuk mengontrol
sensitivitas / spesifisitas tradeoff. Ini didasarkan pada kode sumber ProbCons, tetapi menggunakan
akurasi metrik keselarasan dan menghilangkan transformasi konsistensi.

Dalam konfigurasi defaultnya, AMAP disetel untuk memaksimalkan Metrik Penyelarasan yang diharapkan
Skor Akurasi (AMA) - ukuran akurasi penyelarasan baru, berdasarkan metrik untuk
ruang multi-alignment, yang mengintegrasikan sensitivitas dan spesifisitas menjadi satu
ukuran seimbang. AMA didefinisikan sebagai fraksi residu yang disejajarkan dengan benar (baik untuk
residu lain atau ke celah) dari jumlah total residu di semua urutan.

sebuah peta menyelaraskan urutan yang disediakan dalam format MFA. Format ini terdiri dari beberapa urutan.
Setiap urutan dalam format MFA dimulai dengan deskripsi satu baris, diikuti oleh baris
data urutan. Baris deskripsi dibedakan dari data urutan oleh a
simbol lebih besar dari (“>”) di kolom pertama.

PILIHAN

-cluster
gunakan format keluaran CLUSTAW alih-alih MFA

-c --konsistensi REPUTASI
gunakan 0 <= REPUTASI <= 5 (default: 0) melewati transformasi konsistensi

-ir --iterasi-perbaikan REPUTASI
gunakan 0 <= REPUTASI <=1000 (default: 0) lintasan penyempurnaan berulang

-pra --pra-pelatihan REPUTASI
gunakan 0 <= REPUTASI <= 20 (default: 0) putaran pra-pelatihan

-pasangan
menghasilkan keberpihakan berpasangan semua-pasangan

-viterbi
gunakan algoritma Viterbi untuk menghasilkan semua pasangan (secara otomatis mengaktifkan -pasangan)

-v --bertele-tele
Laporkan kemajuan saat menyelaraskan (default: mati)

-tidak NAMA FILE
tulis anotasi untuk beberapa perataan ke NAMA FILE

-t --kereta NAMA FILE
menghitung probabilitas transisi EM, simpan di NAMA FILE (default: tidak ada pelatihan)

-e --emisi
juga memperkirakan kembali probabilitas emisi (default: off)

-p --paramfile NAMA FILE
baca parameter dari NAMA FILE (bawaan: )

-a --penyelarasan-urutan
urutan cetak dalam urutan penyelarasan daripada urutan input (default: mati)

-g --gap-faktor GF
menggunakan GF sebagai parameter faktor celah, atur ke 0 untuk sensitivitas terbaik, nilai lebih tinggi untuk
spesifisitas yang lebih baik (default: 0.5)

-w --tepi-berat-ambang W
hentikan proses anil urutan ketika tepi terbaik memiliki bobot lebih rendah dari W, atur ke 0
untuk sensitivitas terbaik, nilai yang lebih tinggi untuk spesifisitas yang lebih baik (default: 0)

-prog --progresif
gunakan perataan progresif alih-alih perataan anil urutan (default: mati)

-tidak ada pesanan --tanpa-tepi-penyusunan ulang
nonaktifkan penataan ulang tepi selama penyelarasan anil urutan (default: mati)

-langkah maksimal --gunakan-ukuran langkah maksimal
gunakan ukuran langkah peningkatan maksimum alih-alih peringkat tepi tGf (default: mati)

-mencetak --cetak-posterior
hanya mencetak matriks probabilitas posterior (default: off)

-gui MULAI LANGKAH
hasil cetak untuk GUI berbasis Java Tampilan AMAP (default: ) mulai dari bobot MULAI
(default: infinity) dengan ukuran langkah LANGKAH (bawaan: )

CONTOH

Untuk menjalankan AMAP dengan opsi default, ubah ke meluruskan direktori dan ketik:

% sebuah peta

Jika tidak ada nama file yang disediakan, daftar opsi akan dicetak.

Untuk menggunakan Tampilan AMAP, jalankan AMAP dengan opsi -gui, dan simpan hasilnya ke a
file, lalu gunakan file tersebut sebagai input ke AmapDisplay. Misalnya, ketik:

% sejajarkan/amap -gui contoh/BB12020.tfa > contoh/BB12020.tfa.out

% Jawa -botol tampilan/AmapDisplay.jar contoh/BB12020.tfa.out

(pada sistem Debian, contoh direktori ada di /usr/share/doc/amap-align/contoh

CATATAN

Dalam versi yang lebih lama ( < 2.0-1) dari paket untuk sistem Debian(TM), the sebuah peta perintah adalah
berganti nama penyelarasan peta karena sudah ada alat lain yang disebut sebuah peta (yang melakukan beberapa
diagnostik jaringan komputer). Tautan simbolis penyelarasan peta masih disediakan untuk peningkatan
tujuan tetapi akan dihapus dalam rilis Debian di belakang Etch (Debian 4.0).

Gunakan amap online menggunakan layanan onworks.net