Ini adalah perintah autogrid4 yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
autogrid - menyiapkan protein dan ligan untuk analisis AutoDock
RINGKASAN
jaringan otomatis4 [Pilihan] -p file parameter grid
DESKRIPSI
jaringan otomatis menyiapkan representasi grid 3D dari energi interaksi non-kovalen yang
berbagai jenis atom ligan yang ditentukan pengguna akan mengalami sekitar target yang ditentukan pengguna
makromolekul. Selain itu, potensi elektrostatik dan jaringan energi bebas desolvasi
peta juga dapat dihitung. Peta kisi disimpan dalam file teks biasa dengan
ekstensi '.map' dan diperlukan oleh AutoDock 4 untuk melakukan docking. AutoGrid juga
mengeluarkan file '.xyz' yang menjelaskan luasan spasial kotak kisi, dan AVS
bidang '.fld' file yang menjelaskan set konsisten peta jaringan afinitas atom yang
dihitung bersama untuk makromolekul target tertentu. Catatan: perlu untuk
menghitung peta kisi untuk semua jenis atom dalam ligan atau kumpulan ligan yang akan menjadi
merapat, serta peta grid potensial elektrostatik dan peta energi bebas desolvasi.
Misalnya, jika ligan memiliki karbon alifatik dan oksigen penerima ikatan hidrogen
atom, akan diperlukan untuk menghitung peta 'C' dan peta 'OA'. Lihat
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/where-do-i-set-the-autodock-4-force-field-
parameter untuk informasi lebih lanjut tentang tipe atom AutoDock 4.
Input ke AutoGrid paling baik disiapkan dengan rangkaian program AutoDockTools. Tidak ada
cara menjalankan autodock4 tanpa grid.
PILIHAN
-o Gunakan format PDBq lama (q di kolom 55-61)
-u Informasi penggunaan, juga -h di Debian.
-d Peningkatan verbositas pesan untuk membantu debugging.
-l file log
-p nama file Menentukan File Parameter Grid
CONTOH
Serangkaian pengujian tersedia dengan sumber AutoGrid yang dapat digunakan sebagai berikut:
$ D=/usr/share/doc/autogrid/Tes
$ cd / Tmp
$ln -s $D/AD4_parameters.dat .
$ gunzip -c $D/hsg1_sm.pdbqt.gz > hsg1_sm.pdbqt
$ autogrid4 -p $D/hsg1_no_receptor_types.gpf -l hsg1_no_receptor_types.glg
Perintah ini menyiapkan file peta kisi untuk masing-masing tipe atom AutoDock yang ditentukan dalam
file parameter grid (dalam hal ini: hsg1_sm.A.map, hsg1_sm.C.map, hsg1_sm.d.map,
hsg1_sm.e.map, hsg1_sm.HD.map, hsg1_sm.NA.map, hsg1_sm.N.map, hsg1_sm.OA.map), AVS
file bidang (hsg1_sm.maps.fld) dan hsg1_sm.maps.xyz. Untuk melakukan perhitungan cocking,
AutoDock harus dijalankan, meskipun memerlukan file parameter docking terpisah (dengan
ekstensi .dpf). 'DPF' mengacu pada file peta grid yang diperlukan untuk docking
dan memungkinkan pengaturan parameter penting lainnya, seperti metode pencarian dan caranya
banyak docking untuk dilakukan.
Gunakan autogrid4 online menggunakan layanan onworks.net
