bola - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

bola - praprosesor untuk model pengisi ruang dalam paket grafik molekuler Raster3D

RINGKASAN

bola [-h]

Balls membaca file yang menjelaskan warna atom dan/atau file koordinat PDB dan menghasilkan a
file yang berisi catatan deskriptor Raster3D untuk setiap atom dalam file input. Berkas
diproduksi oleh bola dapat diberikan langsung ke menghasilkan atau dapat digabungkan dengan deskriptor
file yang dihasilkan oleh utilitas Raster3D lainnya.

CONTOH

Untuk menggambarkan model pengisian ruang sederhana yang diwarnai oleh jenis residu:

cat mycolours.pdb protein.pdb | bola | render > gambarku.png

Untuk menyertakan matriks tampilan yang telah dipilih sebelumnya dengan model yang sama:

cp tampilan1.matrix setup.matrix
cat mycolours.pdb protein.pdb | bola | render > gambarku.png

Untuk menambahkan catatan header yang menjelaskan skala dan tampilan yang telah dipilih sebelumnya:

cat mycolours.pdb protein.pdb | bola -h > bola.r3d
sundulan kucing.r3d balls.r3d | render > gambarku.png

PILIHAN

-h

Menekan catatan header dalam output. Secara default bola akan menghasilkan file output yang
dimulai dengan catatan header yang berisi serangkaian opsi penskalaan dan pemrosesan default.
-h flag akan menekan catatan header ini sehingga file output hanya berisi
deskriptor bola. Opsi ini berguna untuk menghasilkan file yang hanya menjelaskan sebagian dari
sebuah adegan, dan yang nantinya akan digabungkan dengan file deskriptor yang diproduksi oleh pihak lain
program.

DESKRIPSI

Masukan ke bola terdiri dari satu file teks yang berisi informasi warna dan atom
koordinat dalam format bank data PDB. Koordinat adalah output sebagai deskriptor Raster3D
catatan dengan warna dan jari-jari bola ditetapkan sesuai dengan catatan COLO yang dijelaskan
di bawah. Secara default atom diberi warna CPK. Secara default, file output berisi a
set catatan header seperti yang dipersyaratkan oleh menghasilkan program. Header dibuat untuk
sertakan matriks TMAT yang sesuai dengan matriks transformasi yang terdapat dalam file
setup.matrix (jika ada), atau ke sudut Euler yang terkandung dalam file pengaturan.sudut (jika
itu ada).

Warna ditetapkan ke atom menggunakan proses pencocokan, menggunakan catatan COLOR yang diawali dengan
masukan file PDB. Raster3D menggunakan tipe catatan pseudo-PDB dengan COLO di 4 . pertama
kolom:

Kolom

1 - 4 KOL

7 - 30 Masker (dijelaskan di bawah)

31 - 38 Komponen merah

39 - 46 Komponen hijau

47 - 54 Komponen biru

55 - 60 radius van der Waals di Angstroms

61 - 80 Komentar

Perhatikan bahwa komponen Merah, Hijau, dan Biru berada pada posisi yang sama dengan X, Y, dan Z
komponen catatan ATOM atau HETA, dan jari-jari van der Waals menggantikan
Hunian. Komponen Merah, Hijau, dan Biru semuanya harus dalam rentang 0 hingga 1.

Bidang Mask digunakan dalam proses pencocokan sebagai berikut. Pertama program membaca dan
menyimpan semua catatan ATOM, HETA, dan COLOR dalam urutan input. Kemudian melewati masing-masing
menyimpan catatan ATOM/HETA secara bergantian, dan mencari catatan WARNA yang cocok dengan
Catatan ATOM/HETA di semua kolom 7 hingga 30. Catatan WARNA pertama yang ditemukan
menentukan warna dan jari-jari atom.

Agar satu catatan WARNA dapat memberikan spesifikasi warna dan radius lebih dari
satu atom (misalnya, berdasarkan residu atau jenis atom, atau kriteria lain yang labelnya dapat
diberikan di suatu tempat di kolom 7 sampai 30), simbol "#" digunakan sebagai wildcard. yaitu
# dalam catatan WARNA cocok dengan karakter apa pun di kolom yang sesuai dalam ATOM atau HETA
catatan. Semua karakter lain harus cocok secara harfiah untuk dihitung sebagai kecocokan. Perhatikan bahwa
catatan COLO terakhir dalam input harus memiliki # simbol di semua kolom 7 hingga 30 in
untuk memberikan warna untuk atom apa pun yang catatan ATOM/HETA-nya gagal mencocokkan sebelumnya
catatan WARNA. Ide pencocokan topeng untuk spesifikasi warna ini karena Colin
Broughton.

Beberapa file catatan COLOR, termasuk satu berdasarkan "Model Bentuk" Bob Fletterick
dan bagian model CPK lain yang meniru, disediakan sebagai sampel.

LINGKUNGAN

File setup.matrix dan setup.angles, jika ada, mempengaruhi
catatan header yang dihasilkan oleh bola.

SOURCE

anonim ftp Situs:
ftp.bmsc.washington.edu

jaringan URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

hubungi:
Ethan A Merritt
Universitas Washington, Seattle WA 98195
[email dilindungi]

Gunakan bola online menggunakan layanan onworks.net