Ini adalah perintah bio-rainbow yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
rainbow - halaman manual untuk rainbow 2.0.4 --[email dilindungi], [email dilindungi]>
RINGKASAN
pelangi [Pilihan]
DESKRIPSI
pelangi 2.0.4 -- <[email dilindungi], [email dilindungi]>
kelompok
Format File Input: file fasta/fastq berpasangan Format File Output:
\T \T \T
-1 Masukkan file fasta/fastq, mendukung banyak '-1'
-2 Masukkan file fasta/fastq, mendukung banyak '-2' [null]
-l
Baca panjang, default: 0 variabel
-m
Ketidakcocokan maksimum [4]
-e
Ambang batas yang sama persis [2000]
-L Tingkat polimorfisme rendah
div
Format Berkas Masukan: \T \T \T Keluaran
File Format:
\T \T \T [\T ]
-i Berkas masukan [stdin]
-o Berkas keluaran [stdout]
-k
K_allele, varian minimum untuk membuat grup baru [2]
-K
K_allele, bagilah terlepas dari frekuensi ketika jumlah varian melebihi nilai ini
[50]
-f
Frekuensi, frekuensi varian minimum untuk membuat grup baru [0.2]
bergabung
Format Berkas Masukan:
\T \T \T [\T ]
-i Masukkan file keluaran rbasm [stdin]
-a perakitan keluaran
-o File keluaran untuk contig yang digabungkan, satu baris per cluster [stdout]
-N
Jumlah maksimum cluster yang dibagi untuk digabungkan [300]
-l
Tumpang tindih minimum saat merakit dua bacaan (hanya berlaku ketika '-a' dibuka) [5]
-f
Fraksi minimum kesamaan saat perakitan (hanya berlaku ketika '-a' dibuka)
[0.90]
-r
Jumlah minimum pembacaan untuk dirakit (hanya berlaku ketika '-a' dibuka) [5]
-R
Jumlah maksimum pembacaan untuk dirakit (hanya berlaku ketika '-a' dibuka) [300]
penggunaan: pelangi [pilihan]
kelompok
Format File Input: file fasta/fastq berpasangan Format File Output:
\T \T \T
-1 Masukkan file fasta/fastq, mendukung banyak '-1'
-2 Masukkan file fasta/fastq, mendukung banyak '-2' [null]
-l
Baca panjang, default: 0 variabel
-m
Ketidakcocokan maksimum [4]
-e
Ambang batas yang sama persis [2000]
-L Tingkat polimorfisme rendah
div
Format Berkas Masukan: \T \T \T Keluaran
File Format:
\T \T \T [\T ]
-i Berkas masukan [stdin]
-o Berkas keluaran [stdout]
-k
K_allele, varian minimum untuk membuat grup baru [2]
-K
K_allele, bagilah terlepas dari frekuensi ketika jumlah varian melebihi nilai ini
[50]
-f
Frekuensi, frekuensi varian minimum untuk membuat grup baru [0.2]
bergabung
Format Berkas Masukan:
\T \T \T [\T ]
-i Masukkan file keluaran rbasm [stdin]
-a perakitan keluaran
-o File keluaran untuk contig yang digabungkan, satu baris per cluster [stdout]
-N
Jumlah maksimum cluster yang dibagi untuk digabungkan [300]
-l
Tumpang tindih minimum saat merakit dua bacaan (hanya berlaku ketika '-a' dibuka) [5]
-f
Fraksi minimum kesamaan saat perakitan (hanya berlaku ketika '-a' dibuka)
[0.90]
-r
Jumlah minimum pembacaan untuk dirakit (hanya berlaku ketika '-a' dibuka) [5]
-R
Jumlah maksimum pembacaan untuk dirakit (hanya berlaku ketika '-a' dibuka) [300]
Gunakan bio-rainbow online menggunakan layanan onworks.net
