bp_hivqp - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

bp_hivq.PL - antarmuka baris perintah interaktif ke Bio::DB::HIV dan
Bio::DB::Kueri::HIVQuery

RINGKASAN

$ perl bp_hivq.PL
hivq> kueri C[subtipe] SI[fenotipe]
hivq> sebelum dijalankan
80 urutan dikembalikan
Kueri: C[subtipe] SI[fenotipe]
hivq> keluar file csi.fas
hivq> lari
Unduh selesai.
hivq> keluar file dsi.fas
hivq> jalankan D[subtipe] SI[fenotipe]
Unduh selesai.
hivq> hitung
25 urutan dikembalikan
Kueri: D[subtipe] SI[fenotipe]
hivq> keluar
$

DESKRIPSI

Modul BioPerl Bio::DB::HIV dan Bio::DB::Query::HIVQuery bersama-sama memungkinkan kueri batch
terhadap Database Urutan HIV Laboratorium Nasional Los Alamos menggunakan kueri sederhana
bahasa. "bp_hivq.PL" memberikan contoh penggunaan modul ini, dan a
antarmuka baris perintah interaktif mandiri ke LANL HIV DB. Perintah sederhana memungkinkan
pengguna untuk mengambil urutan dan anotasi HIV menggunakan bahasa kueri yang diterapkan di
Bio::DB::Query::HIVQuery. Kunjungi halaman manual untuk modul tersebut untuk detail lebih lanjut.

PENGGUNAAN

Jalankan skrip menggunakan "perl bp_hivq.PL" atau, di Unix, "./bp_hivq.PL". Anda akan melihat

hivq>

mengingatkan. Ketik perintah dengan kueri untuk mengambil data urutan dan anotasi. Lihat
SINOPSIS untuk sesi sampel. Perintah yang tersedia dijelaskan di bawah ini.

TIPS
Basis data LANL cukup kompleks dan luas. Gunakan fasilitas "temukan" untuk menjelajahi
tabel dan bidang database yang tersedia. Untuk mengidentifikasi alias untuk bidang tertentu, gunakan
"temukan alias [nama bidang]". Misalnya, untuk menemukan alias pendek untuk bidang bernama aneh
"seq_sample.ssam_second_receptor", lakukan

hivq> temukan alias seq_sample.ssam_second_receptor

yang kembali

koreseptor kedua_reseptor

Sekarang, alih-alih kueri berikut

hivq> jalankan C[subtipe] CCR5[seq_sample.ssam_second_receptor]

Anda tahu Anda bisa melakukannya

hivq> jalankan C[subtipe] CCR5[koreseptor]

Gunakan perintah "outfile" untuk mengatur file yang menerima urutan yang diambil. Kamu bisa
ubah file output saat ini hanya dengan mengeluarkan perintah "outfile" baru selama
sidang. File output default ke output standar.

Gunakan perintah "query" untuk memvalidasi kueri tanpa menyentuh database. Gunakan "prajalankan"
atau perintah "hitung" untuk mendapatkan hitungan urutan klik untuk kueri tanpa mengambil
data. Gunakan "jalankan" atau "lakukan" untuk melakukan kueri lengkap, mengambil data urutan ke dalam
saat ini mengatur file output.

Untuk memproses perintah "bp_hivq.PL" dalam batch, buat file teks ("bp_hivq.cmd", misalnya)
berisi perintah yang diinginkan satu per baris. Kemudian jalankan yang berikut dari Shell:

$cat bp_hivq.cmd | perl bp_hivq.PL

PERINTAH

Berikut adalah daftar lengkap perintah. Opsi dalam tanda kurung tunggal ("[req_option]") adalah
yg dibutuhkan; opsi dalam tanda kurung ganda ("[[opt_option]]") bersifat opsional.

konfirmasi : Alihkan konfirmasi interaktif sebelumnya
mengeksekusi kueri
keluar : Keluar dari skrip
temukan : Jelajahi skema basis data
temukan tabel Menampilkan semua tabel database
find field Menampilkan semua field database (kolom)
temukan bidang [tabel] Tampilkan semua bidang di [tabel]
temukan alias [bidang] Tampilkan alias yang valid untuk [bidang]
help [[command]] : Tampilkan bantuan perintah
jika [[command]] tidak ditentukan, daftar semua
perintah yang tersedia
id : Menampilkan id sesi saat ini
outfile [nama file] : Mengatur file untuk mengumpulkan data yang diambil
ping : Periksa apakah LANL DB tersedia
prerun [[query]] : Jalankan kueri tetapi ambil jumlah hit saja
jika [[query]] tidak ditentukan, gunakan kueri saat ini
query [query] : Validasi dan atur kueri saat ini
run [[query]] : Jalankan kueri dan ambil data
jika [[query]] tidak ditentukan, gunakan kueri saat ini
state : Menampilkan status skrip saat ini

bye : Alias ​​untuk 'keluar'
config : Alias ​​​​untuk 'negara'
count : Alias ​​​​untuk 'prerun'
do : Alias ​​​​untuk 'lari'
out : Alias ​​​​untuk 'outfile'
quit : Alias ​​​​untuk 'keluar'

PILIHAN

-v : bertele-tele; menyalakan fungsi debug() internal

KOMENTAR

Mailing daftar
Umpan balik pengguna merupakan bagian integral dari evolusi modul ini dan modul Bioperl lainnya. Mengirim
komentar dan saran Anda sebaiknya ke milis Bioperl. Partisipasi Anda
sangat dihargai.

[email dilindungi] - Diskusi Umum
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Tentang milis

Pelaporan Bug
Laporkan bug ke sistem pelacakan bug Bioperl untuk membantu kami melacak bug dan mereka
resolusi. Laporan bug dapat dikirimkan melalui web:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

PENULIS - Mark A. Jensen

Mark A. Jensen[email dilindungi]>

Gunakan bp_hivqp online menggunakan layanan onworks.net