cmscan - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

cmscan - urutan pencarian terhadap database model kovarians

RINGKASAN

cmscan [pilihan]

DESKRIPSI

cmscan digunakan untuk mencari urutan terhadap koleksi model kovarians. Untuk setiap
urutan dalam , gunakan urutan kueri itu untuk mencari basis data target CM di
, dan keluarkan daftar peringkat CM dengan kecocokan paling signifikan dengan
urutan.

mungkin berisi lebih dari satu urutan kueri. Itu bisa dalam format FASTA, atau
beberapa format file urutan umum lainnya (genbank, embl, dan lainnya), atau di
format file penyelarasan (stockholm, fasta selaras, dan lain-lain). Lihat --qformat Option
untuk daftar lengkap.

perlu ditekan menggunakan cmpress sebelum dapat dicari dengan cmscan. Kredensial mikro
membuat empat file biner, dengan akhiran .i1{fimp}. Selain itu, pasti
dikalibrasi untuk nilai-E dengan kalibrasi cm sebelum ditekan dengan cmpress.

Pertanyaan mungkin '-' (karakter tanda hubung), dalam hal ini urutan kuerinya adalah
baca dari pipa bukan dari file. NS tidak dapat dibaca dari
stream, karena perlu memiliki empat file biner tambahan yang dihasilkan oleh cmpress.

Format output dirancang agar dapat dibaca manusia, tetapi seringkali sangat banyak sehingga
membacanya tidak praktis, dan menguraikannya sangat merepotkan. NS --tbout opsi menyimpan output dalam a
format tabel sederhana yang ringkas dan lebih mudah diurai. NS -o opsi memungkinkan
mengarahkan output utama, termasuk membuangnya di /dev/null.

cmscan memeriksa kembali ujung 5' dan 3' dari urutan target menggunakan algoritme khusus
untuk mendeteksi terpotong hit, di bagian mana dari akhir 5' dan/atau 3' dari full yang sebenarnya
panjang urutan homolog hilang dalam file urutan target. Jenis-jenis hit ini
akan paling umum dalam file urutan yang terdiri dari pembacaan urutan yang belum dirakit. Oleh
default, setiap 5 'hit terpotong diperlukan untuk memasukkan residu pertama dari target
urutan itu berasal dari dalam , dan setiap pukulan terpotong 3' diperlukan untuk menyertakan
residu akhir dari urutan target yang menjadi asalnya. Pukulan terpotong 5' dan 3' apa pun harus
termasuk residu pertama dan terakhir dari urutan target yang menjadi asalnya. NS --setiap potong
opsi akan melonggarkan persyaratan untuk memasukkan hit titik akhir urutan, dan terpotong
hit diizinkan untuk memulai dan berhenti di posisi mana pun dari urutan target. Penting
meskipun, dengan --setiap potong, hit E-nilai akan kurang akurat karena kalibrasi model tidak
tidak mempertimbangkan kemungkinan pukulan terpotong, jadi gunakan dengan hati-hati. NS --tidakrunc
opsi dapat digunakan untuk mematikan deteksi hit terpotong. --tidakrunc akan mengurangi lari
waktu pemindaian cm, paling signifikan untuk target file yang menyertakan banyak file pendek
urutan. Deteksi pukulan terpotong secara otomatis dimatikan ketika --maks, --nohmm,
--qdb, or --tidak terikat opsi digunakan karena bergantung pada penggunaan HMM . yang dipercepat
strategi penyelarasan berpita yang dimatikan oleh salah satu opsi tersebut.

PILIHAN

-h Membantu; cetak pengingat singkat tentang penggunaan baris perintah dan semua opsi yang tersedia.

-g Nyalakan glocal algoritme penyelarasan, global sehubungan dengan model kueri dan
lokal sehubungan dengan database target. Secara default, perataan lokal
algoritma digunakan yang lokal sehubungan dengan urutan target dan
model. Dalam mode lokal, penyelarasan untuk menjangkau dua atau lebih urutan jika perlu
(misalnya jika struktur model kueri dan urutan target hanya sebagian
dibagikan), memungkinkan penyisipan dan penghapusan besar tertentu dalam struktur menjadi
dihukum berbeda dari indels normal. Mode lokal berkinerja lebih baik pada empiris
benchmark dan secara signifikan lebih sensitif untuk deteksi homologi jarak jauh.
Secara empiris, pencarian glocal menghasilkan lebih sedikit klik daripada pencarian lokal, jadi glocal
mungkin diinginkan untuk beberapa aplikasi.

-Z Hitung nilai-E seolah-olah ukuran ruang pencarian adalah megabase (Mb). Tanpa
menggunakan opsi ini, ukuran ruang pencarian berubah untuk setiap urutan kueri, itu adalah
didefinisikan sebagai panjang urutan kueri saat ini dikalikan 2 (karena kedua untaian
dari urutan akan dicari) dikalikan jumlah CM dalam .

--membantu
Bantuan cetak, seperti halnya -h , tetapi juga menyertakan opsi ahli yang tidak ditampilkan
dengan -h . Opsi ahli ini diharapkan tidak relevan untuk banyak orang
mayoritas pengguna dan tidak dijelaskan di halaman manual. Satu-satunya sumber daya
untuk memahami apa yang sebenarnya mereka lakukan adalah output deskripsi satu baris singkat
ketika --membantu diaktifkan, dan kode sumbernya.

PILIHAN UNTUK PENGENDALIAN KELUARAN

-o Arahkan output utama yang dapat dibaca manusia ke file alih-alih stdout default.

--tbout
Simpan file tabular (dibatasi spasi) sederhana yang merangkum hit yang ditemukan, dengan satu
baris data per klik. Format file ini dijelaskan dalam pengguna Infernal
panduan.

--ac Gunakan aksesi alih-alih nama di output utama, jika tersedia untuk profil
dan/atau urutan.

--noali
Hilangkan bagian penyelarasan dari output utama. Ini dapat sangat mengurangi output
volume.

--nottextw
Batasi panjang setiap baris di output utama. Standarnya adalah batas 120
karakter per baris, yang membantu menampilkan output dengan bersih di terminal dan
di editor, tetapi dapat memotong baris deskripsi profil target.

--teksw
Setel batas panjang saluran keluaran utama ke karakter per baris. Standarnya adalah
120.

--bertele-tele
Sertakan statistik saluran pencarian tambahan di output utama, termasuk filter
statistik kelangsungan hidup untuk deteksi pukulan terpotong dan jumlah amplop yang dibuang
karena ukuran matriks meluap.

PILIHAN PENGENDALIAN PELAPORAN ambang batas

Ambang batas pelaporan mengontrol hit mana yang dilaporkan dalam file output (output utama dan
--tbout) Hit diberi peringkat berdasarkan signifikansi statistik (nilai-E). Secara default, semua hit
dengan nilai-E <= 10 dilaporkan. Opsi berikut memungkinkan Anda untuk mengubah default
Ambang pelaporan nilai-e, atau untuk menggunakan ambang nilai bit sebagai gantinya.

-E Dalam output per target, laporkan urutan target dengan nilai-E <= .
defaultnya adalah 10.0, artinya rata-rata, sekitar 10 positif palsu akan dilaporkan
per kueri, sehingga Anda dapat melihat puncak kebisingan dan memutuskan sendiri apakah itu
benar-benar berisik.

-T Alih-alih membatasi keluaran per-CM pada nilai-E, laporkan urutan target dengan a
skor bit >= .

PILIHAN UNTUK PENYERTAAN ambang batas

Ambang penyertaan lebih ketat daripada ambang pelaporan. Kontrol ambang batas penyertaan
hit mana yang dianggap cukup andal untuk dimasukkan dalam kemungkinan berikutnya
putaran pencarian, atau ditandai sebagai signifikan ("!") sebagai lawan dari dipertanyakan ("?") dalam hit
output.

--termasuk
Gunakan nilai-E <= sebagai ambang batas inklusi hit. Standarnya adalah 0.01,
artinya rata-rata, sekitar 1 positif palsu akan diharapkan di setiap 100
pencarian dengan urutan kueri yang berbeda.

--termasuk
Alih-alih menggunakan nilai-E untuk mengatur ambang inklusi, alih-alih gunakan sedikit
skor >= sebagai ambang batas inklusi hit. Secara default, opsi ini tidak disetel.

PILIHAN UNTUK KHUSUS MODEL SCORE ambang batas

Basis data CM yang dikurasi dapat menentukan ambang batas skor bit tertentu untuk setiap CM, menggantikan semua
thresholding berdasarkan signifikansi statistik saja.

Untuk menggunakan opsi ini, profil harus berisi yang sesuai (GA, TC, dan/atau NC)
anotasi ambang skor opsional; ini diambil oleh com.cmbuild dari format Stockholm
file pelurusan. Setiap opsi ambang batas memiliki skor bit, dan bertindak seolah-olah -T
--termasuk telah diterapkan secara khusus menggunakan ambang batas masing-masing model.

--potong_ga
Gunakan skor bit GA (pengumpulan) dalam model untuk mengatur pelaporan dan penyertaan hit
ambang batas. Ambang batas GA umumnya dianggap sebagai kurasi yang andal
ambang batas yang menentukan keanggotaan keluarga; misalnya, di Rfam, ambang batas ini
tentukan apa yang disertakan dalam Rfam Full alignment berdasarkan pencarian dengan Rfam Seed
model.

--potong_nc
Gunakan ambang batas skor bit NC (noise cutoff) dalam model untuk mengatur pelaporan hit
dan ambang inklusi. Ambang NC umumnya dianggap sebagai skor
positif palsu dengan skor tertinggi yang diketahui.

--potong_tc
Gunakan ambang batas skor bit TC (tepercaya cutoff) dalam model untuk mengatur pelaporan hit
dan ambang inklusi. Ambang TC umumnya dianggap sebagai skor dari
positif benar yang diketahui dengan skor terendah yang di atas semua positif palsu yang diketahui.

PILIHAN PENGENDALIAN THE PERCEPATAN PIPA

Pencarian Infernal 1.1 dipercepat dalam pipa filter enam tahap. Lima pertama
tahapan menggunakan profil HMM untuk menentukan amplop yang diteruskan ke tahap enam CM CYK
Saring. Amplop apa pun yang bertahan dari semua filter diberi skor akhir menggunakan CM
Algoritma dalam.

Filter profil HMM dibuat oleh com.cmbuild program dan disimpan di .

Setiap filter berturut-turut lebih lambat dari yang sebelumnya, tetapi lebih baik dari itu
membedakan antara subsequence yang mungkin berisi hit CM dengan skor tinggi dan yang melakukannya
bukan. Tiga tahap filter HMM pertama sama dengan yang digunakan di HMMER3. Tahap 1 (F1)
adalah filter SSV HMM lokal yang dimodifikasi untuk urutan panjang. Tahap 2 (F2) adalah HMM lokal
Filter Viterbi. Tahap 3 (F3) adalah filter Maju HMM lokal. Masing-masing dari tiga yang pertama
tahapan menggunakan profil HMM dalam mode lokal, yang memungkinkan urutan target untuk disejajarkan dengan
setiap wilayah HMM. Tahap 4 (F4) adalah filter HMM glocal, yang membutuhkan target
berikutnya untuk menyelaraskan dengan profil panjang penuh HMM. Tahap 5 (F5) adalah HMM glokal
filter definisi amplop, yang menggunakan heursitik identifikasi domain HMMER3 untuk mendefinisikan
batas amplop. Setelah setiap tahap dari 2 hingga 5 langkah filter bias (F2b, F3b, F4b, dan
F5b) digunakan untuk menghapus urutan yang tampaknya telah melewati filter karena bias
komposisi saja. Amplop apa pun yang bertahan dari tahap F1 hingga F5b kemudian diteruskan dengan
filter CM CYK lokal. Filter CYK menggunakan batasan (pita) yang diturunkan dari HMM
penyelarasan amplop untuk mengurangi jumlah perhitungan yang diperlukan dan menghemat waktu.
Setiap amplop yang lolos CYK diberi skor dengan algoritme CM Inside lokal, sekali lagi menggunakan HMM
pita untuk percepatan.

Ambang batas filter default yang menentukan skor minimum yang diperlukan untuk urutan berikutnya
bertahan setiap tahap ditentukan berdasarkan ukuran ruang pencarian (Z), yang didefinisikan
sebagai panjang dari urutan kueri saat ini dikalikan 2 (karena kedua untai akan menjadi
dicari) kali jumlah profil di . Namun, jika salah satu -Z or --FZ
opsi digunakan maka ruang pencarian akan dianggap untuk tujuan
menentukan ambang batas filter.

Untuk database yang lebih besar, filternya lebih ketat yang mengarah ke lebih banyak akselerasi tetapi
berpotensi kehilangan sensitivitas yang lebih besar. Alasannya adalah bahwa untuk database yang lebih besar,
hit harus memiliki skor yang lebih tinggi untuk mencapai signifikansi statistik, jadi pemfilteran yang lebih ketat
yang menghilangkan hit tidak signifikan dengan skor lebih rendah dapat diterima.

Ambang batas nilai-P untuk semua kemungkinan ukuran ruang pencarian dan semua tahapan filter adalah
terdaftar berikutnya. (Ambang batas nilai-P 0.01 berarti kira-kira 1% dari skor tertinggi
turunan nonhomolog diharapkan lolos filter.) Z didefinisikan sebagai jumlah
nukleotida dalam file urutan target lengkap kali 2 karena kedua untai akan
dicari dengan masing-masing model.

Jika Z kurang dari 2 Mb: F1 adalah 0.35; F2 dan F2b tidak aktif; F3, F3b, F4, F4b dan F5 adalah 0.02;
F6 adalah 0.0001.

Jika Z antara 2 Mb dan 20 Mb: F1 adalah 0.35; F2 dan F2b tidak aktif; F3, F3b, F4, F4b dan F5
adalah 0.005; F6 adalah 0.0001.

Jika Z antara 20 Mb dan 200 Mb: F1 adalah 0.35; F2 dan F2b adalah 0.15; F3, F3b, F4, F4b dan F5
adalah 0.003; F6 adalah 0.0001.

Jika Z antara 200 Mb dan 2 Gb: F1 adalah 0.15; F2 dan F2b adalah 0.15; F3, F3b, F4, F4b, F5,
dan F5b adalah 0.0008; dan F6 adalah 0.0001.

Jika Z antara 2 Gb dan 20 Gb: F1 adalah 0.15; F2 dan F2b adalah 0.15; F3, F3b, F4, F4b, F5, dan
F5b adalah 0.0002; dan F6 adalah 0.0001.

Jika Z lebih dari 20 Gb: F1 adalah 0.06; F2 dan F2b adalah 0.02; F3, F3b, F4, F4b, F5, dan F5b
adalah 0.0002; dan F6 adalah 0.0001.

Ambang batas ini dipilih berdasarkan kinerja pada pengujian benchmark internal banyak
kemungkinan pengaturan yang berbeda.

Ada lima opsi untuk mengontrol level penyaringan umum. Opsi-opsi ini, dalam
urutkan dari yang paling tidak ketat (paling lambat tapi paling sensitif) hingga yang paling ketat (tercepat tapi paling tidak
peka): --maks, --nohmm, --pertengahan, --bawaan, (ini adalah pengaturan default) --rfam. dan
--hmm hanya. Dengan --bawaan ambang batas filter akan bergantung pada ukuran basis data. Lihat
penjelasan dari masing-masing pilihan individu di bawah ini untuk informasi lebih lanjut.

Selain itu, pengguna ahli dapat secara tepat mengontrol setiap ambang batas skor tahap filter dengan
itu --F1, --F1b, --F2, --F2b, --F3, --F3b, --F4, --F4b, --F5, --F5b, dan --F6 pilihan. Sebagai
serta nyalakan atau matikan setiap tahap dengan --tidakF1, --doF1b, --tidakF2, --noF2b, --tidakF3,
--noF3b, --tidakF4, --noF4b, --tidakF5, dan --noF6. pilihan. Opsi ini hanya ditampilkan
jika --membantu opsi digunakan untuk menyimpan jumlah opsi yang ditampilkan dengan -h
masuk akal, dan karena mereka hanya diharapkan bermanfaat bagi sebagian kecil pengguna.

Sebagai kasus khusus, untuk model apa pun di yang tidak memiliki pasangan basa, profil HMM
pencarian dijalankan alih-alih pencarian CM. Algoritma HMM lebih efisien daripada CM
algoritma, dan manfaat dari algoritma CM hilang untuk model tanpa sekunder
struktur (nol pasangan basa). Pencarian profil HMM ini akan berjalan jauh lebih cepat daripada
pencarian CM. Anda dapat memaksa pencarian khusus HMM dengan --hmmhanya pilihan. Untuk lebih
informasi tentang pencarian hanya HMM lihat panduan pengguna.

--maks Matikan semua filter, dan jalankan Inside non-banded pada setiap target full-length
urutan. Ini agak meningkatkan sensitivitas, dengan biaya yang sangat besar dalam kecepatan.

--tidakhmm
Matikan semua tahapan filter HMM (F1 hingga F5b). Filter CYK, menggunakan QDB, akan
dijalankan pada setiap urutan target panjang penuh dan akan memberlakukan ambang batas nilai-P dari
0.0001. Setiap urutan yang bertahan dari CYK akan diteruskan ke Inside, yang akan
juga menggunakan QDB (tetapi set yang lebih longgar). Ini agak meningkatkan sensitivitas, pada tingkat yang sangat
biaya besar dalam kecepatan.

--pertengahan Matikan tahap filter HMM SSV dan Viterbi (F1 hingga F2b). Setel sisa HMM
ambang batas filter (F3 hingga F5b) ke 0.02 secara default, tetapi dapat diubah ke dengan
--Fmid urutan. Ini dapat meningkatkan sensitivitas, dengan biaya yang signifikan dalam kecepatan.

--bawaan
Gunakan strategi pemfilteran default. Opsi ini aktif secara default. Filternya
ambang batas ditentukan berdasarkan ukuran database.

--rfam Gunakan strategi penyaringan ketat yang dirancang untuk database besar (lebih dari 20 Gb). Ini
akan mempercepat pencarian dengan biaya potensial untuk sensitivitas.

--hmmhanya
Hanya gunakan profil filter HMM untuk pencarian, jangan gunakan CM. Hanya menyaring
tahapan F1 hingga F3 akan dieksekusi, menggunakan ambang batas nilai-P yang ketat (0.02 untuk
F1, 0.001 untuk F2 dan 0.00001 untuk F3). Selain itu filter komposisi bias adalah
digunakan setelah tahap F1 (dengan ambang kelangsungan hidup P=0.02). Pukulan apa pun yang bertahan
semua tahapan dan memiliki nilai-E HMM atau skor bit di atas ambang pelaporan akan
menjadi keluaran. Pengguna dapat mengubah ambang batas dan opsi filter khusus HMM dengan
--hmmF1, --hmmF2, --hmmF3, --hmmnobias, --hmmnonull2, dan --hmmmaks. Secara default,
mencari model apa pun dengan nol basepairs akan dijalankan dalam mode khusus HMM. Ini bisa
dimatikan, memaksa CM mencari model ini dengan --nohmonly .

--FZ
Tetapkan ambang batas filter sebagai default yang digunakan jika database megabase (Mb).
Jika digunakan dengan lebih besar dari 20000 (20 Gb) opsi ini memiliki efek yang sama seperti
--rfam.

--Fmid
Dengan --pertengahan opsi atur ambang filter HMM (F3 hingga F5b) ke . By
bawaan, adalah 0.02.

LAIN PILIHAN

--tidakrunc
Matikan deteksi hit terpotong.

--setiap potong
Izinkan hit terpotong untuk memulai dan mengakhiri pada posisi mana pun dalam urutan target. Oleh
default, hit terpotong 5' harus menyertakan residu pertama dari urutan targetnya
dan hit terpotong 3' harus menyertakan residu akhir dari urutan target mereka. Dengan
opsi ini Anda dapat mengamati lebih sedikit hit panjang penuh yang meluas ke awal dan
akhir kueri CM.

--nonnull3
Matikan koreksi skor null3 CM untuk komposisi yang bias. Koreksi ini adalah
tidak digunakan selama tahap filter HMM.

--ukuran mx
Setel ukuran matriks CM DP maksimum yang diizinkan ke megabyte. Secara default ukuran ini
adalah 128Mb. Ini harus cukup besar untuk sebagian besar pencarian,
terutama dengan model yang lebih kecil. Jika cmsearch menemukan amplop di CYK atau
Di dalam panggung yang membutuhkan matriks yang lebih besar, amplop akan didiskon dari
pertimbangan. Perilaku ini seperti filter tambahan yang mencegah mahal
(lambat) perhitungan CM DP, tetapi dengan potensi biaya untuk sensitivitas. Perhatikan bahwa jika
cmsearch sedang dijalankan beberapa utas pada mesin multicore lalu masing-masing
utas mungkin memiliki matriks yang dialokasikan hingga ukuran Mb pada waktu tertentu.

--ukuran smx
Setel ukuran matriks DP pencarian CM maksimum yang diizinkan ke megabyte. Secara default
ukuran ini adalah 128 Mb. Opsi ini hanya relevan jika CM tidak akan menggunakan HMM
matriks berpita, yaitu jika --maks, --nohmm, --qdb, --fqdb, --tanpa pita, or
--tidak terikat pilihan juga digunakan. Perhatikan bahwa jika cmsearch sedang dijalankan
beberapa utas pada mesin multicore maka setiap utas mungkin memiliki alokasi
matriks hingga ukuran Mb pada waktu tertentu.

--cyk Gunakan algoritma CYK, bukan Inside, untuk menentukan skor akhir semua hit.

--acyk Gunakan algoritma CYK untuk menyelaraskan hit. Secara default, akurasi optimal Durbin/Holmes
algoritma digunakan, yang menemukan keselarasan yang memaksimalkan akurasi yang diharapkan
dari semua residu yang selaras.

--wcx
Untuk setiap CM, atur parameter W, panjang maksimum pukulan yang diharapkan, ke
kali panjang konsensus model. Secara default, parameter W dibaca dari
file CM dan dihitung berdasarkan probabilitas transisi model
by com.cmbuild. Anda dapat mengetahui apa W default untuk model menggunakan cmstat. Kredensial mikro
opsi harus digunakan dengan hati-hati karena berdampak pada pipa penyaringan di beberapa
tahapan yang berbeda dengan cara yang tidak jelas. Ini hanya direkomendasikan untuk pengguna ahli
mencari hit yang lebih panjang dari homolog mana pun yang digunakan untuk membangun
model dalam cmmembangun, misalnya yang dengan intron besar atau penyisipan besar lainnya. Dia
tidak dapat digunakan dalam kombinasi dengan --nohmm, --fqdb or --qdb pilihan karena dalam
kasus-kasus itu W dibatasi oleh pita yang bergantung pada kueri.

--hanya atas
Hanya cari untaian teratas (Watson) dari urutan target di . Secara default,
kedua untaian dicari. Ini akan membagi dua ukuran ruang pencarian (Z).

--hanya bagian bawah
Hanya cari untaian bawah (Crick) dari urutan target di . By
default, kedua untaian dicari. Ini akan membagi dua ukuran ruang pencarian (Z).

--qformat
Yakinkan bahwa file database urutan kueri dalam format . Format yang diterima
memasukkan cepat, lambang, bank gen, ddj, Stockholm, pfam, a2m, afa, kelompok, dan philip
Standarnya adalah mendeteksi format file secara otomatis.

--daftar
Konfigurasikan subset model dari dalam mode penyelarasan glocal, alih-alih
mode lokal, yaitu model yang tercantum dalam file . Konfigurasikan semua model lainnya
(yang tidak tercantum dalam ) dalam mode lokal. Opsi ini tidak kompatibel dengan -G.
File harus mencantumkan nama model yang valid dari , masing-masing dipisahkan oleh
karakter spasi (misalnya karakter baris baru).

--cpu
Setel jumlah utas pekerja paralel ke . Secara default, Infernal menyetel ini
dengan jumlah inti CPU yang terdeteksi di mesin Anda - yaitu, ia mencoba
memaksimalkan penggunaan inti prosesor yang tersedia. Pengaturan lebih tinggi dari
jumlah inti yang tersedia sedikit jika ada nilainya, tetapi Anda mungkin ingin mengaturnya ke
sesuatu yang kurang. Anda juga dapat mengontrol nomor ini dengan mengatur lingkungan
variabel, INFERNAL_NCPU. Opsi ini hanya tersedia jika Infernal dikompilasi
dengan dukungan utas POSIX. Ini adalah default, tetapi mungkin telah dimatikan pada
waktu kompilasi untuk situs atau mesin Anda karena alasan tertentu.

--kios
Untuk men-debug versi master/pekerja MPI: jeda setelah mulai, untuk mengaktifkan
pengembang untuk melampirkan debugger ke proses master dan pekerja yang sedang berjalan. Mengirim
Sinyal SIGCONT untuk melepaskan jeda. (Di bawah gdb: (Gdb) sinyal SIGCONT) (Hanya
tersedia jika dukungan MPI opsional diaktifkan pada waktu kompilasi.)

--mpi Jalankan dalam mode master/pekerja MPI, menggunakan pirun. (Hanya tersedia jika MPI opsional
dukungan diaktifkan pada waktu kompilasi.)

Gunakan cmscan online menggunakan layanan onworks.net