cmtk-groupwise_warp - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

groupwise_warp - Pendaftaran populasi nonrigid

RINGKASAN

groupwise_warp [opsi] affineGroupRegistration

DESKRIPSI

Alat ini secara tidak kaku mendaftarkan populasi gambar input secara bersamaan, tanpa a
template, baik menggunakan algoritme 'membekukan' atau berdasarkan ukuran kesamaan kelompok
pada pendekatan terus menerus dari informasi timbal balik ('RMI').

PILIHAN

Aksi Toolkit Opsi (ini adalah berbagi by semua CMTK peralatan)
--membantu
Tulis daftar opsi baris perintah dasar ke output standar.

--tolong-semua
Tulis daftar lengkap opsi baris perintah dasar dan lanjutan ke output standar.

--wiki
Tulis daftar opsi baris perintah ke keluaran standar di markup MediaWiki.

--pria
Tulis sumber halaman manual dalam markup 'nroff' ke keluaran standar.

--Versi: kapan
Tulis versi toolkit ke output standar.

--gema
Tulis baris perintah saat ini ke output standar.

--tingkat verbose
Tetapkan tingkat verbositas.

--bertele-tele, -v
Tingkatkan verbositas sebesar 1 (tidak digunakan lagi; didukung untuk kompatibilitas mundur).

--utas
Tetapkan jumlah maksimum utas paralel (untuk utas POSIX dan OpenMP).

Pendaftaran metrik Opsi
--rmi
Gunakan metrik RMI (alias informasi timbal balik regional) untuk mendorong pendaftaran).

--mengentalkan
Gunakan algoritme pembekuan menggunakan entropi tumpukan piksel untuk menggerakkan
pendaftaran. [Ini is itu bawaan]

Contoh Gambar Opsi
--templat , -t
Ganti gambar template dengan file yang diberikan. [Bawaan: TIDAK ADA]

--template-dengan-data , -T
Gunakan data piksel gambar template yang disediakan pengguna dalam pendaftaran [Bawaan: dengan disabilitas]

Multiresolusi Parameters
--downsample-dari , -d
Faktor downsampling awal [4]. [Bawaan: 4]

--downsample-ke , -D
Faktor downsampling akhir [1]. [Bawaan: 1]

--kepadatan sampel , -s
Kepadatan pengambilan sampel probabilistik [default: nonaktif]. [Bawaan: -1]

Keluaran Opsi
--keluaran-root , -O
Direktori root untuk semua file output. [Bawaan: TIDAK ADA]

--keluaran , -o
Output nama file untuk arsip pendaftaran groupwise. [Bawaan: secara berkelompok.xforms ]

--keluaran-rata-rata
Nama file keluaran untuk gambar rata-rata terdaftar. [Bawaan: rata-rata.nii ]

--tidak ada-keluaran-rata-rata
Jangan menulis gambar rata-rata.

--rata-rata-kubik
Gunakan interpolasi kubik untuk gambar rata-rata (default: linier)

Gambar Opsi dan Operasi
--force-latar belakang , -B
Paksa piksel latar belakang (di luar FOV) ke nilai (bin) yang diberikan. [Bawaan: dengan disabilitas]

--histogram-tempat sampah , -H
Tetapkan jumlah bin histogram untuk evaluasi entropi. [Bawaan: dengan disabilitas]

--krop-histogram
Pangkas histogram gambar untuk memanfaatkan tempat histogram dengan lebih baik.

--pertandingan-histogram
Cocokkan semua histogram gambar dengan data template (atau gambar pertama, jika tidak ada gambar template
diberikan)

--repeat-match-histogram
Sering ulangi pencocokan intensitas berbasis histogram untuk memperhitungkan perubahan volume
proporsi.

--piksel halus
Sigma kernel pemulusan Gaussian dalam kelipatan ukuran piksel gambar templat
[Bawaan: dengan disabilitas]

--halus-cps
Sigma kernel pemulusan Gaussian dalam kelipatan delta titik kontrol [Bawaan:
dengan disabilitas]

Transformasi Parameters
--jarak kisi
Jarak grid titik kontrol. [Bawaan: 40]

--jarak-grid-sesuai
Gunakan spasi grid yang sesuai dengan volume FOV

--perbaiki-jaringan , -r
Berapa kali untuk memperbaiki kisi transformasi [default: 0]. [Bawaan: 0]

Transformasi Paksaan Opsi
--jumlah-nol, -z
Terapkan perhitungan zero-sum.

--zero-sum-no-affine
Terapkan komputasi zero-sum, KECUALI komponen affine.

--normal-grup-pertama-n , -N
N gambar pertama berasal dari grup normal dan harus didaftarkan tanpa bias.
[Bawaan: 0]

--jumlah-nol-pertama-n , -Z
Terapkan perhitungan zero-sum untuk N gambar pertama. [Bawaan: dengan disabilitas]

--jacobian-berat , -J
Bobot untuk batasan pelestarian volume Jacobian [default: off] [Bawaan: 0]

--lentur-energi-berat , -E
Bobot untuk batasan regularisasi energi pembengkokan grid [default: off] [Bawaan: 0]

Optimasi Parameters
--eksplorasi , -e
Eksplorasi pengoptimalan dalam piksel [Bawaan: 0.25]

--ketepatan , -a
Akurasi optimasi dalam piksel [Bawaan: 0.01]

--langkah-faktor , -S
Faktor langkah untuk lolos optimasi berturut-turut [Bawaan: 0.5]

--delta-f-ambang
Ambang opsional untuk menghentikan pengoptimalan (level) jika perubahan relatif dari target
fungsi turun di bawah nilai ini. [Bawaan: 0]

--partial-gradien-thresh , -p
Faktor ambang batas untuk zeroing gradien parsial [<0 matikan] [Bawaan: 0]

--aktifkan-tidak informatif
Aktifkan titik kontrol yang berpotensi tidak informatif

--nonaktifkan-cp-mask
Gambar jalur untuk menutupi (grid template yang cocok) menentukan area di mana titik kontrol
harus dinonaktifkan. Ini menjamin bahwa area latar depan topeng tetap tidak berubah bentuk.
[Bawaan: TIDAK ADA]

--nonaktifkan-optimasi
Nonaktifkan pengoptimalan dan keluaran konfigurasi awal.

PENULIS

Torsten Rohlfing, dengan kontribusi dari Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff, dan Yaroslav Halchenko

Gunakan cmtk-groupwise_warp online menggunakan layanan onworks.net