Ini adalah perintah compstruct yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator atau MAC OS online emulator
PROGRAM:
NAMA
compstruct - menghitung akurasi prediksi struktur sekunder RNA
RINGKASAN
menyusun [pilihan] file_terpercaya file_test
DESKRIPSI
menyusun mengevaluasi keakuratan prediksi struktur sekunder RNA, pada
basis pasangan basa. NS file_terpercaya berisi satu atau lebih sekuens dengan RNA tepercaya (dikenal)
anotasi struktur sekunder. NS file_test berisi urutan yang sama, dalam hal yang sama
urutan, dengan anotasi struktur sekunder RNA yang diprediksi. menyusun membaca struktur
dan membandingkannya, dan menghitung kedua sensitivitas (jumlah pasangan basa sejati yang
diprediksi dengan benar) dan spesifisitas (nilai prediksi positif, jumlah
prediksi pasangan basa yang benar). Hasil dilaporkan untuk setiap urutan individu,
dan dalam ringkasan untuk semua urutan bersama-sama.
Kedua file harus berisi anotasi struktur sekunder dalam notasi WUSS. Hanya SELEX dan
Format Stockholm mendukung markup struktur saat ini.
Definisi default dari pasangan basa yang diprediksi dengan benar adalah bahwa pasangan sejati (i,j) harus
sama persis dengan pasangan yang diprediksi (i,j).
Mathews, Zuker, Turner dan rekan (lihat: Mathews et al., JMB 288:911-940, 1999) menggunakan
definisi yang lebih santai. Mathews mendefinisikan "benar" sebagai berikut: pasangan sejati (i,j) adalah
diprediksi dengan benar jika salah satu dari pasangan berikut diprediksi: (i,j), (i+1,j), (i-1,j),
(i,j+1), atau (i,j-1). Aturan ini memungkinkan untuk "tergelincir heliks" oleh satu basis. NS -m
opsi mengaktifkan aturan ini untuk sensitivitas dan spesifisitas. Untuk kekhususan,
aturan dibalik: pasangan prediksi (i,j) dianggap benar jika strukturnya benar
berisi salah satu dari lima pasangan (i,j), (i+1,j), (i-1,j), (i,j+1), atau (i,j-1).
PILIHAN
-h Cetak bantuan singkat; termasuk nomor versi dan ringkasan semua opsi, termasuk
pilihan ahli.
-m Gunakan aturan akurasi santai Mathews (lihat di atas), alih-alih membutuhkan eksak
prediksi pasangan basa.
-p Hitung pasangan basa pseudoknotted terhadap akurasi, baik yang dipercaya atau diprediksi
struktur. Secara default, pseudoknot diabaikan.
Biasanya, hanya file_terpercaya akan memiliki anotasi pseudoknot, karena sebagian besar RNA
program prediksi struktur sekunder tidak memprediksi pseudoknots. Menggunakan -p
opsi memungkinkan Anda untuk menghukum program prediksi karena tidak memprediksi yang diketahui
pseudoknot. Dalam kasus di mana kedua file_terpercaya dan file_test memiliki
anotasi pseudoknot, the -p opsi memungkinkan Anda menghitung pseudoknots dalam mengevaluasi
akurasi prediksi. Hati-hati, bagaimanapun, kasus di mana Anda menggunakan pseudoknot-capable
program prediksi untuk menghasilkan file_tes, tetapi file_terpercaya tidak memiliki
anotasi pseudoknot; pada kasus ini, -p akan menghukum setiap pseudoknot yang diprediksi
ketika menghitung spesifisitas, bahkan jika itu benar, karena mereka tidak muncul di
anotasi tepercaya; ini mungkin bukan yang ingin Anda lakukan.
EXPERT PILIHAN
--informasi
Tentukan bahwa dua file urutan dalam format . In ini kasus, kedua arsip
harus be in itu sama format. Standarnya adalah untuk mendeteksi secara otomatis format file, di mana
kasus mereka bisa berbeda (satu SELEX, satu Stockholm).
--diam
Jangan cetak informasi tajuk verbose apa pun.
Gunakan compstruct online menggunakan layanan onworks.net
