Ini adalah conse perintah yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
kontra - Buat urutan konsensus dari beberapa penyelarasan
RINGKASAN
kontra -urutan urutan [-file data matriks] [-kemajemukan mengapung] [-identitas bilangan bulat]
[-set kasus mengapung] -outseq urutan [-nama string]
kontra -bantu
DESKRIPSI
kontra adalah program baris perintah dari EMBOSS (“Perangkat Lunak Terbuka Biologi Molekuler Eropa
Rangkaian"). Ini adalah bagian dari grup perintah "Alignment:Consensus".
PILIHAN
Memasukkan bagian
-urutan urutan
File yang berisi perataan urutan.
-file data matriks
Ini adalah file matriks penilaian yang digunakan saat membandingkan urutan. Secara default adalah
file 'EBLOSUM62' (untuk protein) atau file 'EDNAFULL' (untuk urutan nukleat). Ini
file ditemukan di direktori 'data' dari instalasi EMBOSS.
Tambahan bagian
-kemajemukan mengapung
Tetapkan batas untuk jumlah kecocokan positif di bawah yang tidak ada konsensus.
Pluralitas default diambil sebagai setengah dari total bobot semua urutan dalam
penyelarasan. Nilai default: @( $(sequence.totweight) / 2)
-identitas bilangan bulat
Menyediakan fasilitas untuk mengatur jumlah identitas yang diperlukan di sebuah situs agar dapat
memberikan konsensus pada posisi itu. Oleh karena itu, jika ini diatur ke jumlah
urutan dalam penyelarasan hanya kolom identitas yang berkontribusi pada konsensus.
-set kasus mengapung
Menetapkan ambang batas untuk kecocokan positif yang di atasnya konsensus adalah huruf besar
dan di bawahnya konsensus dalam huruf kecil. Nilai bawaan: @(
$(urutan.totweight) / 2)
Keluaran bagian
-outseq urutan
-nama string
Gunakan conse online menggunakan layanan onworks.net
