Ini adalah command depthOfPolishes yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
sim4dbutils - utilitas untuk bekerja dengan file penyelarasan yang dihasilkan sim4db
convertPolishes - konversi antara format sim4db dan GFF3
filterPolishes - memfilter penyelarasan berdasarkan identitas urutan, cakupan, dan panjang.
mergePolishes - gabungkan perataan dari banyak file
sortPolishes - mengurutkan keberpihakan berdasarkan cDNA atau indeks urutan genom atau nama urutan
convertToExtent - Mengonversi dari format sim4db ke format tab-delimited satu baris
fixPolishesIID - Memperbarui file sim4db untuk menggunakan indeks urutan file fasta tertentu.
Dapat juga digunakan untuk mengekstrak subset dari keberpihakan dari file sim4db.
depthOfPolishes - Menghasilkan histogram yang dibatasi tab dari kedalaman poles di berbagai
ukuran jendela.
headPolishes - mencetak kesejajaran N pertama dalam file, mirip dengan kepala(1)
pickBestPolish - laporkan hanya penyelarasan 'terbaik' untuk setiap cDNA
pickUniquePolish - melaporkan penyelarasan di mana ada satu penyelarasan terbaik yang jelas untuk
setiap cDNA.
plotCoverageVsIdentity - Menghasilkan (1) histogram identitas persen, (2) a
histogram persen cakupan, dan (3) daftar persen identitas dan cakupan (untuk
digunakan dalam plot pencar).
uniqPolishes - Memfilter semua penyelarasan untuk cDNA dengan banyak penyelarasan (-uniq) atau
dengan satu keselarasan (-dupl). Mirip dengan unik(1)
realignPolishes - menghitung ulang keberpihakan yang tercantum dalam file sim4db.
reportAlignmentDifferences - menghasilkan histogram dari jenis kesalahan dalam satu set
keberpihakan Tidak didukung dan Ditinggalkan
comparePolishes - Menghubungkan keberpihakan dalam dua file.
convertToAtac - Mengonversi dari format sim4db ke format ATAC.
detectChimera - Memeriksa keselarasan untuk urutan yang mungkin chimeric.
mappedCoverage - Melaporkan jumlah urutan kueri (EST, cDNA) yang dicakup oleh
keberpihakan.
parseSNP - Menganalisis keberpihakan untuk SNP.
removeDuplicate - mencari input untuk penjajaran duplikat.
vennPolishes - Menghasilkan diagram Venn untuk beberapa file sim4db. Bekas internal by
Pemeta EST bersihPolandia
meringkas bahasa Polandia
DESKRIPSI
Program-program ini adalah berbagai utilitas untuk bekerja dengan sim4db(1) file penyelarasan yang dihasilkan.
Gunakan depthOfPolishes online menggunakan layanan onworks.net
