Ini adalah perintah dwgsim yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
dwgsim: - simulator membaca singkat
RINGKASAN
dwgsim [Pilihan]
DESKRIPSI
DWGSIM adalah simulator pembacaan pendek yang mensimulasikan pembacaan dari platform pengurutan modern.
PILIHAN
-e FLOAT
per tingkat kesalahan dasar/warna/aliran dari pembacaan pertama [dari 0.020 hingga 0.020 kali 0.000]
-E FLOAT
per tingkat kesalahan dasar/warna/aliran dari pembacaan kedua [dari 0.020 hingga 0.020 kali 0.000]
-i gunakan jarak dalam daripada jarak luar untuk pasangan [Salah]
-d Jarak luar INT antara kedua ujung untuk pasangan [500]
-s Standar deviasi INT dari jarak untuk pasangan [50.000]
-N INT jumlah pasangan baca (-1 untuk menonaktifkan) [-1]
-C FLOAT
cakupan rata-rata di seluruh posisi yang tersedia (-1 untuk menonaktifkan) [100.00]
-1 Panjang INT dari pembacaan pertama [70]
-2 Panjang INT dari pembacaan kedua [70]
-r FLOAT
tingkat mutasi [0.0010]
-F FLOAT
frekuensi mutasi yang diberikan untuk mensimulasikan mutasi somatik frekuensi rendah [0.5000] NB:
frekuensi F mengacu pada untai pertama mutasi, oleh karena itu mutasi pada
untai kedua terjadi dengan frekuensi 1-F
-R FLOAT
fraksi mutasi yang indel [0.10]
-X FLOAT
probabilitas sebuah indel diperpanjang [0.30]
-I INT indel panjang minimum [1]
-y FLOAT
probabilitas pembacaan DNA acak [0.05]
-n INT jumlah maksimum N yang diizinkan dalam pembacaan tertentu [0]
-c INT menghasilkan bacaan untuk [0]: 0: Illumina 1: SOLID 2: Ion Torrent
-S INT menghasilkan bacaan [0]: 0: default (untai berlawanan untuk Illumina, untai yang sama untuk
SOLID/Ion Torrent) 1: untai yang sama (pasangan pasangan) 2: untai berlawanan (ujung berpasangan)
-f STRING
urutan aliran untuk data Ion Torrent [(null)]
-B gunakan tingkat kesalahan per basis untuk data Ion Torrent [Salah]
-H mode haploid [Salah]
-z INT benih acak (-1 menggunakan waktu saat ini) [-1]
-M menghasilkan file mutasi saja [False]
-m FILE
file txt mutasi untuk dibuat ulang [tidak menggunakan]
-b FILE
set file seperti tempat tidur dari mutasi kandidat [(null)]
-v FILE
kumpulan file vcf dari kandidat mutasi (gunakan tag pl untuk untai) [(null)]
-x FILE
tempat tidur daerah untuk menutupi [tidak menggunakan]
-P STRING
awalan baca untuk ditambahkan ke setiap nama baca [tidak menggunakan]
-q STRING
kualitas dasar tetap untuk diterapkan (karakter tunggal) [tidak menggunakan]
-Q FLOAT
standar deviasi skor kualitas dasar [2.00]
-s Standar deviasi INT dari jarak untuk pasangan [50.000]
-h cetak pesan ini
Catatan: Untuk pembacaan pasangan SOLiD dan BFAST, pembacaan pertama adalah F3 dan yang kedua adalah R3. Untuk
SOLiD pasangan membaca dan BWA, membaca dalam file pertama adalah R3 membaca dijelaskan sebagai
baca pertama dll.
Catatan: Penyisipan terlama yang didukung adalah 4294967295.
Gunakan dwgsim online menggunakan layanan onworks.net
