exonerate-server - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

exonerate-server - server perbandingan urutan untuk exonerate

RINGKASAN

server-pembebasan [ Pilihan ] <indeks jalan>

DESKRIPSI

server-pembebasan adalah server multi-utas untuk program penyelarasan urutan yang dibebaskan.

Ini menggunakan satu set urutan dan file indeks yang sesuai untuk memungkinkan kumpulan data besar dengan cepat.

GAMBARAN

Pertama, file .esd file harus dibuat dari file urutan. NS .esd file adalah Exonerate
Sequence Dataset file, dan dapat digunakan untuk mengelompokkan semua rangkaian urutan di mana masing-masing
urutan yang berisi pengidentifikasi unik. Ini dilakukan dengan menggunakan fasta2esd utilitas

fasta2esd genom.fasta genom.esd

Selanjutnya, sebuah .esi file saya dibuat dari .esd mengajukan. Itu .esi file adalah Urutan Exonerate
File indeks, dan berisi indeks atau kumpulan indeks yang sesuai dengan kumpulan data tertentu.
Ini dilakukan dengan menggunakan esd2esi utilitas

esd2esi genom.esd genom.esi

Setelah .esi file telah dibuat, server exonerate dapat dimulai.

server-pembebasan genom.esi

Saat server sedang berjalan, exonerate dapat digunakan untuk menanyakan server dengan mengganti
urutan target di baris perintah dengan nama server dan nomor port. NS
nomor port default untuk server exonerate adalah 12886.

membebaskan query.fasta localhost: 12886

PILIHAN

Beberapa opsi baris perintah untuk server exonerate sama seperti untuk
membebaskan klien, dan ini didokumentasikan di halaman manual untuk membebaskan.
pilihan lain yang khusus untuk server-pembebasan didokumentasikan di sini.

--Pelabuhan
Tentukan port tempat server harus mendengarkan. Secara default, server-pembebasan
akan mendengarkan pada port 12886, tetapi port alternatif dapat ditentukan dengan opsi ini.

--memasukkan <indeks berkas>
Tentukan file indeks yang akan digunakan saat server dimulai. Pilihan ini adalah
wajib. File indeks adalah .esi file yang dihasilkan oleh esd2esi utilitas

--pramuat
Secara default, indeks yang terkandung dalam .esi file, dan urutan yang dirujuk dalam
yang sesuai .esd file dimuat ke dalam memori ketika server dimulai.
Ini diperlukan untuk mencapai kinerja cepat yang jika tidak akan terhambat oleh
akses disk yang sering. Opsi ini memungkinkan indeks dan urutan preloading menjadi
dimatikan, yang memungkinkan server berjalan jauh lebih lambat, tetapi dengan lebih cepat
startup dan jejak memori yang lebih kecil. Tidak disarankan untuk mematikan pramuat
kecuali menguji atau men-debug server.

--makskoneksi
Servernya multithread. Opsi ini menetapkan jumlah proses klien yang
diizinkan untuk terhubung ke server secara bersamaan. Untuk kinerja yang baik, itu
tidak boleh disetel ke lebih dari jumlah CPU pada mesin tempat
server sedang berjalan.

--verbositas
Atur tingkat verbositas untuk server. Jika nol, server akan diam,
dan semakin tinggi angkanya, semakin banyak pesan yang dilaporkan oleh server tentang apa
sedang terjadi.

INTERFACE

Bagian ini mendokumentasikan antarmuka komunikasi antara
klien dan server. Antarmuka didokumentasikan untuk orang yang ingin menulis
server khusus mereka sendiri untuk duduk di belakang exonerate - untuk penggunaan normal exonerate, itu
tidak perlu mengetahui hal ini.

Antarmuka bekerja dengan klien mengirim baris perintah sederhana dan server mengirim
baris balasan sederhana melalui soket. Semua perintah dan balasan adalah baris sederhana ASCII
teks, sehingga memungkinkan untuk menggunakan telnet sebagai klien untuk menguji server.

Perintah apa pun adalah satu baris teks, tetapi balasan dapat berisi banyak baris teks. NS
balasan berupa :

Balasan apa pun dapat menyertakan baris dengan tag peringatan: or kesalahan: Ini peringatan: dan kesalahan: tag
digemakan oleh klien, dan klien akan keluar setelah menerima apa pun kesalahan: balasan.

Ketika server mengembalikan balasan multiline, baris pertama harus menunjukkan jumlah
baris di seluruh balasan sebagai: jumlah baris: Sebagai contoh, lihat balasan dari mendapatkan
hsps perintah dalam sesi contoh di bawah ini.

Klien hanya akan membuka satu koneksi ke server mana pun, meskipun multithreaded
server jelas diperlukan untuk memungkinkan beberapa klien terhubung secara bersamaan.

Perintah dan balasan bekas in untuk itu Antarmuka.
command: versi
Balasan: versi

command: keluar
Balas: (tidak ada balasan - server menutup koneksi)

command: info db
membalas: dbinfo:

info db perintah mengembalikan informasi tentang database yang dimuat di server.
Bidang yang dikembalikan adalah:

baik DNA atau protein
baik softmasked atau unmasked
jumlah urutan dalam database
panjang urutan terpanjang dalam database
panjang total semua urutan dalam database

command: lookup
Balas: cari:

Perintah pencarian digunakan untuk memetakan pengidentifikasi eksternal ke internal
pengenal.

command: mendapatkan Info
membalas: seqinfo: [ ]

Perintah get info mengembalikan informasi tentang urutan dalam database. NS
bidang yang dikembalikan adalah:

panjang urutan
checksum format gcg (lihat di bawah)
id eksternal (mis. dari header fasta)
baris deskripsi untuk urutan (juga dari fasta
header), bidang ini opsional dan dapat dihilangkan.

command: mendapatkan seq
membalas: seq:

Perintah get seq mengembalikan seluruh urutan pada satu baris.

command: mendapatkan selanjutnya
Balasan: subseq:

Perintah get subseq mengembalikan bagian dari urutan. Awal dari urutannya adalah
posisi nol. misalnya. get subseq 0 0 10 akan mengembalikan 10 basis pertama
urutan pertama dalam database.

command: set pertanyaan
Jawab: oke:

Perintah seq query digunakan untuk mengirim urutan query ke server. Dia
mengembalikan panjang urutan dan checksum gcg

command: kompilasi ulang
Jawab: oke: untai

Perintah kueri revcomp membuat server sebaliknya melengkapi kueri. Ini
adalah untuk menghemat bandwidth pengiriman kueri dua kali.

Perintah target revcomp adalah memberi tahu server untuk memperlakukan database sebagai
komplemen terbalik. Klien hanya mengirimkan perintah ini saat mencari
database yang diterjemahkan, jadi tidak perlu diterapkan untuk sebagian besar jenis pencarian.

command: set berhenti
Jawab: oke:

Perintah set parameter mengirimkan parameter dari baris perintah eksonerasi ke
server. Perintah ini semua dapat diabaikan oleh klien untuk dasar
implementasi, tetapi tidak dapat diabaikan untuk kinerja yang optimal.

command: mendapatkan hsps
membalas: hspset: { }
Atau: hspset: kosong

Perintah get hsps adalah perintah utama untuk mendapatkan set hsps. Server
dapat mengembalikan beberapa hspset. Bidang yang dikembalikan adalah:

Id internal dari urutan target untuk set HSP ini.
Posisi awal kueri hsp
Posisi awal target hsp
panjang hsp

Tiga bidang terakhir mewakili HSP, dan dapat diulang berkali-kali pada satu
set hsp: baris balasan.

A sederhana contoh klien Server dialog.
%telnet localhost 12886
Mencoba 127.0.0.1...
Terhubung ke localhost.localdomain.
Karakter pelarian adalah '^]'.
% Versi: kapan
versi: exonerate-server 2.0.0
% info db
dbinfo: dna softmask 100000 1701 38113579
% pencarian AA159529.1
pencarian: 88065
% dapatkan info 88065
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Stratagene pankreas (#937208) Homo sapiens cDNA
% dapatkan seq 88065
seq: NAACTCATCNTTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% dapatkan subseq 88065 10 20
subseq: TTTTCTGCTGNATCTCTTTC
% setel kueri NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
oke: 62 2028
% dapatkan hsps
jumlah baris: 15
hspset: 12423 1 349 41
hspset: 44900 1 356 47
hspset: 61781 1 358 41 36 392 26
hspset: 70065 1 349 41 36 383 26
hspset: 88065 1 1 61
hspset: 91032 1 357 41 36 391 26
hspset: 91442 1 350 41 36 384 26
hspset: 92971 1 348 41 36 382 26
hspset: 94311 1 375 41
hspset: 95381 1 346 41 36 380 26
hspset: 96808 10 385 32 36 410 26
hspset: 88449 18 11 22
hspset: 91036 6 6 56
hspset: 93736 36 400 26
% kueri revcomp
ok: query untai revcomp
% dapatkan hsps
jumlah baris: 6
hspset: 12564 0 64 26 20 83 41
hspset: 61780 0 266 61
hspset: 29148 0 116 61
hspset: 25849 15 445 22
hspset: 93938 26 265 34
% keluar
Koneksi ditutup oleh tuan rumah asing.

LINGKUNGAN

Belum didokumentasikan.

CONTOH

1. Contoh membuat indeks yang diterjemahkan dan menjalankan pencarian protein2genome cepat menggunakan
server-pembebasan

fasta2esd manusia.genomic.fasta manusia.genomic.esd esd2esi --terjemahkan ya human.genomic.esd
manusia.genomic.trans.esi server-pembebasan --port 1234 human.genomic.trans.esi membebaskan
pep.fasta localhost:1234 --model p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250

VERSION

Dokumentasi ini menyertai versi 2.2.0 dari paket exonerate.

Gunakan server bebas secara online menggunakan layanan onworks.net