fastacmd - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

fastacmd - mengambil urutan FASTA dari database BLAST

RINGKASAN

cepat [-] [-D N] [-I] [-L mulai berhenti] [-P N] [-S N] [-T] [-a] [-c] [-d str] [-i str]
[-l N] [-o nama file] [-p Tipe] [-s str] [-t]

DESKRIPSI

cepat mengambil urutan berformat FASTA dari a ledakan(1) basis data yang diformat menggunakan
`-o' pilihan. Sebuah contoh cepat panggilan akan menjadi

fastacmd -d nr -s p38398

PILIHAN

Ringkasan opsi disertakan di bawah ini.

- Cetak pesan penggunaan

-D N Buang seluruh database dalam beberapa format:
1 puasa
2 daftar GI
3 Accession.daftar versi

-I Cetak informasi basis data saja (mengganti semua opsi lain)

-L awal,berhenti
Rentang urutan untuk mengekstrak (0 di awal adalah awal dari urutan, 0 di berhenti adalah akhir
urutan, default adalah seluruh urutan)

-P N Ambil urutan dengan Protein Identification Group (PIG) N.

-S N Untai pada urutan berikutnya (hanya nukleotida):
1 atas (bawaan)
2 bawah

-T Cetak informasi taksonomi untuk urutan yang diminta

-a Ambil aksesi duplikat

-c Gunakan ^A (\001) sebagai pemisah defline yang tidak berlebihan

-d str Basis data (default adalah nr)

-i str Masukkan file dengan GI/aksesi/lokus untuk pengambilan batch

-l N Panjang garis untuk urutan (default = 80)

-o nama file
File keluaran (default = stdout)

-p mengetik
Jenis berkas:
G tebak (default): cari protein, lalu nukleotida
protein T
nukleotida F

-s str String pencarian yang dipisahkan koma. GI, aksesi, lokus, atau string fullSeq-id mungkin
digunakan, misalnya, 555, AC147927, 'gnl|dbname|tag'

-t Baris definisi hanya boleh berisi target GI

EXIT STATUS

0 Selesai dengan sukses.
1 Terjadi kesalahan (selain yang di bawah).
2 Basis data BLAST tidak ditemukan.
3 Pencarian (aksesi, GI, atau info taksonomi) gagal.
4 Tidak ada database taksonomi yang ditemukan.

Gunakan fastacmd online menggunakan layanan onworks.net