fastaq - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

fastaq - alat manipulasi file FASTA dan FASTQ

RINGKASAN

cepat [Pilihan]

DESKRIPSI0nf

Untuk mendapatkan penggunaan minimal untuk penggunaan perintah: perintah fastaq

Untuk mendapatkan bantuan penuh untuk sebuah perintah, gunakan salah satu dari: perintah fastaq -h perintah fastaq --membantu

Perintah yang tersedia:

add_indels Menghapus atau menyisipkan basis pada posisi tertentu caf_to_fastq
Mengonversi file CAF ke format FASTQ capillary_to_pairs Mengonversi file kapiler
membaca ke file yang dipasangkan dan tidak berpasangan Membagi urutan menjadi sama
potongan berukuran count_sequences Menghitung urutan dalam file input deinterleave
Membagi file berpasangan yang disisipkan menjadi dua file terpisah enumerate_names Renames
urutan dalam file, menyebutnya 1,2,3... dll expand_nucleotides Membuat setiap
kombinasi nukleotida degenerasi fasta_to_fastq Konversi FASTA dan .qual to
Filter FASTQ Filter urutan untuk mendapatkan subset darinya get_ids
Dapatkan ID dari setiap urutan get_seq_flanking_gaps Mendapatkan celah mengapit urutan
interleave Menyisipkan dua file, output bergantian antara pembacaan fwd/rev
make_random_contigs Buat contigs dari penggabungan urutan acak Konversi
file multi urutan ke satu urutan replace_bases Mengganti semua kejadian
dari satu huruf dengan yang lain reverse_complement Reverse melengkapi semua urutan
scaffolds_to_contigs Membuat file contigs dari file scaffolds search_for_seq
Temukan semua kecocokan persis dengan string (dan pelengkap kebalikannya) sequence_trim
Pangkas kecocokan persis dengan string yang diberikan dari awal setiap urutan sort_by_size
Mengurutkan urutan dalam urutan panjang split_by_base_count Pisahkan file multi urutan menjadi
file terpisah strip_illumina_suffix Strip /1 or /2 dari akhir setiap nama yang dibaca
to_boulderio Mengonversi ke format Boulder-IO, digunakan oleh primer3 to_fake_qual
Buat file skor kualitas palsu to_fasta Mengonversi berbagai format input
ke format FASTA yang diformat dengan baik to_mira_xml Buat file xml dari file
dibaca, untuk digunakan dengan Mira assembler to_orfs_gff Menulis file GFF terbuka
bingkai bacaan to_perfect_reads Buat bacaan berpasangan yang sempurna dari referensi
to_random_subset Buat sampel urutan acak (dan opsional juga pasangan)
to_tiling_bam Buat file BAM dari bacaan yang tersebar secara merata di seluruh input
reference to_unique_by_id Hapus urutan duplikat, berdasarkan namanya. Menyimpan
seqs terpanjang menerjemahkan Terjemahkan semua urutan dalam urutan nukleotida input
trim_Ns_at_end Memangkas semua N di awal/akhir semua urutan trim_contigs
Pangkas sejumlah basis dari ujung setiap contig trim_ends Pangkas tetap
jumlah basis awal dan/atau akhir setiap versi urutan Versi cetak
nomor dan keluar

Gunakan fastaq online menggunakan layanan onworks.net