rubah - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

fox - penentuan struktur ab-initio dari data difraksi

RINGKASAN

rubah [Pilihan] [berkas.xml]

DESKRIPSI

rubah Program (Objek Gratis untuk Kristalografi) dibuat untuk kristal ab initio
solusi struktur dari data difraksi. Fiturnya yang paling menarik untuk ab initio
penentuan struktur adalah:

* deskripsi serbaguna dari isi kristal;

* koreksi otomatis untuk posisi khusus dan atom bersama antara polihedra;

* kemampuan untuk menggunakan beberapa pola bubuk secara bersamaan;

* algoritma pengoptimalan global yang cerdas;

* antarmuka grafis dengan tampilan struktur kristal 3D dan pembaruan langsung selama
proses pengoptimalan.

PILIHAN

Program ini saya jalankan dengan atau tanpa opsi baris perintah atau file input (file.xml).
Ini mengikuti sintaks baris perintah GNU yang biasa, dengan opsi panjang dimulai dengan dua tanda hubung
(`-'). Ringkasan opsi disertakan di bawah ini. Untuk deskripsi lengkap, lihat rubah
wiki http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual

--membantu Tampilkan ringkasan opsi.

--loadfouriergrd peta.grd
Muat dan tampilkan peta fourier 'map.grd' dengan struktur kristal (pertama)

--loadfourierdsn6 peta.DN6
Muat dan tampilkan peta fourier DSN6 dengan struktur kristal (pertama)

--nogui
Jalankan tanpa GUI, secara otomatis meluncurkan pengoptimalan --nogui dapat disertai dengan
pilihan berikut:

-n 10000
Jalankan untuk uji coba 10000 paling banyak (default: 1000000)

--nbrun 5
Lakukan 5 lari, acak sebelum setiap lari (default: 1), gunakan -1 untuk berlari tanpa batas

-o keluar.xml
Keluaran dalam 'keluar.xml'

--acak
Acak konfigurasi awal

--diam
Hasilkan (hampir) tidak ada output teks

--biaya akhir 0.15
Jalankan optimasi hingga biaya < 0.15

--cif2pattern 1.5406 170 5000 .1
Simulasikan pola untuk kristal input, panjang gelombang = 1.5406 hingga 170 ° dengan 500 poin
dan lebar puncak 0.1°

CONTOH

rubah silikon.xml
Muat file 'silicon.xml' dan luncurkan GUI.

rubah Cimetidine-bubuk.xml --nogui --acak -n 1000000 -o terbaik.xml
Muat file 'ktartrate.xml', acak, lalu lakukan 1 optimasi dari 1 juta percobaan,
dan simpan struktur terbaik di 'best.xml'.

rubah Cimetidine-bubuk.xml --nogui --acak -n 10000000 --nbrun 10 -o terbaik.xml
Muat file 'Cimetidine-powder.xml', lalu buat 10 run (mulai dari random
struktur) dari 10 juta percobaan (setiap proses menyimpan satu file xml), dan menyimpan yang terbaik
struktur di 'best.xml'.

rubah Cimetidine-bubuk.xml --nogui --diam --acak -n 10000000 --nbrun 10 --biaya akhir
200000 -o terbaik.xml
Muat file 'Cimetidine-powder.xml', lalu lakukan 10 operasi diam dari 10 juta percobaan
(setiap proses menyimpan satu file xml), dan menyimpan struktur terbaik di 'best.xml'. Untuk setiap
dijalankan, pengoptimalan berhenti jika biayanya di bawah 200000.

Gunakan fox online menggunakan layanan onworks.net