gdcmimg - Daring di Awan

PROGRAM:

NAMA

gdcmimg - Memanipulasi file gambar DICOM.

gdcmimg adalah alat tingkat rendah untuk memungkinkan de-/enkapsulasi dari/ke gambar DICOM. Alat ini tidak
tidak mengerti konversi Sintaks Transfer. Ini akan merangkum data mentah apa adanya. Ini
memiliki beberapa dampak dalam beberapa kasus, lihat peringatan khusus di bawah.

Penting untuk dicatat bahwa gdcmimg hanya dapat merangkum file input yang tepat, misalnya
JPG dan atau JP2 diterima karena Sintaks Transfer DICOM terkait dapat ditemukan.
Namun input seperti TIFF dan/atau PNG tidak, karena DICOM tidak mendukungnya. Lihat
alih-alih alat seperti gdcm2vtk.

RINGKASAN

gdcmimg [opsi] file-in file-out

DESKRIPSI

gdcmimg alat baris perintah dapat digunakan dalam dua mode:

· 1. Mengonversi format file yang dikenali menjadi rekan DICOM yang dienkapsulasi,

· 2. Menganonimkan bagian persegi panjang dari file DICOM.

PARAMETER

file-in input nama file (non-DICOM)

file keluar nama file keluaran DICOM

PILIHAN

-i --input Nama file masukan
-o --output Nama file keluaran

SPESIFIK PILIHAN

--endian %s Endianness (LSB/MSB).
-d --kedalaman %d Kedalaman (Baik 8/16/32 atau BitsAllocated misalnya 12 bila diketahui).
--tanda %s Tanda piksel (0/1).
--spp %d Sampel Per Piksel (1/3).
-s --size %d,%d Ukuran.
-C --sop-class-uid SOP Kelas UID (nama atau nilai).
-T --study-uid Studi UID.
-S --series-uid Seri UID.
--root-uid Akar UID.

MENGISI PILIHAN

-R --wilayah %d,%d Wilayah.
-F --fill %d Isi dengan nilai piksel yang ditentukan.

UMUM PILIHAN

-h --bantuan
cetak teks bantuan ini dan keluar

-v --versi
informasi versi cetak dan keluar

-V --verbose
mode verbose (peringatan + kesalahan).

-W --peringatan
mode peringatan, cetak informasi peringatan

-E --kesalahan
mode kesalahan, informasi kesalahan cetak

-D --debug
mode debug, cetak informasi debug

LINGKUNGAN VARIABEL

GDCM_ROOT_UID UID Akar

DIDUKUNG FILE FORMAT (SESUAI FILE PERPANJANGAN)

gdcmimg akan mendasarkan proses konversinya berdasarkan ekstensi file. Mengikuti daftar
ekstensi file yang dikenali. Ketika tidak ada ekstensi yang ditemukan, file DICOM diasumsikan.

Masukkan format

* RAW (mentah, rawl, abu-abu, rgb)
* RLE (rle)
* PNM (pgm, pnm, ppm)
* JPEG-LS (jls)
* JPEG 2000 (jp2, j2k, j2c, jpx, jpc)
*JPEG (jpg, jpeg, ljpg, ljpeg)
* DIKOM ()

format output:

* PGM (pgm, pnm, ppm)
* DIKOM ()

Untuk format file RAW, Anda harus berhati-hati dengan opsi –endian. Untuk (lama)
Format file JPEG, baik format lossy dan lossless didukung, pengguna harus membayar
perhatikan opsi –sign. Untuk format file seperti RLE atau RAW, pengguna diharapkan untuk
isi informasi yang diperlukan untuk menemukan dimensi dan jenis data input karena tidak ada
cara lain untuk menemukan informasi ini. Untuk semua format file lainnya, properti diturunkan
dari format file itu sendiri.

File PNM seharusnya big endian (penting untuk kedalaman> 8)

KHAS PENGGUNAAN

Hapus a persegi panjang bagian of itu gambar
Untuk mengisi wilayah [0,100]x[0,100] dari gambar DICOM cukup lakukan:

$ gdcmimg --isi 0 --wilayah 0,100,0,100 -i input.dcm -o output_black.dcm

Peringatan: jika Data Piksel dikompresi, gambar didekompresi terlebih dahulu sehingga piksel
dapat diatur ke 0, tetapi tidak dikompres ulang.

mengubah RAW untuk DIKOM
Ekstensi yang dikenali adalah .raw, .rawl, .gray, atau .rgb (tidak peka huruf besar/kecil)

$ gdcmimg --size 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm

gambar akan menjadi Tangkapan Sekunder.

Ketika inputnya adalah 3 komponen, seseorang perlu menentukan secara eksplisit Sampel Per Piksel:

$ gdcmimg --ukuran 512,512 --spp 3 input_rgb.raw output_rgb.dcm

Ketika nama file berisi .rgb sebagai output ekstensi file secara otomatis dikenali sebagai
RGB tidak perlu ditentukan –spp

$ gdcmimg --ukuran 512,512 input.rgb output_rgb.dcm

Anda dapat menggunakan dd cmd untuk melewati header apa pun yang ingin Anda buang, misalnya, jika
Anda ingin melewati 108 byte pertama, cukup lakukan:

$ dd lewati=108 bs=1 if=input.raw of=output.raw

Ekstensi .raw dan .rawl setara. Anda perlu secara eksplisit menentukan endianness
secara manual:

$ gdcmimg --endian MSB --size 512,512 --kedalaman 16 -i input.raw -o output.dcm

or

$ gdcmimg --endian LSB --size 512,512 --kedalaman 16 -i input.raw -o output.dcm

mengubah PGM/PNM/PPM untuk DIKOM
Ekstensi yang dikenali adalah .pgm, .pnm, .ppm (tidak peka huruf besar/kecil)

$ gdcmimg -i masukan.pgm -o keluaran.dcm

gambar akan menjadi Tangkapan Sekunder

mengubah RLE untuk DIKOM
Ekstensi yang dikenali adalah .rle (tidak peka huruf besar/kecil)

$ gdcmimg --size 512,512 --depth 16 -i input.rle -o output.dcm

gambar akan menjadi Tangkapan Sekunder

mengubah JPEG untuk DIKOM
Ekstensi yang dikenali adalah .jpg, .jpeg, .ljpg, .ljpeg (tidak peka huruf besar/kecil)

$ gdcmimg -i masukan.ljpeg -o keluaran.dcm

gambar akan menjadi Tangkapan Sekunder

mengubah J2K untuk DIKOM
Ekstensi yang dikenali adalah .j2k, .jp2, .jpc, jpx, j2c (tidak peka huruf besar/kecil)

$ gdcmimg -i masukan.j2k -o keluaran.dcm

gambar akan menjadi Tangkapan Sekunder.

Semua informasi Piksel (Bit Tersimpan/Alokasi...) akan diturunkan dari gambar itu sendiri,
dan bukan dari opsi baris perintah.

Menentukan a SOP Kelas UID
Alih-alih Penyimpanan Gambar Pengambilan Sekunder default, orang mungkin ingin menentukan, katakanlah VL
Penyimpanan Gambar Fotografi.

$ gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 masukan.jpg keluaran.dcm

GANDA FILE

gdcmimg menangani dengan baik satu set file (misalnya jpeg):

$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg keluaran.dcm

Penting untuk menentukan Kelas SOP yang mendukung gambar multi-bingkai sebaliknya
gdcmimg akan gagal.

MULAI OFFSET

Dalam beberapa kasus, seseorang mungkin ingin membuat irisan 2D dari volume yang berubah-ubah (misalnya 3D). Di dalam
case mana –offset menjadi berguna:

$ gdcmimg --offset 4954104330 --ukuran 1673,1673 Input3D_1673_1673_1775.raw slice_1770.dcm

PERINGATAN

Ada beberapa masalah dengan implementasi gdcmimg:

Untuk file RAW, perlu diperhatikan bahwa saat menggunakan –endian MSB, Pixel Data akan menjadi
dienkapsulasi apa adanya (tidak tersentuh oleh gdcmimg). Oleh karena itu satu-satunya sintaks transfer yang mungkin
tersedia adalah Implicit VR Big Endian DLX (GE Private). GDCM menangani hal ini secara pribadi
Sintaks Transfer. Jadi jika Anda perlu mengonversi Sintaks Transfer ini ke yang lain (dan izinkan
Manipulasi Data Piksel), Anda dapat menggunakan:

$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o output_implicit_vr_little_endian.dcm

Untuk file JFIF dan file JP2 (dengan header) header disalin ke elemen Pixel Data
yang ilegal untuk JP2. Gunakan gdcmconv untuk menyandikan ulang file JP2/JFIF dengan benar ke dalam J2K/JPG.

$ gdcmimg masukan.jp2 keluaran_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --force output_jp2.dcm output_j2k.dcm

Untuk file RLE, tidak ada pemeriksaan yang dilakukan untuk melintasi batas baris. Disarankan untuk menggunakan
gdcmconv –rle untuk menyandikan ulang menjadi file RLE yang tepat jika ada keraguan.

Tentu saja jika kompresi tidak sesuai dengan pengaturan Anda, Anda selalu dapat mende-enkapsulasi file
File DICOM (biasanya JPEG) ke bentuk yang tidak dienkapsulasi, menggunakan gdcmconv:

$ gdcmconv --input mentah_jpeg.dcm output_raw.dcm

Gunakan gdcmimg online menggunakan layanan onworks.net