Ini adalah perintah glam2 yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
glam2 - Kesenjangan Motif Lokal
RINGKASAN
glamor2 [Pilihan] alfabet my_seqs.fa
Alfabet selain p or n ditafsirkan sebagai nama file alfabet.
DESKRIPSI
GLAM2 adalah paket perangkat lunak untuk menemukan motif dalam urutan, biasanya asam amino atau
urutan nukleotida. Motif adalah pola urutan yang muncul kembali: contoh tipikal adalah:
Kotak TATA dan motif prenilasi CAAX. Inovasi utama GLAM2 adalah memungkinkan
penyisipan dan penghapusan motif.
PILIHAN (BAWAAN PENGATURAN)
-h
Tampilkan semua opsi dan pengaturan defaultnya.
-o
Berkas keluaran (stdout).
-r
Jumlah penyelarasan berjalan (10).
-n
Akhiri setiap proses setelah banyak iterasi ini tanpa perbaikan (10000).
-2
Periksa kedua untai - komplemen maju dan mundur.
-z
Jumlah minimum urutan dalam keselarasan (2).
-a
Jumlah minimum kolom sejajar (2).
-b
Jumlah maksimum kolom sejajar (50).
-w
Jumlah awal kolom sejajar (20).
-d
File campuran dirichlet.
-D
Penghapusan pseudocount (0.1).
-E
Pseudocount tanpa penghapusan (2.0).
-I
Jumlah semu penyisipan (0.02).
-J
Pseudocount tanpa penyisipan (1.0).
-q
Bobot untuk kelimpahan residu generik versus rangkaian-set-spesifik (1e + 99).
-t
Suhu awal (1.2).
-c
Faktor pendinginan per n iterasi (1.44).
-u
Batas bawah suhu (0.1).
-p
Cetak informasi kemajuan pada setiap iterasi.
-m
Perpindahan pengambilan sampel kolom per pemindahan pengambilan sampel situs (1.0).
-x
Algoritma pengambilan sampel situs: 0= CEPAT 1=LAMBAT 2=FFT (0).
-s
Seed untuk bilangan pseudo-acak (1).
Gunakan glam2 online menggunakan layanan onworks.net
