gmt-music-bmr-calc-wig-covgp - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmt music bmr calc-wig-covg - Hitung basis tercakup per-gen untuk setiap trek goyangan yang diberikan
berkas format.

VERSION

Dokumen ini menjelaskan gmt music bmr calc-wig-covg versi 0.04 (2016-01-01 pukul 23:10:19)

RINGKASAN

gmt music bmr calc-wig-covg --roi-file=? --referensi-urutan=? --wig-daftar=?
--keluaran-dir=?

penggunaan umum:

... musik bmr calc-wig-covg \
--wig-daftar input_dir/wig_list \
--keluaran-dir keluaran_dir/ \
--referensi-urutan input_dir/all_sequences.fa \
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv

DIBUTUHKAN ARGUMEN

file roi Teks
Daftar ROI yang dibatasi tab [chr start stop gene_name] (Lihat Deskripsi)

referensi-urutan Teks
Jalur ke urutan referensi dalam format FASTA

daftar rambut palsu Teks
Daftar file WIG yang dibatasi tab [sample_name wig_file] (Lihat Deskripsi)

keluaran-dir Teks
Direktori tempat file output dan subdirektori akan ditulis

DESKRIPSI

Skrip ini menghitung basis dengan cakupan yang cukup dalam ROI setiap gen dari yang diberikan
menggoyangkan file format trek, dan mengkategorikannya menjadi - AT, CG (non-CpG), dan jumlah CpG.
Itu juga menambahkan jumlah dasar ini di semua ROI dari setiap gen untuk setiap sampel, tetapi
pangkalan tertutup yang terletak di dalam ROI yang tumpang tindih tidak dihitung lebih dari satu kali terhadap
jumlah total ini.

ARGUMEN

--roi-file
Wilayah yang diminati (ROI) dari setiap gen biasanya merupakan wilayah yang ditargetkan untuk
pengurutan atau penggabungan lokus ekson (dari beberapa transkrip) gen dengan 2-bp
sisi (sambungan sambungan). Untuk jumlah basis per gen, basis yang tumpang tindih adalah
dihitung setiap kali muncul dalam ROI dari gen yang sama. Untuk menghindari ini, pastikan untuk
menggabungkan ROI yang tumpang tindih dari gen yang sama. MergeBed BEDtools dapat membantu jika digunakan
per gen.
--referensi-urutan
Urutan referensi dalam format FASTA. Jika indeks urutan referensi tidak ditemukan
di sebelah file ini (file .fai), itu akan dibuat.
--wig-daftar
Berikan file yang berisi nama sampel dan lokasi file format trek goyang untuk
setiap. Gunakan format tab-delimited [sample_name wig_file] per baris. Kolom tambahan
seperti data klinis diperbolehkan, tetapi diabaikan. Sample_name harus sama dengan
nama sampel tumor yang digunakan dalam file MAF (kolom ke-16, dengan header
Tumor_Sample_Barcode).
--keluaran-dir
Tentukan direktori keluaran di mana yang berikut ini akan dibuat/ditulis: roi_covgs:
Subdirektori yang berisi jumlah dasar tercakup per-ROI untuk setiap sampel. gene_covgs:
Subdirektori yang berisi jumlah basa tercakup per-gen untuk setiap sampel. total_covgs:
File yang berisi keseluruhan cakupan yang tidak tumpang tindih per sampel.

Gunakan gmt-music-bmr-calc-wig-covgp online menggunakan layanan onworks.net