gmx-cluster - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-cluster - Struktur cluster

RINGKASAN

kluster gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-dm [<.xpm>]] [-om [<.xpm>]] [-o [<.xpm>]] [-g [<.log>]]
[-jarak [<.xvg>]] [-ev [<.xvg>]] [-konv [<.xvg>]]
[-sz [<.xvg>]] [-tr [<.xpm>]] [-ntr [<.xvg>]]
[-klida [<.xvg>]] [-kl [<.xtc/.trr/...>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-Anda ] [-[sekarang]
[-xvg ] [-[tidak]jarak] [-nlevel ]
[-memotong ] [-[tidak]cocok] [-maks ] [-melewati ]
[-[tidak]av] [-wcl ] [-pertama ] [-rmsmin ]
[-metode ] [-perintah ] [-[tidak]biner]
[-M ] [-P ] [-benih ] [-sendawa ]
[-random ] [-kT ] [-[tidak]pbc]

DESKRIPSI

gmx kelompok dapat mengelompokkan struktur menggunakan beberapa metode berbeda. Jarak antara
struktur dapat ditentukan dari lintasan atau dibaca dari .xpm file matriks dengan
-dm pilihan. Penyimpangan RMS setelah pemasangan atau penyimpangan RMS dari jarak pasangan atom dapat menjadi
digunakan untuk menentukan jarak antar struktur.

tautan tunggal: menambahkan struktur ke cluster ketika jaraknya ke elemen mana pun dari
klaster kurang dari cutoff.

Jarvis Patrick: tambahkan struktur ke cluster ketika struktur ini dan struktur di
cluster memiliki satu sama lain sebagai tetangga dan mereka memiliki setidaknya P tetangga yang sama. NS
tetangga dari suatu struktur adalah M struktur terdekat atau semua struktur di dalamnya cutoff.

Monte Carlo: susun ulang matriks RMSD menggunakan Monte Carlo sedemikian rupa sehingga urutan frame
menggunakan inkremen sekecil mungkin. Dengan ini dimungkinkan untuk membuat halus
animasi berpindah dari satu struktur ke struktur lain dengan kemungkinan terbesar (misalnya) RMSD
antara mereka, namun langkah-langkah perantara harus sekecil mungkin. Aplikasi
bisa untuk memvisualisasikan potensi ansambel gaya rata-rata dari simulasi atau tarikan
simulasi. Tentunya pengguna harus mempersiapkan lintasan dengan baik (misalnya dengan tidak
melapiskan bingkai). Hasil akhir dapat diperiksa secara visual dengan melihat matriks
.xpm file, yang harus bervariasi dengan lancar dari bawah ke atas.

diagonalization: mendiagonalisasi matriks RMSD.

gromos: gunakan algoritma seperti yang dijelaskan di Daura et Al. (Angew. Chem Int. Ed. 1999, 38, hlm
236-240). Hitung jumlah tetangga menggunakan cut-off, ambil struktur dengan jumlah terbesar
tetangga dengan semua tetangganya sebagai cluster dan menghilangkannya dari kumpulan cluster.
Ulangi untuk struktur yang tersisa di kolam.

Ketika algoritma pengelompokan menugaskan setiap struktur ke tepat satu cluster (single
linkage, Jarvis Patrick dan gromos) dan file lintasan disediakan, struktur dengan
jarak rata-rata terkecil ke yang lain atau struktur rata-rata atau semua struktur untuk
setiap cluster akan ditulis ke file lintasan. Saat menulis semua struktur, pisahkan
file bernomor dibuat untuk setiap cluster.

Dua file output selalu ditulis:

· -o menulis nilai RMSD di bagian kiri atas matriks dan grafik
penggambaran cluster di bagian kanan bawah When -perintah = 1 grafik
penggambaran adalah hitam ketika dua struktur berada di cluster yang sama. Kapan -perintah > 1
warna yang berbeda akan digunakan untuk setiap cluster.

· -g menulis informasi tentang opsi yang digunakan dan daftar terperinci dari semua cluster dan
anggota mereka.

Selain itu, sejumlah file output opsional dapat ditulis:

· -jarak menulis distribusi RMSD.

· -ev menulis vektor eigen dari diagonalisasi matriks RMSD.

· -sz menulis ukuran cluster.

· -tr menulis matriks transisi jumlah antara pasangan cluster.

· -ntr menulis jumlah total transisi ke atau dari setiap cluster.

· -klida menulis nomor cluster sebagai fungsi waktu.

· -kl menulis rata-rata (dengan opsi -dari) atau struktur pusat dari setiap cluster atau writes
file bernomor dengan anggota cluster untuk kumpulan cluster yang dipilih (dengan opsi -wcl,
tergantung pada -pertama dan -rmsmin). Pusat cluster adalah struktur dengan
RMSD rata-rata terkecil dari semua struktur cluster lainnya.

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opsional)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opsional)
Struktur + massa (db): tpr gro g96 pdb baiklah

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks

-dm [<.xpm>] (rmsd.xpm) (Opsional)
File matriks yang kompatibel dengan X PixMap

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-om [<.xpm>] (rmsd-mentah.xpm)
File matriks yang kompatibel dengan X PixMap

-o [<.xpm>] (rmsd-cluster.xpm)
File matriks yang kompatibel dengan X PixMap

-g [<.log>] (cluster.log)
File log

-jarak [<.xvg>] (rmsd-dist.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-ev [<.xvg>] (rmsd-eig.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-konv [<.xvg>] (mc-konv.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-sz [<.xvg>] (ukuran-kelompok.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-tr [<.xpm>] (cluster-trans.xpm) (Opsional)
File matriks yang kompatibel dengan X PixMap

-ntr [<.xvg>] (cluster-trans.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-klida [<.xvg>] (id-cluster.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-kl [<.xtc/.trr/...>] (cluster.pdb) (Opsional)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

Pilihan lainnya:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan

-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)

-Anda (ps)
Satuan untuk nilai waktu: fs, ps, ns, us, ms, s

-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada

-[tidak]jarak (tidak)
Gunakan jarak RMSD alih-alih penyimpangan RMS

-nlevel (40)
Diskretisasi matriks RMSD dalam jumlah level ini

-memotong (0.1)
Cut-off RMSD (nm) untuk dua struktur bertetangga

-[tidak]cocok (Iya)
Gunakan kuadrat terkecil yang pas sebelum perhitungan RMSD

-maks (-1)
Level maksimum dalam matriks RMSD

-melewati (1)
Hanya menganalisis setiap frame ke-n

-[tidak]av (tidak)
Tulis struktur tengah iso rata-rata untuk setiap cluster

-wcl (0)
Tulis struktur untuk jumlah cluster ini ke file bernomor

-pertama (1)
Hanya tulis semua struktur jika lebih dari jumlah struktur per cluster ini

-rmsmin (0)
perbedaan rms minimum dengan cluster lainnya untuk struktur penulisan

-metode (hubungan)
Metode penentuan cluster: linkage, jarvis-patrick, monte-carlo,
diagonalisasi, gromos

-perintah (1)
Jumlah minimum struktur dalam cluster untuk mewarnai di .xpm fillet

-[tidak]biner (tidak)
Perlakukan matriks RMSD sebagai terdiri dari 0 dan 1, di mana cut-off diberikan oleh
-memotong

-M (10)
Jumlah tetangga terdekat yang dipertimbangkan untuk algoritma Jarvis-Patrick, 0 digunakan
cutoff

-P (3)
Jumlah tetangga terdekat identik yang diperlukan untuk membentuk sebuah cluster

-benih (1993)
Benih angka acak untuk algoritma pengelompokan Monte Carlo: <= 0 berarti menghasilkan

-sendawa (10000)
Jumlah iterasi untuk MC

-random (0)
Iterasi pertama untuk MC dapat dilakukan secara acak, untuk mengacak frame

-kT (0.001)
Faktor pembobotan Boltzmann untuk pengoptimalan Monte Carlo (nol mematikan menanjak
Langkah)

-[tidak]pbc (Iya)
cek PBC

Gunakan gmx-cluster online menggunakan layanan onworks.net