gmx-current - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-current - Hitung konstanta dielektrik dan fungsi autokorelasi saat ini

RINGKASAN

arus gmx [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-o [<.xvg>]] [-kafe [<.xvg>]] [-dsp [<.xvg>]]
[-md [<.xvg>]] [-mj [<.xvg>]] [-mc [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[sekarang] [-xvg ]
[-SH ] [-[tidak]nojump] [-ep ] [-cocok ]
[-manfaat ] [-bvit ] [-menghindari ] [-tr ]
[-temp ]

DESKRIPSI

gmx arus adalah alat untuk menghitung fungsi autokorelasi saat ini,
korelasi momen dipol rotasi dan translasi sistem, dan
konstanta dielektrik statis yang dihasilkan. Untuk mendapatkan hasil yang masuk akal, grup indeks memiliki:
menjadi netral. Selanjutnya, rutinitas mampu mengekstraksi konduktivitas statis
dari fungsi autokorelasi saat ini, jika kecepatan diberikan. Selain itu, sebuah
Einstein-Helfand fit dapat digunakan untuk mendapatkan konduktivitas statis.

Bendera -kafe adalah untuk output dari fungsi autokorelasi saat ini dan -mc menulis
korelasi bagian rotasi dan translasi momen dipol dalam
berkas yang sesuai. Namun, opsi ini hanya tersedia untuk lintasan yang mengandung
kecepatan. Pilihan -SH dan -tr bertanggung jawab atas rata-rata dan integrasi
fungsi autokorelasi. Karena rata-rata berlangsung dengan menggeser titik awal melalui
lintasan, pergeseran dapat dimodifikasi dengan -SH untuk mengaktifkan pilihan yang tidak berkorelasi
titik awal. Menjelang akhir, ketidakakuratan statistik tumbuh dan mengintegrasikan
fungsi korelasi hanya menghasilkan nilai yang dapat diandalkan sampai titik tertentu, tergantung pada
jumlah frame. Pilihan -tr mengontrol wilayah integral yang diperhitungkan
untuk menghitung konstanta dielektrik statis.

pilihan -temp mengatur suhu yang diperlukan untuk perhitungan dielektrik statis
konstan.

pilihan -ep mengontrol konstanta dielektrik media sekitarnya untuk simulasi
menggunakan Medan Reaksi atau koreksi dipol dari penjumlahan Ewald (-ep=0 sesuai dengan
kondisi batas kertas timah).

-[tidak]nojump membuka koordinat untuk memungkinkan difusi bebas. Ini diperlukan untuk mendapatkan
momen dipol translasi kontinu, yang diperlukan untuk kecocokan Einstein-Helfand. Hasil
dari fit memungkinkan penentuan konstanta dielektrik untuk sistem bermuatan
molekul. Namun, juga dimungkinkan untuk mengekstrak konstanta dielektrik dari
fluktuasi momen dipol total dalam koordinat terlipat. Tapi opsi ini harus
digunakan dengan hati-hati, karena hanya rentang waktu yang sangat singkat yang memenuhi perkiraan bahwa
kerapatan molekul kira-kira konstan dan rata-rata sudah konvergen.
Agar aman, konstanta dielektrik harus dihitung dengan bantuan
Metode Einstein-Helfand untuk bagian translasi konstanta dielektrik.

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur + massa (db): tpr gro g96 pdb baiklah

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-o [<.xvg>] (saat ini.xvg)
file xvgr/xmgr

-kafe [<.xvg>] (caf.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-dsp [<.xvg>] (dsp.xvg)
file xvgr/xmgr

-md [<.xvg>] (md.xvg)
file xvgr/xmgr

-mj [<.xvg>] (mj.xvg)
file xvgr/xmgr

-mc [<.xvg>] (mc.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

Pilihan lainnya:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan

-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)

-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada

-SH (1000)
Pergeseran frame untuk merata-ratakan fungsi korelasi dan kuadrat rata-rata
pemindahan.

-[tidak]nojump (Iya)
Menghapus lompatan atom melintasi kotak.

-ep (0)
Konstanta dielektrik medium sekitarnya. Nilai nol sesuai dengan
tak terhingga (kondisi batas kertas timah).

-cocok (100)
Mulai dari kecocokan garis lurus ke MSD dari pecahan translasi dari
momen dipol.

-manfaat (400)
Akhir kecocokan garis lurus ke MSD dari fraksi translasi dari
momen dipol.

-bvit (0.5)
Mulai dari fit fungsi autokorelasi saat ini ke a*t^b.

-menghindari (5)
Akhir dari fit fungsi autokorelasi saat ini ke a*t^b.

-tr (0.25)
Pecahan lintasan diperhitungkan untuk integral.

-temp (300)
Suhu untuk menghitung epsilon.

Gunakan gmx-current online menggunakan layanan onworks.net