Ini adalah perintah gmx-densorder yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
gmx-densorder - Hitung fluktuasi permukaan
RINGKASAN
kepadatan gmx [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [-Atau [<.keluar> [...]] [-og [<.xpm> [...]]
[-Spek [<.keluar> [...]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[sekarang] [-[tidak]1d] [-bw ]
[-bwn ] [-memesan ] [-sumbu ]
[-metode ] [-d1 ] [-d2 ]
[-tblok ] [-ntingkat ]
DESKRIPSI
gmx kepadatan mengurangi distribusi kerapatan dua fase sepanjang sumbu, dihitung melalui MD
lintasan, ke permukaan 2D yang berfluktuasi dalam waktu, sesuai dengan profil fungsional untuk
kepadatan antarmuka. Representasi spasial rata-rata waktu dari antarmuka dapat:
keluaran dengan opsi -tavg.
PILIHAN
Opsi untuk menentukan file input:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File input jalankan xdr portabel
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (indeks.ndx)
File indeks
Opsi untuk menentukan file keluaran:
-o [<.dat>] (Kepadatan4D.dat) (Opsional)
File data umum
-Atau [<.keluar> [...] (halo.out) (Opsional)
File keluaran umum
-og [<.xpm> [...] (antarmuka.xpm) (Opsional)
File matriks yang kompatibel dengan X PixMap
-Spek [<.keluar> [...] (intfspect.keluar) (Opsional)
File keluaran umum
Pilihan lainnya:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan
-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)
-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip
-[tidak]1d (tidak)
Geometri antarmuka pseudo-1d
-bw (0.2)
Binwidth distribusi densitas tangensial ke antarmuka
-bwn (0.05)
Binwidth distribusi densitas normal ke antarmuka
-memesan (0)
Urutan filter Gaussian, urutan 0 sama dengan NO pemfilteran
-sumbu (Z)
Arah Sumbu - X, Y atau Z
-metode (membagi dua)
Metode lokasi antarmuka: membagi dua, fungsional
-d1 (0)
Densitas curah fase 1 (pada z kecil)
-d2 (1000)
Densitas curah fase 2 (pada z besar)
-tblok (100)
Jumlah frame rata-rata dalam satu blok waktu
-ntingkat (100)
Jumlah level Tinggi dalam 2D - XPixMaps
Gunakan gmx-densorder online menggunakan layanan onworks.net
