Ini adalah perintah gmx-genion yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
gmx-genion - Menghasilkan ion monoatomik pada posisi yang menguntungkan secara energetik
RINGKASAN
gmx generasi [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-p [<.top>]]
[-o [<.gro/.g96/...>]] [-misalnya ] [-nama ]
[-pq ] [-nn ] [-nama ] [-nq ]
[-rmin ] [-benih ] [-akhir ] [-[tidak]netral]
DESKRIPSI
gmx generasi muda secara acak menggantikan molekul pelarut dengan ion monoatomik. Kelompok pelarut
molekul harus kontinu dan semua molekul harus memiliki jumlah atom yang sama.
Pengguna harus menambahkan molekul ion ke file topologi atau menggunakan -p pilihan untuk
memodifikasi topologi secara otomatis.
Jenis molekul ion, residu dan nama atom di semua medan gaya ditulis dengan huruf kapital
nama elemen tanpa tanda. Nama molekul ini harus diberikan dengan -nama or -nama, dan
itu [molekul] bagian topologi Anda diperbarui sesuai, baik dengan tangan atau dengan -p.
Jangan gunakan nama atom sebagai gantinya!
Ion yang dapat memiliki beberapa status muatan mendapatkan multiplisitas yang ditambahkan, tanpa tanda, untuk
negara-negara yang tidak biasa saja.
Untuk ion yang lebih besar, misalnya sulfat, kami merekomendasikan penggunaan gmx sisipan-molekul.
PILIHAN
Opsi untuk menentukan file input:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File input jalankan xdr portabel
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks
Opsi untuk menentukan file input/output:
-p [<.top>] (topol.atas) (Opsional)
File topologi
Opsi untuk menentukan file keluaran:
-o [<.gro/.g96/...>] (keluar.gro)
File struktur: gro g96 pdb tapi khususnya
Pilihan lainnya:
-misalnya (0)
Jumlah ion positif
-nama (TA)
Nama ion positif
-pq (1)
Muatan ion positif
-nn (0)
Jumlah ion negatif
-nama (CL)
Nama ion negatif
-nq (-1)
Muatan ion negatif
-rmin (0.6)
Jarak minimum antara ion
-benih (1993)
Benih untuk generator nomor acak
-akhir (0)
Tentukan konsentrasi garam (mol/liter). Ini akan menambahkan ion yang cukup untuk mencapai
ke konsentrasi yang ditentukan seperti yang dihitung dari volume sel di input
.tpr mengajukan. Menggantikan -misalnya dan -nn Pilihan.
-[tidak]netral (tidak)
Opsi ini akan menambahkan ion yang cukup untuk menetralkan sistem. Ion-ion ini ditambahkan pada
atas yang ditentukan dengan -misalnya/-nn or -akhir.
DIKETAHUI MASALAH
· Jika Anda menentukan konsentrasi garam, ion yang ada tidak diperhitungkan. berlaku
karena itu Anda menentukan jumlah garam yang akan ditambahkan.
Gunakan gmx-genion online menggunakan layanan onworks.net
