gmx-traj - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-traj - Plot x, v, f, kotak, suhu dan energi rotasi dari lintasan

RINGKASAN

gmx tj [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-sapi [<.xvg>]] [-oxt [<.xtc/.trr/...>]] [-ov [<.xvg>]]
[-dari [<.xvg>]] [-ob [<.xvg>]] [-ot [<.xvg>]] [-ekt [<.xvg>]]
[-ekr [<.xvg>]] [-vd [<.xvg>]] [-CV [<.pdb>]] [-lih [<.pdb>]]
[-dari [<.xvg>]] [-af [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-Anda ] [-[sekarang] [-xvg ] [-[tidak]com]
[-[tidak]pbc] [-[tidak]mol] [-[tidak]nojump] [-[tidak]x] [-[tidak]y]
[-[tidak]z] [-ng ] [-[tidak]len] [-[tidak]fp] [-tempat sampah ]
[-waktu ] [-skala ]

DESKRIPSI

gmx perjalanan plot koordinat, kecepatan, gaya dan/atau kotak. Dengan -kom koordinat,
kecepatan dan gaya dihitung untuk pusat massa masing-masing kelompok. Kapan -mol is
set, angka-angka dalam file indeks ditafsirkan sebagai nomor molekul dan sama
prosedur seperti -kom digunakan untuk setiap molekul.

pilihan -ot memplot suhu masing-masing kelompok, asalkan ada kecepatan dalam
berkas lintasan. Tidak ada koreksi yang dibuat untuk derajat kebebasan terbatas! Ini
menyiratkan -kom.

Opsi -ekt dan -ekr plot energi kinetik translasi dan rotasi masing-masing kelompok,
kecepatan asalkan ada dalam file lintasan. Ini menyiratkan -kom.

Opsi -CV dan -lih tulis kecepatan rata-rata dan gaya rata-rata sebagai faktor suhu
ke .pdb file dengan koordinat rata-rata atau koordinat di -waktu. Suhu
faktor diskalakan sedemikian rupa sehingga maksimumnya adalah 10. Penskalaan dapat diubah dengan
Option -skala. Untuk mendapatkan kecepatan atau gaya dari satu kerangka, atur keduanya -b dan -e ke
waktu bingkai yang diinginkan. Saat merata-ratakan bingkai, Anda mungkin perlu menggunakan -tidak melompat Option
untuk mendapatkan koordinat rata-rata yang benar. Jika Anda memilih salah satu dari opsi ini,
gaya dan kecepatan rata-rata untuk setiap atom ditulis sebagai .xvg file juga (ditentukan
dengan -dari or -af).

pilihan -vd menghitung distribusi kecepatan, yaitu norma vektor diplot. Di dalam
Selain dalam grafik yang sama distribusi energi kinetik diberikan.

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur + massa (db): tpr gro g96 pdb baiklah

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-sapi [<.xvg>] (koord.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-oxt [<.xtc/.trr/...>] (koord.xtc) (Opsional)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-ov [<.xvg>] (kecepatan.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-dari [<.xvg>] (kekuatan.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-ob [<.xvg>] (kotak.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-ot [<.xvg>] (temp.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-ekt [<.xvg>] (ektrans.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-ekr [<.xvg>] (ekrot.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-vd [<.xvg>] (veldist.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-CV [<.pdb>] (veloc.pdb) (Opsional)
File bank data protein

-lih [<.pdb>] (kekuatan.pdb) (Opsional)
File bank data protein

-dari [<.xvg>] (semua_veloc.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-af [<.xvg>] (all_force.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

Pilihan lainnya:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan

-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)

-Anda (ps)
Satuan untuk nilai waktu: fs, ps, ns, us, ms, s

-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada

-[tidak]com (tidak)
Plot data untuk com setiap grup

-[tidak]pbc (Iya)
Jadikan molekul utuh untuk COM

-[tidak]mol (tidak)
Indeks berisi nomor molekul nomor atom iso

-[tidak]nojump (tidak)
Hapus lompatan atom melintasi kotak

-[tidak]x (Iya)
Plot X-komponen

-[tidak]y (Iya)
Plot Y-komponen

-[tidak]z (Iya)
Plot Z-komponen

-ng (1)
Jumlah grup yang perlu dipertimbangkan

-[tidak]len (tidak)
Plot vektor panjang

-[tidak]fp (tidak)
Output presisi penuh

-tempat sampah (1)
Binwidth untuk histogram kecepatan (nm/ps)

-waktu (-1)
Gunakan bingkai saat ini untuk x in -CV dan -lih bukannya rata-rata x

-skala (0)
Faktor skala untuk .pdb output, 0 adalah skala otomatis

Gunakan gmx-traj online menggunakan layanan onworks.net