hhsearch - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

hhsearch - cari database HMM dengan penyelarasan kueri atau kueri HMM

RINGKASAN

pencarian hh -i pertanyaan -d Database [Pilihan]

DESKRIPSI

HHsearch versi 2.0.16 (Januari 2013) Mencari database HMM dengan penyelarasan kueri atau
permintaan HMM (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser Soding,
J. Deteksi homologi protein dengan perbandingan HMM-HMM. Bioinformatika 21:951-960 (2005).

-i
masukan/kueri penyelarasan beberapa urutan (a2m, a3m, FASTA) atau HMM

-d
Basis data HMM dari HMM gabungan dalam format hhm, HMMER, atau a3m, ATAU, jika file memiliki
ekstensi sobat, daftar nama file HMM, satu per baris. Beberapa db, HMM, atau sobat
file dengan -d ' ...'

mungkin 'stdin' atau 'stdout' di seluruh.

Keluaran pilihan:
-o
tulis hasil dalam format standar ke file (default= )

-ofas
tulis perataan berpasangan dari kecocokan signifikan dalam format FASTA Analog untuk
output dalam format a3m, a2m, dan psi (mis -Oa3m)

-oa3m
tulis MSA kecocokan signifikan dalam format a3m Analog dengan output dalam a2m, psi,
dan format hhm (mis -ohhm)

-e [0,1]
Batas nilai-e untuk penyertaan dalam beberapa penyelarasan (def=0.001)

-seq
maks. jumlah urutan kueri/templat yang ditampilkan (def=1) Waspadalah terhadap luapan! Semua
urutan ini disimpan dalam memori.

-kontra tampilkan urutan konsensus sebagai urutan master kueri MSA

-nocon
jangan tampilkan urutan konsensus dalam penyelarasan (default=tampilkan)

-tidak ada
jangan tampilkan struktur 2ndary yang diprediksi dalam penyelarasan (default=tampilkan)

-mengangguk
jangan tampilkan struktur 2ndary DSSP dalam keberpihakan (default=tampilkan)

-ssconf
tunjukkan kepercayaan untuk struktur 2ndary yang diprediksi dalam keberpihakan

-p
probabilitas minimum dalam ringkasan dan daftar penyelarasan (def=20)

-E
nilai-E maksimum dalam ringkasan dan daftar penyelarasan (def=1E+06)

-Z
jumlah maksimum baris dalam daftar hit ringkasan (def=500)

-z
jumlah minimum baris dalam daftar sasaran ringkasan (def=10)

-B
jumlah maksimum perataan dalam daftar perataan (def=500)

-b
jumlah minimum perataan dalam daftar perataan (def=10)

-aliw [40,.. [
jumlah kolom per baris dalam daftar perataan (def=80)

-dbstrelen
panjang maksimal string database yang akan dicetak dalam file hhr

Filter kueri beberapa perataan urutan

-Indo [0,100] identitas urutan berpasangan maksimum (%) (def=90)

-berbeda [0, inf[
filter MSA dengan memilih rangkaian urutan yang paling beragam, setidaknya simpan sebanyak ini
seqs di setiap blok MSA dengan panjang 50 (def=100)

-cov [0,100] cakupan minimum dengan kueri (%) (def=0)

-qid [0,100] identitas urutan minimum dengan kueri (%) (def=0)

-qsc [0,100] skor minimum per kolom dengan kueri (def=-20.0)

-neff [1, info]
keragaman target penyelarasan (default=off)

Memasukkan penjajaran format:
-M a2m menggunakan A2M/A3M (default): huruf besar = Cocok; huruf kecil = Sisipkan; '-' = Hapus; '.' =
celah sejajar dengan sisipan (dapat dihilangkan)

-M pertama
gunakan FASTA: kolom dengan residu di urutan pertama adalah status kecocokan

-M [0,100]
gunakan FASTA: kolom dengan celah kurang dari X% adalah status kecocokan

-tag JANGAN menetralkan urutan pengenalan His-, C-myc-, FLAG-tag, dan tripsin untuk
distribusi latar belakang

Hmm-Hmm penjajaran pilihan:
-tidak sejajar
JANGAN menyelaraskan kembali hit yang ditampilkan dengan algoritma MAC (def=realign)

-maks [0,1[
ambang probabilitas posterior untuk penyelarasan ulang MAC (def=0.350) Kontrol parameter
keserakahan keselarasan: 0:global >0.1:lokal

-gumpal/-lok
gunakan mode penyelarasan global/lokal untuk pencarian/peringkat (def=local)

-alt
muncul ke banyak keberpihakan alternatif yang signifikan ini (def = 2)

-vit gunakan algoritma Viterbi untuk pencarian/peringkat (default)

-Mac gunakan algoritma Akurasi Maksimum (MAC) untuk pencarian/peringkat

-meneruskan
gunakan probabilitas Maju untuk mencari

-kecuali
mengecualikan posisi kueri dari perataan, misalnya '1-33,97-168'

-bergeser [-1,1]
skor offset (def=-0.03)

-kor [0,1]
bobot istilah untuk korelasi pasangan (def=0.10)

-sc skor asam amino (tja: template HMM di kolom j) (def=1)

0 = log2 Jumlah(tja*qia/pa) (pa: frekuensi latar belakang)

1 = log2 Jumlah(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta) )

2 = log2 Sum(tja*qia/ta) (ta: av. aa freqs dalam template)

3 = log2 Jumlah(tja*qia/qa) (qa: av. aa freqs in query)

5 koreksi komposisi asam amino lokal

-ssm {0,..,4}
0: tidak ada skor ss 1,2: skor ss setelah atau selama penyelarasan [default=2] 3,4: ss
mencetak gol setelah atau selama penyelarasan, diprediksi vs diprediksi

-ssw [0,1] bobot skor ss dibandingkan skor kolom (def=0.11)

-sa [0,1] Matriks substitusi SS = (1-ssa)*I + ssa*matriks substitusi-SS-penuh
[def=1.00)

Celah biaya pilihan:
-gapb [0, inf[
Campuran pseudocount transisi (def=1.00)

-gapd [0, inf[
Campuran pseudocount transisi untuk celah terbuka (default = 0.15)

-melongo [0,1.5]
Campuran pseudocount transisi untuk memperpanjang gap (def=1.00)

-gapf ]0,informasi]
faktor untuk menambah/mengurangi celah terbuka penalti untuk penghapusan (def=0.60)

-gapg ]0,informasi]
faktor untuk menambah/mengurangi penalti celah terbuka untuk sisipan (def=0.60)

-gap ]0,informasi]
faktor untuk menambah/mengurangi kesenjangan memperpanjang hukuman untuk penghapusan (def=0.60)

-gapi ]0,informasi]
faktor untuk menambah/mengurangi kesenjangan memperpanjang hukuman untuk sisipan (def=0.60)

-misalnya [0,inf[ penalti (bit) untuk celah akhir yang disejajarkan dengan residu kueri (def=0.00)

-misalnya [0,inf[ penalti (bit) untuk celah ujung yang disejajarkan dengan residu templat (def=0.00)

hitung semu (buah) pilihan:
-pcm {0,..,3}
ketergantungan posisi campuran pc 'tau' (mode pc, default=2) 0: tidak ada hitungan semu:
tau = 0 1: konstan tau = a 2: bergantung pada keragaman: tau = a/(1 +
((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: jumlah seq efektif dalam MSA lokal di sekitar kolom i)
3: pseudocount keragaman konstan

-pca [0,1] campuran pseudocount keseluruhan (def=1.0)

-pcb [1,inf[ Nilai ambang batas Neff untuk -pcm 2 (def=1.5)

-pcc [0,3] eksponen kepunahan c untuk -pcm 2 (def=1.0)

Khusus konteks hitungan semu:
-nokontxt
gunakan substitusi-matriks alih-alih jumlah semu khusus konteks

-koneksi file konteks untuk menghitung jumlah semu khusus konteks
(default=./data/context_data.lib)

-cslib
file status kolom untuk prafilter basis data cepat (default=./data/cs219.lib)

-csw [0,inf] bobot posisi tengah dalam mode cs pseudocount (def=1.6)

-csb [0,1] parameter peluruhan berat untuk posisi dalam mode cs pc (def=0.9)

Lainnya pilihan:
-cpu
jumlah CPU yang akan digunakan (untuk SMP memori bersama) (default=1)

-v
mode verbose: 0: tidak ada output layar 1: hanya waring 2: verbose

-maksres
jumlah maksimum kolom HMM (def=15002)

-maksimal [1,inf[ max memori yang tersedia dalam GB (def=3.0)

-skor tulis skor untuk semua perbandingan berpasangan ke file

-tenang {0,..,3} kalibrasi skor empiris 0:kueri 1:templat 2:keduanya

default 3: estimasi berbasis jaringan saraf dari params EVD

Contoh: hhsearch -i a.1.1.1.a3m -d scop70_1.71.hhm

Gunakan hhsearch online menggunakan layanan onworks.net