hmmfetch - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

hmmfetch - mengambil profil HMM dari file

RINGKASAN

hmm ambil [pilihan]
(mengambil HMM bernama )

hmm ambil -f [pilihan]
(mengambil semua HMM yang terdaftar di )

hmm ambil --indeks [pilihan]
(indeks untuk mengambil)

DESKRIPSI

Mengambil satu atau beberapa HMM profil dengan cepat dari (database Pfam besar, untuk
contoh).

Untuk kecepatan maksimum, harus diindeks terlebih dahulu, menggunakan hmm ambil --indeks. itu
indeks adalah file biner bernama .ssi. Namun, ini opsional, dan pengambilan akan
masih bekerja dari file yang tidak diindeks, meskipun jauh lebih lambat.

Mode default adalah untuk mengambil satu profil dengan nama atau aksesi, yang disebut .
Sebagai contoh:

% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmm ambil Pfam-A.hmm PF00045

Dengan -f opsi, a berisi daftar satu atau lebih kunci dibaca sebagai gantinya.
Bidang pertama yang dibatasi spasi putih pada setiap baris non-komentar non-kosong dari
digunakan sebagai , dan semua data yang tersisa di saluran akan diabaikan. Hal ini memungkinkan berbagai
dari file data yang dibatasi spasi untuk digunakan sebagai S.

Ketika menggunakan -f dan , Jika hmm file telah diindeks, kunci diambil di
urutan mereka terjadi di file kunci, tapi jika hmm file tidak diindeks, kunci diambil di
urutan mereka terjadi di hmm file. Ini adalah efek samping dari implementasi yang memungkinkan
beberapa kunci untuk diambil bahkan jika adalah aliran yang tidak dapat diputar balik, seperti a
pipa masukan standar.

Dalam penggunaan normal (tanpa --indeks or -f pilihan), mungkin '-' (tanda hubung), yang artinya
membaca masukan dari stdin bukannya file. Dengan --indeks pilihan, mungkin tidak
menjadi '-'; tidak masuk akal untuk mengindeks aliran input standar. Dengan -f pilihan,
antara or (tetapi tidak keduanya) mungkin '-'. Ini sering sangat berguna
untuk membaca dari input standar, karena ini memungkinkan penggunaan untuk menggunakan perintah arbitrer
pemanggilan baris untuk membuat daftar nama atau aksesi HMM, lalu ambil semuanya ke yang baru
file, hanya dengan satu perintah.

Secara default, HMM yang diambil dicetak ke output standar dalam format HMMER3.

PILIHAN

-h Membantu; cetak pengingat singkat tentang penggunaan baris perintah dan semua opsi yang tersedia.

-f Argumen baris perintah kedua adalah a bukannya tunggal . itu
bidang pertama pada setiap baris digunakan sebagai pengambilan (nama HMM
atau aksesi). Baris kosong dan baris komentar (yang dimulai dengan # karakter) adalah
diabaikan.

-o Keluarkan HMM ke file bukannya ke output standar.

-O Keluarkan HMM ke file individual bernama bukannya keluaran standar. Dengan
itu -f pilihan, ini dapat mengakibatkan banyak file yang dibuat.

--indeks
Alih-alih mengambil satu atau lebih profil dari , indeks untuk
pengambilan di masa depan. Ini menciptakan .ssi berkas indeks biner.

Gunakan hmmfetch online menggunakan layanan onworks.net