idfetch - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

idfetch - mengambil data biologis dari server NCBI ID1

RINGKASAN

pengambilan id [-] [-F str] [-G nama file] [-Q nama file] [-c N] [-d str] [-e N] [-f str] [-g N]
[-i N] [-l nama file] [-n] [-o nama file] [-q str] [-s str] [-t N]

DESKRIPSI

pengambilan id adalah klien untuk server ID1 NCBI, yang berisi database besar beranotasi
urutan biologis.

PILIHAN

Ringkasan opsi disertakan di bawah ini.

- Cetak pesan penggunaan

-F str Tambahkan jenis fitur yang ditentukan (dibatasi koma); nilai yang diizinkan adalah CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, tRNA, dan microRNA.

-G nama file
File dengan daftar GI, aksesi (berversi), FASTA SeqID untuk dibuang

-Q nama file
Hasilkan daftar GI dengan kueri Entrez di nama file; memerlukan -dn or -dp.

-c N Kompleksitas maksimum:
0 dapatkan seluruh gumpalan (default)
1 dapatkan bioseq yang menarik
2 dapatkan set bioseq minimal yang berisi bioseq yang diinginkan
3 dapatkan nuc-prot minimal yang mengandung bioseq yang menarik
4 dapatkan set pub minimal yang berisi bioseq yang menarik

-d str Basis data yang akan digunakan (dengan -q, bisa juga n untuk nukleotida atau p untuk protein).

-e N Nomor entitas (nomor pengambilan) untuk dibuang

-f str SeqId rata. Format yang memungkinkan:
mengetik([nama] [, [pencapaian] [, [melepaskan] [,versi]]]) sebagai '5(HUMHBB)'
mengetik=pencapaian
mengetik:jumlah
(mengetik adalah angka yang menunjukkan subtipe Seq-id ASN.1.)

-g N ID GI untuk Entitas tunggal yang akan dibuang

-i N Jenis pencarian:
0 dapatkan entri Seq (default)
1 dapatkan status GI (output ke stderr)
2 dapatkan SeqId
3 dapatkan riwayat GI (hanya perubahan urutan)
4 dapatkan riwayat revisi (perubahan apa pun pada ASN.1)

-l nama file
File log

-n Keluarkan hanya daftar GI (dengan -q dan -Q).

-o nama file
Nama file untuk keluaran (default = stdout)

-q str Hasilkan daftar gi dengan kueri Entrez. Memerlukan -dn or -dp.

-s str SeqId gaya FASTA TERLAMPIR DALAM KUTIPAN. Format:
lcl|int or str
bb|int
BBM|int
gb|acc|loc
sematkan|acc|loc
pir|acc|nama
sp|acc|nama
tepuk|negara|paten|seq
gi|int
dbj|acc|loc
prf|acc|nama
pdb|masuk|rantai

-t N Jenis output:
1 teks ASN.1 (default)
2 biner ASN.1
3 GenBank (hanya untuk entri Seq)
4 GenPept (hanya entri Seq)
5 FASTA (tabel untuk sejarah)
6 skor kualitas (hanya entri-urutan)
7 Entrez DocSum
8 pelengkap terbalik FASTA

Gunakan idfetch online menggunakan layanan onworks.net