Ini adalah perintah ipig yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
ipig - Mengintegrasikan PSM ke dalam visualisasi browser Genome
RINGKASAN
ipi <psm berkas> |-g|-c|-cg [ ]
DESKRIPSI
iPiG menargetkan integrasi kecocokan spektrum peptida (PSM) dari spektrometri massa
(MS) identifikasi peptida ke dalam visualisasi genom yang disediakan oleh browser genom seperti:
sebagai peramban genom UCSC (http://genome.ucsc.edu/).
iPiG mengambil PSM dari format standar MS mzIdentML (*.mzid) atau dalam format teks dan
memberikan hasil dalam format trek genom (file BED dan GFF3), yang dapat dengan mudah
diimpor ke browser genom.
PILIHAN
<psm berkas>
menunjukkan file dengan kecocokan spektrum peptida (mzid/txt)
-g, -gui
memulai antarmuka pengguna grafis iPiG
-c, -kontrol
memulai kontrol gen, file yang diperlukan harus ditunjukkan dalam konfigurasi
fillet
-cg, -kontrolgui
memulai antarmuka pengguna grafis dari kontrol gen
-d, -pengunduh
mulai mengunduh gui
file konfigurasi yang berbeda dapat ditunjukkan (jika tidak, ipig.conf dimuat oleh
bawaan)
persyaratan tambahan:
menggunakan mode non-gui, file konfigurasi (ipig.conf secara default) harus berisi beberapa
parameter tambahan, misalnya menunjukkan genom referensi dll.
dalam mode gui (-g dan -cg), parameter tambahan dapat ditunjukkan dengan dua cara, dalam
antarmuka atau dengan file konfigurasi juga.
lihat readme.txt dan ipig.conf untuk contoh dan detail lebih lanjut tentang
parameter tambahan
Gunakan ipig online menggunakan layanan onworks.net
