iqtree - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

iqtree - perangkat lunak filogenetik yang efisien dengan kemungkinan maksimum

RINGKASAN

pohon iq -s [PILIHAN]

DESKRIPSI

IQ-TREE versi 1.3.11.1 untuk Linux 64-bit dibangun 1 Feb 2016 Hak Cipta © 2011-2015 Nguyen
Lam Tung, Olga Chernomor, Arndt von Haeseler dan Bui Quang Minh.

UMUM PILIHAN:
-? atau -h
Mencetak dialog bantuan ini

-s
Penyelarasan input dalam format PHYLIP/FASTA/NEXUS/CLUSTA/MSF

-NS
BIN, DNA, AA, NT2AA, CODON, MORPH (default: deteksi otomatis)

-q
Model partisi yang terhubung ke tepi (file dalam format NEXUS/RAxML)

-sp Suka -q opsi tetapi memungkinkan tarif khusus partisi

-sp Model partisi edge-unlinked (seperti -M pilihan RAxML)

-t | BIONJ | ACAK
Pohon awal (default: 100 pohon parsimony dan BIONJ)

-teh Suka -t tetapi memperbaiki pohon pengguna (tidak ada pencarian pohon yang dilakukan)

-o
Nama takson outgroup untuk menulis .treefile

-pra
Menggunakan untuk file keluaran (default: aln/partisi)

-benih
Nomor benih acak, biasanya digunakan untuk tujuan debugging

-v, -vv, -vvv
Mode verbose, mencetak lebih banyak pesan ke layar

BARU stokastik POHON CARI ALGORITMA:
-pl Gunakan pustaka kemungkinan filogenetik (PLL) (default: nonaktif)

-numpar
Jumlah pohon parsimony awal (default: 100)

-toppar
Jumlah pohon parsimony terbaik (default: 20)

-sprad
Radius untuk pencarian SPR hemat (default: 6)

-angka dan
Ukuran kumpulan pohon kandidat (defaut: 5)

-per
Kekuatan gangguan untuk NNI acak (default: 0.5)

-semuanya
Lakukan pencarian NNI yang lebih menyeluruh (default: off)

-numberhenti
Jumlah iterasi yang gagal untuk dihentikan (default: 100)

-n <#iterasi>
Perbaiki jumlah iterasi ke <#iterations> (default: auto)

-iqp Gunakan gangguan pohon IQP (default: NNI acak)

-iqpnni
Beralih kembali ke algoritme pencarian pohon IQPNNI lama

SANGAT CEPAT tali sepatu:
-bb <#replika>
Bootstrap ultracepat (>=1000)

-wbt Tulis pohon bootstrap ke file .ufboot (default: none)

-wbtl Seperti -wbt tetapi juga menulis panjang cabang

-nm <#iterasi>
Jumlah maksimum iterasi (default: 1000)

-nlangkah <#iterasi> #Iterasi untuk aturan penghentian UFBoot (default: 100)

-bcor
Koefisien korelasi minimum (default: 0.99)

-bip
RELL epsilon untuk memutuskan dasi (default: 0.5)

STANDAR NON-PARAMETRI tali sepatu:
-b <#replika>
Bootstrap + pohon ML + pohon konsensus (>=100)

-bc <#replika>
Bootstrap + pohon konsensus

-bo <#replika>
Hanya bootstrap

TUNGGAL CABANG UJI:
-alrt <#replika>
Tes rasio kemungkinan perkiraan seperti SH (SH-aLRT)

-alrt 0
Tes aLRT parametrik (Anisimova dan Gascuel 2006)

-abaye
perkiraan uji Bayes (Anisimova et al. 2011)

-lbp <#replika>
Probabilitas bootstrap lokal cepat

OTOMATIS MODEL PILIHAN:
-m TERSEDIA
Pemilihan model standar (seperti jModelTest, ProtTest)

-m UJI
Seperti -m TESTONLY tetapi diikuti oleh rekonstruksi pohon

-m UJI BARU SAJA
Pemilihan model baru termasuk heterogenitas FreeRate (+R)

-m UJI BARU
Seperti -m TESTNEWONLY tetapi diikuti oleh rekonstruksi pohon

-m HANYA PENGUJIAN
Pilih skema partisi yang paling sesuai (seperti PartitionFinder)

-m PENGUJIAN
Seperti -m TESTMERGEONLY tetapi diikuti dengan rekonstruksi pohon

-m UJI HANYA MERGE BARU
Seperti -m TESTMERGEONLY tetapi termasuk heterogenitas FreeRate

-m PENGUJIAN BARU
Seperti -m TESTNEWMERGEONLY diikuti dengan rekonstruksi pohon

-kluster
Persentase pasangan partisi (alg. pengelompokan santai)

-mset program
Batasi pencarian untuk model yang didukung oleh program lain (yaitu, raxml, phyml atau
sayang)

-mset m1,...,mk
Batasi pencarian untuk model dalam daftar yang dipisahkan koma (mis -mset WAG, LG, JTT)

-msub sumber
Batasi pencarian untuk model AA yang dirancang untuk sumber tertentu (yaitu, nuklir,
mitokondria, kloroplas atau virus)

-freq f1,...,fk
Batasi pencarian untuk menggunakan daftar frekuensi status (protein default: -freq FU, F;
kodon: -freq ,F1x4,F3x4,F)

-nilai r1,...,rk
Batasi pencarian untuk menggunakan daftar model tarif lintas situs (mis -nilai
E,Saya,G,Saya+G,R)

-cmin
Minimal #kategori untuk model FreeRate [+R] (default: 2)

-cmmax
Maks #kategori untuk model FreeRate [+R] (default: 10)

???pantas AIC|AICc|BIC
Kriteria pengoptimalan untuk digunakan (default: semua)

-mpohon Melakukan pencarian pohon penuh untuk setiap model yang dipertimbangkan

-mredo Mengabaikan hasil model yang dihitung sebelumnya (default: tidak)

-gila mx1,...,mxk
Daftar model campuran yang juga perlu dipertimbangkan

-mdef
File NEXUS definisi model (lihat Manual)

PENGGANTI MODEL:
-m

DNA: HKY (default), JC, F81, K2P, K3P, K81uf, TN/TrN, TNef,
TIM, TIMef, TVM, TVMef, SYM, GTR, atau spesifikasi model 6 digit (mis., 010010 =
HKY)

Protein: WAG (default), Poisson, cpREV, mtREV, Dayhoff, mtMAM,
JTT, LG, mtART, mtZOA, VT, rtREV, DCMut, PMB, HIVb, HIVw, JTTDCMut, FLU, Blosum62

Campuran protein: C10,...,C60, EX2, EX3, EHO, UL2, UL3, EX_EHO, LG4M, LG4X,
JTTCF4G

Biner: JC2 (default), GTR2

Kodon empiris: KOSI07, SCHN05

Kodon mekanistik: GY (default), MG, MGK, GY0K, GY1KTS, GY1KTV, GY2K,
MG1KTS, MG1KTV, MG2K

Kodon semi-empiris: XX_YY di mana XX adalah empiris dan YY adalah model mekanistik

Morfologi/SNP: MK (default), ORDERED

Jika tidak: Nama file yang berisi parameter model pengguna
(parameter laju dan frekuensi status)

-m +F atau +FO atau +FU atau +FQ (default: otomatis)
dihitung, dioptimalkan, ditentukan pengguna, frekuensi status yang sama

-m +F1x4 atau +F3x4
Frekuensi kodon

-m +ASC
Koreksi bias ascertainment untuk data morfologis/SNP

-m "CAMPURAN{m1,...mK}"
Model campuran dengan komponen K

-m "FMIX{f1,...fK}"
Model campuran frekuensi dengan komponen K

-mwopt Aktifkan pengoptimalan bobot campuran (default: tidak ada)

MENILAI Heterogenitas:
-m +I atau +G[n] atau +I+G[n] atau +R[n]
Model Invar, Gamma, Invar+Gamma, atau FreeRate di mana 'n' adalah jumlah kategori
(standar: n=4)

-a
Parameter bentuk gamma untuk tarif situs (default: perkiraan)

-gmedian
Rata-rata komputasi untuk kategori tingkat Gamma (default: mean)

--tes-alfa
Estimasi yang lebih menyeluruh untuk parameter model +I+G

-i
Proporsi situs yang tidak berubah-ubah (default: perkiraan)

-mh Menghitung tarif khusus situs ke file .mhrate menggunakan Meyer & von Haeseler (2003)
metode

UJI OF MODEL HOMOGENITAS:
-m TERPUTIH
Pengujian asumsi homogenitas model (GTR+G) menggunakan Weiss & von Haeseler (2003)
metode

-n <#simulasi>
#Simulasi untuk mendapatkan distribusi nol (default: 1000)

KONSENSUS REKONSTRUKSI:
-t
Set pohon input untuk rekonstruksi konsensus

-minsup
Dukungan pemisahan minimum dalam kisaran [0,1]; 0.5 untuk konsensus aturan mayoritas (default: 0, yaitu
konsensus diperpanjang)

-dua
Membuang pohon di awal

-menipu Menghitung pohon konsensus ke file .contree

-bersih Komputasi jaringan konsensus ke file .nex

-sup
Menetapkan nilai dukungan untuk ke .suptree

-suptag
Nama simpul (atau SEMUA) untuk menetapkan ID pohon tempat simpul terjadi

ROBINSON-FOULDS JARAK:
-rf_semua
Menghitung jarak RF semua-ke-semua pohon di

-rf
Menghitung semua jarak RF antara dua set pohon yang disimpan di dan


-rf_adj
Menghitung jarak RF dari pohon yang berdekatan di

POHON TOPOLOGI UJI:
-z
Mengevaluasi satu set pohon pengguna

-zb <#replika>
Melakukan tes BP, KH, SH, ELW untuk pohon yang dilewati -z

-zw Juga melakukan uji KH tertimbang dan uji SH tertimbang

MENGHASILKAN ACAK POHON:
-r
Buat pohon acak di bawah model Yule-Harding.

-en
Buat pohon acak di bawah model Uniform.

-rcat
Buat pohon ulat acak.

-rbal
Buat pohon seimbang acak.

-rcsg
Buat jaringan split melingkar acak.

-rlen
min, mean, dan panjang cabang maksimum pohon acak.

MISCELLANEOUS:
-wt Tulis pohon yang optimal secara lokal ke dalam file .trees

-blfix Perbaiki panjang cabang pohon pengguna yang dilewati -teh

-blmin Panjang cabang minimum untuk pengoptimalan (default 0.000001)

-blmax Panjang cabang maksimum untuk pengoptimalan (default 100)

-wsl Tulis kemungkinan log situs ke file .siteh

-wslr Tulis kemungkinan log situs per kategori tarif

-wslm Tulis kemungkinan log situs per kelas campuran

-wslmr Tulis kemungkinan log situs per campuran+kelas tarif

-fconst f1,...,fN
Tambahkan pola konstan ke dalam keselarasan (N=#nstatus)

Gunakan iqtree online menggunakan layanan onworks.net