metastudent - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

metastudent - prediktor istilah ontologi gen dari urutan protein

RINGKASAN

siswa meta -i FASTA_FILE -o HASIL_FILE_PREFIX [--debug] [--keep-temp] [--diam]
[--ledakan-keluaran] [--hanya ledakan] [--semua prediksi] [--ontologi=Mfo or BPO or CCO or
MFO, BPO or ...] [--dengan-gambar] [--blast-kickstart-databases=BLAST_RESULT_FILE(S)]
[--temp-dir=DIR] [--konfigurasi=KONFIG_FILE] !!! Pastikan file fasta Anda berisi paling banyak 500
urutan!!!

DESKRIPSI

Metastudent memprediksi istilah Gene Ontology (GO) dari Molecular Function Ontology (MFO),
Biological Process Ontology (BPO) dan Cellular Component Ontology (CCO) untuk input protein
urutan dengan inferensi berbasis homologi dari protein yang sudah dijelaskan.

File data besar (total 1 GB) yang diperlukan untuk pengoperasian metastudent diunduh
secara otomatis pada penggunaan pertama program. Unduhan dapat dimulai ulang. Anda juga bisa
membuat panggilan eksplisit ke
data metasiswa (secara default /usr/bin/metastudentdata) untuk mengunduh file data.
Jika direktori data (secara default /usr/share/metastudent-data) tidak dapat ditulis dan
Anda bukan root, operasinya adalah
dicoba kembali dengan sudo(8).

Keluaran format
Untuk setiap ontologi yang dipilih (lihat --ontologi), satu file output dihasilkan (lihat -o). Setiap
baris di setiap file mengaitkan protein dengan istilah GO dan keandalan untuk
asosiasi (0.0 hingga 1.0). Format berikut digunakan:
ID>

REFERENSI

Hamp, T., Kassner, R., Seemayer, S., Vicedo, E., Schaefer, C., Achten, D., ... & Rost, B.
(2013). Inferensi berbasis homologi menetapkan standar tinggi untuk prediksi fungsi protein. BMC
Bioinformatika, 14 (Suppl 3), S7.

PILIHAN

-i FASTA_FILE
Masukan file fasta. Silakan coba untuk menghapus pemformatan khusus (misalnya spasi putih)
dalam urutan sebelum menggunakannya sebagai input. Karena penggunaan memori yang tinggi, pastikan Anda
file fasta berisi paling banyak 500 urutan.

-o HASIL_FILE_PREFIX
Awalan nama file dari file output. Istilah GO diatur dalam ontologi.
Metatstudent memperlakukan setiap ontologi secara berbeda dan mengeluarkan satu file hasil untuk setiap ontologi.
Misalnya, jika =./myresult dan MFO (Ontologi Fungsi Molekuler) dan BPO
(Ontologi Proses Biologis) ontologi dipilih (lihat opsi --ontologi), kemudian
metastudent membuat dua file output: ./hasil saya.MFO.txt dan ./hasil saya.BPO.txt.

--debug
Cetak pesan debug tambahan.

--jaga suhu
Apakah akan menyimpan direktori temp setelah metastudent selesai (dapat berupa
berguna ketika kesalahan terjadi atau dalam kombinasi dengan --blast-kickstart-database).

--diam
Tidak ada pesan kemajuan (stdout), hanya kesalahan (stderr).

--output-ledakan
Apakah akan menampilkan hasil dari BLAST yang berjalan. Berguna dalam kombinasi dengan
--blast-kickstart-database. Format nama file keluaran adalah
HASIL_FILE_PREFIX. .ledakan.

--hanya ledakan
Apakah hanya menampilkan hasil dari BLAST yang berjalan, dan tidak ada yang lain. Lihat opsi
--output-ledakan dan --blast-kickstart-database.

--semua-prediksi
Apakah akan menampilkan hasil prediksi dari masing-masing prediktor. Nama file
format file keluaran adalah . . .txt.

--tanpa-nama
Apakah akan mengecualikan nama istilah GO yang sebenarnya sebagai kolom dalam prediksi keluaran
file.

--dengan-gambar
Apakah juga akan menghasilkan gambar yang menampilkan istilah GO yang diprediksi sebagai grafik GO.
Opsi ini hanya dapat digunakan dengan tepat satu urutan input dan hanya jika terhubung
ke internet.

--ontologi=Mfo or BPO or CCO or MFO, BPO or ...
Daftar ontologi yang dipisahkan koma untuk membuat prediksi. Standarnya adalah
MFO, BPO, CCO. Jika digunakan dalam kombinasi dengan --blast-kickstart-database, jumlah dan
urutan ontologi harus sesuai dengan file kickstart.

--blast-kickstart-databases=
Karena menjalankan BLAST biasanya merupakan bagian yang paling lama di metastudent, ini
opsi memungkinkan Anda untuk menggunakan kembali output dari proses sebelumnya. Ini berguna untuk menguji, untuk
misalnya, parameter yang berbeda atau ketika Anda kehilangan prediksi. Jumlah
file kickstart harus sesuai dengan jumlah ontologi (lihat opsi --ontologi).
Pisahkan jalur file dengan koma. Sebagai contoh:
--blast-kickstart-databases= , (permulaan untuk keduanya
ontologi) atau --blast-kickstart-databases=, (hanya kickstart BPO;
perhatikan koma).

--temp-dir=DIR
Direktori temp induk untuk digunakan alih-alih yang ditentukan dengan tmpDir di
file konfigurasi metastudent.

--config=FILE
Jalur ke file konfigurasi metastudent kustom; mengesampingkan semua pengaturan dari
file konfigurasi ditemukan di bagian FILES halaman manual ini.

Gunakan metastudent online menggunakan layanan onworks.net